Der Einfluss von O,O-Diethyl-O-3,5,6-trichlor-2-pyridyl-phosphorthioat auf die Bakteriozönose einer Brache:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2005
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
3
1.1
MIKROORGANISMEN
IM
BODEN
.
3
1.2
METHODEN
ZUR
UNTERSUCHUNG
BAKTERIELLER
LEBENSGEMEINSCHAFTEN
.
4
1.3
EIN
INTERDISZIPLINAERES
LANGZEITEXPERIMENT
ZUR
UNTERSUCHUNG
DES
EINFLUSSES
WUR
ZELHERBIVORER
INSEKTEN
AUF
DIE
SUKZESSION
.
9
1.4
ZIELSETZUNG
DIESER
ARBEIT
.
12
2
MATERIAL
UND
METHODEN
15
2.1
MATERIALIEN
.
15
2.1.1
NAEHRMEDIEN
.
15
2.1.2
PRIMER
.
17
2.1.3
KULTIVIERUNGEN
.
18
2.1.3.1
STAEMME
UND
KULTIVIERUNGSBEDINGUNGEN
.
18
2.1.3.2
ANREICHERUNG
VON
TRICHLORPYRIDINOL
ABBAUENDEN
BAKTERIEN
.
18
2.1.4
ISOLATION
VON
BODENBAKTERIEN
UND
ANLEGEN
VON
BIBLIOTHEKEN
.
18
2.1.5
CHEMIKALIEN
.
19
2.1.6
GERAETE
.
20
2.2
FELDEXPERIMENT
ZUR
ANALYSE
DES
EINFLUSSES
DER
LANGZEITAPPLIKATION
VON
CHLORPYRIFOS
20
2.2.1
EXPERIMENTDESIGN
.
20
2.2.2
PROBENAHME
.
21
2.3
GEWAECHSHAUSEXPERIMENT
ZUR
ANALYSE
DES
EINFLUSSES
VON
CHLORPYRIFOS
UND
TRI
CHLORPYRIDINOL
.
21
2.3.1
EXPERIMENTDESIGN
.
21
2.3.2
PROBENAHME
.
22
2.4
ANALYSE
DER
BODENFEUCHTE
DER
BODENPROBEN
.
23
2.5
ANALYSE
VON
CHLORPYRIFOS
UND
TRICHLORPYRIDINOL
.
23
2.5.1
IN
BODENPROBEN
.
23
2.5.2
IN
KULTURUEBERSTAENDEN
.
24
2.6
QUANTIFIZIERUNG
VON
ZELLEN
DURCH
DAPI-FAERBUNG
.
24
2.7
FETTSAEUREANALYSE
VON
BAKTERIEN
.
25
2.8
SUBSTRATVERWERTUNG
VON
COMMUNITIES
(BIOLOG)
.
25
2.9
EXTRAKTION
VON
DNA
.
26
2.9.1
EXTRAKTION
AUS
BRACHEBODEN
.
26
2.9.2
EXTRAKTION
AUS
GEWAECHSHAUSPROBEN
.
27
2.9.3
EXTRAKTION
AUS
AXENISCHEN
BAKTERIENKULTUREN
.
28
2.10
PRIMER-DESIGN
UND
VERIFIZIERUNG
.
28
2.11
POLYMERASE-KETTENREAKTION
(PCR)
.
28
2.11.1
PCR
VON
16S
RRNA-GENEN,
ITS-SEQUENZEN
UND
KLONIERTEN
SEQUENZEN
.
.
29
2.11.2
ERIC-PCR
.
30
2.12
AGAROSEGELELEKTROPHORESE
.
31
2.13
EINZELSTRANGKONFORMATIONS-POLYMORPHISMUS-ANALYSE
.
31
2.14
RESTRIKTIONSANALYSE
AMPLIFIZIERTER
DNA
.
33
2.15
KLONIERUNG
.
33
2.16
SEQUENZANALYSE
DER
16S
RDNA
GENEN
.
33
2.16.1
SEQUENZIERUNG
.
33
2.16.2
PHYLOGENETISCHE
ANALYSE
VON
16S
RRNA-GENSEQUENZEN
.
34
2.17
ANALYSE
VON
BAKTERIENSTAEMMEN
MIT
MALDI-TOF-MASSENSPEKTROMETRIE
.
34
2.17.1
PROBENPRAEPARATION
.
34
2.17.2
MESSUNG
.
35
2.17.3
DIFFERENZIERUNG
DER
MASSENSPEKTREN
.
35
2.17.4
DIVERSITAETSANALYSE
DER
VERTEILUNG
VON
MASSENSPEKTREN
.
36
3
ERGEBNISSE
39
3.1
CHLORPYRIFOS
UND
TRICHLORPYRIDINOL-KONZENTRATIONEN,
WASSERGEHALT
UND
ZELLZAH
LEN
IN
DEN
BODENPROBEN
.
39
3.1.1
BODEN
IM
FELDEXPERIMENT
.
39
3.1.2
BODEN
IM
GEWAECHSHAUSEXPERIMENT
.
40
3.2
KULTIVIERUNGSUNABHAENGIGE
ANALYSE
DES
EINFLUSSES
VON
CHLORPYRIFOS
AUF
DIE
STRUK
TURELLE
DIVERSITAET
.
42
3.2.1
VORUEBERLEGUNGEN
UND
OPTIMIERUNG
DER
PROBENNAHME
UND
PRAEPARATION
.
42
3.2.2
GEWINNUNG
HOCHMOLEKULARER
DNA
AUS
BODENPROBEN
.
42
3.2.3
PRIMER-ENTWURF
UND
VERIFIZIERUNG
DER
PRIMERSPEZIFITAETEN
.
44
3.2.4
OPTIMIERUNG
DER
PCR
UND
DER
SSCP-ANALYSE
.
47
3.2.5
DER
EINFLUSS
DER
LANGZEITAPPLIKATION
VON
CHLORPYRIFOS
AUF
DIE
COMMUNITY
IM
FELDEXPERIMENT
.
49
3.2.5.1
SSCP-FINGERPRINTING
.
49
3.2.5.2
UNTERSCHIEDE
IN
DEN
SSCP-FINGERPRINTS
.
51
3.2.6
DER
EINFLUSS
VON
CHLORPYRIFOS
UND
TRICHLORPYRIDINOL
AUF
TEILCOMMUNITIES
IM
GEWAECHSHAUSEXPERIMENT
.
53
3.3
KULTIVIERUNGSABHAENGIGE
ANALYSE
DES
EINFLUSSES
VON
CHLORPYRIFOS
AUF
DIE
METABO
LISCHE
DIVERSITAET
.
56
3.3.1
SUBSTRATVERWERTUNG
DER
COMMUNITIES
IM
FELDEXPERIMENT
(BIOLOG)
.
56
3.3.2
ANREICHERUNG
VON
TRICHLORPYRIDINOL
ABBAUENDEN
BAKTERIEN
.
56
3.4
KULTIVIERUNGSABHAENGIGE
ANALYSE
DES
EINFLUSSES
VON
CHLORPYRIFOS
AUF
DIE
STRUKTU
RELLE
DIVERSITAET
(MALDI-TOF-MS)
.
57
3.4.1
OPTIMIERUNG
DER
MALDI-TOF-MS
ZUR
DIFFERENZIERUNG
VON
BAKTERIENSTAEM
MEN
.
59
3.4.1.1
KULTIVIERUNGSBEDINGUNGEN
.
59
3.4.1.2
PROBENPRAEPARATION
UND
MESSBEDINGUNGEN
.
59
3.4.2
OPTIMIERUNG
UND
VERIFIZIERUNG
DER
AUSWERTUNG
.
59
3.4.2.1
REPRODUZIERBARKEIT
DER
GANZZELLMESSUNG
MIT
MALDI-TOF-MS
60
3.4.2.2
DIFFERENZIERUNG
VON
REFERENZISOLATEN
MIT
MOLEKULARBIOLOGISCHEN
UND
CHEMOTAXONOMISCHEN
METHODEN
.
62
3.4.2.3
ERIC-SEQUENZEN:
.
65
3.4.2.4
FESTLEGUNG
DES
KORRELATIONSALGORITHMUS
ANHAND
DER
REFERENZISOLATE
69
3.4.3
DER
EINFLUSS
DER
LANGZEITAPPLIKATION
VON
CHLORPYRIFOS
AUF
KULTIVIERBARE
BAKTERIEN
IM
FELDEXPERIMENT
.
71
3.4.3.1
DIVERSITAET
KULTIVIERBARER
BAKTERIEN
AUS
UNBEHANDELTEM
UND
CHLOR
PYRIFOS
BEHANDELTEM
BODEN
.
71
3.4.3.2
IDENTIFIZIERUNG
VON
UNTERSCHIEDEN
IN
DER
VERTEILUNG
KULTIVIERBARER
BAKTERIEN
.
72
4
DISKUSSION
77
4.1
METHODEN
ZUR
ANALYSE
BAKTERIELLER
COMMUNITIES
.
77
4.1.1
SSCP-FINGERPRINTING
ZUR
ANALYSE
DER
STRUKTURELLEN
DIVERSITAET
.
77
4.1.1.1
PRAEPARATION
VON
DNA
.
77
4.1.1.2
SSCP-ANALYSE
UND
PCR
.
78
4.1.2
METHODEN
ZUR
UNTERSUCHUNG
DER
METABOLISCHEN
DIVERSITAET
.
80
4.1.2.1
SUBSTRATVERWERTUNG
(BIOLOG)
.
80
4.1.2.2
ANREICHERUNG
TRICHLORPYRIDINOL
ABBAUENDER
BAKTERIEN
.
80
4.1.3
ETABLIERUNG
DER
MALDI-TOF-MASSENSPEKTROMETRIE
ZUR
ANALYSE
STRUKTU
RELLER
DIVERSITAET
.
81
4.1.3.1
MOLEKULARBIOLOGISCHE
DIFFERENZIERUNG
VON
BAKTERIENSTAEMMEN
ALS
REFERENZISOLATE
.
81
4.1.3.2
MALDI-TOF-MASSENSPEKTROMETRIE
ZUR
DIFFERENZIERUNG
VON
BAK
TERIENSTAEMMEN
AUS
UMWELTPROBEN
.
82
4.2
DER
EINFLUSS
DER
APPLIKATION
VON
CHLORPYRIFOS
AUF
DIE
BAKTERIOZOENOSE
.
84
4.3
DIE
URSACHEN
FUER
DIE
VERSCHIEBUNGEN
IN
DEN
DOMINANZ
VERHAELTNISSEN
.
88
5
ZUSAMMENFASSUNG
91
6
LITERATURVERZEICHNIS
93
7
ANHANG
105 |
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