Gene und Stammbäume: ein Handbuch zur molekularen Phylogenetik
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| Hauptverfasser: | , |
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
München [u.a.]
Elsevier, Spektrum Akad. Verl.
2006
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| Ausgabe: | 1. Aufl. |
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| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | X, 310 S. graph. Darst. |
| ISBN: | 3827416426 9783827416421 |
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Inhaltsverzeichnis
1 Die molekularen Grundlagen des Lebens 1
1.1 Erbinformation:
1.2 Der genetische Code 9
1.3 Die Proteinbiosynthese 11
1.4 Chromosomen und Chromatin - Gene, Genome und Genetik 16
1.5 Endosymbiontengenome in Mitochondrien, Chloroplasten und . ? 20
1.6 Molekulare Besonderheiten 25
1.7 Die Werkzeugkiste der Gentechnologie 30
1.8 Leseempfehlungen 39
2 Evolution,
2.1 Evolution 42
2.2
2.3 Phyiogenetik 52
2.4 Molekulare Phylogenetik 64
2.5 Vom
Übersicht 70
2.6 Leseempfehlungen 72
3 Datenbanken, Sequenzen, Software 73
3.1 Die Datenbanken für molekulare Sequenzdaten 74
3.2 Datenbankeinträge: Textbasiertes Suchen und Dateiformate 77
3.3 Suche nach Sequenzähnlichkeiten 82
3.4 Sequenzverwaltung und
3.5 Integrierte Programmpakete zur molekularen Phylogenetik 96
3.6 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen 101
3.7 Graphische Darstellung von Bäumen 105
3.8 Darstellung von
3.9 Leseempfehlungen 108
4 Ein schneller Weg zum Stammbaum 109
4.1 Auf die Bäume mit
4.2 Der Einstieg mit
4.3 Arbeiten mit PAUP* unter Windows 121
4.4 Die Zusammenfassung: Von den Daten zum Stammbaum 130
4.5 Leseempfehlungen 132
5 Parsimonieanalyse 133
5.1 Das Parsimonieprinzip 134
5.2 Gar nicht sparsam: Mehr über
5.3 Auf Baumsuche 150
Inhaltsverzeichnis
5.4 Die Messung von Homoplasie 159
5.5 Leseempfehlungen 160
6 Distanzverfahren 161
6.1 Unterschiede zwischen DNA-Sequenzen: Schein und Sein 162
6.2 Distanzkorrektur: Messen von genetischen Distanzen 164
6.3 Zwischen Substitutionsmodellen wählen 176
6.4 Bäume aus Distanzen
6.5 Bäume aus Distanzen
6.6 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in RAUP* 185
6.7 Leseempfehlungen 188
7 Maximum
7.1 Bedingte Wahrscheinlichkeit 190
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum 192
7.3 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der beste Baum? 203
7.4 ML und
7.5 Quartette, Puzzle, und Mensch-ärgere-dich-nicht 208
7.6 Leseempfehlungen 210
8 Bayesianische Statistik 211
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes 212
8.2 Bayesianische Statistik - die Hintergründe 217
8.3 Leseempfehlungen 224
9 Evaluation von Stammbäumen und Vergleich der Methoden 225
9.1 Evaluation von Stammbäumen 226
9.2 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden 232
9.3 Unterschiede zwischen den Methoden: Praxisbeispiel 240
9.4 Leseempfehlungen 242
10
10.1
10.2 Zeiten, neuere Konzepte und weitere Software 251
10.3 Molekulare Daten zu alten und neuen
10.4 Genome in Bewegung 268
10.5 Gene, die wirklich Unterschiede machen: Hox,
10.6 Leseempfehlungen 276
Literatur 277
Glossar 285
Index 299 |
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Inhaltsverzeichnis
1 Die molekularen Grundlagen des Lebens 1
1.1 Erbinformation:
1.2 Der genetische Code 9
1.3 Die Proteinbiosynthese 11
1.4 Chromosomen und Chromatin - Gene, Genome und Genetik 16
1.5 Endosymbiontengenome in Mitochondrien, Chloroplasten und . ? 20
1.6 Molekulare Besonderheiten 25
1.7 Die Werkzeugkiste der Gentechnologie 30
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Übersicht 70
2.6 Leseempfehlungen 72
3 Datenbanken, Sequenzen, Software 73
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3.2 Datenbankeinträge: Textbasiertes Suchen und Dateiformate 77
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3.6 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen 101
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4 Ein schneller Weg zum Stammbaum 109
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4.4 Die Zusammenfassung: Von den Daten zum Stammbaum 130
4.5 Leseempfehlungen 132
5 Parsimonieanalyse 133
5.1 Das Parsimonieprinzip 134
5.2 Gar nicht sparsam: Mehr über
5.3 Auf Baumsuche 150
Inhaltsverzeichnis
5.4 Die Messung von Homoplasie 159
5.5 Leseempfehlungen 160
6 Distanzverfahren 161
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6.5 Bäume aus Distanzen
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6.7 Leseempfehlungen 188
7 Maximum
7.1 Bedingte Wahrscheinlichkeit 190
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum 192
7.3 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der beste Baum? 203
7.4 ML und
7.5 Quartette, Puzzle, und Mensch-ärgere-dich-nicht 208
7.6 Leseempfehlungen 210
8 Bayesianische Statistik 211
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes 212
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9 Evaluation von Stammbäumen und Vergleich der Methoden 225
9.1 Evaluation von Stammbäumen 226
9.2 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden 232
9.3 Unterschiede zwischen den Methoden: Praxisbeispiel 240
9.4 Leseempfehlungen 242
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10.1
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Literatur 277
Glossar 285
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