Vergleichende Untersuchungen zur Speziesdifferenzierung und –identifizierung von Cronobacter-Isolaten verschiedener Herkunft:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Gießen, Lahn
VVB Laufersweiler Verlag
2017
|
| Schriftenreihe: | Edition Scientifique
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | 160 Seiten 21 cm x 14.6 cm, 210 g |
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| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS....................................................................................................................I
TABELLENVERZEICHNIS..............................................................................................................IV
ABBILDUNGSVERZEICHNIS.......................................................................................................
VII
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS.....................................................................................................VIII
1
EINLEITUNG.................................................................................................
1
2
LITERATURUEBERSICHT............................................................................3
2.1 CRONOBACTER
SPP................................................................................................
3
2.1.1 TAXONOMIE UND
NOMENKLATUR............................................................................3
2.1.2 MORPHOLOGIE, KULTURELLE UND BIOCHEMISCHE EIGENSCHAFTEN
...............................
6
2.1.3 BIOFILMBILDUNG UND
TENAZITAET...........................................................................7
2.1.4 PATHOGENITAETSMECHANISMEN UND VIRULENZFAKTOREN
...........................................
8
2.1.5 VORKOMMEN VON CRONOBACTER
SPP.................................................................. 10
2.1.5.1 VORKOMMEN IN DER UMWELT UND IN
LEBENSMITTELN...........................................10
2.1.5.2 VORKOMMEN IN
SAEUGLINGSNAHRUNGSMITTELN.......................................................12
2.1.6 KLINISCHE
BEDEUTUNG........................................................................................16
2.1.7 RECHTLICHE
EINORDNUNG....................................................................................
17
2.1.8 NACHWEIS UND IDENTIFIZIERUNG VON CRONOBACTER
SPP.......................................18
2.1.8.1 KULTURELLER NACHWEIS VON CRONOBACTER
SPP.....................................................18
2.1.8.2 IDENTIFIZIERUNG VON CRONOBACTER SPP. MITTELS API 20 E / ID 32 E
TESTSYSTEMEN..................................................................................................
22
2.1.8.3 IDENTIFIZIERUNG UND DIFFERENZIERUNG MITTELS MALDI-TOP MS
......................
23
2.1.8.4 BIOTYPISIERUNG UND BIOCHEMISCHE EIGENSCHAFTEN
...........................................
24
2.1.8.5 PCR-NACHWEIS VON CRONOBACTER
SPP..............................................................28
2.1.8.5.1 IDENTIFIZIERUNG VON CRONOBACTER SPP. AUF GENUSEBENE
..................................
28
2.1.8.5.2 DIFFERENZIERUNG VON CRONOBACTER SPP. AUF SPEZIESEBENE
...............................
29
2.1.8.5.3 KOMMERZIELLE PCR-METHODEN
........................................................................
30
2.1.8.6 GENOTYPISIERUNGSMETHODEN
.............................................................................
30
2.1.8.6.1
SEQUENZANALYSE................................................................................................30
2.1.8.6.2 MULTILOKUS-SEQUENZTYPISIERUNG (MLST)
........................................................
31
2.1.8.6.3 PULSFELD-GELELEKTROPHORESE
(PFGE).................................................................33
3 MATERIAL UND
METHODEN................................................................35
3.1
MATERIALIEN......................................................................................................
35
3.1.1
PROBENMATERIAL................................................................................................
35
3.1.2 CHEMIKALIEN, NAEHRMEDIEN UND
REAGENZIEN....................................................37
3.1.3 LABORGERAETE UND
VERBRAUCHSMATERIALIEN.........................................................39
3.1.4 BAKTERIEN-TYP- BZW.
REFERENZSTAEMME............................................................43
3.2
METHODEN..........................................................................................................44
3.2.1 KONSERVIERUNG UND LAGERUNG DER
ISOLATE........................................................44
3.2.2 IDENTIFIZIERUNG MITTELS MALDI-TOF M S
.......................................................44
3.2.3 BIOCHEMISCHE
CHARAKTERISIERUNG.....................................................................46
3.2.4 MOLEKULARBIOLOGISCHE
CHARAKTERISIERUNG........................................................51
3.2.4.1 EXTRAKTION DER BAKTERIELLEN
DNA.....................................................................51
3.2.4.2 ANSETZEN DER GEBRAUCHSFERTIGEN PRIMER
..........................................................
52
3.2.4.3 DURCHFUEHRUNG DER POLYMERASE-KETTENREAKTION (PCR)
....................................
54
3.2.4.4 GELELEKTROPHORESE UND OPTISCHE DARSTELLUNG DER PCR-PRODUKTE
.....................
56
3.2.5 SEQUENZANALYSE DES
R/?OB-GENS......................................................................57
3.2.5.1 PRIMER ZUR AMPLIFIKATION DES
R/?OB-GENS........................................................59
3.2.5.2 DURCHFUEHRUNG DER
PCR.....................................................................................59
3.2.5.3 REINIGUNG DER
DNA-AMPLIFIKATE.....................................................................60
3.2.5.4 SEQUENZIERUNG UND AUSWERTUNG DER
DNA-AMPLIFIKATE..................................61
3.2.6 MULTILOKUS-SEQUENZTYPISIERUNG
(MLST)........................................................61
3.2.6.1 PRIMER ZUR AMPLIFIKATION UND SEQUENZIERUNG DER SIEBEN
HOUSEKEEPING-GENE VON CRONOBACTER
SPP......................................................61
3.2.6.2 DURCHFUEHRUNG DER
PCR.....................................................................................63
3.2.6.3 REINIGUNG DER
DNA-AMPLIFIKATE.....................................................................64
3.2.6.4 SEQUENZIERUNG UND AUSWERTUNG DER
DNA-AMPLIFIKATE..................................64
3.2.7 MAKRORESTRIKTIONSANALYSE VON CRONOBACTER SPP
.............................................
65
3.2.7.1 VORBEREITUNG DER
MAKRORESTRIKTIONSANALYSE.....................................................66
3.2.7.2 GELELEKTROPHORESE UND OPTISCHE DARSTELLUNG DER DNA-FRAGMENTE
.................
67
4
ERGEBNISSE...............................................................................................69
4.1 ERGEBNISSE DER MALDI-TOF M S
....................................................................69
4.2 ERGEBNISSE DER BIOCHEMISCHEN
CHARAKTERISIERUNG...........................................69
4.3 ERGEBNISSE DER SPEZIES-SPEZIFISCHEN PCR UNTER VERWENDUNG DES
ZPOB-GENS.......................................................................................................72
4.4 GEGENUEBERSTELLUNG DER IDENTIFIZIERUNGSERGEBNISSE DER BIOCHEMISCHEN
UNTERSUCHUNGEN UND DER SPEZIES-SPEZIFISCHEN PCR
......................................
76
4.5 ERGEBNISSE DER SEQUENZANALYSE DES
R^OB-GENS..............................................76
4.6 GEGENUEBERSTELLUNG DER IDENTIFIZIERUNGSERGEBNISSE DER BIOCHEMISCHEN
UNTERSUCHUNGEN, DER SPEZIES-SPEZIFISCHEN PCR UND DER PARTIELLEN
TPOB-GEN
SEQUENZANALYSE...............................................................................79
4.7 ERGEBNISSE DER
MLST......................................................................................81
4.8 ERGEBNISSE DER
MAKRORESTRIKTIONSANALYSE........................................................83
5
DISKUSSION................................................................................................92
5.1 IDENTIFIZIERUNG MITTELS MALDI-TOF M S
........................................................
93
5.2 BIOCHEMISCHE
CHARAKTERISIERUNG.....................................................................95
5.3 MOLEKULARBIOLOGISCHE
CHARAKTERISIERUNG........................................................96
5.4 SEQUENZANALYSE DES
R/?OB-GENS......................................................................97
5.5 MULTILOKUS-SEQUENZTYPISIERUNG
(MLST)........................................................99
5.6
MAKRORESTRIKTIONSANALYSE..............................................................................101
5.7
SCHLUSSFOLGERUNG...........................................................................................
103
6
ZUSAMMENFASSUNG............................................................................106
7
SUMMARY..................................................................................................
109
8
LITERATURVERZEICHNIS...................................................................112
9
ANHANG.....................................................................................................132
|
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