Polymorphismen der Gensequenz viraler Erkennungsstrukturen und deren Einfluss auf den Verlauf der Hepatitis-C-Infektion:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
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2012
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 1
1.1 ALLGEMEINES ZUR HEPATITIS-C-VIRUS-INFEKTION 2
1.1.1 EPIDEMIOLOGIE UND UEBERTRAGUNGSWEGE 2
1.1.2 CHARAKTERISIERUNG DES HEPATITIS-C-VIRUS 2
1.1.2.1 GENOMISCHE ORGANISATION UND STRUKTUR DES VIRIONS 2
1.1.2.2 GENETISCHE VARIABILITAET DES VIRUS 4
1.1.2.3 VIRALER LEBENSZYKLUS 4
1.1.3 KLINISCHER VERLAUF DER INFEKTION 6
1.1.4 DIAGNOSTIK DER HCV-LNFEKTION 7
1.1.5 BEHANDLUNG DER HCV-LNFEKTION 7
1.2 DAS ANGEBORENE IMMUNSYSTEM UND VIRALE INFEKTIONEN 9
1.2.1 INTERFERONE UND DEREN ROLLE BEI VIRALEN INFEKTIONEN 9
1.2.2 REZEPTOREN DES ANGEBORENEN IMMUNSYSTEMS ZUR ERKENNUNG VIRALER
STRUKTUREN 11
1.2.2.1 TOLL-WRA-REZEPTOREN (TLRS) 11
1.2.2.2 RIG-L-//TE-HELIKASEN (RLHS) 12
1.2.2.2.1 STRUKTURELLE UND FUNKTIONELLE CHARAKTERISIERUNG DER RLHS 12
1.2.2.2.2 DURCH RLHS ERKANNTE PATHOGENE MUSTER UND VIREN 14
1.2.2.3 ERKENNUNG DES HEPATITIS-C-VIRUS 15
1.3 BEDEUTUNG DER SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHLSMS 17
1.3.1 BEDEUTUNG DER SNPS IM RAHMEN DER HCV-LNFEKTION 18
1.4 FRAGESTELLUNG 20
2 MATERIAL UND METHODEN 23
2.1 GERAETE UND VERBRAUCHSMATERIALIEN 23
2.2 REAGENZIEN UND REAGENZIENSAETZE 24
2.3 PLASMIDE 25
2.4 ANTIKOERPER 25
2.5 PUFFER UND MEDIEN 26
2.6 PRIMER 27
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IMAGE 2
2.7 SOFTWARE 28
2.8 STUDIENPOPULATION 29
2.9 ZELLULAER-IMMUNOLOGISCHE METHODEN 29
2.9.1 ZELLKULTUR 29
2.9.1.1 ALLGEMEINES 29
2.9.1.2 BESTIMMUNG DER ZELLZAHL UND DER VITALITAET 30
2.9.1.3 VERWENDETE ZELLLINIE 30
2.9.1.4 AUFTAUEN VON ZELLEN 30
2.9.1.5 EINFRIEREN VON ZELLEN 30
2.9.1.6 KULTIVIERUNG VON ADHAERENT WACHSENDEN ZELLEN 30
2.9.2 TRANSIENTETRANSFEKTION VON HEK 293 ZELLEN 31
2.9.3 STIMULATION VON HEK 293 ZELLEN 31
2.9.4 ENZYME-IINKED IMMUNOSORBENT ASSAY (ELISA) 32
2.9.5 LUZIFERASE-REPORTERVERSUCH 33
2.10 PROTEINBIOCHEMISCHE METHODEN 33
2.10.1 HERSTELLUNG VON ZELLLYSATEN 34
2.10.2 PROTEINKONZENTRATIONSBESTIMMUNG 34
2.10.3 SDS-POLYACRYLAMIDGELELEKTROPHORESE (SDS-PAGE) 34
2.10.4 WESTERN-BLOT (SEMI-DRY-BLOT) 35
2.10.5 PROTEINDETEKTION 36
2.11 MOLEKULARBIOLOGISCHE METHODEN 37
2.11.1 BAKTERIENANZUCHT 37
2.11.2 GENERIERUNG KOMPETENTER BAKTERIEN 37
2.11.3 HERSTELLUNG VON E. COLI-DAUERKULTUREN 38
2.11.4 HITZESCHOCK-TRANSFORMATION 38
2.11.5 AGAROSE-GELELEKTROPHORESE 38
2.11.6 POLYMERASE-KETTEN-REAKTION 39
2.11.6.1 GRUNDPRINZIPIEN 39
2.11.6.2 ZIELGERICHTETE MUTAGENESE 40
2.11.7 ISOLATION VON PLASMID-DNA 42
2.11.8 SEQUENZIERUNG DER MUTIERTEN PLASMIDE 43
2.11.9 ISOLATION VON GENOMISCHER DNA 43
2.11.10 MESSUNG DER DNA-KONZENTRATION DER PROBEN 44
2.12 GENOTYPISIERUNG DER PATIENTENPROBEN 45
2.12.1 FRET-BASIERTE GENOTYPISIERUNG DER POLYMORPHISMEN 45
2.12.1.1 GRUNDPRINZIPIEN DER METHODE 45
2.12.1.2 DURCHFUEHRUNG DER EXPERIMENTE 46
II
IMAGE 3
2.13 STATISTISCHE ANALYSE
48
3 ERGEBNISSE 51
3.1 ERGEBNISSE DER GENOTYPISIERUNG 51
3.1.1 DEMOGRAPHISCHE CHARAKTERISTIKA DER STUDIENPOPULATION 51
3.1.2 CHARAKTERISIERUNG DER UNTERSUCHTEN POLYMORPHISMEN 53
3.1.3 ANALYSE DER GENOTYPVERTEILUNG IN KONTROLLGRUPPE UND
PATIENTENGRUPPEN 54
3.1.4 HARDY-WEINBERG-EQUILIBRIUM 56
3.1.5 KORRELATION DER ALLELVERTEILUNG MIT DEM VERLAUF DER
HEPATITIS-C-INFEKTION 57
3.1.6 KORRELATION DER ALLELVERTEILUNG MIT PROTEKTION BEI INFEKTION 60
3.1.7 ANALYSE DES KOPPLUNGSUNGLEICHGEWICHTS 64
3.1.8 HAPLOTYPANALYSE 66
3.2 FUNKTIONELLE VERGLEICHE 71
3.2.1 FUNKTIONELLE VERGLEICHE DER RIG-I-MUTANTEN 72
3.2.2 FUNKTIONELLE VERGLEICHE DER MDA5-MUTANTEN 75
3.2.3 FUNKTIONELLE VERGLEICHE DER LGP2-MUTANTEN 81
3.2.4 FUNKTIONELLE VERGLEICHE DER MAVS-MUTANTEN 83
4 DISKUSSION 87
4.1 INTERPRETATION DER ERGEBNISSE IM KONTEXT DER AKTUELLEN LITERATUR 87
4.1.1 DER AMINOSAEUREAUSTAUSCH S183I FUEHRT ZU STARKER
FUNKTIONSEINSCHRAEN-KUNG VON RIG-I 87
4.1.2 DAS A-ALLEL BEI RS172117280 IST OFFENBAR PROTEKTIV BEI EINER
HCV-LNFEKTION 89
4.1.3 DIE VARIANTE MAVS 198K IST KONSTITUTIV AKTIV 90
4.1.4 DIE ROLLE VON MDA5 BEIM KRANKHEITSVERIAUF DER HCV-LNFEKTION 91
4.1.4.1 DER POLYMORPHISMUS RS3747517 IST MIT DEM SPONTANEN AUSHEILEN DER
HEPATITIS-CINFEKTION ASSOZIIERT 91
4.1.4.2 DER HAPLOTYP T/T BEI RS3747517 UND RS1990760 IST STARK MIT DER
SELBSTLIMITIERENDEN
HCV-LNFEKTION ASSOZIIERT 93
4.1.4.3 DIE BEDEUTUNG DER RESTE 843 UND 946 IN MDA5 BEI DER ANTIVIRALEN
IMMUNANTWORT 94
4.1.4.4 DIE ROLLE EINER PROINFLAMMATORISCHEN IMMUNANTWORT BEI DER
HCV-LNFEKTION 95
4.1.4.5 DIE ROLLE VON TYP-ILL-INTERFERONEN BEI DER HCV-LNFEKTION 96
4.1.5 DIE ROLLE VON MDA5 BEI DER ENTWICKLUNG VON TYP-1-DIABETES 97
4.2 AUSBLICK UND THERAPEUTISCHE KONSEQUENZEN 99
5 ZUSAMMENFASSUNG 103
6 LITERATURVERZEICHNIS 105
III
IMAGE 4
7 ANHANG
7.1 ABKUERZUNGEN
7.2 PUBLIKATIONEN
7.2.1 ORIGINALARBEITEN
7.2.2 VORTRAEGE
7.2.3 POSTERPRAESENTATIONEN
7.3 CURRICULUM VITAE
7.4 DANKSAGUNG
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