Proteomics-basierte Suche nach neuen prognostischen Serum-Biomarkern für schwere entzündliche Erkrankungen:
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Autor: Baum, Adrienne
Jahr: 2008
Inhaltsverzeichnis
Abkürzungsverzeichnis 3
1 Zusammenfassung 7
2 Einleitung
2.1 Schwere entzündliche Erkrankungen, Sepsisprognose 9
2.2 Beschreibung der Entzündungskaskade 11
2.3 Beschreibung bekannter Serumveränderungen bei Sepsis 13
2.4 Definition Biomarker, bisher in der Klinik eingesetzte Sepsis- Marker 15
2.5 Das Problem: Sepsis-Biomarker 17
2.6 Aufgabenstellung 18
3 Materialen und Methoden
3.1 Materialen 19
3.2 Proben 21
3.3 Methoden 22
3.3.1 Trennprinzip 22
3.3.2 Zweidimensionale Trennung 24
3.3.3 Trypsin-Verdau 26
3.3.4 Herstellen der MALDI Matrix 27
3.3.5 MALDI-MS 28
3.3.6 LC-ESI-MS/MS 28
3.3.7 Beschreibung des Analyseganges 29
3.3.8 In-silico-Verdau, Datenbank und in-house-Software 30
3.3.9 Albumin-ELISA 33
4 Ergebnisse
4.1 Analyseergebnisse 35
4.1.1 Proteinkonzentration und Quotientendarstellung 3 5
4.1.2 Proteinidentifikationen 40
4.1.3 Ergebnisse für ausgewählte Fraktionen aus SH2 und SR3 42
4.1.4 Besonderheiten bei den Proben SH6, SW6 und S6 44
4.2 Zusammenfassende Ergebnisse aus allen untersuchten Proben 45
4.2.1 Bekannte Biomarker 46
4.2.2 Potentielle neue Biomarkerkandidaten 47
4.2.3 Biomarkerkandidaten, welche eingeschränkt den Kriterien folgen 51
1
4.3 Vorgeschlagene Biomarkerkandidaten 51
4.4 Albumin 52
4.4.1 Albumin-Immunoreaktivität 53
4.5 Alpha lß-Glycoprotein 55
4.5.1 Immunologische Validierung A1BG/CRISP 3 56
5 Diskussion
5.1 Problem Isomassen 59
5.2 Albumin 61
5.3 Alpha- 1-Antitrypsin 62
5.4 Vorgeschlagene Biomarkerkandidaten 63
5.4.1 Mitochondriale Proteine 63
5.4.2 Kernproteine 65
5.4.3 Proteine, der extrazellulären Matrix 66
5.4.4 Proteine des Zytosols 66
5.4.5 Proteine aus der Familie der Adhäsionsproteine 67
5.4.6 Weitere Proteine 69
5.5 Vorteile unseres Verfahrens 70
5.6 Bedeutungen der UV-Absorbanzen 71
5.7 Nachteile unseres Verfahrens 72
6 Literaturverzeichnis 73
7 Anhang 86
2
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