DNA-Bindung von Myc und Miz1 und transkriptionelle Regulation ihrer Zielgene:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2014
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|---|---|
| adam_text | DNA-BINDUNG VON MYC UND MIZ1 UND TRANSKRIPTIONELLE
REGULATION IHRER ZIELGENE
DNA BINDING OF MYC AND MIZ1 AND TRANSCRIPTIONAL
REGULATION OF THEIR TARGET GENES
DISSERTATION
ZUR ERLANGUNG DES NATURWISSENSCHAFTLICHEN DOKTORGRADES
DER GRADUATE SCHOOL OF LIFE SCIENCES,
JULIUS-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET WUERZBURG,
BEREICH BIOMEDIZIN
VORGELEGT VON
SUSANNE WALZ
AUS
GERA
WUERZBURG, JULI 2014
HTTP://D-NB.INFO/1066776474
INHALTSVERZEICHNIS
1. EINLEITUNG 1
1.1. DER TRANSKRIPTIONSFAKTOR MYC 1
1.1.1. DIE MYC-PROTO-ONKOPROTEIN 1
1.1.2. STRUKTURELLE EIGENSCHAFTEN VON MYC 1
1.1.3. DNA-BINDUNG VON MYC 3
1.1.4. GENOMWEITE MYC-BINDEDATEN 4
1.2. DER MYC-INTERAGIERENDE TRANSKRIPTIONSFAKTOR MIZ1 5
1.2.1. IDENTIFIZIERUNG UND STRUKTUR 5
1.2.2. FUNKTIONEN VON MIZ1 6
1.3. TRANSKRIPTIONELLE REGULATION DURCH MYC UND MIZ1 7
1.3.1. KONVENTIONELLES MODELL DER AKTIVIERUNG UND REPRESSION DURCH MYC
UND MIZ1 7
1.3.2. MODELL DER GENERELLEN GENAKTIVIERUNG DURCH MYC 11
1.4. ZIELSETZUNG DER ARBEIT 14
2. MATERIAL 15
2.1. BAKTERIENSTAEMME UND ZELLLINIEN 15
2.1.1. BAKTERIENSTAEMME 15
2.1.2. ZELLLINIEN 15
2.2. KULTIVIERUNGSMEDIEN UND ZUSAETZE 15
2.2.1. MEDIEN UND ANTIBIOTIKA ZUR BAKTERIENKULTIVIERUNG 15
2.2.2. MEDIEN UND ZUSAETZE FUER DIE SAEUGERZELLKULTIVIERUNG 15
2.3. NUKLEINSAEUREN 16
2.3.1. PRIMER 16
2.3.2. PLASMIDE 17
2.4. ANTIKOERPER UND PEPTIDE 18
2.4.1. PRIMAERANTIKOERPER 18
2.4.2. SEKUNDAERANTIKOERPER FUER IMMUNOBLOTS 19
2.4.3. PEPTIDE FUER DIE ELUTION IM RECHIP 19
2.5. CHEMIKALIEN 19
2.6. STANDARDS UND ENZYME 19
2.6.1. STANDARDS 19
2.6.2. ENZYME UND KITS 20
2.7. PUFFER UND LOESUNGEN 20
2.8. GEBRAUCHSMATERIALIEN 25
2.9. GERAETE UND MEMBRANEN 25
2.10. SOFTWARE 26
2.11. ONLINE PROGRAMME UND DATENBANKEN 27
2.12. VERWENDETE, BEREITS PUBLIZIERTE DATENSAETZE 27
3. METHODEN 29
3.1. MOLEKULARBIOLOGISCHE METHODEN 29
3.1.1. TRANSFORMATION VON BAKTERIEN MIT PLASMID-DNA UND
PLASMIDAMPLIFIKATION 29
3.1.2. HERSTELLEN UND AUFTAUEN VON BAKTERIENSTOCKS 29
3.1.3. AUFREINIGUNG VON PLASMID-DNA AUS ESCHERICHIA COLI 29
3.1.4. MESSUNG DER NUKLEINSAEUREKONZENTRATION 29
3.1.5. HYBRIDISIERUNG VON DNA-OLIGONUKLEOTIDEN 30
3.1.6. RADIOAKTIVE MARKIERUNG UND AUFREINIGUNG VON DNA OLIGONUKLEOTIDEN
30
3.1.7. ISOLATION VON RNA 30
3.1.8. CDNA-SYNTHESE 31
3.1.9. QUANTITATIVE POLYMERASE-KETTENREAKTION (QPCR) 31
3.1.10. MICROARRAY 32
3.2. ZELLBIOLOGISCHE METHODEN 33
3.2.1. AUFTAUEN VON ZELLEN 33
3.2.2. PASSAGIEREN VON ZELLEN 33
3.2.3. EINFRIEREN VON ZELLEN 33
3.2.4. HERSTELLUNG VON LENTIVIREN 34
3.2.5. LENTIVIRALE INFEKTION VON SAEUGERZELLEN 34
3.2.6. DURCHFLUSSZYTOMETRIE 35
3.3. PROTEINBIOCHEMISCHE METHODEN 35
3.3.1. BAKTERIELLE EXPRESSION UND AUFREINIGUNG VON GST-FUSIONSPROTEINEN
35
3.3.2. HERSTELLUNG VON GESAMTZELL-PROTEINLYSATEN 36
3.3.3. BESTIMMUNG DER PROTEINKONZENTRATION 36
3.3.4. SDS-POLYACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE (SDS-PAGE) 36
3.3.5. NACHWEIS VON PROTEINEN IM POLYACRYLAMID-GEL DURCH
COOMASSIE-FAERBUNG 36
3.3.6. IMMUNOBLOT 37
3.3.7. ELECTROPHORETIC MOBILITY
SHIFT ASSAY
(EMSA) UND SUPERSHIFT ASSAY 37
3.3.8. CHROMATIN-IMMUNPRAEZIPITATION (CHIP UND RECHIP) 38
3.3.9. CHLP-SEQ 40
3.4. BIOINFORMATISCHE ANALYSE VON CHLP-SEQ-DATEN 40
3.4.1. GENERIERUNG VON PEAK-DALEIEN AUS CHLP-SEQ-ROHDATEN 40
3.4.2. ANNOTIERUNG VON PEAKS 42
3.4.3. BERECHNUNG VON UEBERSCHNEIDUNGEN VERSCHIEDENER DATENSAETZE 42
3.4.4. GENERIERUNG VON HEATMAPS 43
3.4.5. ANALYSE BEKANNTER TRANSKRIPTIONSFAKTOR-BINDEMOTIVE 43
3.4.6. DE NOVO-MOTIVSUCHE IN DNA-SEQUENZEN 43
3.4.7. FUNKTIONELLE ANALYSE IDENTIFIZIERTER ZIELGENE 44
3.5. BIOINFORMATISCHE ANALYSE VON MICROARRAY-DATEN 44
3.5.1. AUSWERTUNG DER ROHDATEN 44
3.5.2. GENERIERUNG VON BOXPLOTS 44
3.5.3. ANALYSE DER UEBEREINSTIMMUNG MIT GENSETS AUS DATENBANKEN 44
3.5.4. STUETZVEKTORMETHODE (SVM-ALGORITHMUS) 45
3.6. STATISTIK 45
4. ERGEBNISSE 46
4.1. CHARAKTERISIERUNG DER MYC- UND MIZ1 -BINDESTELLEN 46
4.1.1. VERIFIZIERUNG DER CHLP-SEQ-DATENSAETZE 46
4.1.2. MYC UND MIZ1 BINDEN GEMEINSAM AN ZIELGENE 51
4.1.3. MYC UND MIZL BINDEN AN RNA-POLYMERASE IL-PROMOTOREN 54
4.1.4. IN EN/JANCER-REGIONEN INTERAGIERT MIZ1 NICHT MIT MYC 55
4.1.5. MYC- UND MIZ1-BINDUNG AN RNA-POLYMERASE I- UND
LLL-TRANSKRIBIERTEN GENEN 57
4.1.6. MAX IST BESTANDTEIL DES MYC/MIZ1 -KOMPLEXES 59
4.1.7. IDENTIFIZIERUNG EINES DNA-BINDEMOTIVS DES MIZ1 -PROTEINS 61
4.1.8. DAS MIZ1-MOTIV DEFINIERT FUNKTIONELL VERSCHIEDENE KLASSEN VON
GENEN 73
4.1.9. REGULATION DIREKT GEBUNDENER GENE IN B-LYMPHOZYTEN 74
4.1.10. VERGLEICH DER MIZ1-BINDUNG IN TUMOR- UND NICHT-TUMORZELLEN 75
4.1.11. REKRUTIERUNG VON MIZ1 AN GENE MIT E-BOX 76
4.2. REGULATION MYC/MIZ1 -GEBUNDENER GENE 78
4.2.1. AKTIVIERUNG DURCH MYC 79
4.2.2. VERGLEICHENDE ANALYSE VON MYC-DEPLETIERTEN ZELLEN MIT
MYC-ABHAENGIGEN TUMOREN 80
4.2.3. AKTIVIERUNG DURCH MIZ1 82
4.2.4. MYC/MIZL -ABHAENGIGE REPRESSION 82
5. DISKUSSION
86
5.1. CHARAKTERISIERUNG DER MYC- UND MIZ1 -BINDESTELLEN IN EINER HUMANEN
TUMORZELLLINIE 86
5.1.1. VERGLEICH MIT PUBLIZIERTEN CHLP-SEQ-DATEN UND BEKANNTEN MYC- UND
MIZL-ZIELGENEN...86
5.1.2. MYC BINDET AN ZIELGENE ALLER DREI RNA-POLYMERASEN 87
5.1.3. BILDUNG EINES HETEROTRIMEREN MYC/MAX/MIZ1-KOMPLEXES 88
5.2. REGULATION VON MYC/MIZ1-ZIELGENEN 93
5.2.1. MODELL DER GENERELLEN GENAKTIVIERUNG DURCH MYC 99
6. ZUSAMMENFASSUNG 103
6.1. DEUTSCHE ZUSAMMENFASSUNG 103
6.2. ENGLISH SUMMARY 104
7. LITERATURVERZEICHNIS 105
8. ANHANG 119
8.1. ABKUERZUNGSVERZEICHNIS 119
8.2. IN DIESER ARBEIT VERWENDETE OLIGONUKLEOTIDE 123
8.3. DANKSAGUNG 129
8.4. EHRENWOERTLICHE ERKLAERUNG 130
8.5. LEBENSLAUF 131
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| spelling | Walz, Susanne Verfasser (DE-588)1068350245 aut DNA-Bindung von Myc und Miz1 und transkriptionelle Regulation ihrer Zielgene von Susanne Walz DNA binding of Myc and Miz1 and transcriptional regulation of their target genes 2014 130 S. Ill., graph. Darst. txt rdacontent n rdamedia nc rdacarrier Zsfassung in dt. und engl. Sprache Würzburg, Univ., Diss., 2014 Myc (DE-588)4267356-2 gnd rswk-swf DNS-Bindung (DE-588)4150337-5 gnd rswk-swf Tumorzelle (DE-588)4186433-5 gnd rswk-swf High throughput screening (DE-588)4596131-1 gnd rswk-swf Differentielle Genexpression (DE-588)4201894-8 gnd rswk-swf (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content DNS-Bindung (DE-588)4150337-5 s Differentielle Genexpression (DE-588)4201894-8 s High throughput screening (DE-588)4596131-1 s Myc (DE-588)4267356-2 s Tumorzelle (DE-588)4186433-5 s DE-604 Erscheint auch als Online-Ausgabe urn:nbn:de:bvb:20-opus-106249 https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:bvb:20-opus-106249 Resolving-System kostenfrei Volltext DNB Datenaustausch application/pdf http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=027841675&sequence=000001&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA Inhaltsverzeichnis |
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