Biometrische Methoden der Genomanalyse:
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Aachen
Shaker
2013
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21 |
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INHALTSVERZEICHNIS
1 DIE ANFAENGE DER POPULATIONSGENETIK 1
VON CHARLOTTE JANA UND KARL-ERNST BIEBLER
1.1 THEMENKREIS UND AUFGABENSTELLUNG 1
1.2 GEDANKENGUT VOR MENDEL 1
1.3 GREGOR MENDEL 3
1.4 MATHEMATISIERUNG 4
1.5 EINFLUSS DER POPULATIONSGENETIK AUF DIE EVOLUTIONSFOR
SCHUNG 6
2 DATENANALYSE IN DER MOLEKULAREN GENETIK 11
VON KARL-ERNST BIEBLER
2.1 EINLEITUNG 11
2.2 DIE ALLGEMEINE PROBLEMSTELLUNG 12
2.3 DATENGEWINNUNG 13
2.4 AUSWERTEMETHODEN 13
2.5 EINE ASSOZIATIONSANALYSE 19
2.6 ABSCHLIESSENDE BEMERKUNGEN 19
3 SPARSE STATISTICAL MODELLING 23
VON CAROLIN MALSCH
3.1 HAUPTKOMPONENTENANALYSE 24
3.2 SPARSE HAUPTKOMPONENTENANALYSE 27
3.3 ANWENDUNG DER BESCHRIEBENEN METHODEN AUF DEN BEI
SPIELDATENSATZ 33
4 KONFIDENZSCHAETZUNGEN VON ALLELWAHRSCHEINLICHKEITEN 49
VON MICHAEL WODNY
4.1 EIN GENORT UND ZWEI ALLELE 50
4.2 ZWEIDIMENSIONALE ASYMPTOTISCHE KONFIDENZBEREICHE . . 60
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II
INHAL
TSVERZEI CHNIS
4.3 EXAKTE ZWEIDIMENSIONALE KONFIDENZBEREICHE IM VM} ? . 66
5 METHODEN
ZUR
ANALYSE VON GENKOPPLUNG 73
VON MANUELA BARTH
5.1 GENETISCHE MARKER UND IHR INFORMATIONSGEHALT 73
GENETISCHE MARKER 73
HETEROZYGOTIE 74
POLYMORPHIE UND KOPPLUNG 75
VERGLEICH AM BEISPIEL 77
5.2 GENETISCHE DISTANZEN 78
PHYSIKALISCHE DISTANZ 78
GENDISTANZEN 78
DIE HALDANE-DISTANZ 79
GENDISTANZEN IM VERGLEICH 80
ZUSAMMENHANG GENETISCHER UND PHYSIKALISCHER DISTANZ 81
5.3 MODELLBASIERTE KOPPLUNGSANALYSE 82
KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHT 82
ANALYSE BEI BEKANNTEN AHNENDATEN 83
TEST AUF KOPPLUNG 85
ANWENDUNG BEI MEHREREN FAMILIEN 87
6 FAMILIENBASIERTE ASSOZIATIONSANALYSE 91
VON JULIA BISCHOF
6.1 PROBLEMSTELLUNG UND BIOLOGISCHE GRUNDLAGEN 91
6.2 HERLEITUNG DER NULLHYPOTHESE FUER DIE BETRACHTETEN TESTS 95
6.3 TRANSMISSION/DISEQUILIBRIUM TEST (TDT) 98
6.4 SIB-TRANSMISSION/DISEQUILIBRIUM TEST (S-TDT) . 102
6.5 SIBSHIP DISEQUILIBRIUM TEST (SDT) 108
7 FALL-KONTROLL-STUDIEN BEI BETRACHTUNG EINES GENLOCUS 115
VON LARS ROMOTH
7.1 FALL-KONTROLL-STUDIEN UND ALLELE 115
7.2 BERECHNUNG DER TESTGROESSEN 117
ODDS RATIO TEST 118
CHI-QUADRAT TEST 121
FISHERS EXAKTER TEST 121
ARMITAGE TREND TEST 122
7.3 TESTVERGLEICHE MITTELS SIMULATION IN SAS 122
8 EINFLUSS MEHRERER LOCI BEI FALL-KONTROLL-STUDIEN 131
VON BERND PAUL JAEGER
8.1 EINFUEHRENDES BEISPIEL 131
8.2 TESTS FUER GESCHICHTETE VIERFELDERTAFELN 136
DER
MANTEL-HAENSZEL
-TEST 136
DEFINITION UND DURCHFUEHRUNG DES
BRESLOW-DAY
-TESTS
UND SEINE VERBESSERUNG DURCH
TARONE
. 141
KONFIDENZSCHAETZUNG FUER OR BEI SCHICHTUNG
144
9 VARIANTEN DES WRIGHT-FISHER-MODELLS 149
VON ULRIKE HORN
9.1 DIE BEDEUTUNG DES WRIGHT-FISHER-MODELLS
149
9.2 DAS GRUNDMODELL 150
. ANNAHMEN DES GRUNDMODELLS 150
DAS WRIGHT-FISHER-MODELL ALS MARKOVKETTE 151
DAS WRIGHT-FISHER-MODELL ALS MARTINGAL 152
9.3 MUTATIONSEFFEKTE 154
MUTATION INNERHALB DES GENPOOLS 154
DAS *INFINITE ALLELES" MODELL UND DIE NEUTRALE THEORIE . 157
ERWEITERUNGEN UND FOLGERUNGEN DES *INFINITE ALLELES"
MODELLS 160
DAS *INFINITE SITES" MODELL 162
9.4 SELEKTIONSEFFEKTE 163
9.5 AUSBLICK - DAS KOALESZENZMODELL 167
10 BERECHNUNG PHYLOGENETISCHER STAMMBAEUME 171
VON KRISTINA PLATE
10.1 ABSTRACT 171
10.2 EINLEITUNG 171
10.3 MOLEKULARBIOLOGISCHE GRUNDLAGEN 173
SPEICHER DER ERBINFORMATION 173
IV
INHALTSVERZEICHNIS
VOM GEN ZUM MERKMAL 173
MUTATIONSTYPEN 175
ROLLE DER DNA IN DER PHYLOGENETIK 176
10.4 PHYLOGENETISCHE GRUNDBEGRIFFE 177
GRUNDBEGRIFFE 177
STAMMBAEUME UND TOPOLOGIEN 178
10.5 MATHEMATISCHE METHODEN (NACH KNOOP & MUELLER, 2009)179
BAUMKONSTRUKTION 180
MOST PARSIMONY 181
DISTANZ-VERFAHREN 185
MAXIMUM-LIKELIHOOD UND BAYESIANISCHE VERFAHREN . . . 190
ZUSAMMENFASSUNG 193
10.6 PHYLOGENETISCHE PROGRAMME 195 |
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