Optimierung der T-Zell-Klonalitätsanalyse bei peripheren T-Zell-Lymphomen an FFPE-Patientengewebe:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2013
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| Beschreibung: | 98 S. Ill., graph. Darst. |
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INHALTS- UND ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
INHALTS- UND ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
INHALTS- UND ABKUERZUNGSVERZEICHNIS 1
1 EINLEITUNG 6
1.1 PERIPHERE T-ZELL-LYMPHOME: EINE DIAGNOSTISCHE UND KLINISCHE
HERAUSFORDERUNG 6
1.1.1 EPIDEMIOLOGIE, KLINISCHE PRAESENTATION UND VERLAUF 6
1.1.2 KLASSIFIKATION UND DIAGOSTIK 7
1.2 MOLEKULARE GRUNDLAGEN DER T-ZELL-KLONALITAETSANALYSE 10
1.2.1 T-ZELL-ENTWICKLUNG UND T-ZELL-REZEPTOR 10
1.2.2 T-ZELL-REZEPTORREARRANGEMENT 12
1.2.3 ANWENDUNGSMOEGLICHKEITEN FUER DIE ROUTINEDIAGNOSTIK 15
1.3 AKTUELLE ANSAETZE ZUR T-ZELL-KLONALITAETSANALYSE 17
1.3.1 DIE MULTIPLEX-PCRS NACH MCCARTHY ET AL. UND TRAINOR ET AL 17
1.3.2 DIE ASSAYS DES BIOMED-2 PROJEKTS 18
1.3.3 SCHWAECHEN DER AKTUELL ANGEWANDTEN VERFAHREN 21
1.4 ZIELSETZUNG DER ARBEIT 24
2 MATERIAL UND METHODEN 26
2.1 HERKUNFT UND AUSWAHL DER STUDIENFAELLE 26
2.1.1 ZUSAMMENSETZUNG DES PATIENTENKOLLEKTIVS 26
2.1.2 ZUSAMMENSETZUNG DER KONTROLLFAELLE 28
2.2 EXTRAKTION UND AUFREINIGUNG VON DNA AUS FORMALIN-FIXIERTEM
PARAFFINGEWEBE 29
2.3 PCR 30
2.3.1 PCR ZUR BESTIMMUNG DER DNA-QUALITAET 30
2.3.2 DIE MULTIPLEX-PCR NACH MCCARTHY ET AL 32
2.3.3 DIE MULTIPLEX-PCR NACH TRAINOR ET AL 33
2.3.4 DIE ASSAYS DES BIOMED-2-PROJEKTS 34
2.4 GELELEKTROPHORESE 36
1
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IMAGE 2
INHALTS- UND ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
2.4.1 AGAROSEGELELEKTROPHORESE 36
2.4.2 KAPILLARELEKTROPHORESE AM GENOMELAB GEXP ANALYZER 37
2.4.3 KRITERIEN ZUR AUSWERTUNG 38
2.5 STATISTISCHE VERFAHREN 39
3 ERGEBNISSE 40
3.1 DNA-QUALITAET 40
3.1.1 QUALITAET DER EXTRAHIERTEN DNA 40
3.1.2 AUSWIRKUNG EINER AUFREINIGUNG DER LYSATE AUF DIE
AMPLIFIZIERBARKEIT DER DNA 42
3.2 SENSITIVITAET DER T-ZELL-KLONALITAETSANALYSEN IN BEZUG AUF DEN ANTEIL
DER
KLONALEN ZELLEN IM GEWEBE 44
3.3 ERGEBNISSE FUER DAS GESAMTKOLLEKTIV 45
3.3.1 ERGEBNISSE DER MCCARTHY-PCR-ANALYSE DES GESAMTKOLLEKTIVS.. 45
3.3.2 ERGEBNISSE DER TRAINOR-PCR-ANALYSE DES GESAMTKOLLEKTIVS 47
3.3.3 EINFLUSS DER KOMBINATION DER MCCARTHY- UND DER
TRAINOR-PCRERGEBNISSE AUF SENSITIVITAET UND SPEZIFITAET 49
3.4 ERGEBNISSE DES SUBKOLLEKTIVS 51
3.4.1 ERGEBNISSE DER MCCARTHY- UND TRAINOR-PCR-ANALYSEN DES
SUBKOLLEKTIVS 52
3.4.2 ERGEBNISSE DES BIOMED-2 TCRY-ASSAYS FUER DAS SUBKOLLEKTIV.. 54
3.4.3 ERGEBNISSE DES BIOMED-2 TCRSS-ASSAYS FUER DAS SUBKOLLEKTIV.. 55
3.4.4 EINFLUSS DER KOMBINATION DER ERGEBNISSE DER BIOMED-2 TCRYUND
TCRSS-ASSAYS AUF SENSITIVITAET UND SPEZIFITAET 57
3.5 ANALYSE MOEGLICHER URSACHEN FUER FALSCH-POSITIVE UND FALSCH-NEGATIVE
ERGEBNISSE 59
3.5.1 EINFLUSS DES GEWEBETYPS 59
3.5.2 EINFLUSS DER DNA-QUALITAET 61
3.5.3 UNTERSCHIEDE ZWISCHEN VERSCHIEDENEN DIAGNOSTISCHEN ENTITAETEN62
4 DISKUSSION 65
2
IMAGE 3
INHALTS- UND ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
4.1 QUALITATIVE EIGNUNG VON FFPE-GEWEBE FUER T-ZELL-KLONALITAETSANALYSEN
65
4.1.1 STELLENWERT DER DNA-AUFREINIGUNG BEI T-ZELL-KLONALITAETSANALYSEN
66
4.2 MAXIMAL ERREICHBARE SENSITIVITAET DER KLONALITAETSANALYSEN IN BEZUG
AUF
DEN ANTEIL DER KLONALEN ZELLEN IM GEWEBE 67
4.3 SENSITIVITAET UND SPEZIFITAET DER T-ZELL-KLONALITAETSANALYSEN 68
4.4 URSACHEN FALSCH-POSITIVER UND FALSCH-NEGATIVER BEFUNDE BEI
T-ZELLKLONALITAETSANALYSEN 74
4.5 FAZIT - PRAKTISCHES VORGEHEN BEI DER T-ZELL-KLONALITAETSANALYSE AN
FFPE-PATIENTENGEWEBE 79
5 ZUSAMMENFASSUNG 82
6 LITERATURVERZEICHNIS 83
7 ANHANG 92
7.1 ABBILDUNGSVERZEICHNIS 92
7.2 TABELLENVERZEICHNIS 93
7.3 VERZEICHNIS DER VERWENDETEN CHEMIKALIEN UND GERAETE 94
8 VEROEFFENTLICHUNG 96
9 ERKLAERUNG ZUM EIGENANTEIL 97
10 DANKSAGUNG 98
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