Verfügbarkeit: Etablierung von Genmarkern zur Resistenzzüchtung gegen die Pleuropneumonie beim Schwein

Etablierung von Genmarkern zur Resistenzzüchtung gegen die Pleuropneumonie beim Schwein:

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Bibliographische Detailangaben
1. Verfasser:	Nietfeld, Florian Georg (VerfasserIn)
Format:	Abschlussarbeit Buch
Sprache:	German
Veröffentlicht:	Gießen VVB Laufersweiler Verlag 2020
Ausgabe:	1. Auflage
Schriftenreihe:	Edition scientifique
Schlagworte:	pleuropneumonia German Landrace disease resistance Actinobacillus pleuropneumonia genetic markers single nucleotide polymorphism next generation sequencing Wissenschaft Uni Doktorarbeit Hochschulschrift
Online-Zugang:	Inhaltsverzeichnis Inhaltsverzeichnis
Beschreibung:	155 Seiten Diagramme 21 cm, 260 g
ISBN:	9783835969162 3835969161

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Datensatz im Suchindex

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adam_text	INHALT TABELLENVERZEICHNIS ..................................................................................................................................... 1 ABBILDUNGSVERZEICHNIS ................................................................................................................................ 2 ABKUERZUNGSVERZEICHNIS ............................................................................................................................... 4 1 EINLEITUNG ............................................................................................................................................. 6 2 LITERATURUEBERSICHT ................................................................................................................................ 7 2. 1 ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE .............................................................................................. 7 2.1.1 ALLGEMEIN ............................................................................................................................ 7 2.1.2 ERREGER ................................................................................................................................ 7 2.1.3 INFEKTION ............................................................................................................................. 8 2.1.4 EPIDEMIOLOGIE ................................................................................................................... 10 2.2 PATHOGENESE UND VIRULENZFAKTOREN .......................................................................................... 11 2.2.1 ADHAESIONSFAKTOREN IM UNTEREN RESPIRATIONSTRAKT ........................................................... 13 2.2.2 BESCHAFFUNG VON NAEHRSTOFFEN ........................................................................................... 14 2.2.3 SCHAEDIGUNG DES GEWEBES ................................................................................................. 15 2.2.4 VERMEIDUNG DES IMMUNSYSTEMS ...................................................................................... 17 2.2.5 PERSISTENZ .......................................................................................................................... 18 2.3 IMMUNREAKTION AUF DIE INFEKTION MIT A. PLEUROPNEUMONIAE .................................................. 18 2.3.1 ANGEBORENE IMMUNABWEHR ............................................................................................. 19 2.3.2 HUMORALE IMMUNABWEHR ................................................................................................. 19 2.3.3 ZELL-ASSOZIIERTE IMMUNANTWORT ....................................................................................... 20 2.4 BEKAEMPFUNG ............................................................................................................................. 21 2.5 NATUERLICHE KRANKHEITSRESISTENZ ................................................................................................. 24 2.6 KRANKHEITSRESISTENZ BEIM SCHWEIN ........................................................................................... 25 2.6.1 KRANKHEITSRESITENZ GEGENUEBER PARASITEN ......................................................................... 27 2.6.2 KRANKHEITSRESISTENZ GEGENUEBER VIREN .............................................................................. 27 2.6.3 KRANKHEITSRESISTENZ GEGENUEBER BAKTERIEN .......................................................................30 2.7 GENOMWEITE ASSOZIATIONSSTUDIE .............................................................................................. 33 2.7.1 QUANTITATIVE-TRAIT-LOCUS ................................................................................................... 33 2.7.2 REFERENZSEQUENZEN UND GWAS ....................................................................................... 34 3 MATERIAL UND METHODEN ................................................................................................................... 37 3.1 MATERIAL ..................................................................................................................................... 38 3.1.1 VERSUCHSTIERE .................................................................................................................... 38 3.1.2 LABORGERAETE ...................................................................................................................... 38 3.1.3 VERBRAUCHSMATERIALIEN ..................................................................................................... 39 3.1.4 CHEMIKALIEN ......................................................................................................................40 3.1.5 LOESUNGEN, PUFFER UND MEDIEN ......................................................................................... 41 3.1.6 KOMMERZIELLE REAGENZIENSYSTEME.................................................................................. 41 3.1.7 COMPUTER, EDV-PROGRAMME UND DATENBANKEN ............................................................. 42 3.2 METHODEN ................................................................................................................................. 45 3.2.1 EINGANGSUNTERSUCHUNG UND EXPERIMENTELLE INFEKTION ................................................... 45 3.2.2 PATHOLOGISCHE UNTERSUCHUNG ........................................................................................... 46 3.2.3 BAKTERIOLOGISCHE UNTERSUCHUNG ...................................................................................... 46 3.2.4 DNA-EXTRAKTION AUS EDTA-GERINNUNGSGEHEMMTEM BLUT ............................................... 46 3.2.5 BESTIMMUNG DER DNA-KONZENTRATION .............................................................................. 47 3.2.6 NEXT-GENERATION-SEQUENCING (SECOND-GENERATION-SEQUENCING) .................................. 47 3.2.7 BIOINFORMATIK .................................................................................................................... 53 3.2.8 BIOINFORMATIK - VARIANT-CALLING ........................................................................................ 53 3.2.9 QUALITAETSKONTROLLE DER VARIANTEN .................................................................................... 54 3.2.10 EFFEKTE DER VARIANTEN ...................................................................................................... 57 3.2.11 IMPUTATION ........................................................................................................................ 58 3.2.12 GENOMWEITE ASSOZIATIONSSTUDIE (GWAS) .......................................................... 58 3.2.13 POLYMERASE-KETTENREAKTION (POLYMERASE-CHAIN-REACTION, PCR) ................................... 59 3.2.14 AGAROSE-GELELEKTROPHORESE ............................................................................................ 61 3.2.15 SANGER-SEQUENZIERUNG..................................................................................................... 61 3.2.16 KOMPETITIVE ALLEISPEZIFISCHE PCR ..................................................................................... 62 4 ERGEBNISSE ........................................................................................ 64 4.1 PHAENOTYPEN DER VERSUCHSTIERE ................................................................................................ 64 4.2 GENOMWEITE SEQUENZIERUNG ................................................................................................... 68 4.3 GENOMWEITE ASSOZIATIONSSTUDIE ............................................................................................. 70 4.4 ANNOTATION UND KODIERENDE VARIANTEN ................................................................................... 75 4.5 KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHT ...................................................................................................... 89 4.6 UEBERPRUEFUNG DER MARKER INNERHALB EINER KOMMERZIELLEN POPULATION ................................... 93 5 DISKUSSION......................................................................................................................................... 94 5.1 PHAENOTYP .................................................................................................................................. 94 5.2 GENETISCHE RESISTENZ ............................................................................................................... 94 5.3 NEXT-GENERATION-SEQUENCING .................................................................................................. 95 5.4 SNPSAUFSSC2 ......................................................................................................................... 97 5.5 SNPSAUFSSC12 ....................................................................................................................... 98 5.6 SNPSAUFSSC15 ....................................................................................................................... 99 5.7 NUTZUNG DER SNPS ALS MARKER ................................................................................................ 100 5.8 FAZIT ........................................................................................................................................ 102 6 ZUSAMMENFASSUNG .......................................................................................................................... 104 7 SUMMARY .......................................................................................................................................... 106 8 LITERATURVERZEICHNIS ........................................................................................................................ 107 9 ANHANG ............................................................................................................................................. 131 9.1 PHAENOTYPEN ............................................................................................................................. 131 9.1.1 KLINIK ................................................................................................................................ 132 9.1.2 SEKTION - PATHOLOGIESCORE ............................................................................................... 133 9.1.3 ROES - ROENTGENSCORE ...................................................................................................... 134 9.1.4 SOS - SONOGRAFIESCORE ..................................................................................................... 135 9.1.5 RELSOL - REISOLATIONSSCORE .............................................................................................. 136 9.2 ABDECKUNG DER EINZELNEN SEQUENZIERTEN TIERE ..................................................................... 137 9.3 MANHATTAN-PLOTS ..................................................................................................................... 140 9.3.1 KLINIK - KLINIKSSCORE ......................................................................................................... 140 9.3.2 SEKTION - SEKTIONSSCORE................................................................................................... 142 9.3.3 ROES - ROENTGENSSCORE ..................................................................................................... 143 9.3.4 SOS - SONOGRAPHIESCORE .................................................................................................. 144 9.3.5 RELSOL - REISOLATIONSSCORE .............................................................................................. 145 9.4 VERWENDETE PRIMER ................................................................................................................ 146 9.4.1 SANGER-SEQUENZIERUNG.................................................................................................... 146 9.4.2 KASP-GENOTYPISIERUNG.................................................................................................... 147 9.5 PRINZIPALKOMPONENTENANALYSE DER EINGESETZTEN TIERE ......................................................... 148 9.6 PYTHON-SKRIPTE ........................................................................................................................ 149 9.6.1 SKRIPT, UM AUS DATEIEN IM VARIANT-CALL-FORMAT (.VCF) IN DAS PROGRAMM PLINK EINZULESEN 149 9.6.2 SKRIPT, UM AUS ASSOZIATIONSDATEIEN (.ASSOC) - ERSTELLT DURCH DAS PROGRAMM PLINK - MANHATTANPLOTS ZU ERSTELLEN .......................................................................................................... 150 9.6.3 SKRIPT, UM AUS ASSOZIATIONSDATEIEN (.ASSOC) - ERSTELLT DURCH DAS PROGRAMM PLINK - Q-Q- PLOTS ZU ERSTELLEN ............................................................................................................................ 152
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