Bioinformatische Methoden zur Identifizierung und Klassifizierung somatischer Mutationen in hämatologischen Erkrankungen: = Bioinformatics approaches for the detection and classification of somatic mutations in hematological malignancies
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Würzburg
2016
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| adam_text | BIOINFORMATISCHE METHODEN ZUR IDENTIFIZIERUNG UND KLASSIFIZIERUNG
SOMATISCHER MUTATIONEN IN HAEMATOLOGISCHEN ERKRANKUNGEN
BIOINFORMATICS APPROACHES FOR THE DETECTION AND CLASSIFICATION OF
SOMATIC
MUTATIONS IN HEMATOLOGICAL MALIGNANCIES
DISSERTATION ZUR ERLANGUNG DES
NATURWISSENSCHAFTLICHEN DOKTORGRADES
DER JULIUS-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET WUERZBURG
VORGELEGT VON
JORDAN IVANOV PISCHIMAROV
AUS
SOFIA (BULGARIEN)
WUERZBURG 2016
INHALTSVERZEICHNIS
ERKLAERUNGEN NACH §4 ABS. 3 SATZ 3, 5, 8 DER PROMOTIONSORDNUNG DER
FAKULTAET FUER BIOLOGIE
EIDESSTATTLICHE
ERKLAERUNG..........................................................................................................
AFFIDAVIT......................................................................................................................................
DANKSAGUNG....................................................................................................................................
1
ZUSAMMENFASSUNG......................................................................................................................
2 SUM M
ARY.....................................................................................................................................
3
EINLEITUNG....................................................................................................................................
3.1 M
UTATIONEN...........................................................................................................................
3.2 B-ZELL R
EIFUNG....................................................................................................................
3.3 ENTARTUNG DER
B-ZELLEN.......................................................................................................
3.4 HAEMATOLOGISCHE
NEOPLASIEN...............................................................................................
3.4.1 MULTIPLES M YELOM
.......................................................................................................
3.4.2 FOLLIKULAERES LYM PHOM
................................................................................................
3.4.3 BURKITT LYM
PHOM.........................................................................................................
3.5 GENOM
SEQUENZIERUNG........................................................................................................
3.5.1
SEQUENZIERUNGSPLATTFORMEN........................................................................................
3.5.2
APPLIKATIONEN...............................................................................................................
3.5.3 GEZIELTE
RESEQUENZIERUNG...........................................................................................
3.6 ANALYSE VON ILLUMINA N
GS-DATEN.....................................................................................
3.6.1 IDENTIFIZIERUNG DER
BASEN.............................................................................................
3.6.2 BEWERTUNG DER
BASEN....................................................................................................
3.6.3 ZUORDNUNG DER READS IM REFERENZGENOM
.................................................................
3.6.4 IDENTIFIZIERUNG DER
MUTATIONEN....................................................................................
3.6.5 FILTERUNG UND
ANNOTATION.............................................................................................
3.6.6 FUNKTIONELLE
VORHERSAGEN............................................................................................
4 ZIEL DER A
RBEIT............................................................................................................................
5 MATERIAL UND M
ETHODEN.............................................................................................................
5.1 NEXT GENERATION
SEQUENCING..............................................................................................
5.1.1
EXOM-EXTRAKTION-KIT....................................................................................................
5.1.2 NGS-DATEN ZUM MULTIPLE M YELOM
.
...........................................................................
5.1.3 NGS-DATEN ZUM FOLLIKULAERES LYMPHOM
...................................................................
5.1.4 NGS-DATEN ZUM BURKITT LYM PHOM
...................................
.......................................
5.2
SOFTWAREPROGRAMME............................................................................................................
...I
...I
...I
. II
..6
..8
..9
..9
12
15
17
17
19
20
21
23
29
31
33
35
37
41
45
47
50
52
53
53
53
54
56
56
57
5.3 BEWERTUNG DER BASENIDENTIFIZIERUNG
.....................................................................................
58
5.4 BEWERTUNG DES
ALIGNMENTS UND DER A
BDECKUNG..................................................................
60
5.5 BEWERTUNG DER
MUTATIONSIDENTIFIZIERUNG..............................................................................64
5.6 FILTERUNG UND
ANNOTATION........................................................................................................66
5.7 BIOLOGISCHE
INTERPRETATION.......................................................................................................69
6
ERGEBNISSE.......................................................................................................................................
71
6.1 KOMPARATIVE ANALYSE DER
SOFTWAREPROGRAMME...................................................................71
6.1.1 VERGLEICH DER SOFTWARE ZUR
BASENIDENTIFIZIERUNG.......................................................
71
6.1.2 SELEKTION DER SOFTWARE ZUR
ALIGNMENT
GENERIERUNG..................................................... 73
6.1.3 VERGLEICH DER SOFTWARE ZUR
MUTATIONSIDENTIFIZIERUNG..................................................75
6.2 PIPELINE ENTWICKLUNG ZUR IDENTIFIZIERUNG VON
MUTATIONEN.................................................77
6.3 WEITERE
ENTWICKLUNGEN...........................................................................................................78
6.3.1 ENTWICKLUNG DES GENEMAPPING SKRIPTS
.........................................................................
78
6.3.2 ENTWICKLUNG DES HEATMAP
SKRIPTS.................................................................................
80
6.3.3 ENTWICKLUNG DES UNCONREG
SKRIPTS................................................................................81
6.4 ERGEBNISSE DER ANALYSIERTEN NGS-PROJEKTE
..........................................................................
85
6.4.1 ERGEBNISSE ZUM MULTIPLEN M YELOM
...............................................................................85
6.4.2 ERGEBNISSE ZUM FOLLIKULAEREN
LYMPHOM........................................................................
94
6.4.3 ERGEBNISSE ZUM BURKITT
LYMPHOM.................................................................................96
6.4.4 KOMPARATIVE ANALYSE DER UNBEACHTETEN
REGIONEN....................................................... 98
7
DISKUSSION.....................................................................................................................................102
7.1 PRIMAERE
ANALYSE.....................................................................................................................102
7.2 SEKUNDAERE
ANALYSE................................................................................................................
107
7.3 A
USBLICK.................................................................................................................................
111
8
LITERATURVERZEICHNIS........................................................................................
113
9 A
NHANG..........................................................................................................................................
120
9.1
SKRIPTE.....................................................................................................................................120
9.1.1 ENTWICKELTE PIPELINE ZUR IDENTIFIZIERUNG SOMATISCHER MUTATIONEN
...........................
120
9.1.2
GENEMAPPING..................................................................................................................
133
9.1.3 HEATMAP
...........
................................................................................................................139
9.1.4 UNBEACHTETE
REGIONEN...................................................................................................
149
9.2
ABBILDUNGSVERZEICHNIS..........................................................................................................163
9.3
TABELLENVERZEICHNIS..............................................................................................................
165
9.4 FORMELVERZEICHNIS
.......................................................................
166
9.5
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS.........................................................................................................167
9.6 PUBLIKATIONEN UND P
OSTER..................................................................................................
169
9.6.1 IM RAHMEN DIESER ARBEIT VEROEFFENTLICHTE PUBLIKATIONEN
..........................................
169
9.6.2 BEREITS VEROEFFENTLICHTE
PUBLIKATIONEN..........................................................................170
9.6.3 IM RAHMEN DIESER ARBEIT VEROEFFENTLICHTE POSTER
.......................................................
170
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| title_full | Bioinformatische Methoden zur Identifizierung und Klassifizierung somatischer Mutationen in hämatologischen Erkrankungen = Bioinformatics approaches for the detection and classification of somatic mutations in hematological malignancies vorgelegt von Jordan Ivanov Pischimarov aus Sofia (Bulgarien) |
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| title_short | Bioinformatische Methoden zur Identifizierung und Klassifizierung somatischer Mutationen in hämatologischen Erkrankungen |
| title_sort | bioinformatische methoden zur identifizierung und klassifizierung somatischer mutationen in hamatologischen erkrankungen bioinformatics approaches for the detection and classification of somatic mutations in hematological malignancies |
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