Molekulare Epidemiologie und Mikroevolution aviärer extraintestinal pathogener Escherichia coli (APEC):
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| Veröffentlicht: |
Berlin
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2009
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INHALT
1 EINLEITUNG 1
1.1 ESCHERICHIA COLI UND SEINE DIVERSEN SUBTYPEN 1
1.2 HYPOTHESEN UND RATIONALE DER VORLIEGENDEN ARBEIT 2
2 SCHRIFTTUM 3
2.1 PHYLOGENETISCHE KONZEPTE UND CLUSTERANALYSEN FUER DIE MOLEKULARE
BAKTERIELLE EPIDEMIOLOGIE 3 2.2 DIE MOLEKULARE EPIDEMIOLOGIE DURCH
SUBTYPISIERUNG VON ESCHERICHIA COLI 4 2.3 DIE BIOLOGISCHEN GRUNDLAGEN
DER ESCHERICHIA COLI -VIRULENZ 7
2.4 KRANKHEITSBILDER BEI MENSCH UND TIER AUSGELOEST DURCH EXTRAINTESTINAL
PATHOGENE E. COLI (EXPEC) 10 2.5 MOBILE GENETISCHE ELEMENTE UND DIE
MIKROEVOLUTION VON ESCHERICHIA COLI 12 2.6 PHYLOGENIE DER
EXPEC-PATHOVARE 13
3 MATERIAL UND METHODIK 15
3.1 MATERIAL 15
3.1.1 GERAETSCHAFTEN 15
3.1.2 BAKTERIELLE STAEMME 15
3.1.3 NAEHRMEDIEN, REAGENZIEN, LOESUNGEN 16
3.1.4 OLIGONUKLEOTID-PRIMER 18
3.2 METHODIK 20
3.2.1 BAKTERIELLE ANZUCHT UND DNS-ISOLIERUNG 20
3.2.2 MLST UND AUSWERTUNG IM MINIMUM SPANNING-TREE (MSTREE) 21 3.2.3
PFGE UND AUSWERTUNG DER BANDENMUSTER 21
3.2.4 BESTIMMUNG DER VIRULENZ-ASSOZIIERTEN FAKTOREN (VF) UND BERECHNUNG
DES INDEX 22 3.2.5 PHYLOGENETISCHE DATEN UND ANALYSEN 23
4 ERGEBNISSE 25
4.1 DIE POPULATIONSSTRUKTUR DER ERREGER DER AVIAEREN KOLIBAKTERIOSE 25
4.2 MLST ENTDECKT GEMEINSAME PHYLOGENETISCHE LINIEN IN EXPEC 27
4.3 PHYLOGENETISCHE ANALYSEN BESTAETIGEN UNABHAENGIGE HERKUNFT BEI EXPEC
36 4.4 UNGLEICHE VERTEILUNG DER VIRULENZ-ASSOZIIERTEN FAKTOREN ZWISCHEN
DEN STAEMMEN 39
4.5 UNTERSCHIEDLICHE SEROTYPEN IN DEN GLEICHEN SEQUENZTYPEN BEI APEC 40
4.6 VERGLEICH DER BANDENBASIERTEN- UND NUKLEOTIDBASIERTEN SUBTYPISIERUNG
41 5 DISKUSSION 45
5.1 NEUE EINSICHTEN IN DIE MIKROEVOLUTION DER APEC 45
5.2 ZOONOTISCHE POTENTIALE AUS DEM BLICKWINKEL DES GENOTYPS 48
5.3 DAS PROBLEM DER FEHLENDEN KONGRUENZ ZWISCHEN PFGE UND MLST 49 5.4
GRUNDSAETZLICHE UEBERLEGUNGEN ZUR AUSWAHL VON TYPISIERUNGSMETHODEN 51 5.5
DIE SIGNIFIKANZ BAKTERIELLER POPULATIONSMODELLE FUER DIE EPIDEMIOLOGIE 52
5.6 DIE BESTIMMUNG SEROLOGISCHER GRUPPEN UND IHR PHYLOGENETISCHER
HINTERGRUND 53 5.7 DNS-SEQUENZANALYSEN BAKTERIELLER GENOME - EIN
AUSBLICK 58
6 ZUSAMMENFASSUNG 61
7 SUMMARY 63
8 ZITIERTE LITERATUR 65
9 PUBLIKATIONSVERZEICHNIS 80
10 DANKSAGUNG 82
11 SELBSTAENDIGKEITSERKLAERUNG 83
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