Mikroevolution von Methicillin-resistenten S. aureus (MRSA) des Sequenztyps ST398 bei Menschen und Nutztieren:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Berlin
Mensch und Buch Verl.
2014 [erschienen] 2015
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| Schlagworte: | |
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| Beschreibung: | Nebentitel: Population structure of methicillin resistant S.aureus CC398 in humans and livestock |
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| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS
I. ABKUERZUNGSVERZEICHNIS 7
II. ABBILDUNGSVERZEICHNIS 10
III. TABELLENVERZEICHNIS 10
1. EINLEITUNG 11
2. SCHRIFTTUM 13
2.1. STAPHYLOCOCCUS AUREUS 13
2.1.1. EIGENSCHAFTEN VON STAPHYLOCOCCUS AUREUS UND MRSA 13
2.1.2. EINTEILUNG VON MRSA 14
2.2. PATHOGENITAET UND VIRULENZEIGENSCHAFTEN VON STAPHYLOCOCCUS AUREUS 16
2.3. RESISTENZENTWICKLUNG 17
2.3.1. SS-LAKTAM-ANTIBIOTIKA 18
2.3.2. NICHT-SS-LAKTAM-ANTIBIOTIKA 18
2.4. MOLEKULARE TYPISIERUNG 21
2.4.1. PULSFELDGELELEKTROPHORESE (PFGE) 21
2.4.2. MULTI-LOCUS-SEQUENZ-TYPISIERUNG (MLST) 22
2.4.3. SPA-TYPISIERUNG 23
2.4.4. SCCMEC-TYPISIERUNG 24
2.4.5. DENATURATING HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY (DHPLC 24
2.5. POPULATIONSSTRUKTUR UND KLONALE VERBREITUNG VON MRSA 26
2.5.1. POPULATIONSSTRUKTUR 26
2.5.2. KLONALE VERBREITUNG VON MRSA UND MSSA IN DER TIERMEDIZIN 30
2.5.3. CHARAKTERISTIKA VON MRSA-ISOLATEN DES CC398 39
2.5.4. RISIKEN FUER DEN MENSCHEN - DAS ZOONOTISCHE POTENTIAL 41
3. MATERIAL 44
3.1 PROBENMATERIAL UND -HERKUNFT 44
3.2 GERAETE 49
3.3 CHEMIKALIEN UND ENZYME 50
3.4 NAEHRMEDIEN 50
3.5 VERWENDETE ANTIBIOTIKA 51
3.6. VERWENDETE SOFTWARE 52
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4. METHODEN 53
4.1. BAKTERIENANZUCHT UND SPEZIESDIAGNOSTIK 53
4.2. PHAENOTYPISCHE ANTIBIOTIKARESISTENZBESTIMMUNG 54
4.3. DNA-PRAEPARATION 55
4.4. PULSFELDGELELEKTROPHORESE (PFGE 56
4.5. MULTI-LOCUS-SEQUENZ-TYPISIERUNG (MLST 60
4.6. SPA-TYPISIERUNG 61
4.7. SCCMEC-TYPISIERUNG 62
4.8. SEKUNDAERE MSSA 62
4.8.1. MICROARRAY ANALYSEN 63
4.8.2. PCR-METHODEN ZUM NACHWEIS SEKUNDAERER MSSA 66
4.9. DHPLC 69
4.9.1. AMPLIFIZIERUNG DER AUSGESUCHTEN DNA-FRAGMENTE (LOCI) MITTELS PCR
69
4.9.2. AUFREINIGUNG DER PCR-PRODUKTE UND NACHWEIS MITTELS
GELELEKTROPHORESE 69
4.9.3. ABLAUF DER DHPLC 69
4.9.4. SEQUENZIERUNG MITTELS BIG DYETERMINATORV1.1 CYCLE SEQUENCING KIT
71
4.9.5. DATENANALYSE 72
4.10. TRANSMISSIONSSTUDIE 73
5. ERGEBNISSE 73
5.1. ISOLATE 73
5.2. NACHWEIS UND ANALYSE DER EINZELNUKLEOTIDUNTERSCHIEDE 75
5.3. PHYLOGENETISCHE ANALYSEN 76
5.3.1. MINIMUM-SPANNING-TREE 76
5.3.2. PHYLOGEOGRAPHIE 78
5.3.3. WIRTSSPEZIFITAET 82
5.3.4. SPA-TYPEN 84
5.3.4.1. MLST-ANALYSE EINZELNER ISOLATE 85
5.3.5. SCCMEC-TYPEN 85
5.3.6. VERTEILUNG VON MSSA UND MRSA - NACHWEIS SEKUNDAERER MSSA 86
5.4. NACHWEIS VON SYNONYMEN UND NICHT-SYNONYMEN SUBSTITUTIONEN 88
5.5. DEMOGRAPHISCHE ANALYSE DER POPULATIONSGROESSE 91
5.6. TRANSMISSIONSSTUDIE 92
5.7. PULSFELDGELELEKTROPHORESE 96
6. DISKUSSION 101
6.1. DISKUSSION - MIKROEVOLUTION DES KLONALEN KOMPLEXES CC398 101
6.1.1 PHYLOGEOGRAPHIE DES KLONALEN KOMPLEXES CC398 101
6.1.2 WIRTSSPEZIFITAET - TIERARTSPEZIFISCHE CLUSTER? 103
6.1.3. SPA-TYPEN, SCCMEC, VERTEILUNG MSSA-MRSA 105
6.1.4. NACHWEIS VON SYNONYMEN UND NICHT-SYNONYMEN SUBSTITUTIONEN UND 106
DEMOGRAPHISCHE ANALYSE DER POPULATIONSGROESSE
6.1.5. TRANSMISSIONSSTUDIE 107
6.1.6. PULSFELDGELELEKTROPHORESE 109
6.1.7. AUSBREITUNG VON MRSA DES CC398 109
7. ZUSAMMENFASSUNG 111
8. SUMMARY 112
9. REFERENZEN 113
10. ANHANG 125
PUBLIKATIONSVERZEICHNIS 133
DANKSAGUNG 134
SELBSTSTAENDIGKEITSERKLAERUNG
135
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