Vergleichende Untersuchungen zum molekularbiologischen Nachweis von Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP) in Milch und Säuglingsanfangsnahrung:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Gießen
DVG
2014
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| Ausgabe: | 1. Aufl. |
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| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS
I
INHALT
INHALT I
ABBILDUNGSVERZEICHNIS VI
TABELLENVERZEICHNIS VIII
VERZEICHNIS HAEUFIG VERWENDETER ABKUERZUNGEN, EINHEITEN UND SONDERZEICHEN
XV
1 EINLEITUNG I
2 LITERATURUEBERSICHT 2
2.1 MYCOBACTERIUM AVIUM SSP. PARATUBERCULOSIS (MAP) 2
2.1.1 ALLGEMEINES 2
2.1.2 VORKOMMEN UND TENAZITAET 4
2.2 NACHWEISVERFAHREN FUER MYCOBACTERIUM AVIUM SSP. PARATUBERCULOSIS
(MAP) 7
2.2.1 PROBENVORBEREITUNG 7
2.2.1.1 MAGNETISCHE SEPARATION 7
2.2.1.2 DNA-EXTRAKTION 9
2.2.1.3 DEKONTAMINATION :.... 10
2.2.2 POLYMERASE-KETTENREAKTION (PCR) 12
2.2.2.1 DAS PRINZIP DER PCR 12
2.2.2.2 PCR ZUM NACHWEIS VON
MYCOBACTERIUM AVIUM
SSP.
PARATUBERCULOSIS
13
2.2.2.3 FORMEN DER PCR 15
2.2.2.4 INTERNE AMPLIFIKATIONSKONTROLLE 17
2.2.3 KULTURELLER NACHWEIS 17
2.3 PARATUBERKULOSE 21
2.3.1 UEBERTRAGUNGSWEGE 21
2.3.2 KLINISCHES BILD 24
2.3.3 OEKONOMISCHE ASPEKTE 27
2.3.4 BEKAEMPFUENGSMASSNAHMEN 28
2.4 MORBUS CROHN 32
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II
INHALTSVERZEICHNIS
2.5 MYCOBACTERIUM AVIUM SSP. PARATUBERCULOSIS IN LEBENSMITTELN 35
2.5.1 MILCH 35
2.5.2 SAEUGLINGSNAHRUNG 39
2.5.3 ANDERE MILCHPRODUKTE 40
.2.5.4 FLEISCH UND FLEISCHERZEUGNISSE 41
2.5.5 WASSER 42
2.5.6 LEBENSMITTEL PFLANZLICHEN URSPRUNGS 43
3 EIGENE UNTERSUCHUNGEN 44
3.1 ARBEITSKONZEPT 44
3.2 MATERIAL 45
I,
3.2.1 REFERENZ- UND FELDSTAEMME 45
3.2.2 ROHMILCH 46
3.2.3 SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG 46
3.2.4 LABORMATERIALIEN 47
3.2.5 GERAETE 48
3.2.6 CHEMIKALIEN 49
3.2.7 NAEHRMEDIEN FUER DIE ANZUCHT UND DEN MIKROBIELLEN NACHWEIS VON MAP
50
3.2.7.1 HERROLD S EGG YOLK-MEDIUM (HEYM) 50
3.2.7.2 MIDDLEBROOK 7H9-BOUILLON 50
3.2.7.3 MIDDLEBROOK 7H10-AGAR 51
3.2.8 PUFFER UND LOESUNGEN 52
3.2.8.1 PBS (PHOSPHATGEPUFFERTE KOCHSALZLOESUNG) 52
3.2.8.2 PBS-T (PHOSPHATGEPUFFERTE KOCHSALZLOESUNG MIT TWEEN 20) 52
3.2.8.3 TE-PUFFER 52
3.2.8.4 LYSISPUFFER ZUR VORBEHANDLUNG GRAMPOSITIVER BAKTERIEN 53
3.2.8.5 LYSISPUFFER MIT TRITON UND ZUGABE VON LYSOZYM VOR GEBRAUCH 53
3.3 METHODEN 54
3.3.1 ANZUCHT DER REFERENZSTAEMME 54
3.3.2 HERSTELLUNG EINER DEKADISCHEN VERDUENNUNGSREIHE 54
INHALTSVERZEICHNIS III
3.3.3 QUANTITATIVE BESTIMMUNG DER ZELLZAHL AUS DEN VERDUENNUNGSSTUFEN 55
3.3.3.1 ZAEHLKAMMER 55
3.3.3.2 MOLEKULARBIOLOGISCHER NACHWEIS 56
3.3.3.3 KULTURELLER NACHWEIS 56
3.3.4 ARTIFIZIELLE KONTAMINATION VON ROHMILCH UND
SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG 57
3.3.5 EXTRAKTION VON DNA AUS MYKOBAKTERIENKULTUREN 58
3.3.5.1 KOCHEN 58
3.3.5.2
HIGH PURE PCR TEMPLATE PREPARATION KIT
58
3.3.6 EXTRAKTION VON MAP-DNA AUS ROHMILCH UND SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG 58
3.3.6.1 PRECELLYS24 58
3.3.6.2
MAXWELL* 16 SYSTEM
59
3.3.6.3
HIGH PURE PCR TEMPLATE PREPARATION KIT
60
3.3.6.4
DNEASY* BLOOD & TISSUE KIT
61
3.3.6.5 KONTROLLEN 62
3.3.7 MOLEKULARBIOLOGISCHER NACHWEIS VON MYCOBACTERIUM AVIUM SSP.
PARATUBERCULOSIS 62
3.3.8 KULTURELLE ANZUCHT VON MYCOBACTERIUM AVIUM SSP. PARATUBERCULOSIS
AUS
ROHMILCH UND SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG 66
3.3.9 VORVERSUCHE 67
3.3.9.1 VORVERSUCH 1:
MAXWELL* 16 SYSTEM
68
3.3.9.2 VORVERSUCH 2:
HIGH PURE PCR TEMPLATE PREPARATION KIT
70
3.3.9.3 VORVERSUCH 3:
DNEASY* BLOOD & TISSUE KIT
72
3.3.10 HAUPTVERSUCHE 74
3.3.10.1 HAUPTVERSUCH I: ROHMILCH 74
3.3.10.2 HAUPTVERSUCH 2: SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *PRE 78
3.3.10.3 HAUPTVERSUCH 3: SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *ONE 83
3.3.11 SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG AUS DEM HANDEL 88
3.3.11.1 SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *PRE UND *PRE HA 88
3.3.11.2 SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *ONE 88
3.3.12 STATISTISCHE AUSWERTUNG 89
4 ERGEBNISSE 90
IV
INHALTSVERZEICHNIS
4.1 VORVERSUCH 1: MAXWELL 16 SYSTEM 90
4.2 VORVERSUCH 2: HIGH PURE PCR TEMPLATE PREPARATION KIT 92
4.3 VORVERSUCH 3: DNEASY* BLOOD & TISSUE KIT 94
4.4 HAUPTVERSUCH 1: ROHMILCH 96
4.4.1 ERGEBNISSE DER MOLEKULARBIOLOGISCHEN UNTERSUCHUNGEN 96
4.4.2 ZUSAMMENFASSUNG DER MOLEKULARBIOLOGISCHEN ERGEBNISSE 104
4.4.3 ERGEBNISSE DER KULTURELLEN UNTERSUCHUNGEN 106
4.5 HAUPTVERSUCH 2: SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *PRE 110
4.S.
1 ERGEBNISSE DER MOLEKULARBIOLOGISCHEN UNTERSUCHUNGEN 110
4.5.2 ZUSAMMENFASSUNG DER MOLEKULARBIOLOGISCHEN ERGEBNISSE 117
I,
4.6 HAUPTVERSUCH 3: SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *ONE 119
4.6.1 ERGEBNISSE DER MOLEKULARBIOLOGISCHEN UNTERSUCHUNGEN 119
4.6.2 ZUSAMMENFASSUNG DER MOLEKULARBIOLOGISCHEN ERGEBNISSE 121
4.7 SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG AUS DEM HANDEL 122
4.7.1 SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *PRE UND *PRE HA 122
4.7.2 SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG *ONE 122
5 STATISTISCHE AUSWERTUNG 123
5.1 REGRESSIONSANALYSE 123
5.2 NACHWEISGRENZEN 126
5.3 ANALYSE DER AUFBEREITUNGEN UND LAEUFE 127
5.4 EINFAKTORIELLE KOVARIANZANALYSE 134
6 DISKUSSION 135
6.1 ANALYSE DER VORVERSUCHE 135
6.2 MOLEKULARBIOLOGISCHER NACHWEIS 136
6.2.1 ZAEHLKAMMER 136
6.2.2 EXTRAKTIONSVERFAHREN 138
6.2.3 REAL TIME-PCR 145
INHALTSVERZEICHNIS V
6.2.4 VERGLEICH VON ROHMILCH UND SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG 147
6.3 KULTURELLE ANZUCHT 149
6.4 NACHWEIS IN SAEUGLINGSANFANGSNAHRUNG 154
7 SCHLUSSFOLGERUNGEN 157
8 ZUSAMMENFASSUNG 158
9 SUMMARY 160
10 ANHANG 162
10.1 FLIESSDIAGRAMME 162
10.2 ERGEBNISTABELLEN 174
11
LITERATURVERZEICHNIS...........................................................
183
DANKSAGUNG 221
ERKLAERUNG 223
|
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