Peptidomanalytik mit MALDI-TOF Massenspektrometrie: von der Präanalytik zur klinischen Diagnostik
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
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Aachen
Shaker
2010
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| Beschreibung: | VIII, 144 S. Ill., graph. Darst. 210 mm x 148 mm, 228 gr. |
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| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS HI INHALTSVERZEICHNIS INHALTSVERZEICHNIS. ///
BIBLIOGRAPHISCHE BESCHREIBUNG. VIII 1. EINLEITUNG. 1 1.1 KLINISCHE
PROTEOM- UND PEPTIDOMANALYTIK 1 1.1.1 BEGRIFFSDEFINITIONEN 1 1.1.2
GRUNDPRINZIPIEN UND STUDIENDESIGN 2 1.1.} HOCHDURCHSAT^YERFAHREN
(SELDI-TOF MS UND MB-MALDI-TOF MS) 3 1.2 KLINISCHE PROTEOM- UND
PEPTIDOMANALYTIK BIOLOGISCHER FLUESSIGKEITEN 7 1.2.1 EINFUEHRUNG 7 1.2.2
SERUMPROTEOMIK UND-PEPTIDOMIK 7 1.2.3 URINPROTEOMIK UND -PEPTIDOMIK 10
1.2.4 UQUORPROTEOMIK UND -PEPTIDOMIK 12 1.2.5 ALLGEMEINE PRAEANALYTISCHE
ASPEKTE. 13 1.3 KLINISCHE PROTEOM- UND PEPTIDOMANALYTIK BEI
TUMORERKRANKUNGEN 15 1.3.1 EINFUEHRUNG 15 1.3.2 TUMORMARKER 15 1.3.2.1
DEFINITION UND KLASSIFIKATION DERTUMORMARKER. 15 1.3.2.2 DIAGNOSTISCHE
AUSSAGEKRAFT DER TUMORMARKER 15 1.3.3 PANKREASKARCINOM 18 1.3.3.1
EINFUEHRUNG 18 1.3.3.2 ETABLIERTE TUMORMARKER DES PANKREASKANGNOMS 19
1.4.3.3 KLINISCHE PROTEOM- UND PEPTIDOMANALYTIK BEIM PANKREASKAR^NOM 20
1.4 ZIELSTELLUNGEN DER HABILITATIONSARBEIT 22 2. GERATE, MATERIALIEN,
METHODEN UND AUSWERTUNG. 23 2.1 GERAETE 23 2.1.1 PEPTIDOMANALYTIK VON
SERUM, URIN UND LJQUOR 23 2.1.1.1 CHNPROTROBOT* PIPETTIERROBOTER 23
2.1.1.2 AUTOFLEXL LINEAR MALDI-TOFMS 23 2.1.1.3 BIBLIOGRAFISCHE
INFORMATIONEN HTTP://D-NB.INFO/100095871X DIGITALISIERT DURCH IV
INHALTSVERZEICHNIS 2.2 MATERIALIEN 25 2.2.1 CHEMIKALIEN 25 2.2.2
KALIBRATOREN DER PROTEOM- UND PEPTIDOMANALYTIK 26 2.2.3 MATERIALIEN ZUR
PROBENVORBEREITUNG 26 2.2.3.1 MANUELLE PROBENVORBEREITUNGEN 26 2.2.3.2
PROBENVORBEREITUNGEN MITTELS PIPETTIERROBOTER 27 2.2.4 MALDL-TARGETS 27
2.2.5 PROBEN FUER ANALYTISCHE UND PRAEANALJTISCHE PEPTIDOMUNTERSUCHUNGEN
27 2.2.5.1 SERUM UND PLASMA. 27 2.2.5.2 URIN 28 2.2.5.3 LIQUOR. 28 2.2.6
PROBEN FUER DIE KLINISCHE PEPTIDOMANALYTIK DES PANKREASKARZJNOMS 29 2.3
METHODEN 30 2.3.1 MB-MALDI-TOF MS-ANALYTIK 30 2.3.1.1
MAGNETPARTIKEL-BASIERTE (MB) PROBENVORBEREITUNG 30 2.3.1.2
MALDI-TARGETPRAEPARATIONEN 33 2.3.1.3 MALDI-TOFMS-ANALYTIK 34 2.4
BIOINFORMASSSCHE ANALYTIK 34 2.4.1 EINFUEHRUNG 34 2.4.2 *CLINPRO TOOLS
-SOFTWARE 34 2.4.3 KLASSIFIKATIONSALGORITHMEN 36 2.4.3.1 GENETISCHE
ALGORITHMEN (GA) 36 2.4.3.2 SUPPORT VECTOR MACHINE (SVM) 36 2.4.3.3
DECISION TREE (VT). 37 2.4.4 *PROTEOMICS.NET 37 2.4.5 MC-ANALYSEN 39
2.5 STRUKTURELLE AUFKLAERUNG VON KANDIDATEN/NASSEN 40 2.5.1
LC-MALDI-TOF/TOF MS 40 2.5.2 DIREKTEMALDI-TOF7T0FMS 40 2.53 ,JN SIHCO
SUCHE NACH KANDIDATENPEPTIDEN 41 2.5.4 ANTIKOERPERBASIERTE BESTAETIGUNG
DER MB-MALDI-TOF MS-MARKER 41 2.5.5 IMMUNOASSAY ZUR QUANTIFIZIERUNG VON
PLAETTCHENFAKTOR 4 41 3. EXPERIMENTE 42 3.1 ANALYTISCHE EIGENSCHAFTEN DER
MALDI-TOF MS FUER DIE PEPTIDOMANATYTIK 42 3.1.1 3.3.4.4
ANTIKOERPERBASIERTE BESTAETIGUNG DER MB-MALDI-TOF MS-MARKER. 53
INHALTSVERZEICHNIS V 3.1.2 REPRODUZIERBARKEIT 42 3.1.3 EJFIZJENZUND
SELEKTIVITAET DER MAGNETPARTIKELFRAKTIONIERUNG 43 3.2 PRAEANALYTISCHE
STOERFAKTOREN UND EINFLUSSGROESSEN 43 3.2.1 SERUM UND PLASMA 43 3.2.1.1
ANTIKOAGULANTIEN 43 3.2.1.2 GERINNUNGSZEITEN 43 3.2.1.3
LAGERUNGSBEDINGUNGEN 43 3.2.1.4 EINFRIER- UND AUFTAUZYKLEN 44 3.2.1.5
SERUM-ABNAHMESYSTEME 44 3.2.2 URIN 44 3.2.2.1 LAGERUNGSBEDINGUNGEN 44
3.2.2.2 EINFRIER- UND AUFTAUZYKLEN 45 3.2.2.3 URINGEWINNUNG. 45 3.2.2.4
HARNSTOFF UND SALZE 45 3.2.2.5 BLUTKONTAMINATION 45 3.2.2.6
BAKTERIENKONTAMINATION 46 3.2.2.7 NORMIERUNGEN DES URINS 46 3.2.3
LIQUOR. 47 3.2.3.1 LAGERUNGSBEDINGUNGEN 47 3.2.3.2 EINFRIER-UND
AUFTAUZYKLEN 47 3.2.3.3 EINFIUSS VON ALBUMIN UND IMMUNGLOBULINEN 47
3.2.3.4 BLUTKONTAMINATION 48 3.3 KLINISCHE SERUM-PEPTIDOMANALYTIK AM
BEISPIEL DES PANKREASKARZ/NOMS 49 3.3.1 STUDIENDESIGN, PATIENTEN UND
KONTROLLPERSONEN 49 3.3.1.1 EINSCHLUSSKRITERIEN 50 3.3.1.2
AUSSCHLUSSKRITERIEN 50 3.3.2 MB-MALDI-TOF MS-ANALYTIK 51 3.3.2.1
PEPTIDOM-VORFRAKTIONIERUNGEN 51 3.3.2.2 MALDI-TOF MSANALYTIK 52 3.3.3
BIOINFORMATISCHE ANALYTIK 52 3.3.4 STRUKTURELLE AUFKLAERUNG IVN
KANDIDATENMASSEN 52 3.3.4.1 LC-MALDI-TOF/TOF MS 52 3.3.4.2 DIREKTE
MALDI-TOF/TOF MS 53 3.3.4.3 *IN SILICO SUCHE NACH KANDIDATENPEPTIDEN.
53 VI INHALTSVERZEICHNIS 3.3.4.5 IMMUNOASSAY ZUR QUANTIFIZIERUNG VON
PLAETTCHENFAKTOR 4 53 3.4 ETHIKVOTEN 53 4. ERGEBNISSE 54 4.1 ANALYTISCHE
EIGENSCHAFTEN DER MALDI-TOF MS FUER DIE PEPTIDOMANALYTIK 55 4.1.1
MASSENGENAUIGKEIT 55 4.1.2 REPRODUZIERBARKEIT 57 4.1.3 EFFIZIENZ, UND
SELEKTIVITAET DER MAGNETPARTIKE/FRAKTIONIERUNG 60 4.2 PRAEANALYTISCHE
STOERFAKTOREN UND EINFLUSSGROESSEN 61 4.2.1 SERUM UND PLASMA 61 4.2.1.1
ANTIKOAGULANTIEN 61 4.2.1.2 GERINNUNGSZEITEN 62 4.2.1.3
LAGERUNGSBEDINGUNGEN 63 4.2.1.4 EINFRIER- UND AUFLAUZYKLEN 64 4.2.1.5
SERUM-ABNAHMESYSTEME 65 4.2.1.6 STANDARDPROTOKOLL FUER DIE
PEPTIDOMANALYTIK VON SERUM 67 4.2.2 URIN 67 4.2.2.1 LAGERUNGSBEDINGUNGEN
67 4.2.2.2 EINFRIER- UND AUFTAUZYKLEN 68 4.2.2.3 URINGEWINNUNG. 69
4.2.2.4 HARNSTOFF UND SALZE 70 4.2.2.5 BLUTKONTAMINATION 70 4.2.2.6
BAKTERIENKONTAMINATIONEN 70 4.2.2.7 NORMIERUNGEN DES URINS 72 4.2.2.8
STANDARDPROTOKOLL FUER DIE PEPTIDOMANALYTIK VON URIN 75 4.2.3 LIQUOR. 75
4.2.3.1 LAGERUNGSBEDINGUNGEN 75 4.2.3.2 EINFRIER- UND AUFTAUZYKLEN 76
4.2.3.3 EINFLUSS VON ALBUMIN UND IMMUNGLOBULINEN 77 4.2.3.4
BLUTKONTAMINATION 79 4.2.3.5 STANDARDPROTOKOLL FUER DIE PEPTIDOMANALYTIK
VON LIQUOR 79 4.3 KLINISCHE SERUM-PEPTIDOMANALYTIK AM BEISPIEL DES
PANKREASKARZJNOMS 81 4.3.1 PATIENTEN UND KONTROLLPERSONEN 81 4.3.1.1
ANAMNESTISCHE DATEN 81 4.3.1.2
..........,......»..,....,.....:.......,.........,...,...........:.**.**......,*......*.....:.....*......:
144 INHALTSVERZEICHNIS VII 4.3.1.2.2 ENZYME DES LEBER- UND
PANKREASSTOFFWECHSELS 82 4.3.1.2.3 INFLAMMATIONSMARKER, ALBUMIN UND
GESAMTEIWEISS 82 4.3.1.2.4 HAEMATOLOGISCHE PARAMETER. 83 4.3.1.2.5
TUMORMARKER 83 4.3.2 NACHWEIS DISKRIMINIERENDER MASSENPEAKS 84 4.3.2.1
GRUPPENVERGLEICHE MITTELS *CLINPRO TOOLS 84 4.3.2.2 GRUPPENVERGLEICHE
MITTELS *PROTEOMICS.NET 87 4.3.2.3 EXTERNE VALIDATION DER
KANDIDATENMASSEN UND TUMORMARKER IM VALIDATIONSSET 90 4.3.2.4 VALIDATION
DER KANDIDATENMASSEN SOWIE DER TUMORMARKER IM GESAMTKOLLEKTIV 92 4.3.3
STRUKTURELLE AUFKLAERUNG VON KANDIDATENMASSEN 93 4.3.3.1 LC-MALDI-TOFITOF
MS 93 4.3.3.2 DIREKTE MALDI-TOF ITOF MS 93 4.3.3.3 *IN SILICO SUCHE
NACH KANDIDATENPEPTIDEN 94 4.3.3.4 ANTIKOERPERBASIERTE BESTAETIGUNG DER
MB-MALDI-TOF MS -MARKER. 94 4.3.3.5 IMMUNOASSAY ZUR QUANTIFIZIERUNG VON
PLAETTCHENFAKTOR 4 94 5. DISKUSSION 96 5.1 ANALYTISCHE EIGENSCHAFTEN DER
MALDI-TOF MS FUER DIE PEPTIDOMANALYTIK 97 5.2 PRAEANALYTISCHE STOERFAKTOREN
UND EINFLUSSGROESSEN 100 5.3 KLINISCHE SERUM-PEPTIDOMANALYTIK AM BEISPIEL
DES PANKREASKARZJNOMS 109 6. ZUSAMMENFASSUNG UND AUSBLICK. 119 7.
LITERATURVERZEICHNIS. 121 8. ABKUERZUNGSVERZEICHNIS 136 9. ABBILDUNGS-
UND TABELLENVERZEICHNIS 139 10. ERKLAERUNG UEBER DIE SELBSTSTAENDIGE
VERFASSUNG DER ARBEIT 141 11. LEBENSLAUF MIT ANGABEN ZUM BERUFLICHEN
WERDEGANG. 142
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