Das orale Mikrobiom aus Saliva bei Studierenden der Medizin und der Zahnmedizin mittels Next-Generation Sequencing und Bioinformatik:
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Gießen
VVB Laufersweiler Verlag
2023
|
| Ausgabe: | 1. Auflage |
| Schriftenreihe: | Edition Scientifique
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | 113 Seiten Illustrationen, Diagramme 21.5 cm x 14.8 cm, 200 g |
| ISBN: | 9783835971301 3835971301 |
Internformat
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|---|---|
| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
...................................................................................................................................................................................
1
1.1
G
RUNDLAGE
DER
ORALEN
A
NATOMIE
......................................................................................................................................
1
1.1.1
G
LIEDERUNG
DER
M
UNDHOEHLE
.............................................................................................................................................
1
1.1.2
D
IE
N
ISCHEN
DES
M
UNDES
.......................................................................................................................................................
1
1.2
D
IE
S
PEICHELDRUESEN
....................................................................................................................................................................
2
1.2.1
ANATOMIE
UND
HISTOLOGIE
DER
GROSSEN
SPEICHELDRUESEN
..........................................................................................
2
1.2.2
D
IE
R
UHESEKRETION
..................................................................................................................................................................
5
1.2.3
D
ER
S
PEICHEL
...............................................................................................................................................................................
5
1.3
D
AS
ORALE
M
IKROBIOM
..............................................................................................................................................................
8
1.4
E
RKRANKUNGEN
DER
M
UNDHOEHLE
........................................................................................................................................
10
1.4.1
KARIES
.........................................................................................................................................................................................
10
1.4.2
P
ARODONTITIS
..........................................................................................................................................................................
11
1.5
Z
IELSETZUNG
................................................................................................................................................................................
13
2
MATERIAL
UND
METHODEN
..............................................................................................................................................
14
2.1
A
LLGEMEINES
ZU
M
ATERIAL
UND
M
ETHODEN
...................................................................................................................
14
2.2
D
AS
P
ROBAND
:
INNENKOLLEKTIV
.............................................................................................................................................
15
2.2.1
V
ERTEILUNG
DER
G
ESCHLECHTER
......................................................................................................................................
15
2.2.2
E
RNAEHRUNGSGEWOHNHEITEN
...........................................................................................................................................
16
2.2.3
R
AUCHVERHALTEN
................................................................................................................................................................
16
2.2.4
A
LKOHOLKONSUM
................................................................................................................................................................
17
2.2.5
G
RUNDERKRANKUNGEN
.......................................................................................................................................................
17
2.2.6
A
NTIBIOTIKAEINNAHME
.......................................................................................................................................................
19
2.2.7
N
ATIONALITAET
.......................................................................................................................................................................
20
2.3
SICHERHEITS
UND
STERILITAETSM
ABNAHMEN
AM
ARBEITSPLATZ
...................................................................................................
21
2.4
C
HEMIKALIEN
...............................................................................................................................................................................
21
2.5
V
ERBRAUCHSMATERIALIEN
......................................................................................................................................................
22
2.5.1
GEFAESSE
................................................................................................................................................................................
22
2.5.2
A
NDERE
...............................................................................................................................................................................
22
2.5.3
K
ITS
........................................................................................................................................................................................
22
2.6
G
ERAETE
..........................................................................................................................................................................................
22
2.7
L
ABORSPEZIFISCHE
B
EGRIFFE
....................................................................................................................................................
23
2.8
P
ROBENGEWINNUNG
.................................................................................................................................................................
24
2.9
P
OSITIV
-
UND
N
EGATIVKONTROLLEN
....................................................................................................................................
25
2.10
C
HRONOLOGIE
DER
L
ABORARBEIT
.......................................................................................................................................
26
2.11
DNA-E
XTRAKTION
................................................................
26
2.11.1
A
NSATZ
DES
D
IGESTIONSPUFFERS
..................................................................................................................
27
2.11.2
V
ORBEHANDLUNG
DER
P
ROBEN
.........................................................................................................................
27
2.11.3
M
OCK
-C
OMMUNITY
...........................................................................................................................................................
29
2.12
DNA-M
ESSVERFAHREN
.........................................................................................................................................................
31
2.12.1
QUBITYY
................................................................................................................................................................................
31
2.12.2
A
GILENT
2100
B
IOANALYZER
........................................................................................................................................
32
2.13
D
IE
K
ONZENTRATIONSEINSTELLUNG
....................................................................................................................................
33
2.14
D
IE
P
OLYMERASE
-K
ETTENREAKTION
..................................................................................................................
34
2.14.1
DLEAMPLIKON-PCR
...........................................................................................................................................................
34
2.14.2
D
IE
I
NDEX
-PCR
....................................................................................................................................................................
36
2.15
DNA
-A
UFREINIGUNG
..........................................................................................................................................................
40
2.15.1
A
GENCOURT
AMP
URE
.................................................................................................................................................
40
2.16
D
IE
G
ELELEKTROPHORESE
.......................................................................................................................................................
41
2.17
N
ORMALISIEREN
UND
P
OOLEN
.............................................................................................................................................
42
2.18
N
EXT
-G
ENERATION
S
EQUENCING
........................................................................................................................................
43
2.18.1
C
HARAKTERISIERUNG
DES
UNTERSUCHTEN
DNA-B
EREICHS
......................................................................................
45
2.19
BLOINFORMATISCHE
AUSWERTUNG
...............................................................................................................................................................
46
3
ERGEBNISSE
.................................................................................................................................................................................
47
3.1
B
EWERTUNG
DER
Q
UALITAET
DER
S
EQUENZIERUNGSLAEUFE
.............................................................................................
47
3.1.1
UEBERSICHTSZAHLEN...............................................................................................................................................................
47
3.1.2
E
RGEBNIS
DER
P
OSITIV
-
UND
N
EGATIVKONTROLLEN
......................................................................................................
47
3.2
UEBERSICHT
UEBER
DAS
GESAMTMIKROBIOM
................................................................................................................................................
49
3.2.1
UEBERSICHT
UEBER
ALLE
NACHGEWIESENEN
PHYLA
............................................................................................................
50
3.2.2
UEBERSICHT
UEBER
ALLE
GATTUNGEN
JE
PROBE
..................................................................................................................
51
3.2.3
D
IE
PROZENTUALE
G
EWICHTUNG
........................................................................................................................................
57
3.3
D
IE
F
ILTERUNG
DER
D
ATEN
......................................................................................................................................................
58
3.3.1
N
ORMVERTEILUNG
...................................................................................................................................................................
58
3.3.2
B
AKTERIEN
-C
UT
-O
FF
...............................................................................................................................................................
59
3.4
D
AS
C
ORE
-M
IKROBIOM
...........................................................................................................................................................
60
3.5
D
ER
VARIABLE
A
NTEIL
DES
M
IKROBIOMS
............................................................................................................................
63
3.5.1
UEBERBLICK
UEBER
DIE
RESTLICHEN
PROZENTE
.....................................................................................................................
63
3.6
E
RGEBNISSE
DES
MITGEFUEHRTEN
F
RAGEBOGENS
..............................................................................................................
67
3.6.1
KATEGORISIERUNG
DER
ABGEFRAGTEN
INFORMATIONEN
..............................................................................................
67
3.6.2
M
ATHEMATISCHE
P
ARAMETER
.............................................................................................................................................
69
3.6.3
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
G
ESCHLECHT
........................................................................................................................
72
3.6.4
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
E
RNAEHRUNG
........................................................................................................................
74
3.6.5
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
A
LKOHOLKONSUM
..............................................................................................................
77
3.6.6
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
A
NTIBIOTIKAEINNAHME
.....................................................................................................
79
3.6.7
PC
O
A-D
IAGRAMME
DER
K
ATEGORIEN
R
AUCHVERHALTEN
,
G
RUNDERKRANKUNGEN
&
N
ATIONALITAET
..........
81
3.6.8
E
RGEBNISSE
DES
VARIABLEN
A
NTEILS
DER
K
ATEGORIE
G
ESCHLECHT
...........................................................................
83
4
DISKUSSION
...................................................................................................................................................
85
4.1
D
ISKUSSION
DER
M
ETHODIK
IM
AKTUELLEN
K
ONTEXT
....................................................................................................
86
4.1.1
E
IN
V
ERGLEICH
MIT
DEM
ORALEN
M
IKROBIOM
ISOLIERT
LEBENDER
I
NDIANER
.........................................................
87
4.2
DISKUSSION
DER
ERGEBNISSE
...............................................................................................................................................................................
89
4.2.1
E
IN
V
ERGLEICH
MIT
DEN
E
RGEBNISSEN
ANDEREN
A
UTORINNEN
..............................................................................
89
4.2.2
E
IN
V
ERGLEICH
MIT
DER
D
ATENBANK
E
HOMD
.............................................................................................................
92
4.2.3
D
ER
MITGEFUEHRTE
F
RAGEBOGEN
......................................................................................................................................
94
4.3
P
ATHOGENITAET
DES
ORALEN
M
IKROBIOMS
........................................................................................................................
94
4.4
S
CHLUSSFOLGERUNG
UND
A
USBLICK
IN
DIE
Z
UKUNFT
.....................................................................................................
98
5
ZUSAMMENFASSUNG
UND
AUSBLICK
.........................................................................................................................
99
6
SUMMARY
AND
PROGNOSIS
..........................................................................................................................................
100
7
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.............................................................................................................................................
101
8
ABBILDUNGSVERZEICHNIS
...............................................................................................................................................
103
9
TABELLENVERZEICHNIS
......................................................................................................................................................
104
10
LITERATURVERZEICHNIS
.................................................................................................................................................
105
11
ANHANG
..................................................................................................................................................................................
109
11.1
E
INVERSTAENDNISERKLAERUNG
............................................................................................................................................
109
11.2
F
RAGEBOGEN
........................................................................................................................................................................
110
12
EHRENWOERTLICHE
ERKLAERUNG
ZUR
DISSERTATION
....................................................................................
111
13
DANKSAGUNG
.....................................................................................................................................................................
112
14
LEBENSLAUF
...........................................
113
|
| adam_txt |
INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
.
1
1.1
G
RUNDLAGE
DER
ORALEN
A
NATOMIE
.
1
1.1.1
G
LIEDERUNG
DER
M
UNDHOEHLE
.
1
1.1.2
D
IE
N
ISCHEN
DES
M
UNDES
.
1
1.2
D
IE
S
PEICHELDRUESEN
.
2
1.2.1
ANATOMIE
UND
HISTOLOGIE
DER
GROSSEN
SPEICHELDRUESEN
.
2
1.2.2
D
IE
R
UHESEKRETION
.
5
1.2.3
D
ER
S
PEICHEL
.
5
1.3
D
AS
ORALE
M
IKROBIOM
.
8
1.4
E
RKRANKUNGEN
DER
M
UNDHOEHLE
.
10
1.4.1
KARIES
.
10
1.4.2
P
ARODONTITIS
.
11
1.5
Z
IELSETZUNG
.
13
2
MATERIAL
UND
METHODEN
.
14
2.1
A
LLGEMEINES
ZU
M
ATERIAL
UND
M
ETHODEN
.
14
2.2
D
AS
P
ROBAND
:
INNENKOLLEKTIV
.
15
2.2.1
V
ERTEILUNG
DER
G
ESCHLECHTER
.
15
2.2.2
E
RNAEHRUNGSGEWOHNHEITEN
.
16
2.2.3
R
AUCHVERHALTEN
.
16
2.2.4
A
LKOHOLKONSUM
.
17
2.2.5
G
RUNDERKRANKUNGEN
.
17
2.2.6
A
NTIBIOTIKAEINNAHME
.
19
2.2.7
N
ATIONALITAET
.
20
2.3
SICHERHEITS
UND
STERILITAETSM
ABNAHMEN
AM
ARBEITSPLATZ
.
21
2.4
C
HEMIKALIEN
.
21
2.5
V
ERBRAUCHSMATERIALIEN
.
22
2.5.1
GEFAESSE
.
22
2.5.2
A
NDERE
.
22
2.5.3
K
ITS
.
22
2.6
G
ERAETE
.
22
2.7
L
ABORSPEZIFISCHE
B
EGRIFFE
.
23
2.8
P
ROBENGEWINNUNG
.
24
2.9
P
OSITIV
-
UND
N
EGATIVKONTROLLEN
.
25
2.10
C
HRONOLOGIE
DER
L
ABORARBEIT
.
26
2.11
DNA-E
XTRAKTION
.
26
2.11.1
A
NSATZ
DES
D
IGESTIONSPUFFERS
.
27
2.11.2
V
ORBEHANDLUNG
DER
P
ROBEN
.
27
2.11.3
M
OCK
-C
OMMUNITY
.
29
2.12
DNA-M
ESSVERFAHREN
.
31
2.12.1
QUBITYY
.
31
2.12.2
A
GILENT
2100
B
IOANALYZER
.
32
2.13
D
IE
K
ONZENTRATIONSEINSTELLUNG
.
33
2.14
D
IE
P
OLYMERASE
-K
ETTENREAKTION
.
34
2.14.1
DLEAMPLIKON-PCR
.
34
2.14.2
D
IE
I
NDEX
-PCR
.
36
2.15
DNA
-A
UFREINIGUNG
.
40
2.15.1
A
GENCOURT
AMP
URE
.
40
2.16
D
IE
G
ELELEKTROPHORESE
.
41
2.17
N
ORMALISIEREN
UND
P
OOLEN
.
42
2.18
N
EXT
-G
ENERATION
S
EQUENCING
.
43
2.18.1
C
HARAKTERISIERUNG
DES
UNTERSUCHTEN
DNA-B
EREICHS
.
45
2.19
BLOINFORMATISCHE
AUSWERTUNG
.
46
3
ERGEBNISSE
.
47
3.1
B
EWERTUNG
DER
Q
UALITAET
DER
S
EQUENZIERUNGSLAEUFE
.
47
3.1.1
UEBERSICHTSZAHLEN.
47
3.1.2
E
RGEBNIS
DER
P
OSITIV
-
UND
N
EGATIVKONTROLLEN
.
47
3.2
UEBERSICHT
UEBER
DAS
GESAMTMIKROBIOM
.
49
3.2.1
UEBERSICHT
UEBER
ALLE
NACHGEWIESENEN
PHYLA
.
50
3.2.2
UEBERSICHT
UEBER
ALLE
GATTUNGEN
JE
PROBE
.
51
3.2.3
D
IE
PROZENTUALE
G
EWICHTUNG
.
57
3.3
D
IE
F
ILTERUNG
DER
D
ATEN
.
58
3.3.1
N
ORMVERTEILUNG
.
58
3.3.2
B
AKTERIEN
-C
UT
-O
FF
.
59
3.4
D
AS
C
ORE
-M
IKROBIOM
.
60
3.5
D
ER
VARIABLE
A
NTEIL
DES
M
IKROBIOMS
.
63
3.5.1
UEBERBLICK
UEBER
DIE
RESTLICHEN
PROZENTE
.
63
3.6
E
RGEBNISSE
DES
MITGEFUEHRTEN
F
RAGEBOGENS
.
67
3.6.1
KATEGORISIERUNG
DER
ABGEFRAGTEN
INFORMATIONEN
.
67
3.6.2
M
ATHEMATISCHE
P
ARAMETER
.
69
3.6.3
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
G
ESCHLECHT
.
72
3.6.4
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
E
RNAEHRUNG
.
74
3.6.5
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
A
LKOHOLKONSUM
.
77
3.6.6
E
RGEBNISSE
ZUR
K
ATEGORIE
A
NTIBIOTIKAEINNAHME
.
79
3.6.7
PC
O
A-D
IAGRAMME
DER
K
ATEGORIEN
R
AUCHVERHALTEN
,
G
RUNDERKRANKUNGEN
&
N
ATIONALITAET
.
81
3.6.8
E
RGEBNISSE
DES
VARIABLEN
A
NTEILS
DER
K
ATEGORIE
G
ESCHLECHT
.
83
4
DISKUSSION
.
85
4.1
D
ISKUSSION
DER
M
ETHODIK
IM
AKTUELLEN
K
ONTEXT
.
86
4.1.1
E
IN
V
ERGLEICH
MIT
DEM
ORALEN
M
IKROBIOM
ISOLIERT
LEBENDER
I
NDIANER
.
87
4.2
DISKUSSION
DER
ERGEBNISSE
.
89
4.2.1
E
IN
V
ERGLEICH
MIT
DEN
E
RGEBNISSEN
ANDEREN
A
UTORINNEN
.
89
4.2.2
E
IN
V
ERGLEICH
MIT
DER
D
ATENBANK
E
HOMD
.
92
4.2.3
D
ER
MITGEFUEHRTE
F
RAGEBOGEN
.
94
4.3
P
ATHOGENITAET
DES
ORALEN
M
IKROBIOMS
.
94
4.4
S
CHLUSSFOLGERUNG
UND
A
USBLICK
IN
DIE
Z
UKUNFT
.
98
5
ZUSAMMENFASSUNG
UND
AUSBLICK
.
99
6
SUMMARY
AND
PROGNOSIS
.
100
7
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.
101
8
ABBILDUNGSVERZEICHNIS
.
103
9
TABELLENVERZEICHNIS
.
104
10
LITERATURVERZEICHNIS
.
105
11
ANHANG
.
109
11.1
E
INVERSTAENDNISERKLAERUNG
.
109
11.2
F
RAGEBOGEN
.
110
12
EHRENWOERTLICHE
ERKLAERUNG
ZUR
DISSERTATION
.
111
13
DANKSAGUNG
.
112
14
LEBENSLAUF
.
113 |
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