Epidemiologische Studie zum Nachweis ausgewählter Mykobakterien-Spezies bei Wildschweinen in Deutschland:
Gespeichert in:
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|---|---|
| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Gießen
VVB Laufersweiler Verlag
2011
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| Ausgabe: | 1. Aufl. |
| Schriftenreihe: | Edition Scientifique
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| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | IX, 145 S. Ill., graph. Darst. |
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 1
2 LITERATURUEBERSICHT 3
2.1 MYKOBAKTERIEN 3
2.2 MYCOBACTERIUM AVIUM COMPLEX (MAC) 4
2.2.1 MYCOBACTERIUM AVIUM SSP. HOMINISSUIS,
MYCOBACTERIUM AVIUM SSP. AVIUM 5
2.2.1.1 TAXONOMIE 5
2.2.1.2 VORKOMMEN 6
2.2.1.3 KLINIK, PATHOLOGIE UND EPIDEMIOLOGIE DER MYKOBAKTERIOSEN BEI
SCHWEINEN 6
2.2.2 MYCOBACTERIUM AVIUM SSP. PARATUBERCULOSIS (MAP) 8
2.2.2.1 TAXONOMIE UND CHARAKTERISTIKA 8
2.2.2.2 VORKOMMEN UND TENAZITAET 9
2.2.2.3 PARATUBERKULOSE: KLINIK, PATHOLOGIE UND EPIDEMIOLOGIE 11
2.3 MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEX (MTC) 15
2.3.1 TAXONOMIE 15
2.3.2 VORKOMMEN UND TENAZITAET 16
2.3.3 KLINIK, PATHOLOGIE UND EPIDEMIOLOGIE DER TUBERKULOSE 18
2.4 DAS WILDSCHWEIN ALS ERREGERRESERVOIR 22
2.4.1 SOZIALSTRUKTUR, POPULATIONSDICHTE UND LEBENSWEISE ALS WICHTIGE
EINFLUSSFAKTOREN FUER DIE VERBREITUNG VON KRANKHEITSERREGERN 22
2.4.2 EINSCHAETZUNG DES INFEKTIONSRISIKOS UND WICHTIGE FAKTOREN, WELCHE
DIE UEBERTRAGUNG BEEINFLUSSEN 25
2.5 DIAGNOSTISCHE VERFAHREN ZUM MYKOBAKTERIENNACHWEIS 26
2.5.1 MIKROSKOPISCHER NACHWEIS 26
2.5.2 KULTURELLER NACHWEIS 26
2.5.3 POLYMERASE KETTENREAKTION (PCR) 27
3 ARBEITSTHESE 34
4 MATERIAL UND METHODEN 35
4.1 PROBENMATERIAL 35
4.1.1 ENTNAHME UND KONSERVIERUNG DER PROBEN 38
4.1.2 ZAHNALTERSSCHAETZUNG 38
4.1.3 GEWICHTSSCHAETZUNG/-BESTIMMUNG 39
VI
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN HTTP://D-NB.INFO/101242278X
DIGITALISIERT DURCH
IMAGE 2
4.1.4 GESCHLECHTSBESTIMMUNG 39
4.1.5 ERNAEHRUNGSZUSTAND 39
4.1.6 SONSTIGE BEOBACHTUNGEN AM EINZELTIER 40
4.2 BEARBEITUNG DES PROBENMATERIALS 40
4.2.1 DNA-ISOLIERUNG AUS MESENTERIALLYMPHKNOTEN 40
4.2.2 PHOTOMETRISCHE BESTIMMUNG DER DNA-KONZENTRATION 41
4.2.3 PROBENBEARBEITUNG FUER DIE KULTURELLE ANZUCHT 42
4.3 PCR 42
4.3.1 KONVENTIONELLE PCR 43
4.3.1.1 SPEZIFITAET 48
4.3.1.2 ANALYTISCHE SENSITIVITAET 49
4.3.1.3 OPTIMIERUNG DER ANNEALINGTEMPERATUREN 50
4.3.1.4 AUSWAHL DER PRIMER 50
4.3.2 REAL-TIME PCR 51
4.3.2.1 SPEZIFITAET 54
4.3.2.2 ANALYTISCHE SENSITIVITAET 54
4.3.2.3 OPTIMIERUNG DER ANNEALINGTEMPERATUREN 54
4.3.2.4 BESTIMMUNG DER MITTLEREN SCHMELZTEMPERATUR DER
PCR-AMPLIFIKATE 55
4.3.2.5 ERMITTLUNG DER QUANTIFIZIERUNGSGRENZE 55
4.3.2.6 OPTIMIERUNG DER EINGESETZTEN DNA-MENGE 56
4.3.3 NACHWEIS VON M. BOVIS, M. TUBERCULOSIS UND VON M. AFRICANUM, M.
CAPRAE, M. PINNIPEDII, M. M/CRAF; MITTELS REAL-TIME PCR 56
4.4 KULTURELLE ANZUCHT 56
4.5 SEQUENZIERUNGSARBEITEN 57
4.5.1 DNA-SEQUENZIERUNG (NACH SANGER) 57
4.5.2 PYROSEQUENCING* 58
4.5.2.1 AUFBEREITUNG DER PCR-AMPLIFIKATE FUER DIE PYROSEQUENZIERUNG 58
4.5.3 UEBERPRUEFUNG DER NUKLEINSAEURESEQUENZEN 59
4.6 VERWENDETE INTERNETDATENBANKEN 60
4.7 STATISTISCHE AUSWERTUNG 60
5 ERGEBNISSE 61
5.1 TIERKOLLEKTIV 61
5.2 AUSWAHL DER PRIMER FUER DIE KONVENTIONELLE PCR 61
VII
IMAGE 3
5.3 SPEZIESDIFFERENZIERUNG INNERHALB DES MTC-KOMPLEXES MIT DER
REAL-TIME PCR 65
5.3.1 OPTIMIERUNG DER PRIMERKONZENTRATIONEN 65
5.3.2 SPEZIFITAET UND ANALYTISCHE SENSITIVITAET 65
5.3.3 BESTIMMUNG DER MITTLEREN SCHMELZTEMPERATUR DER AMPLIFIKATE 66
5.3.4 BESTIMMUNG DER QUANTIFIZIERUNGSGRENZE 66
5.3.5 OPTIMIERUNG DER EINGESETZTEN DNA-MENGE 68
5.4 PRAEVALENZEN VON MTC 69
5.4.1 ZUSAMMENHANG ZWISCHEN MTC-PRAEVALENZ UND ALTER 73
5.4.2 ZUSAMMENHANG ZWISCHEN GESCHLECHT UND MTC- PRAEVALENZEN 73
5.4.3 ZUSAMMENHANG ZWISCHEN KOERPERGEWICHT UND MTC-PRAEVALENZEN 73
5.4.4 ZUSAMMENHANG ZWISCHEN DEM AUFTRETEN VON GRANULOMEN UND
MTC-PRAEVALENZEN 74
5.5 PRAEVALENZEN VON M. TUBERCULOSIS, M. BOVIS/BCG UND M.
MICROTI/AFRICANUM/PINNIPEDII/CAPRAE 74
5.5.1 QUANTIFIZIERUNG DER ERREGERMENGEN 77
5.5.2 SEQUENZIERUNG 79
5.6 PRAEVALENZEN VON MAC 81
5.7 PRAEVALENZEN VON M. AVIUM SSP. AVIUM/SILVATICUM, M. AVIUM SSP.
HOMINISSUIS UND MAP 81
5.8 KULTURELLE ANZUCHT 81
6 DISKUSSION 83
6.1 METHODENKRITIK 83
6.2 PCR 86
6.3 KULTURELLE ANZUCHT 87
6.4 PRAEVALENZEN 88
6.4.1 PRAEVALENZEN VON MTC BEIM WILDSCHWEIN 89
6.4.2 PRAEVALENZEN VON M. TUBERCULOSIS, M. BOVIS/BOVIS BCG, M.
AFRICANUM/PINNIPEDII/MICROTI/CAPRAE 92
6.4.3 PRAEVALENZEN VON M. A. SSP. AVIUM/SILVATICUM, M. A. SSP.
HOMINISSUIS,
M. A. SSP. PARATUBERCULOSIS 93
6.4.4 PRAEVALENZEN VON SONSTIGEN MYKOBAKTERIEN 93
6.5 INTERAKTIONEN ZWISCHEN WILDSCHWEINEN UND NUTZTIEREN 94
6.6 ZOONOTISCHE ASPEKTE 95
VIII
IMAGE 4
7 FAZIT 97
8 ZUSAMMENFASSUNG 99
9 SUMMARY 101
10 LITERATURVERZEICHNIS 103
11 ABKUERZUNGEN 140
12 ANHANG 142
12.1 ANSAETZE FUER LOESUNGEN 142
13 DANKSAGUNG 144
IX
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