Etablierung von Genmarkern zur Resistenzzüchtung gegen die Pleuropneumonie beim Schwein:
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | Thesis Book |
| Language: | German |
| Published: |
Gießen
VVB Laufersweiler Verlag
2020
|
| Edition: | 1. Auflage |
| Series: | Edition scientifique
|
| Subjects: | |
| Online Access: | Inhaltsverzeichnis Inhaltsverzeichnis |
| Physical Description: | 155 Seiten Diagramme 21 cm, 260 g |
| ISBN: | 9783835969162 3835969161 |
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|---|---|
| adam_text | INHALT
TABELLENVERZEICHNIS
.....................................................................................................................................
1
ABBILDUNGSVERZEICHNIS
................................................................................................................................
2
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
...............................................................................................................................
4
1
EINLEITUNG
.............................................................................................................................................
6
2
LITERATURUEBERSICHT
................................................................................................................................
7
2.
1
ACTINOBACILLUS
PLEUROPNEUMONIAE
..............................................................................................
7
2.1.1
ALLGEMEIN
............................................................................................................................
7
2.1.2
ERREGER
................................................................................................................................
7
2.1.3
INFEKTION
.............................................................................................................................
8
2.1.4
EPIDEMIOLOGIE
...................................................................................................................
10
2.2
PATHOGENESE
UND
VIRULENZFAKTOREN
..........................................................................................
11
2.2.1
ADHAESIONSFAKTOREN
IM
UNTEREN
RESPIRATIONSTRAKT
...........................................................
13
2.2.2
BESCHAFFUNG
VON
NAEHRSTOFFEN
...........................................................................................
14
2.2.3
SCHAEDIGUNG
DES
GEWEBES
.................................................................................................
15
2.2.4
VERMEIDUNG
DES
IMMUNSYSTEMS
......................................................................................
17
2.2.5
PERSISTENZ
..........................................................................................................................
18
2.3
IMMUNREAKTION
AUF
DIE
INFEKTION
MIT
A.
PLEUROPNEUMONIAE
..................................................
18
2.3.1
ANGEBORENE
IMMUNABWEHR
.............................................................................................
19
2.3.2
HUMORALE
IMMUNABWEHR
.................................................................................................
19
2.3.3 ZELL-ASSOZIIERTE
IMMUNANTWORT
.......................................................................................
20
2.4
BEKAEMPFUNG
.............................................................................................................................
21
2.5
NATUERLICHE
KRANKHEITSRESISTENZ
.................................................................................................
24
2.6
KRANKHEITSRESISTENZ
BEIM
SCHWEIN
...........................................................................................
25
2.6.1
KRANKHEITSRESITENZ
GEGENUEBER
PARASITEN
.........................................................................
27
2.6.2
KRANKHEITSRESISTENZ
GEGENUEBER
VIREN
..............................................................................
27
2.6.3
KRANKHEITSRESISTENZ
GEGENUEBER
BAKTERIEN
.......................................................................30
2.7
GENOMWEITE
ASSOZIATIONSSTUDIE
..............................................................................................
33
2.7.1
QUANTITATIVE-TRAIT-LOCUS
...................................................................................................
33
2.7.2
REFERENZSEQUENZEN
UND
GWAS
.......................................................................................
34
3
MATERIAL
UND
METHODEN
...................................................................................................................
37
3.1
MATERIAL
.....................................................................................................................................
38
3.1.1
VERSUCHSTIERE
....................................................................................................................
38
3.1.2
LABORGERAETE
......................................................................................................................
38
3.1.3
VERBRAUCHSMATERIALIEN
.....................................................................................................
39
3.1.4
CHEMIKALIEN
......................................................................................................................40
3.1.5
LOESUNGEN,
PUFFER
UND
MEDIEN
.........................................................................................
41
3.1.6
KOMMERZIELLE
REAGENZIENSYSTEME..................................................................................
41
3.1.7
COMPUTER,
EDV-PROGRAMME
UND
DATENBANKEN
.............................................................
42
3.2
METHODEN
.................................................................................................................................
45
3.2.1
EINGANGSUNTERSUCHUNG
UND
EXPERIMENTELLE
INFEKTION
...................................................
45
3.2.2
PATHOLOGISCHE
UNTERSUCHUNG
...........................................................................................
46
3.2.3
BAKTERIOLOGISCHE
UNTERSUCHUNG
......................................................................................
46
3.2.4 DNA-EXTRAKTION
AUS
EDTA-GERINNUNGSGEHEMMTEM
BLUT
...............................................
46
3.2.5
BESTIMMUNG
DER
DNA-KONZENTRATION
..............................................................................
47
3.2.6
NEXT-GENERATION-SEQUENCING
(SECOND-GENERATION-SEQUENCING)
..................................
47
3.2.7
BIOINFORMATIK
....................................................................................................................
53
3.2.8
BIOINFORMATIK
-
VARIANT-CALLING
........................................................................................
53
3.2.9
QUALITAETSKONTROLLE
DER
VARIANTEN
....................................................................................
54
3.2.10 EFFEKTE
DER
VARIANTEN
......................................................................................................
57
3.2.11
IMPUTATION
........................................................................................................................
58
3.2.12
GENOMWEITE
ASSOZIATIONSSTUDIE
(GWAS)
..........................................................
58
3.2.13
POLYMERASE-KETTENREAKTION
(POLYMERASE-CHAIN-REACTION,
PCR)
...................................
59
3.2.14
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
............................................................................................
61
3.2.15
SANGER-SEQUENZIERUNG.....................................................................................................
61
3.2.16
KOMPETITIVE
ALLEISPEZIFISCHE
PCR
.....................................................................................
62
4
ERGEBNISSE
........................................................................................
64
4.1
PHAENOTYPEN
DER
VERSUCHSTIERE
................................................................................................
64
4.2
GENOMWEITE
SEQUENZIERUNG
...................................................................................................
68
4.3
GENOMWEITE
ASSOZIATIONSSTUDIE
.............................................................................................
70
4.4
ANNOTATION
UND
KODIERENDE
VARIANTEN
...................................................................................
75
4.5
KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHT
......................................................................................................
89
4.6
UEBERPRUEFUNG
DER
MARKER
INNERHALB
EINER
KOMMERZIELLEN
POPULATION
...................................
93
5
DISKUSSION.........................................................................................................................................
94
5.1
PHAENOTYP
..................................................................................................................................
94
5.2
GENETISCHE
RESISTENZ
...............................................................................................................
94
5.3
NEXT-GENERATION-SEQUENCING
..................................................................................................
95
5.4
SNPSAUFSSC2
.........................................................................................................................
97
5.5
SNPSAUFSSC12
.......................................................................................................................
98
5.6
SNPSAUFSSC15
.......................................................................................................................
99
5.7
NUTZUNG
DER
SNPS
ALS
MARKER
................................................................................................
100
5.8
FAZIT
........................................................................................................................................
102
6
ZUSAMMENFASSUNG
..........................................................................................................................
104
7
SUMMARY
..........................................................................................................................................
106
8
LITERATURVERZEICHNIS
........................................................................................................................
107
9
ANHANG
.............................................................................................................................................
131
9.1
PHAENOTYPEN
.............................................................................................................................
131
9.1.1
KLINIK
................................................................................................................................
132
9.1.2
SEKTION
-
PATHOLOGIESCORE
...............................................................................................
133
9.1.3
ROES
-
ROENTGENSCORE
......................................................................................................
134
9.1.4
SOS
-
SONOGRAFIESCORE
.....................................................................................................
135
9.1.5
RELSOL
-
REISOLATIONSSCORE
..............................................................................................
136
9.2
ABDECKUNG
DER
EINZELNEN
SEQUENZIERTEN
TIERE
.....................................................................
137
9.3
MANHATTAN-PLOTS
.....................................................................................................................
140
9.3.1
KLINIK
-
KLINIKSSCORE
.........................................................................................................
140
9.3.2
SEKTION
-
SEKTIONSSCORE...................................................................................................
142
9.3.3
ROES
-
ROENTGENSSCORE
.....................................................................................................
143
9.3.4
SOS
-
SONOGRAPHIESCORE
..................................................................................................
144
9.3.5
RELSOL
-
REISOLATIONSSCORE
..............................................................................................
145
9.4
VERWENDETE
PRIMER
................................................................................................................
146
9.4.1
SANGER-SEQUENZIERUNG....................................................................................................
146
9.4.2
KASP-GENOTYPISIERUNG....................................................................................................
147
9.5
PRINZIPALKOMPONENTENANALYSE
DER
EINGESETZTEN
TIERE
.........................................................
148
9.6
PYTHON-SKRIPTE
........................................................................................................................
149
9.6.1
SKRIPT,
UM
AUS
DATEIEN
IM
VARIANT-CALL-FORMAT
(.VCF)
IN
DAS
PROGRAMM
PLINK
EINZULESEN
149
9.6.2
SKRIPT,
UM
AUS
ASSOZIATIONSDATEIEN
(.ASSOC)
-
ERSTELLT
DURCH
DAS
PROGRAMM
PLINK
-
MANHATTANPLOTS
ZU
ERSTELLEN
..........................................................................................................
150
9.6.3
SKRIPT,
UM
AUS
ASSOZIATIONSDATEIEN
(.ASSOC)
-
ERSTELLT
DURCH
DAS
PROGRAMM
PLINK
-
Q-Q-
PLOTS
ZU
ERSTELLEN
............................................................................................................................
152
|
| adam_txt |
INHALT
TABELLENVERZEICHNIS
.
1
ABBILDUNGSVERZEICHNIS
.
2
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.
4
1
EINLEITUNG
.
6
2
LITERATURUEBERSICHT
.
7
2.
1
ACTINOBACILLUS
PLEUROPNEUMONIAE
.
7
2.1.1
ALLGEMEIN
.
7
2.1.2
ERREGER
.
7
2.1.3
INFEKTION
.
8
2.1.4
EPIDEMIOLOGIE
.
10
2.2
PATHOGENESE
UND
VIRULENZFAKTOREN
.
11
2.2.1
ADHAESIONSFAKTOREN
IM
UNTEREN
RESPIRATIONSTRAKT
.
13
2.2.2
BESCHAFFUNG
VON
NAEHRSTOFFEN
.
14
2.2.3
SCHAEDIGUNG
DES
GEWEBES
.
15
2.2.4
VERMEIDUNG
DES
IMMUNSYSTEMS
.
17
2.2.5
PERSISTENZ
.
18
2.3
IMMUNREAKTION
AUF
DIE
INFEKTION
MIT
A.
PLEUROPNEUMONIAE
.
18
2.3.1
ANGEBORENE
IMMUNABWEHR
.
19
2.3.2
HUMORALE
IMMUNABWEHR
.
19
2.3.3 ZELL-ASSOZIIERTE
IMMUNANTWORT
.
20
2.4
BEKAEMPFUNG
.
21
2.5
NATUERLICHE
KRANKHEITSRESISTENZ
.
24
2.6
KRANKHEITSRESISTENZ
BEIM
SCHWEIN
.
25
2.6.1
KRANKHEITSRESITENZ
GEGENUEBER
PARASITEN
.
27
2.6.2
KRANKHEITSRESISTENZ
GEGENUEBER
VIREN
.
27
2.6.3
KRANKHEITSRESISTENZ
GEGENUEBER
BAKTERIEN
.30
2.7
GENOMWEITE
ASSOZIATIONSSTUDIE
.
33
2.7.1
QUANTITATIVE-TRAIT-LOCUS
.
33
2.7.2
REFERENZSEQUENZEN
UND
GWAS
.
34
3
MATERIAL
UND
METHODEN
.
37
3.1
MATERIAL
.
38
3.1.1
VERSUCHSTIERE
.
38
3.1.2
LABORGERAETE
.
38
3.1.3
VERBRAUCHSMATERIALIEN
.
39
3.1.4
CHEMIKALIEN
.40
3.1.5
LOESUNGEN,
PUFFER
UND
MEDIEN
.
41
3.1.6
KOMMERZIELLE
REAGENZIENSYSTEME.
41
3.1.7
COMPUTER,
EDV-PROGRAMME
UND
DATENBANKEN
.
42
3.2
METHODEN
.
45
3.2.1
EINGANGSUNTERSUCHUNG
UND
EXPERIMENTELLE
INFEKTION
.
45
3.2.2
PATHOLOGISCHE
UNTERSUCHUNG
.
46
3.2.3
BAKTERIOLOGISCHE
UNTERSUCHUNG
.
46
3.2.4 DNA-EXTRAKTION
AUS
EDTA-GERINNUNGSGEHEMMTEM
BLUT
.
46
3.2.5
BESTIMMUNG
DER
DNA-KONZENTRATION
.
47
3.2.6
NEXT-GENERATION-SEQUENCING
(SECOND-GENERATION-SEQUENCING)
.
47
3.2.7
BIOINFORMATIK
.
53
3.2.8
BIOINFORMATIK
-
VARIANT-CALLING
.
53
3.2.9
QUALITAETSKONTROLLE
DER
VARIANTEN
.
54
3.2.10 EFFEKTE
DER
VARIANTEN
.
57
3.2.11
IMPUTATION
.
58
3.2.12
GENOMWEITE
ASSOZIATIONSSTUDIE
(GWAS)
.
58
3.2.13
POLYMERASE-KETTENREAKTION
(POLYMERASE-CHAIN-REACTION,
PCR)
.
59
3.2.14
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
.
61
3.2.15
SANGER-SEQUENZIERUNG.
61
3.2.16
KOMPETITIVE
ALLEISPEZIFISCHE
PCR
.
62
4
ERGEBNISSE
.
64
4.1
PHAENOTYPEN
DER
VERSUCHSTIERE
.
64
4.2
GENOMWEITE
SEQUENZIERUNG
.
68
4.3
GENOMWEITE
ASSOZIATIONSSTUDIE
.
70
4.4
ANNOTATION
UND
KODIERENDE
VARIANTEN
.
75
4.5
KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHT
.
89
4.6
UEBERPRUEFUNG
DER
MARKER
INNERHALB
EINER
KOMMERZIELLEN
POPULATION
.
93
5
DISKUSSION.
94
5.1
PHAENOTYP
.
94
5.2
GENETISCHE
RESISTENZ
.
94
5.3
NEXT-GENERATION-SEQUENCING
.
95
5.4
SNPSAUFSSC2
.
97
5.5
SNPSAUFSSC12
.
98
5.6
SNPSAUFSSC15
.
99
5.7
NUTZUNG
DER
SNPS
ALS
MARKER
.
100
5.8
FAZIT
.
102
6
ZUSAMMENFASSUNG
.
104
7
SUMMARY
.
106
8
LITERATURVERZEICHNIS
.
107
9
ANHANG
.
131
9.1
PHAENOTYPEN
.
131
9.1.1
KLINIK
.
132
9.1.2
SEKTION
-
PATHOLOGIESCORE
.
133
9.1.3
ROES
-
ROENTGENSCORE
.
134
9.1.4
SOS
-
SONOGRAFIESCORE
.
135
9.1.5
RELSOL
-
REISOLATIONSSCORE
.
136
9.2
ABDECKUNG
DER
EINZELNEN
SEQUENZIERTEN
TIERE
.
137
9.3
MANHATTAN-PLOTS
.
140
9.3.1
KLINIK
-
KLINIKSSCORE
.
140
9.3.2
SEKTION
-
SEKTIONSSCORE.
142
9.3.3
ROES
-
ROENTGENSSCORE
.
143
9.3.4
SOS
-
SONOGRAPHIESCORE
.
144
9.3.5
RELSOL
-
REISOLATIONSSCORE
.
145
9.4
VERWENDETE
PRIMER
.
146
9.4.1
SANGER-SEQUENZIERUNG.
146
9.4.2
KASP-GENOTYPISIERUNG.
147
9.5
PRINZIPALKOMPONENTENANALYSE
DER
EINGESETZTEN
TIERE
.
148
9.6
PYTHON-SKRIPTE
.
149
9.6.1
SKRIPT,
UM
AUS
DATEIEN
IM
VARIANT-CALL-FORMAT
(.VCF)
IN
DAS
PROGRAMM
PLINK
EINZULESEN
149
9.6.2
SKRIPT,
UM
AUS
ASSOZIATIONSDATEIEN
(.ASSOC)
-
ERSTELLT
DURCH
DAS
PROGRAMM
PLINK
-
MANHATTANPLOTS
ZU
ERSTELLEN
.
150
9.6.3
SKRIPT,
UM
AUS
ASSOZIATIONSDATEIEN
(.ASSOC)
-
ERSTELLT
DURCH
DAS
PROGRAMM
PLINK
-
Q-Q-
PLOTS
ZU
ERSTELLEN
.
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