Gene und Stammbäume: ein Handbuch zur molekularen Phylogenetik
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Format: | Buch |
Sprache: | German |
Veröffentlicht: |
München [u.a.]
Elsevier, Spektrum Akad. Verl.
2009
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Ausgabe: | 2. Aufl. |
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Beschreibung: | XI, 386 S. Ill., graph. Darst. |
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adam_text | Inhaltsverzeichnis
Die molekularen Grundlagen des Lebens 1
1.1 Erbinformation:
Nukleotide
und DNA 2
1.2 Der genetische Code 9
1.3 Die Proteinbiosynthese 11
1.4 Chromosomen und Chromatin - Gene, Genome und Genetik 17
1.5 Endosymbiontengenome in Mitochondrien, Chloroplasten und ... ? 21
1.6 Molekulare Besonderheiten 26
1.7 Die Werkzeugkiste der Gentechnologie 32
1.8 Leseempfehlungen 43
Evolution,
Taxonomie, Kladistik
und Phylogenetik 45
2.1 Evolution 46
2.2
Taxonomie
51
2.3 Kladistik und Phylogenetik 56
2.4 Molekulare Phylogenetik 68
2.5 Leseempfehlungen 72
Datenbanken,
Alignments,
Software 73
3.1 Die Datenbanken für molekulare Sequenzdaten 74
3.2
Alignments
85
3.3 Integrierte Programmpakete für die molekularen Phylogenetik 98
3.4 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen 104
3.5 Graphische Darstellung von Bäumen 109
3.6 Attraktive Darstellung von
Alignments
110
3.7 Leseempfehlungen 111
Stammbäume rekonstruieren: das Allerwichtigste in einem Kapitel 113
4.1 Phylogenetische Methoden in der Übersicht 114
4.2 Erste Stammbäume mit
MEGA
und PAUP* 116
4.3 Beuteltiere auf die Bäume:
MEGA
117
4.4 Arbeiten mit PAUP* unter Windows 128
4.5 Die Zusammenfassung: Von den Daten zum Stammbaum 137
4.6 Leseempfehlungen 139
Parsimonieanalyse 141
5.1 Das Parsimonieprinzip 142
5.2 Gar nicht sparsam: Mehr über
Parsimonie
150
5.3 Auf Baumsuche 159
5.4 Die Messung von Homoplasie 167
5.5 Oft übergangen: Lücken im
Alignment
170
5.6 Leseempfehlungen 172
Inhaltsverzeichnis
6 Distanzverfahren 173
6.1 Unterschiede zwischen DNA-Sequenzen: Schein und Sein 174
6.2 Distanzkorrektur: Messen von genetischen Distanzen 176
6.3 Bäume aus Distanzen
I:
Suchverfahren 192
6.4 Bäume aus Distanzen
II:
Clustering-Methoäen 196
6.5 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in RAUP* 198
6.6 Leseempfehlungen 201
7 Maximum
Likelihood
203
7.1 Bedingte Wahrscheinlichkeit 204
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum 206
7.3 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der beste Baum? 217
7.4 XML und
Batch Files
in RAUP* 218
7.5 Alternative Suchverfahren und weitere Software 222
7.6 Leseempfehlungen 226
8 Bayesianische Statistik 227
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes 228
8.2 Bayesianische Statistik - die Hintergründe 234
8.3
Markov
Chain Monte
Cario
236
8.4 Leseempfehlungen 243
9 Raten und Zeiten 245
9.1 Die molekulare Uhr 246
9.2 Das
A
und O: Die Kalibrierung 250
9.3 Phylogramme zu
Chronogrammen: r8s
252
9.4
Relaxed Phylogenetics
und
BEAST
256
9.5 Absolute Substitutionsraten und Diversifikationsraten 272
9.6 Fossile DNA,
ancient
DNA 273
9.7 Leseempfehlungen 275
10 Testen und Vergleichen: Modelle, Bäume und Methoden 277
10.1 Phylogenetics
next
Topmodel: Welches ist das beste Modell? 278
10.2 Evaluation von Stammbäumen 287
10.3 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden 294
10.4 Leseempfehlungen 304
11 Viele
Loci,
viele
Taxa,
viele Bäume 305
11.1
Loci,
Taxa
und die Probleme 306
11.2 Mehr als ein Baum: Konsensus und Superbäume 314
11.3 Nicht immer nur Bäume, auch Netze 318
11.4 Leseempfehlungen 322
12 Molekulare Einsichten zu alten und neuen
Kladen
323
12.1 Einsichten und offene (Streit)fragen 324
Щ
Inhaltsverzeichnis
XI
12.2 Genome in Bewegung 333
12.3 Gene, die wirklich Unterschiede machen: Hox,
MADS etc.
340
12.4 Leseempfehlungen
343
Literatur 344
Glossar 357
Index 373
|
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Inhaltsverzeichnis
Die molekularen Grundlagen des Lebens 1
1.1 Erbinformation:
Nukleotide
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1.2 Der genetische Code 9
1.3 Die Proteinbiosynthese 11
1.4 Chromosomen und Chromatin - Gene, Genome und Genetik 17
1.5 Endosymbiontengenome in Mitochondrien, Chloroplasten und . ? 21
1.6 Molekulare Besonderheiten 26
1.7 Die Werkzeugkiste der Gentechnologie 32
1.8 Leseempfehlungen 43
Evolution,
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und Phylogenetik 45
2.1 Evolution 46
2.2
Taxonomie
51
2.3 Kladistik und Phylogenetik 56
2.4 Molekulare Phylogenetik 68
2.5 Leseempfehlungen 72
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Alignments,
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3.1 Die Datenbanken für molekulare Sequenzdaten 74
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85
3.3 Integrierte Programmpakete für die molekularen Phylogenetik 98
3.4 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen 104
3.5 Graphische Darstellung von Bäumen 109
3.6 Attraktive Darstellung von
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110
3.7 Leseempfehlungen 111
Stammbäume rekonstruieren: das Allerwichtigste in einem Kapitel 113
4.1 Phylogenetische Methoden in der Übersicht 114
4.2 Erste Stammbäume mit
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4.3 Beuteltiere auf die Bäume:
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117
4.4 Arbeiten mit PAUP* unter Windows 128
4.5 Die Zusammenfassung: Von den Daten zum Stammbaum 137
4.6 Leseempfehlungen 139
Parsimonieanalyse 141
5.1 Das Parsimonieprinzip 142
5.2 Gar nicht sparsam: Mehr über
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150
5.3 Auf Baumsuche 159
5.4 Die Messung von Homoplasie 167
5.5 Oft übergangen: Lücken im
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170
5.6 Leseempfehlungen 172
Inhaltsverzeichnis
6 Distanzverfahren 173
6.1 Unterschiede zwischen DNA-Sequenzen: Schein und Sein 174
6.2 Distanzkorrektur: Messen von genetischen Distanzen 176
6.3 Bäume aus Distanzen
I:
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6.4 Bäume aus Distanzen
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6.5 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in RAUP* 198
6.6 Leseempfehlungen 201
7 Maximum
Likelihood
203
7.1 Bedingte Wahrscheinlichkeit 204
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum 206
7.3 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der beste Baum? 217
7.4 XML und
Batch Files
in RAUP* 218
7.5 Alternative Suchverfahren und weitere Software 222
7.6 Leseempfehlungen 226
8 Bayesianische Statistik 227
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes 228
8.2 Bayesianische Statistik - die Hintergründe 234
8.3
Markov
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236
8.4 Leseempfehlungen 243
9 Raten und Zeiten 245
9.1 Die molekulare Uhr 246
9.2 Das
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9.3 Phylogramme zu
Chronogrammen: r8s
252
9.4
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256
9.5 Absolute Substitutionsraten und Diversifikationsraten 272
9.6 Fossile DNA,
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9.7 Leseempfehlungen 275
10 Testen und Vergleichen: Modelle, Bäume und Methoden 277
10.1 Phylogenetics'
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Topmodel: Welches ist das beste Modell? 278
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10.4 Leseempfehlungen 304
11 Viele
Loci,
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11.1
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11.2 Mehr als ein Baum: Konsensus und Superbäume 314
11.3 Nicht immer nur Bäume, auch Netze 318
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12 Molekulare Einsichten zu alten und neuen
Kladen
323
12.1 Einsichten und offene (Streit)fragen 324
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Inhaltsverzeichnis
XI
12.2 Genome in Bewegung 333
12.3 Gene, die wirklich Unterschiede machen: Hox,
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340
12.4 Leseempfehlungen
343
Literatur 344
Glossar 357
Index 373 |
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