Funktion des Transkriptionsregulators FarR in Neisseria meningitidis:
Gespeichert in:
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2011 [erschienen] 2012
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I EINLEITUNG
1. BEDEUTUNG UND EPIDEMIOLOGIE VON NEISSERIA MENINGITIDIS
2. INFEKTION, PATHOGENESE UND IMMUNANTWORT
2.1 KLINISCHES BILD DER MENINGOKOKKEN-ERKRANKUNGEN
2.2 PATHOGENESE DER MENINGOKOKKEN-MENINGITIS
2.3 PATHOGENETISCH WICHTIGE ADHAESIONS-MOLEKUELE IN NEISSERIA MENINGITIDIS
2.3.1. NEISSERIA ADHESIN A (NADA)
2.3.2 OPACITY PROTEIN C (OPC)
2.4 ROLLE DER HUMANEN GRANULOZYTEN IN DER ABWEHR VON NEISSERIA
MENINGITIDIS
3. REGULATION DER GENEXPRESSION IN BAKTERIEN
3.1 PRINZIPIEN DER REGULATION
3.2 DAS /AC-OPERON IN ESCHERICHIA COLI ALS MODELL DER
TRANSKRIPTIONSREGULATION
4. INTERAKTION VON DNA UND PROTEINEN
4.1 STRUKTUR DNA-BINDENDER PROTEINE: DAS HELIX-TURN-HEIIX- MOTIV
4.2 BINDUNG VON PROTEIN UND NUKLEINSAEURE
5. DER FAR-REGULATOR IN NEISSERIA MENINGITIDIS UND NEISSERIA GONORRHOEAE
5.1 DAS MAR-REGULON UND DIE MARR-FAMILIE
5.2 STRUKTURELLER AUFBAU DER MAR-REGULATOR-PROTEINE
5.3 DER FAR-REGULATOR IN NEISSERIA GONORRHOEAE
5.4 DER FAR-REGULATOR IN NEISSERIA MENINGITIDIS
6. DAS ZWEI-PARTNER-SEKRETIONS-SYSTEM
6.1 EINFUEHRUNG
6.2 ALLGEMEINER AUFBAU
6.3 AUFBAU UND FUNKTION DESTPSB-TRANSPORTPROTEINS AM BEISPIEL VON B.
PERTUSSIS
6.4 DAS ZWEI-PARTNER-SEKRETIONSSYSTEM IN NEISSERIA MENINGITIDIS
7. ZIELE DER ARBEIT
II MATERIAL UND METHODEN
1. MATERIAL
1.1 GERAETE
1.2 VERBRAUCHSMATERIAL
1.3 REAKTIONSKITS
1.4 CHEMIKALIEN
1.5 PUFFER UND LOESUNGEN
1.6 NAEHRMEDIEN UND ZUSAETZE
1.7 NEISSERIA GONORRHOEAE-STAEMME
1.8 NEISSERIA MENINGITIDIS- STAEMME
1.9 OLIGONUKLEOTID-PRIMER
1.10 SOFTWARE
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IMAGE 2
2. METHODEN
2.1 KULTURBEDINGUNGEN FUER NEISSERIA MENINGITIDIS
2.2 KULTURBEDINGUNGEN FUER NEISSERIA GONORRHOEAE
2.3 KRYOKONSERVIERUNG VON NEISSERIA MENINGITIDIS UND NEISSERIA
GONORRHOEAE
2.4 ANLEGEN EINER FLUESSIGKULTUR
2.5 MESSUNG DER KEIMZAHL MITTELS OPTISCHER DICHTE
2.6 BESTIMMEN DER KOLONIENZAHL EINER PLATTENKULTUR
2.7 AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
2.8 POLYMERASE-KETTEN-REAKTION
2.9 AUFREINIGUNG VON PCR-PRODUKTEN MIT DEM PCR-PURIFICATION-KIT
2.10 AUFREINIGUNG VON PCR-PRODUKTEN MIT DEM GEI-EXTRACTION-KIT
2.11 ISOLIERUNG GENOMISCHER DNA AUS NEISSERIA MENINGITIDIS
2.12 VERHALTEN VON NEISSERIA GONORRHOEAE BEI KONTAKT MIT LANGKETTIGEN
FETTSAEUREN
2.12.1 PRAEPARATION DERAGARPLATTEN
2.12.2 EINSTELLEN DER BAKTERIENZAHL
2.12.3 RESISTENZ-TEST
2.13 WAECHSTUMSKURVE UND GEWINNUNG VON LYSATEN
2.14 BESTIMMUNG DER PROTEINKONZENTRATION: BICINCHONINICACID-ASSAY
(BCA-ASSAY)
2.15 SODIUMDODECYLSULFATPOLYACRYIAMID-GEL-ELEKTROPHORESIS (SDS-PAGE)
2.16 WESTERN BLOT
2.17 EIECTROPHORETIC MOBOLITY SHIFTASSAY (EMSA)
2.17.1 VORBEREITUNG DER DNA-SONDEN
2.17.2 MARKIERUNG DER DNA-SONDEN MIT DIGOXIGENIN
2.17.3 KONTROLLE DER DIGOXIGENIN- MARKIERUNG
2.17.4 EIECTROPHORETIC MOBILITY SHIFT-REAKTION
2.17.5 SOUTHWESTERN-BLOT UND DIGOXIGENIN-NACHWEIS
2.17.6 KOMPETITIVER EMSA
2.17.6 ANTIKOERPER-EMSA
2.18 INFEKTION HUMANER GRANULOZYTEN MIT NEISSERIA MENINGITIDIS
2.18.1 ISOLIERUNG HUMANER POLYMORPHKERNIGER LEUKOZYTEN AUS VOLLBLUT
2.18.2 INFEKTION DER GRANULOZYTEN
2.19 SEQUENZIERUNG DES HRPS-GENS IN VERSCHIEDENEN NEISSERIA
MENINGITIDIS- STAEMMEN
2.19.1 GEWINNUNG GENOMISCHER DNA ALS PCR-TEMPLATE
2.19.2 PCR ZUR ISOLATION UND AMPLIFIKATION DES GENS
2.19.3 REINIGUNG DER PCR-PRODUKTE
2.19.4. BESTIMMUNG DER DNA-KONZENTRATION
2.19.5 SEQUENZIERUNGSREAKTION
IMAGE 3
III ERGEBNISSE
1. EXPRESSION DES PROTEINS FARR IM WACHSTUMSVERLAUF
2. VERHALTEN VON NEISSERIA MENINGITIDIS BEI KONTAKT MIT PALMITINSAEURE
3. VERHALTEN VON NEISSERIA GONORRHOEAE BEI KONTAKT MIT PALMITINSAEURE
4. ELECTROPHORETIC MOBILITY SHIFTASSAYS (EMSA)
4.1 ELECTROPHORETIC MOBILITY SHIFTASSAY MIT FARR UND NMB0071, NMB0493,
NMB1053, NMB1780, NMB1882 UND NMB2053
4.2 ELECTROPHORETIC MOBILITY SHILTASSAY MIT NMB1053 UND FARR-GRADIENT
4.3 ANTIKOERPER-E/ECJRAPHOREF/C MOBILITY SHIFTASSAY
4.4 KOMPETITIVER ELECTROPHORETIC MOBILITY SHIFTASSAY
5. INFEKTION HUMANER GRANULOZYTEN MIT NEISSERIA MENINGITIDIS
6. SEQUENZ-ANALYSE DES HEMAGGLUTININ/HEMOIYSIN-RELATED PROTEIN B-GENS (
HRPB)
6.1 VERWENDETE STAEMME
6.2 ANALYSE DER PUTATIVEN BINDESTELLE DES REGULATORS FARR
6.3 ALIGNMENT DER ZIRPSS-NUKLEOTID-SEQUENZEN MIT DEN REFERENZSTAEMMEN
Z2491, MC58, FAM18 UND A14
7.4 TRANSLATION DER /IRPSS-NUKLEOTID-SEQUENZ IN DIE AMINOSAEURE-SEQUENZ
7.5 PHYLOGENETISCHE ANALYSE
7.6 BERECHNUNG DER DREIDIMENSIONALEN STRUKTUR VON HRPB
7.6.1 SEQUENZ-ALIGNMENT DES NEISSERIA MENINGITIDIS HRPB UND
B. PERTUSSIS FHAC
7.6.2 DARSTELLUNG DER DREIDIMENSIONALEN STRUKTUR VON HRPB
IV DISKUSSION
1. WACHSTUMSABHAENGIGE EXPRESSION UND REGULATION VON FARR
2. FETTSAEURE-RESISTENZ IN NEISSERIA MENINGITIDIS UND NEISSERIA
GONORRHOEAE
2. WACHSTUMSABHAENGIGE EXPRESSION UND REGULATION VON FARR
3. ROLLE VON FARR BEI DER INFEKTION HUMANER GRANULOZYTEN
4. INTERAKTION DES TRANSKRIPTIONSREGULATORS FARR MIT DER DNA
5. SEQUENZANALYSE DES HRPSS-GENS IN NEISSERIA MENINGITIDIS- ISOLATEN
5.1 ALIGNMENT DER PUTATIVEN FARR-BINDESTELLE
5.2 VERTEILUNG UND PHYLOGENETISCHE ANALYSE DER HRPB- GENE
IN NEISSERIA MENINGITIDIS
5.3 AUSWERTUNG DER NUKLEOTID- UND AMINOSAEURE-SEQUENZEN
5.4 DREIDIMENSIONALE STRUKTUR VON HRPB
5.5 MEDIZINISCHE BEDEUTUNG VON HRPB
IMAGE 4
V ZUSAMMENFASSUNG
VI LITERATURNACHWEIS
VII ANHANG
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