Prävalenz, Diversität und Stressantwort von Vibrio parahaemolyticus:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Berlin
Mensch und Buch Verl.
2014 [erschienen] 2015
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| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
ABBILDUNGSVERZEICHNIS IV
T ABELLENVERZEICHNIS V
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS VII
1 EINLEITUNG 1
1.1 HISTORIE 1
1.2 TAXONOMLE 2
1.3 EIGENSCHAFTEN VON V. PARAHAEMOLYTICUS 2
1.4 VORKOMMEN UND BEDEUTUNG VON V. PARAHAEMOLYTICUS 3
1.4.1 VORKOMMEN 3
1.4.2 HABITATE 5
1.4.3 VEKTOREN ZUR VERBREITUNG VON V. PARAHAEMOLYTICUS 5
1.4.4 V. PARAHAEMOLYTICUS IN LEBENSMITTELN 6
1.5 STRESSANTWORT 7
1.5.1 STRESSSENSOREN UND REGULATOREN 8
1.5.2 STRESS IN DER UMWELT 10
1.5.2.1 OSMOTISCHER STRESS 10
1.5.2.2 KAELTESTRESS 14
1.5.2.3 VBNC-ZUSTAND 18
1.5.2.4 HITZESTRESS 18
1.5.2.5 OXIDATIVER STRESS 20
1.5.3 STRESS IM MENSCHEN 21
1.5.3.1 HITZESTRESS 21
1.5.3.2 SAEURESTRESS 21
1.5.3.3 STRESS DURCH GALLENSAEUREN, ANTIMIKROBIELLE PEPTIDE UND
DETERGENZIEN 24
1.5.3.4 EISEN-MANGEL 25
1.5.3.5 OSMOTISCHER STRESS 26
1.5.4 KREUZPROTEKTION UND ADAPTATION 27
1.6 KLINIK VON V. PARAHAEMOLYTLCUS- NIEKI ONEN 28
1.7 PATHOGENLTAETSFAKTOREN VON V. PARAHAEMOLYTICUS 29
1.7.1 SURFACE-SENSING 29
1.7.2 BIOFILM-BILDUNG 30
1.7.3 ADHAESINE 31
1.7.4 INVASIONSFAKTOREN 31
1.7.5 QUORUM-SENSING 32
1.7.6 PHASEN-VARIATIONEN UND KAPSEL 32
1.7.7 EISEN-AKQUIRIERUNG 33
1.7.8 ENDOTOXINE 34
1.7.9 EXOTOXINE 34
1.7.10 TYP III SEKRETIONSSYSTEME 36
1.7.11 TYP VI SEKRETIONSSYSTEME 37
1.7.12 ENTSTEHUNG NEUER PATHOGENER STAEMME DURCH TRANSFER GENETISCHER
ELEMENTE 38
1.7.13 DETEKTION VON PATHOGENITAETSFAKTOREN 39
1.8 MOLEKULARE TYPISIERUNG VON V. PARAHAEMOLYTICUS 40
1.8.1 MULTI-LOCUS-SEQUENZ-TYPISIERUNG 41
1.8.1.1 MULTI-LOCUS-SEQUENZ-TYPISIERUNG BEI V. PARAHAEMOLYTICUS 42
1.8.2 AMINOSAEURE-MLST 44
I
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INHALTSVERZEICHNIS
1.9 ZIEL DER ARBELT 44
2 MATERIAL UND METHODEN 46
2.1 MATERIAL 46
2.1.1 GERAETE 46
2.1.2 VERBRAUOHSGUETER 46
2.1.3 CHEMIKALIEN, REAGENZIEN UND PUFFER 47
2.1.4 KITS 48
2.1.5 SOFTWARE, DATENBANKEN UND WEBSERVICES 48
2.1.6 VERWENDETE STAEMME 49
2.2 METHODEN 49
2.2.1 BAKTERIENKULTUR UND STAMMHALTUNG 49
2.2.2 BESTIMMUNG DER ZELLZAHL UND OPTISCHEN DICHTE 50
2.2.3 ISOLATION UND DETEKTION VON V. PARAHAEMOLYTICUS AUS LEBENSMITTEL-
UND UMWELTPROBEN .. 50
2.2.3.1 PCR ZUR DETEKTION VON VIBRIO SPP 51
2.2.3.3 PCR ZUR DETEKTION DER VIRULENZGENE VON V. PARAHAEMOLYTICUS 52
2.2.3.4 KONTROLLE DER PCR-PRODUKTE 52
2.2.4 MLST-ANALYSE 52
2.2.4.1 MLST-PCR 53
2.2.4.2 ZUWEISUNG DER ALLELE UND SEQUENZTYPEN 54
2.2.4.3 AMINOSAEURE-MLST 55
2.2.4.4 ANALYSE DER DATEN 55
2.2.5 GENEXPRESSIONSANALYSE 56
2.2.5.1 VORKULTUR 56
2.2.5.2 STRESSBEDINGUNGEN 56
2.2.5.3 ISOLIERUNG DER RNA 56
2.2.5.4 QUALITAETSKONTROLLE DER RNA 57
2.2.5.5 MICROARRAY 57
2.2.5.6 REVERSE TRANSKRIPTASE QUANTITATIVE PCR (RT-QPCR) 60
2.2.5.7 KORRELATION GENEXPRESSION MICROARRAY UND RT-QPCR 60
3 ERGEBNISSE 62
3.1 VIBRIO SPP. UND V. PARAHAEMOLYTICUS IN LEBENSMITTELN 62
3.2 MLST-ANALYSE 63
3.2.1 DIVERSITAET DER STAMMSAMMLUNG 63
3.2.2 GENOTYPISCHE STAMMDIVERSITAET UND POPULATIONSANALYSE 63
3.2.2.1 DIVERSITAET DER SEQUENZTYPEN 64
3.2.2.2 DIVERSITAET DER PEPTID-SEQUENZTYPEN 65
3.2.2.3 PEPTID-SEQUENZTYPEN DER PUBMLST-STAEMME 67
3.2.2.4 VERGLEICH DES MLST- UND AA-MLST-SCHEMAS 67
3.2.3 KLONALE BEZIEHUNGEN ZWISCHEN DEN IFH-STAEMMEN UND INNERHALB DER
GEOGRAPHISCHEN
STAMM-GRUPPEN 68
3.2.3.1 ANALYSE DER IFH-STAEMME 69
3.2.3.2 STAEMME DER GEOGRAPHISCHEN GRUPPEN 73
3.2.4 PHYLOGENETISCHE ANALYSE 75
3.3 GENEXPRESSION 77
3.3.1 AUSBEUTE UND QUALITAET DER RNA 77
3.3.2 QUALITAET DER MICROARRAYS UND AEHNLICHKEIT DER REPLIKATE 78
3.3.3 KORRELATION RT-QPCR UND MICROARRAY 79
3.3.4 AUSWAHL DER REFERENZTEMPERATUR 79
3.3.5 DATEN DER NORMALISIERTEN EXPRESSIONSUNTERSCHIEDE 81
II
INHALTSVERZEICHNIS
3.3.6 TEMPERATURINDUZIERTE EXPRESSIONSUNTERSCHIEDE 81
3.3.7 VERGLEICH DER GENEXPRESSION BEI 4 C, 15 C, 20 C UND 42 C 83
3.3.8 GENEXPRESSION BEI DEN VERSCHIEDENEN TEMPERATUREN 84
3.3.8.1 GENEXPRESSION BEI 4 C UND 15 C 84
3.3.8.2 GENEXPRESSION BEI 20 C 86
3.3.8.3 GENEXPRESSION BEI 42 C 87
3.3.9 GEGENSAETZLICHE EXPRESSION VON GENEN BEI HITZE UND KAELTE 89
3.3.10 IDENTIFIKATION VON DIFFERENTIELL REGULIERTEN PROZESSEN 89
3.3.10.1 DAVID-ANATYSE 90
3.3.11 TEMPERATURINDUZIERTE KREUZPROTEKTION 91
3.3.12 TEMPERATURABHAENGIGE EXPRESSION VON VIRULENZ-GENEN 92
4 DISKUSSION 94
4.1 VIBRIO SPP. UND V. PARAHAEMOLYTICUS IN LEBENSMITTELN 94
4.2 MLST-ANALYSE 95
4.2.1 DIVERSITAET DER STAMMSAMMLUNG 95
4.2.2 SEQUENZIERUNG DER GYRB- UND RECA-FRAGMENTE 95
4.2.3 DIVERSITAET DER SEQUENZTYPEN UND PEPTID-SEQUENZTYPEN 96
4.2.3.1 REINIGENDE SELEKTION FUEHRT ZU EINER VERRINGERTEN
PEPTID-SEQUENZTYP-DIVERSITAET 96
4.2.3.2 VERBREITUNG VON SEQUENZTYPEN UND PEPTID-SEQUENZTYPEN 97
4.2.4 POPULATIONSSTRUKTUR VON V. PARAHAEMOLYTICUS 99
4.2.4.1 KLONALE BEZIEHUNGEN DER ISOLATE 100
4.2.5 GEOGRAPHISCHE CLUSTER IM UPGMA 101
4.2.6 UEBEREINSTIMMUNG DER ALLEL- UND SEQUENZBASIERTEN ANALYSEN 101
4.3 GENEXPRESSION 102
4.3.1 AUSWAHL DER REFERENZTEMPERATUR 102
4.3.2 UEBEREINSTIMMUNG VON MICROARRAY UND RT-QPCR 103
4.3.3 GENEXPRESSION BEI KAELTESTRESS 103
4.3.3.1 KAELTESCHOCK-PROTEINE 104
4.3.3.2 UNTERSCHIEDE DER GENEXPRESSION BEI 4 C UND 15 C 105
4.3.4 GENEXPRESSION BEI HITZESTRESS 105
4.3.4.1 HITZESCHOCK-PROTEINE 106
4.3.5 ANTAGONISTISCHE GENEXPRESSION VON HITZE- UND KAELTESCHOCK-PROTEINEN
106
4.3.6 UNTERSCHIEDE ZWISCHEN DEN CHROMOSOMEN 107
4.3.7 INDUZIERTE KREUZPROTEKTION 107
4.3.8 EINFLUSS DER TEMPERATUR AUF EXPRESSION VON PATHOGENITAETSFAKTOREN
110
4.3.9 GENE MIT UNBEKANNTER FUNKTION 113
4.4 FAZIT 113
5 ZUSAMMENFASSUNG 115
6 SUMMARY 117
7 LITERATURVERZEICHNIS 118
8 DANKSAGUNG 141
9 VERZEICHNIS DER PUBLIKATIONEN 142
10 LEBENSLAUF 143
11 ANHANG 144
III
|
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