Holdings: Bioinformatische Methoden zur Identifizierung und Klassifizierung somatischer Mutationen in hämatologischen Erkrankungen

Bioinformatische Methoden zur Identifizierung und Klassifizierung somatischer Mutationen in hämatologischen Erkrankungen: = Bioinformatics approaches for the detection and classification of somatic mutations in hematological malignancies

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Bibliographic Details
Main Author:	Pischimarov, Jordan Ivanov ca. 21. Jh (Author)
Format:	Thesis Book
Language:	German
Published:	Würzburg 2016
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adam_text	BIOINFORMATISCHE METHODEN ZUR IDENTIFIZIERUNG UND KLASSIFIZIERUNG SOMATISCHER MUTATIONEN IN HAEMATOLOGISCHEN ERKRANKUNGEN BIOINFORMATICS APPROACHES FOR THE DETECTION AND CLASSIFICATION OF SOMATIC MUTATIONS IN HEMATOLOGICAL MALIGNANCIES DISSERTATION ZUR ERLANGUNG DES NATURWISSENSCHAFTLICHEN DOKTORGRADES DER JULIUS-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET WUERZBURG VORGELEGT VON JORDAN IVANOV PISCHIMAROV AUS SOFIA (BULGARIEN) WUERZBURG 2016 INHALTSVERZEICHNIS ERKLAERUNGEN NACH §4 ABS. 3 SATZ 3, 5, 8 DER PROMOTIONSORDNUNG DER FAKULTAET FUER BIOLOGIE EIDESSTATTLICHE ERKLAERUNG.......................................................................................................... AFFIDAVIT...................................................................................................................................... DANKSAGUNG.................................................................................................................................... 1 ZUSAMMENFASSUNG...................................................................................................................... 2 SUM M ARY..................................................................................................................................... 3 EINLEITUNG.................................................................................................................................... 3.1 M UTATIONEN........................................................................................................................... 3.2 B-ZELL R EIFUNG.................................................................................................................... 3.3 ENTARTUNG DER B-ZELLEN....................................................................................................... 3.4 HAEMATOLOGISCHE NEOPLASIEN............................................................................................... 3.4.1 MULTIPLES M YELOM ....................................................................................................... 3.4.2 FOLLIKULAERES LYM PHOM ................................................................................................ 3.4.3 BURKITT LYM PHOM......................................................................................................... 3.5 GENOM SEQUENZIERUNG........................................................................................................ 3.5.1 SEQUENZIERUNGSPLATTFORMEN........................................................................................ 3.5.2 APPLIKATIONEN............................................................................................................... 3.5.3 GEZIELTE RESEQUENZIERUNG........................................................................................... 3.6 ANALYSE VON ILLUMINA N GS-DATEN..................................................................................... 3.6.1 IDENTIFIZIERUNG DER BASEN............................................................................................. 3.6.2 BEWERTUNG DER BASEN.................................................................................................... 3.6.3 ZUORDNUNG DER READS IM REFERENZGENOM ................................................................. 3.6.4 IDENTIFIZIERUNG DER MUTATIONEN.................................................................................... 3.6.5 FILTERUNG UND ANNOTATION............................................................................................. 3.6.6 FUNKTIONELLE VORHERSAGEN............................................................................................ 4 ZIEL DER A RBEIT............................................................................................................................ 5 MATERIAL UND M ETHODEN............................................................................................................. 5.1 NEXT GENERATION SEQUENCING.............................................................................................. 5.1.1 EXOM-EXTRAKTION-KIT.................................................................................................... 5.1.2 NGS-DATEN ZUM MULTIPLE M YELOM . ........................................................................... 5.1.3 NGS-DATEN ZUM FOLLIKULAERES LYMPHOM ................................................................... 5.1.4 NGS-DATEN ZUM BURKITT LYM PHOM ................................... ....................................... 5.2 SOFTWAREPROGRAMME............................................................................................................ ...I ...I ...I . II ..6 ..8 ..9 ..9 12 15 17 17 19 20 21 23 29 31 33 35 37 41 45 47 50 52 53 53 53 54 56 56 57 5.3 BEWERTUNG DER BASENIDENTIFIZIERUNG ..................................................................................... 58 5.4 BEWERTUNG DES ALIGNMENTS UND DER A BDECKUNG.................................................................. 60 5.5 BEWERTUNG DER MUTATIONSIDENTIFIZIERUNG..............................................................................64 5.6 FILTERUNG UND ANNOTATION........................................................................................................66 5.7 BIOLOGISCHE INTERPRETATION.......................................................................................................69 6 ERGEBNISSE....................................................................................................................................... 71 6.1 KOMPARATIVE ANALYSE DER SOFTWAREPROGRAMME...................................................................71 6.1.1 VERGLEICH DER SOFTWARE ZUR BASENIDENTIFIZIERUNG....................................................... 71 6.1.2 SELEKTION DER SOFTWARE ZUR ALIGNMENT GENERIERUNG..................................................... 73 6.1.3 VERGLEICH DER SOFTWARE ZUR MUTATIONSIDENTIFIZIERUNG..................................................75 6.2 PIPELINE ENTWICKLUNG ZUR IDENTIFIZIERUNG VON MUTATIONEN.................................................77 6.3 WEITERE ENTWICKLUNGEN...........................................................................................................78 6.3.1 ENTWICKLUNG DES GENEMAPPING SKRIPTS ......................................................................... 78 6.3.2 ENTWICKLUNG DES HEATMAP SKRIPTS................................................................................. 80 6.3.3 ENTWICKLUNG DES UNCONREG SKRIPTS................................................................................81 6.4 ERGEBNISSE DER ANALYSIERTEN NGS-PROJEKTE .......................................................................... 85 6.4.1 ERGEBNISSE ZUM MULTIPLEN M YELOM ...............................................................................85 6.4.2 ERGEBNISSE ZUM FOLLIKULAEREN LYMPHOM........................................................................ 94 6.4.3 ERGEBNISSE ZUM BURKITT LYMPHOM.................................................................................96 6.4.4 KOMPARATIVE ANALYSE DER UNBEACHTETEN REGIONEN....................................................... 98 7 DISKUSSION.....................................................................................................................................102 7.1 PRIMAERE ANALYSE.....................................................................................................................102 7.2 SEKUNDAERE ANALYSE................................................................................................................ 107 7.3 A USBLICK................................................................................................................................. 111 8 LITERATURVERZEICHNIS........................................................................................ 113 9 A NHANG.......................................................................................................................................... 120 9.1 SKRIPTE.....................................................................................................................................120 9.1.1 ENTWICKELTE PIPELINE ZUR IDENTIFIZIERUNG SOMATISCHER MUTATIONEN ........................... 120 9.1.2 GENEMAPPING.................................................................................................................. 133 9.1.3 HEATMAP ........... ................................................................................................................139 9.1.4 UNBEACHTETE 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