Targeting MYC function as a strategy for tumor therapy: = Hemmung der MYC-Funktion als Strategie für die zielgerichtetete Tumortherapie
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Würzburg
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TARGETING MYC FUNCTION AS A STRATEGY FOR TUMOR
THERAPY
HEMMUNG DER MYC-FUNKTION ALS STRATEGIE FUER DIE ZIELGERICHTETE
TUMORTHERAPIE
DOCTORAL THESIS
FOR A DOCTORAL DEGREE
AT THE GRADUATE SCHOOL OF LIFE SCIENCES,
JULIUS-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET WUERZBURG, SECTION BIOMEDICINE
SUBMITTED BY
LISA ANNA JUNG
FROM FRANKFURT AM MAIN
WUERZBURG 2016
TABLE OF CONTENTS
1
INTRODUCTION.1
1.1 FROM CYTOTOXIC AGENTS TO TARGETED MOLECULAR CANCER THERAPY
.
1
1.2 THE ONCOGENIC TRANSCRIPTION FACTOR
MYC.3
1.3 OBJECTIVES OF THE THESIS.
.
23
2
MATERIALS.24
2.1 PRIMERS AND
PLASMIDS.24
2.2
CHEMICALS.
27
2.3 BUFFERS AND
SOLUTIONS.
27
2.4 CRYSTALLIZATION
SCREENS.32
2.5 STRAINS AND CELL
LINES.32
2.6
INHIBITORS.34
2.7 STANDARDS, ENZYMES AND
KITS.
35
2.8 ANTIBODIES AND SERA. 36
2.9 CONSUMABLES. 37
2.10
EQUIPMENT.
37
2.11 SOFTWARE, DATABASES AND ONLINE
PROGRAMS.
39
3
METHODS.
42
3.1 MOLECULAR BIOLOGY
METHODS. 42
3.2 CELL BIOLOGY
METHODS.
51
3.3 PROTEIN BIOCHEMISTRY
METHODS.
.57
4
RESULTS.74
4.1 OMOMYC FORMS A STABLE HOMODIMER THAT STRONGLY BINDS TO
DNA.74
4.2 OMOMYC ATTENUATES PROMOTER INVASION BY ONCOGENIC M Y C
.
.
.
90
4.3 OMOMYC ATTENUATES GENE REGULATION BY ONCOGENIC MYC
.
95
4.4 OMOMYC-REGULATED GENES IDENTIFY MULTIPLE MYC-DRIVEN TUMORS AND
COMPRISE KEY TARGETS THAT
INTERFERE WITH TUMOR CELL
GROWTH.
100
5
DISCUSSION.107
5.1 THE OMOMYC HOMODIMER BINDS E-BOX CONTAINING DNA WITH HIGH AFFINITY
IN VITRO
.
107
5.2 OMOMYC HOMODIMERS ARE HIGHLY STABLE AND BIND E-BOXES IN A
SEQUENCE-SPECIFIC M ANNER. 108
5.3 OMOMYC HOMODIMERS ARE PREDOMINANTLY FOUND IN
CELLS.110
5.4 PROMOTER INVASION BY ELEVATED MYC LEVELS IS ABROGATED BY OMOMYC
EXPRESSION
.
I L L
5.5 OMOMYC DIMINISHES GENE REGULATION BY ONCOGENIC MYC ENABLING THE
IDENTIFICATION OF TUMORS
WITH ELEVATED MYC
LEVELS.113
5.6 THE ROLE OF HOMODIMERS IN OMOMYC*S MODE OF ACTION
.
115
5.7 INDIVIDUAL OMOMYC TARGET GENES DRIVE TUMOR CELL GROW
TH.116
5.8 TRANSLATING KNOWLEDGE ABOUT OMOMYC*S MODE OF ACTION INTO THERAPEUTIC
CONCEPTS
.
118
6
BIBLIOGRAPHY.121
7
APPENDIX.
144
7.1
ABBREVIATIONS.144
7.2 ADDITIONAL
TABLES.
151
7.3
ACKNOWLEDGEMENTS.
156
7.4
PUBLICATIONS.
157
7.5
AFFIDAVIT.
158
7.6 CURRICULUM
VITAE.
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