Die Rolle von DMBT1-Polymorphismen auf die Suszeptibilität und den Phänotyp von chronisch entzündlichen Darmerkrankungen:
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG.. 1
1.1 CHRONISCH ENTZUENDLICHE DARMERKRANKUNGEN: ALLGEMEINES, KLASSIFIKATION
UND
EPIDEMIOLOGIE /
1.1.1 EPIDEMIOLOGISCHE DATEN 1
1.1.2 DAS KRANKHEITSBILD DES MORBUS CROHNS 2
1.1.3 DAS KRANKHEITSBILD DER COLITIS ULCEROSA 3
1.1.4 DIAGNOSTIK UND THERAPIE DER CED 5
1.2 PATHOGENESE CHRONISCH ENTZUENDLICHER DARMERKRANKUNGEN 8
1.2.1 DIE ROLLE VON UMWELTFAKTOREN UND DER BAKTERIELLEN DARMFLORA 9
1.2.2 DIE GESTOERTE INTEGRITAET DER SCHLEIMHAUTBARRIERE 10
1.2.3 DIE GESTOERTE MUKOSALE IMMUNABWEHR 11
1.2.4 EVIDENZ FUER DIE ROLLE GENETISCHER FAKTOREN AUS DER GENETISCHEN
EPIDEMIOLOGIE 17
1.3 DIE GENETIK CHRONISCH
ENTZUENDLICHE DANNERKRANKUNG 18
1.3.1 ANSAETZE ZUR IDENTIFIZIERUNG VON SUSZEPTIBILITAETSGENEN:
KOPPLUNGS-ANALYSEN,
ASSOZIATIONSANALYSEN UND EINZELNUKLEOTID-POLYMORPHISMEN 18
1.3.2 GENE DER ANGEBORENEN PATHOGENERKENNUNG 21
1.3.3 GENE DER AUTOPHAGIE: ATG16L1 UND IRGM GENE 22
1.3.4 GENE DER ADAPTIVEN ABWEHR UND DER TH 17-ZELLDIFFERENZIERUNG 23
1.3.5 GENE ZUR AUFRECHTERHALTUNG DER SCHLEIMHAUTBARRIERE 26
1.4 DMBT1 ALS SUSZEPTIBILITAETSGEN FUER
CED 26
1.4.1 SAG, GP-340UND DMBT1: ISOPROTEINE DES DMBT 1-GENS 26
1.4.2 STRUKTUR UND ORGANISATION DES DMBT/-GENS 27
1.4.3 DIE ROLLE VON DMBT1 IN DER ANGEBORENEN IMMUNABWEHR 29
1.4.3.1 DMBT
1 KODIERT EINEN PATTEM RECOGNITION RECEPTOR. 29
1.4.3.2 INTERAKTION VON DMBT1 MIT ENDOGENEN PROTEINEN 30
1.4.4 ROLLE VON DMBT1 BEI REGENERIERUNGS-, DIFFERENZIERUNGS- UND TUMOR-
SUPPRESSIONSPROZESSEN 30
1.4.5 ROLLE DES DMBT1-GENS BEI DER CED-PATHOGENESE 31
1.4.5.1 EINFLUSS VON DMBT
1 AUF DIE SCHLEIMHAUT-HOMOEOSTASE 31
1.4.5.2 ASSOZIATION EINES COPY NUMBER POLYMORPHISMUS MIT M. CROHN 32
2 ZIELSETZUNG DER ARBEIT 34
3 MATERIAL 36
3.1 STUDIENPOPULATION. 36
3.2 MATERIAL FUER
MOLEKULARBIOLOGISCHE EXPERIMENTE 37
3.2.1 MATERIAL FUER DIE PCR 37
3.2.1.1 PCR-MATERIAL, PCR-KITS, SEQUENZIERUNGS-KITS 37
3.2.1.2 VERWENDETE PRIMER FUER DIE DURCHFUEHRUNG DER SEQUENZIERUNG 37
3.2.2 MATERIAL FUER DIE RT-PCR 38
3.2.2.1 RT-PCR-MATERIAL UND RT-PCR-KITS 38
3.2.2.2 VERWENDETE PRIMER UND FRET-SONDEN FUER DIE RT-PCR 38
3.2.3 MATERIAL FUER DIE GELELEKTROPHORESE 39
3.3 VERBRAUCHSMATERIAL UND GERAETE 39
3.4 VERWENDETE COMPUTER-PROGRAMME 40
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V
4 METHODE 41
4.1 OBERSICHT OBER DIE ARBEITSSCHRITTE 41
4.2 ISOLIERUNG GENOMISCHER DNA 41
4.3 GENOTYPISIERUNGSMETHODE: DER LIGHT CYDER 480 VON ROCHE 41
4.3.1 REAL-TIME-PCR: PRINZIPIEN 41
4.3.2 DIE FRET-SONDEN UND PRIMEM 43
4.3.3 SCHMELZKURVENTECHNOLOGIE: DIE MUTATIONSANALYSE 45
4.3.4 FERTIGSTELLUNG DER 384ER PLATTEN 47
4.4 PHOTOMETRISCHE BESTIMMUNG DER
DNA-KONZENTRATION 47
4.5 DURCHFUEHRUNG DER GELELEKTROPHORESEN. 47
4.6 SEQUENZIERUNG DER PCR-PRODUKTE 48
4.6.1 SCHRITTE DER SEQUENZIERUNG 48
4.6.2 PCR: PROTOKOLLE UND PROGRAMME 48
4.6.3 GELELEKTROPHORESE 50
4.6.4 AUFIREINIGUNG UND SEQUENZIERUNG 50
4.7 KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHT UND HAPLOTYPBERECHNUNGEN 50
4.8 EPISTASIS. 51
4.9 STATISTISCHE ANALYSEN 51
5 ERGEBNISSE 52
5.1 ALLGEMEINE ANMERKUNGEN 52
5.2 DMBT1-POLYMORPHISMEN SIND SIGNIFIKANT
MIT M. CROHN UND
C. ULCEROSA ASSOZLIERT53
5.2.1 GENOTYP- UND ALLELFREQUENZEN FUER DEN DMBT1-SNP RS2981745 54
5.2.2 GENOTYP- UND ALLELFREQUENZEN FUER DEN DMBT1-SNP RS2981778 55
5.2.3 GENOTYP-UND ALLELFREQUENZEN FUER DEN DMBT1-SNP RS11523871
=P.PRO42THR.. 55
5.2.4 GENOTYP- UND ALLELFREQUENZEN FUER DEN DMBT1-SNP RS3013236
=P.LEU54SER
(SNP54) : 55
5.2.5 GENOTYP- UND ALLELFREQUENZEN FUER DEN DMBT1-SNP RS2981804 56
5.2.6 GENOTYP- UND ALLELFREQUENZEN FUER DEN DMBT1-SNP RS2277244
=P.HIS585TYR* 56
5.2.7 GENOTYP- UND ALLELFREQUENZEN FUER DEN DMBT1-SNP RS1052715
=P.PRO1707PRO
(SNP 2348) 56
5.2.8 BERECHNUNG DES KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHTS DER DMBTF-VARIANTEN 57
5.3 DIE HAPLOTYPEN IM DMBT
1 -GEN SIND SIGNIFIKANT MIT DER SUSZEPTIBILITAET FUER M. CROHN
UND FUER DIE
C. ULCEROSA ASSOZIIERT 59
5.3.1 HAPLOTYPENFREQUENZEN IM DMBT1-GEN BEI M. CROHN 60
5.3.2 HAPLOTYPENFREQUENZEN IM DMBT1-GEN BEI DER C. ULCEROSA 66
5.4 DIE DMBT
1 -POLYMORPHISMEN HABEN
EINEN ENFLUSS AUF DIE PHAENOTYPISCHEN
EIGENSCHAFTEN BEI M. CROHN UND C. ULCEROSA 72
5.4.1 GENOTYP-PHAENOTYP-KORRELATION DES DMSD-GENS MIT M. CROHN 72
5.4.2 GENOTYP-PHAENOTYP-KORRELATIONEN DES DMBT 1-GENS MIT DER C. ULCEROSA
76
5.5 EPISTASIS: UNTERSUCHUNG VON
GEN-GEN-INTERAKTIONEN ZWISCHEN DEN DMBT1-GEN
UND WEITEREN SUSZEPTIBIIITAETSGENEN FUER CED 77
5.5.1 EPISTASIS-ANALYSE BEZUEGLICH DEM A/002-GEN 78
5.5.2 EPISTASIS-ANALYSE BEZUEGLICH DEM IL23R-GEN 78
5.5.3 EPISTASIS-ANALYSE BEZUEGLICH DEM /L27-GEN 79
5.6 ZUSAMMENFASSUNG DER
ERGEBNISSE 80
VI
6 DISKUSSION 82
6.
1 KRITISCHE EVALUATION DES
STUDIENDESIGNS UND DER
GENOTYPISIENJNGS-METHODE 82
6.2 EVALUATION DER
GENOTYPISIERUNG 86
6.2.1 D/WB7 J-POLYMORPHISMEN SIND MIT CED ASSOZIIERT 86
6.2.2 HAPLOTYPEN IM DMBT1-GEN ZEIGEN ASSOZIATIONEN MIT CED 93
6.2.3 GENOTYP-PHAENOTYP-KORRELATIONEN ZWISCHEN DMB7 J-POLYMORPHISMEN UND
CED..
93
6.2.4 EPISTASIS: GEN-GEN-INTERAKTIONEN VON DMBT1 MIT NOD2, IL23 UND IL27
94
6.3
HYPOTHESEN ZUR ROLLE DER DMBT1-POLYMORPHISMEN IN DER
CED-PATHOGENESE 95
6.3.1 MUTATIONEN IM DMBT1-GEN BEEINFLUSSEN DIE AUFRECHTERHALTUNG DER
SCHLEIMHAUTBAMERE 95
6.3.2 MUTATIONEN IM DMBT1-GEN BEEINFLUSSEN DIE RESTITUTION DER
GESCHAEDIGTEN
INTESTINALEN SCHLEIMHAUT IN CED 102
6.3.3 SCHLUSSFOLGERUNG UND AUSBLICK: DIE INTEGRATIVE ROLLE DES DMBT
1-GENS FUER DIE
AUFRECHTERHALTUNG DER SCHLEIMHAUTBAMERE ZWISCHEN PATHOGEN-ABWEHR UND
GEWEBEREGENERIERUNG IN CED 108
7 ZUSAMMENFASSUNG 113
TABELLEN- UND ABBILDUNGSVERZEICHNIS 115
LITERATURVERZEICHNIS. 117
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