Verfügbarkeit: Untersuchungen zur universell konservierten ATPase YchF als RNA-Bindeprotein und ihre Rolle in der zellulären Stressantwort

Untersuchungen zur universell konservierten ATPase YchF als RNA-Bindeprotein und ihre Rolle in der zellulären Stressantwort:

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Bibliographische Detailangaben
1. Verfasser:	Hiersemenzel, Anna Sophie (VerfasserIn)
Format:	Abschlussarbeit Buch
Sprache:	German
Veröffentlicht:	Freiburg im Breisgau 2018
Schlagworte:	Hochschulschrift
Online-Zugang:	Inhaltsverzeichnis Inhaltsverzeichnis
Beschreibung:	VII, 99 Seiten Illustrationen, Diagramme 30 cm

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adam_text	INHALTSVERZEICHNIS 1 ZUSAMMENFASSUNG ..................................................................................... 1 2 EINLEITUNG ....................................................................................................... 3 2.1 D IE ATP ASE Y CH F ................................................................................................................. 3 2.1.1 P-IOOP GTPASEN ...................................................................................................................... 3 2.1.2 YCHF ALS UNIVERSELL KONSERVIERTE GTPASE ............................................................................... 4 2.1.3 DIE STRUKTUR VON YCHF. ............................................................................................................ 5 2.2 Y CH F UND SEINE R OLLE IN E U - UND P ROKARYONTEN ................................................................ 7 2.2.1 YCHF UND SEINE ROLLE IN DER OXIDATIVEN STRESSANTWORT .......................................................... 8 2.3 O XIDATIVER S TRESS .............................................................................................................. 8 2.3.1 DAS OXYR-REGULON ................................................................................................................. 9 2.3.2 HYDROXYHARNSTOFF. ................................................................................................................ 11 2.4 Y CH F BEEINFLUSST MOEGLICHERWEISE DIE T RANSLATION ......................................................... 13 2.4.1 YCHF UND SEINE FUNKTION IN ABHAENGIGKEIT VON RIBOSOMEN ................................................ 13 2.4.2 YCHF UND SEINE FUNKTION IN ABHAENGIGKEIT VON NUKLEINSAEUREN ........................................... 14 3 ZIELSETZUNG .................................................................................................. 15 4 MATERIAL UND METHODEN ....................................................................... 17 4.1 M ATERIAL .......................................................................................................................... 17 4.1.1 FEINCHEMIKALIEN ................................................................................................................... 17 4.1.2 GERAETE UND MATERIALIEN .......................................................................................................18 4.1.3 ESCHERICHIA COLI STAEMME ..................................................................................................... 19 4.1.4 PLASMIDE .............................................................................................................................. 20 4.1.5 PRIMER ..................................................................................................................................22 4.1.6 ANTIBIOTIKA ...........................................................................................................................23 4.1.7 ANTIKOERPER ............................................................................................................................23 4.2 M OLEKULARBIOLOGISCHE M ETHODEN .................................................................................. 24 4.2.1 ANZUCHT UND WACHSTUMSBEDINGUNGEN ...............................................................................24 4.2.2 ISOLIERUNG VON DNA-PLASMIDEN UND GENOMISCHER DNA ..................................................... 24 4.2.3 SYNTHESE VON RNA ...............................................................................................................25 V 4.2.4 AGAROSE GELELEKTROPHORESE ................................................................................................ 25 4.2.5 ZELLAUFSCHLUSS...................................................................................................................... 25 4.2.6 PROTEINAUFREINIGUNG ............................................................................................................ 26 4.2. 7 SDS-POLYACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE............................................................................. 28 4.2.8 BANDENDOKUMENTATION MIT PAGE BLUE .............................................................................. 28 4.2.9 WESTERN TRANSFER ................................................................................................................ 29 4.2.10 POLYMERASE KETTENREAKTION ................................................................................................ 29 4.2.11 DNA-VERDAU MIT RESTRIKTIONSENZYMEN .............................................................................. 30 4.2.12 LIGATION VON DNA ................................................................................................................ 30 4.2.13 TRANSFORMATION VON PLASMIDEN ........................................................................................... 31 4.3 W ACHSTUMSANALYSEN ......................................................................................................31 4.3.1 SPOTASSAY ........................................................................................................................... 32 4.4 Z ELLLAENGENBESTIMMUNG VON E. COU .................................................................................. 33 4.5 A KTIVITAETS -A SSAYS ........................................................................................................... 33 4.5.1 A TPASE-AKTIVITAETS-ASSAY..................................................................................................... 33 4.5.2 KATALASE-AKTIVITAETS-ASSAY ................................................................................................... 34 4.6 T RYPTOPHAN -F LUORESZENZ ................................................................................................35 4.7 G RAPHIKEN UND D IAGRAMME .............................................................................................36 4.8 F EHLERANALYSE .................................................................................................................36 5 ERGEBNISSE ..................................................................................................... 37 5.1 U NTERSUCHUNGEN ZUR B INDUNG VON N UKLEINSAEUREN AN Y CH F ........................................... 37 5.1.1 YCHF BINDET RNA ................................................................................................................. 37 5.1.2 YCHF BINDET NICHT AN DNA ................................................................................................... 51 5.2 E FFEKTE VON H YDROXYHARNSTOFF AUF W ILDTYP UND Y CH F- DELETIERTE E. COLI Z ELLEN ............54 5.2.1 DER KNOCKOUT VON YCHF IN E. COLI ZEIGT EINE SIGNIFIKANTE RESISTENZ GEGENUEBER HYDROXYHARNSTOFF UNTER AEROBEN BEDINGUNGEN .................................................................55 5.2.2 HYDROXYHARNSTOFF ZEIGT KEINEN HEMMEFFEKT AUF ANAEROB WACHSENDE E. COLI ZELLEN ....... 56 5.2.3 THIOHARNSTOFF FUEHRT ZU EINEM BESSEREN UEBERLEBEN IM WILDTYP NACH BEHANDLUNG MIT HYDROXYHARNSTOFF. ...............................................................................................................58 5.2.4 HYDROXYHARNSTOFF INHIBIERT DIE ZELLTEILUNG IM WILDTYP ABER NICHT IM YCHF KNOCKOUT ........ 60 5.2.5 DIE ATPASE AKTIVITAET VON YCHF WIRD NICHT VON HYDROXYHARNSTOFF BEEINFLUSST .................... 63 5.2.6 DIE KATG-AKTIVITAET WIRD NICHT VON HYDROXYHARNSTOFF BEEINFLUSST ....................................... 64 5.2. 7 YCHF UEBEREXPRESSION FUEHRT ZU EINER REDUKTION VON KATG ................................................. 65 VI 5.2.8 DIE UEBEREXPRESSION VON YCHF HAT KEINEN EFFEKT AUF DEN LEXA-REPRESSOR ........................ 68 5.2.9 YCHF UEBEREXPRESSION FUEHRT ZU EINER HYPERSENSITIVITAET GEGENUEBER GYRASEINHIBITOREN 70 6 DISKUSSION .................................................................................................... 75 6.1 Y CH F ALS MOEGLICHES RNA-C HAPERON UND K AELTESCHOCKPROTEIN ........................................ 75 6.2 Y CH F ALS NEGATIVER R EGULATOR DER Z ELLANTWORT AUF R EPLIKATIONSHEMMUNG ................ 79 6.3 Y CH F UND SEINE R OLLE ALS R EGULATOR DES PROGRAMMIERTEN Z ELLTODS .............................. 84 6.4 A USBLICK .......................................................................................................................... 85 7 LITERATURVERZEICHNIS............................................................................. 87 8 ABKUERZUNGEN ............................................................................................ 95 9 DANKSAGUNG ............................................................................................... 99 VII
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