Molekulare Pathogenese in Mantelzelllymphomen: die Proliferationssignatur als maßgeblicher Prognosefaktor
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2006
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| Beschreibung: | Würzburg, Univ., Diss., 2006 |
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|---|---|
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 1
1.1 Definition und Epidemiologie des Mantelzelllymphoms /
1.2 Klinisches Erscheinungsbild 1
1.3 Verlauf und Therapie /
1.4 Morphologisches und immunphänotypisches Erscheinungsbild 2
1.5 Molekulargenetik 2
1.5.1 Dysregulation des Zellzyklus in MCL 2
1.5.2 Dysregulation des DNA-Reparatur-Signalweges in MCL 6
1.6 Prognostische Marker bei MCL 9
1.7 Zielsetzung / /
2 MATERIAL 12
2.1 Untersuchungsmaterial 12
2.2 Chemikalien, Kits und Lösungen 12
2.3 Puffer 14
2.4 Laborgeräte. 16
3 METHODEN 17
3.1 Präparation und Analyse von RNA 17
3.1.1 Routinemäßige Methoden bei der Arbeit mit RNA 17
3.1.2 Extraktion der RNA aus Frischgewebe 17
3.1.3 Extraktion der RNA aus FFPE-Material 18
3.1.4 Bestimmung der Konzentration und Integrität der RNA 19
3.1.5 cDNA-Synthese 20
3.1.6 Quantitative RT-PCR 21
3.1.7 Analyse 24
3.2 Präparation und Analyse von DNA 25
3.2.1 Prinzip der Sequenzierung 25
3.2.2 Extraktion der DNA 25
3.2.3 Bestimmung der Konzentration und Integrität der DNA 26
3.2.4 PCR 27
3.2.5 Aurreinigung des PCR-Produktes 27
3.2.6 Sequenzier-PCR 28
3.2.7 Aufreinigung der Sequenzier-PCR über Sephadex-Säulen 28
3.2.8 Analyse der Sequenzen 28
3.2.9 Subklonierung 29
4 ERGEBNISSE 30
4.1 Genexpressionsanalysen an MCL-Frischgewebe 30
4.1.1 Anwendung des Microfluidic Cards Systems 30
4.1.2 Univariate Cox-Modelle zur Prognoseprädiktion bei MCL-Patienten. 30
4.1.3 Multivariate Cox-Modelle zur Prognoseprädiktion bei MCL-Patienten 32
4.1.4 Der Proliferationsmarker Ki-67 als prognostischer Marker in MCL 33
4.2 Übertragung des 5-Gen-Modetts auf FFPE-Gewebe. 34
4.2.1 Vergleich verschiedener Protokolle für die RNA-Extraktion aus FFPE-
Material 35
4.2.2 Etablierung des 5-Gen-Modells an FFPE-Gewebe 36
4.2.3 Validierung der neu entworfenen Primer 37
4.2.4 Materialausfälle bei der qRT-PCR mit FFPE-Material 37
4.2.5 Validierung des 5-Gen-Modells am FFPE-Gewebe 37
4.3 Sequenzierung des MDM2-Promotors in Mantelzelllymphomen 39
4.3.1 Häufigkeit des snp309 im MDM2-Promotor bei MCL 40
4.3.2 Vergleich der verschiedenen snp309-Konfigurationen mit der MDM2-
Expression und klinischen Parametern 40
5 DISKUSSION 43
5.1 Ansätze zur Prognoseprädiktion in MCL 43
5.1.1 Das 5-Gen-Modell als genexpressionsbasierter Prognoseindikator in
MCL 46
5.1.2 Übertragung des 5-Gen-Modells auf Routine-FFPE-Gewebe 46
5.1.3 Besonderheiten und Probleme bei der Analyse von RNA aus FFPE-
Gewebe 47
5.2 MDM2: Vergleich der verschiedenen snp309-Konfigurationen mit der MDM2-
Expression und klinischen Parametern 49
6 ZUSAMMENFASSUNG 52
7 ANHANG 54
7.1 Abkürzungen „ 54
7.2 Primer. 56
7.2.1 Primer / Gene auf der Micro Fluidic Card 56
7.2.2 Primer für die Anwendung an FFPE-Material 58
7.2.3 Primer für die Sequenzierung 59
7.2.4 Datenübersicht der sequenzierten Fälle 60
8 LITERATURVERZEICHNIS 61 |
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 1
1.1 Definition und Epidemiologie des Mantelzelllymphoms /
1.2 Klinisches Erscheinungsbild 1
1.3 Verlauf und Therapie /
1.4 Morphologisches und immunphänotypisches Erscheinungsbild 2
1.5 Molekulargenetik 2
1.5.1 Dysregulation des Zellzyklus in MCL 2
1.5.2 Dysregulation des DNA-Reparatur-Signalweges in MCL 6
1.6 Prognostische Marker bei MCL 9
1.7 Zielsetzung / /
2 MATERIAL 12
2.1 Untersuchungsmaterial 12
2.2 Chemikalien, Kits und Lösungen 12
2.3 Puffer 14
2.4 Laborgeräte. 16
3 METHODEN 17
3.1 Präparation und Analyse von RNA 17
3.1.1 Routinemäßige Methoden bei der Arbeit mit RNA 17
3.1.2 Extraktion der RNA aus Frischgewebe 17
3.1.3 Extraktion der RNA aus FFPE-Material 18
3.1.4 Bestimmung der Konzentration und Integrität der RNA 19
3.1.5 cDNA-Synthese 20
3.1.6 Quantitative RT-PCR 21
3.1.7 Analyse 24
3.2 Präparation und Analyse von DNA 25
3.2.1 Prinzip der Sequenzierung 25
3.2.2 Extraktion der DNA 25
3.2.3 Bestimmung der Konzentration und Integrität der DNA 26
3.2.4 PCR 27
3.2.5 Aurreinigung des PCR-Produktes 27
3.2.6 Sequenzier-PCR 28
3.2.7 Aufreinigung der Sequenzier-PCR über Sephadex-Säulen 28
3.2.8 Analyse der Sequenzen 28
3.2.9 Subklonierung 29
4 ERGEBNISSE 30
4.1 Genexpressionsanalysen an MCL-Frischgewebe 30
4.1.1 Anwendung des Microfluidic Cards Systems 30
4.1.2 Univariate Cox-Modelle zur Prognoseprädiktion bei MCL-Patienten. 30
4.1.3 Multivariate Cox-Modelle zur Prognoseprädiktion bei MCL-Patienten 32
4.1.4 Der Proliferationsmarker Ki-67 als prognostischer Marker in MCL 33
4.2 Übertragung des 5-Gen-Modetts auf FFPE-Gewebe. 34
4.2.1 Vergleich verschiedener Protokolle für die RNA-Extraktion aus FFPE-
Material 35
4.2.2 Etablierung des 5-Gen-Modells an FFPE-Gewebe 36
4.2.3 Validierung der neu entworfenen Primer 37
4.2.4 Materialausfälle bei der qRT-PCR mit FFPE-Material 37
4.2.5 Validierung des 5-Gen-Modells am FFPE-Gewebe 37
4.3 Sequenzierung des MDM2-Promotors in Mantelzelllymphomen 39
4.3.1 Häufigkeit des snp309 im MDM2-Promotor bei MCL 40
4.3.2 Vergleich der verschiedenen snp309-Konfigurationen mit der MDM2-
Expression und klinischen Parametern 40
5 DISKUSSION 43
5.1 Ansätze zur Prognoseprädiktion in MCL 43
5.1.1 Das 5-Gen-Modell als genexpressionsbasierter Prognoseindikator in
MCL 46
5.1.2 Übertragung des 5-Gen-Modells auf Routine-FFPE-Gewebe 46
5.1.3 Besonderheiten und Probleme bei der Analyse von RNA aus FFPE-
Gewebe 47
5.2 MDM2: Vergleich der verschiedenen snp309-Konfigurationen mit der MDM2-
Expression und klinischen Parametern 49
6 ZUSAMMENFASSUNG 52
7 ANHANG 54
7.1 Abkürzungen „ 54
7.2 Primer. 56
7.2.1 Primer / Gene auf der Micro Fluidic Card 56
7.2.2 Primer für die Anwendung an FFPE-Material 58
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7.2.4 Datenübersicht der sequenzierten Fälle 60
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