Theoretische und experimentelle Wirkstoffsuche an den Zielproteinen SARS-Coronavirus-Papain-like-Protease und Elongin-C:
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2013
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|---|---|
| adam_text | THEORETISCHE UND EXPERIMENTELLE WIRKSTOFFSUCHE
AN DEN ZIELPROTEINEN SARS-CORONAVIRUS-PAPAIN-LIKE-PROTEASE
UND ELONGIN-C
DISSERTATION
ZUR ERLANGUNG DES NATURWISSENSCHAFTLICHEN DOKTORGRADES
DER JULIUS-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET WUERZBURG
VORGELEGT VON
APOTHEKER ARMIN WELKER
AUS HERZOGENAURACH
WUERZBURG 2013
HTTP://D-NB.INFO/1068607912
-IX-
INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS XI
EINLEITUNG 1
1. BIOLOGISCHER HINTERGRUND 3
1.1. SARS-PROJEKT: SARS-COV-PL
1
0
ALS ZIELPROTEIN 3
1.2. HIV-PROJEKT: ELONGIN-C ALS ZIELPROTEIN 7
1.3. AUFGABENSTELLUNG DER ARBEIT 13
2. COMPUTERBASIERTE UNTERSUCHUNGEN IM SARS-PROJEKT 15
2.1. ANALYSE DES LIGAND-BINDEMODUS DER STRUKTUR 3E9S 15
2.2. RELIBASE-RECHERCHE 18
2.3. BINDETASCHENANALYSE MIT GRID 20
2.4. FLEXIBILITAET DER BINDETASCHE UND MODELLING EINER ALTERNATIVEN
LOOP-KONFORMATION 22
2.5. VIRTUELLES SCREENING 24
2.5.1. HINTERGRUND ZU DOCKING UND SCORING 24
2.5.2. REDOCKING DES LIGANDEN DER KRISTALLSTRUKTUR 28
2.5.3. EVALUATION VON SCORING- UND RESCORINGFUNKTION 31
2.5.4. DIE PROBLEMATIK DES SCORINGS - FUER VIRTUELLE SCREENINGPROJEKTE
RELEVANTE ASPEKTE 35
2.5.5. VIRTUELLES HIGH-THROUGHPUT-SCREENING (VHTS) 37
2.5.6. SUBSTANZAUSWAHL UND TESTERGEBNISSE IM ENZYMATISCHEN ASSAY 43
2.6. ENTWICKLUNG KOVALENT-IRREVERSIBLER INHIBITOREN MIT
AZIRIDIN-BAUSTEIN 47
2.6.1. VORUEBERLEGUNGEN 47
2.6.2. INHIBITORDESIGN MIT ETHYLENDIAMIN-SPACER 49
2.6.3. INHIBITORDESIGN MIT PIPERAZIN-SPACER 50
3. ENTWICKLUNG UND SYNTHESE VON INHIBITOREN IM SARS-PROJEKT 51
3.1. SYNTHESE ERSTER VERBINDUNGEN UND STRUKTUR-WIRKUNGSBEZIEHUNGEN 52
3.2. VARIATIONEN AN DER BENZOESAEURE 59
3.2.1. SUBSTITUTIONEN IN 2-POSITION 59
3.2.2. WEITERE ABGELEITETE VERBINDUNGEN 62
3.3. VARIATIONEN AM NAPHTHYLETHANAMIN 68
3.3.1. NITRO- UND AMINODERIVAT AM NAPHTHALIN-GERUEST 68
3.3.2. HYDROXYDERIVAT AM NAPHTHALIN-GERUEST 70
3.3.3. FLUORDERIVATE DER SEITENKETTE 72
3.3.4. HYDROXY- UND AZIDODERIVATE DER SEITENKETTE 76
3.4. INDOLDERIVATE 80
3.5. NAPHTHYLESSIGSAEUREAMIDE UND 2-NAPHTH-L-YLPROPANSAEUREAMIDE 82
-X-
3.6. DIPHENYLPROPANAMIDE 87
3.7. TETRAHYDROCHINOLINDERIVATE 88
3.8. SULFONAMIDE 90
3.9. ISOINDOLINE UND DAVON ABGELEITETE AMINE 93
3.9.1. UEBERLEGUNGEN ZUR 2-METHYL-SUBSTITUTION UND MOLEKUELFLEXIBILITAET 93
3.9.2. ISOINDOLINE MIT VERSCHIEDENER METHYL-SUBSTITUTION 95
3.9.3. EIN 6-RING-DERIVAT SOWIE 4-FLUOR-, 4-CHLOR- UND
5-HYDROXY-ISOINDOLINE 99
3.9.4. WEITERE ISOINDOLINE MIT AMINO-. NITRO- UND HYDROXY-SUBSTITUTION
102
3.9.5. STRUKTUR-WIRKUNGSBEZIEHUNGEN DER ISOINDOLINE 105
3.9.6. VOM ISOINDOLIN ZUM ACYCLISCHEN, SEKUNDAEREN AMIN 106
3.10.SYNTHESE VON AZIRIDINDERIVATEN 107
4. ENZYMKINETIK IM SARS-PROJEKT 111
4.1. EINFUEHRUNG 111
4.2. BIOCHEMISCHE BESTIMMUNGSMETHODEN 112
4.3. DISKUSSION 113
5. COMPUTERBASIERTE WIRKSTOFFSUCHE IM HIV-PROJEKT 115
5.1. AUSWAHL GEEIGNETER PROTEINSTRUKTUREN 115
5.2. VIRTUELLES SCREENING 117
5.3. SUBSTANZAUSWAHL 119
5.4. TESTERGEBNISSE UND DISKUSSION 124
6. ZUSAMMENFASSUNG 126
7. SUMMARY 130
8. EXPERIMENTELLER TEIL 134
8.1. ENZYMATISCHER ASSAY 134
8.2. GERAETE UND MATERIALIEN 134
8.3. ALLGEMEINE METHODEN 136
8.4. DARSTELLUNG DER SUBSTANZEN 139
STRUKTURFORMELVERZEICHNIS DER GETESTETEN SUBSTANZEN 243
LITERATURVERZEICHNIS 247
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