Polymorphismen in den transkriptionsregulierenden Abschnitten des Gens von Toll-like-Rezeptor 2 bei Sepsispatienten und ihr Einfluss auf den Krankheitsverlauf:
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|---|---|
| adam_text | Inhaltsverzeichnis
1. Einleitung 1
1.1 Sepsis 1
1.1.1 Definition 1
1.1.2 Epidemiologie 2
1.1.3 Ätiologie 2
1.1.4 Pathophysiologie der Sepsis 3
1.1.5 Ein besseres Verständnis, wie die Entzündungsreaktion auf molekularer Ebene
abläuft, ist notwendig 4
1.2 Pattern recognition receptors 5
1.2.1 PRR, die Phagozytose vermitteln 6
1.2.1.1 Mannose Rezeptor 6
1.2.1.2 Dectin 1 7
1.2.1.3 DC S1GN 7
1.2.1.4 ß2 Integrine 7
1.2.1.5 Scavenger Rezeptoren 8
1.2.2 PRR, die Cytokin Freisetzung vermitteln 8
1.2.2.1 NOD Proteine 8
1.2.2.2 Toll like Rezeptoren 9
1.3 Toll like Rezeptor 2 10
1.3.1 Liganden des TLR2 10
1.3.2 Vorkommen von TLR2 11
1.3.3 Signalwege von TLR2 11
1.3.4 Bedeutung des humanen TLR2 Gens 15
2. Aufgabenstellung 17
3. Material und Methoden 18
3.1 Materialien und Geräte 18
3.1.1 Geräte 18
3.1.2 Verbrauchsmaterialien und Plastikartikel 19
3.1.3 Chemikalien 19
3.1.4 Enzyme, Nukleotide und molekularbiologische Kits 19
3.1.5 DNA Längenstandards 20
3.1.6 Plasmid Vektoren 20
3.1.7 Primersequenzen 20
3.2 Zellbiologische Methoden 21
3.2.1 Kultur von Zelllinien 21
3.2.1.1 Kulturbedingungen und Passagieren 21
3.2.1.2 Zellzahl und Vitalitätsbestimmung 21
3.2.2 Transfektionen 22
3.2.3 Luciferase Assay (Promega) 23
3.3 Molekularbiologische Methoden 23
3.3.1 Kultivierung von Bakterien 23
3.3.2 Plamidvektoren 24
3.3.2.1 Mini / Midi Präparation 24
3.3.2.2 Transformation von E. coli 24
3.3.3 Polymerase Ketten Reaktion (PCR) 25
3.3.3.1 Amplifikation von DNA 25
3.3.3.2 Detektion von Polymorphismen 25
3.3.3.3 Mutagenese durch PCR 26
3.3.4 Präparation, enzymatische Manipulation, Analyse und Sequenzierung von
DNA 27
3.3.4.1 Gelelektrophorese 27
3.3.4.2 Isolierung von DNA Fragmenten durch Gel Extraktion 27
3.3.4.3 Größenausschlusschromatographie 28
3.3.4.4 Klonierung von DNA Fragmenten 28
3.3.4.5 Fällung und Sequenzierung von DNA 28
3.3.5 Single Strand Conformation Polymorphisms (SSCP) 29
3.4 Studiendesign, Datenerhebung und statistische Methoden 32
3.4.1 Sepsis Studie 32
3.4.1.1 Einschlusskriterien 32
3.4.1.2 Art der Studie 33
3.4.1.3 Datenerhebung 33
3.4.2 Statistische Methoden 34
4. Ergebnisse 35
4.1 Polymorphismen in den transkriptionsregulierenden Abschnitten des TLR2
Gens 35
4.1.1 Struktur des humanen TLR2 Gens 35
4.1.2 Art, Anzahl und Lage der Polymorphismen 35
4.1.3 Häufigkeit der Polymorphismen 37
4.1.3.1 Deletion 37
4.1.3.2 Single nucleotide polymorphisms 38
4.2 Zusammenhang zwischen den TLR2 Polymorphismen und dem Ausgang der
Sepsis 41
4.2.1 Deletion 41
4.2.2 SNP1 44
4.3 Bedeutung von SNP2 und SNP3 für die Transkriptionsregulation 46
5. Diskussion 48
5.1 Polymorphismen in nicht kodierenden Sequenzen eine veränderte
Regulierung immunrelevanter Gene kann den Verlauf der Sepsis beeinflussen 48
5.1.1 Regulation des humanen TLR2 Gens 48
5.1.2 Erstmalige Beschreibung von Polymorphismen im regulatorischen Bereich
des hTLR2 Gens 49
5.1.3 Polymorphismen im proximalen Promotor 50
5.1.3.1 Promotor Polymorphismen auch in anderen Fällen ist ihre Bedeutung
strittig 50
5.1.3.2 Promotor Polymorphismen aufgrund ihrer potentiell starken Auswirkungen
sind sie von großer Wichtigkeit 52
5.1.4 Polymorphismen in Exon I und Intron 1 53
5.1.4.1 Bedeutung von Intron Polymorphismen für die Genregulation 55
5.2 Datenerhebung, Methoden und Auswertung ein Vergleich mit anderen
Studien 56
5.3 Ausblick 58
6. Zusammenfassung 59
7. Literaturverzeichnis 61
8. Anhang 71
|
| adam_txt |
Inhaltsverzeichnis
1. Einleitung 1
1.1 Sepsis 1
1.1.1 Definition 1
1.1.2 Epidemiologie 2
1.1.3 Ätiologie 2
1.1.4 Pathophysiologie der Sepsis 3
1.1.5 Ein besseres Verständnis, wie die Entzündungsreaktion auf molekularer Ebene
abläuft, ist notwendig 4
1.2 Pattern recognition receptors 5
1.2.1 PRR, die Phagozytose vermitteln 6
1.2.1.1 Mannose Rezeptor 6
1.2.1.2 Dectin 1 7
1.2.1.3 DC S1GN 7
1.2.1.4 ß2 Integrine 7
1.2.1.5 Scavenger Rezeptoren 8
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1.2.2.1 NOD Proteine 8
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1.3 Toll like Rezeptor 2 10
1.3.1 Liganden des TLR2 10
1.3.2 Vorkommen von TLR2 11
1.3.3 Signalwege von TLR2 11
1.3.4 Bedeutung des humanen TLR2 Gens 15
2. Aufgabenstellung 17
3. Material und Methoden 18
3.1 Materialien und Geräte 18
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3.1.2 Verbrauchsmaterialien und Plastikartikel 19
3.1.3 Chemikalien 19
3.1.4 Enzyme, Nukleotide und molekularbiologische Kits 19
3.1.5 DNA Längenstandards 20
3.1.6 Plasmid Vektoren 20
3.1.7 Primersequenzen 20
3.2 Zellbiologische Methoden 21
3.2.1 Kultur von Zelllinien 21
3.2.1.1 Kulturbedingungen und Passagieren 21
3.2.1.2 Zellzahl und Vitalitätsbestimmung 21
3.2.2 Transfektionen 22
3.2.3 Luciferase Assay (Promega) 23
3.3 Molekularbiologische Methoden 23
3.3.1 Kultivierung von Bakterien 23
3.3.2 Plamidvektoren 24
3.3.2.1 Mini / Midi Präparation 24
3.3.2.2 Transformation von E. coli 24
3.3.3 Polymerase Ketten Reaktion (PCR) 25
3.3.3.1 Amplifikation von DNA 25
3.3.3.2 Detektion von Polymorphismen 25
3.3.3.3 Mutagenese durch PCR 26
3.3.4 Präparation, enzymatische Manipulation, Analyse und Sequenzierung von
DNA 27
3.3.4.1 Gelelektrophorese 27
3.3.4.2 Isolierung von DNA Fragmenten durch Gel Extraktion 27
3.3.4.3 Größenausschlusschromatographie 28
3.3.4.4 Klonierung von DNA Fragmenten 28
3.3.4.5 Fällung und Sequenzierung von DNA 28
3.3.5 Single Strand Conformation Polymorphisms (SSCP) 29
3.4 Studiendesign, Datenerhebung und statistische Methoden 32
3.4.1 Sepsis Studie 32
3.4.1.1 Einschlusskriterien 32
3.4.1.2 Art der Studie 33
3.4.1.3 Datenerhebung 33
3.4.2 Statistische Methoden 34
4. Ergebnisse 35
4.1 Polymorphismen in den transkriptionsregulierenden Abschnitten des TLR2
Gens 35
4.1.1 Struktur des humanen TLR2 Gens 35
4.1.2 Art, Anzahl und Lage der Polymorphismen 35
4.1.3 Häufigkeit der Polymorphismen 37
4.1.3.1 Deletion 37
4.1.3.2 Single nucleotide polymorphisms 38
4.2 Zusammenhang zwischen den TLR2 Polymorphismen und dem Ausgang der
Sepsis 41
4.2.1 Deletion 41
4.2.2 SNP1 44
4.3 Bedeutung von SNP2 und SNP3 für die Transkriptionsregulation 46
5. Diskussion 48
5.1 Polymorphismen in nicht kodierenden Sequenzen eine veränderte
Regulierung immunrelevanter Gene kann den Verlauf der Sepsis beeinflussen 48
5.1.1 Regulation des humanen TLR2 Gens 48
5.1.2 Erstmalige Beschreibung von Polymorphismen im regulatorischen Bereich
des hTLR2 Gens 49
5.1.3 Polymorphismen im proximalen Promotor 50
5.1.3.1 Promotor Polymorphismen auch in anderen Fällen ist ihre Bedeutung
strittig 50
5.1.3.2 Promotor Polymorphismen aufgrund ihrer potentiell starken Auswirkungen
sind sie von großer Wichtigkeit 52
5.1.4 Polymorphismen in Exon I und Intron 1 53
5.1.4.1 Bedeutung von Intron Polymorphismen für die Genregulation 55
5.2 Datenerhebung, Methoden und Auswertung ein Vergleich mit anderen
Studien 56
5.3 Ausblick 58
6. Zusammenfassung 59
7. Literaturverzeichnis 61
8. Anhang 71 |
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