Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen:
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Mikrofilm Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2005
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | Kiel, Univ., Diss., 2005 |
| Beschreibung: | VI, 60 Bl. Ill., graph. Darst. |
Internformat
MARC
| LEADER | 00000nam a2200000 c 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | BV021514622 | ||
| 003 | DE-604 | ||
| 005 | 00000000000000.0 | ||
| 007 | he|bmb024bbcu | ||
| 008 | 060316s2005 gw ad|| bm||| 00||| ger d | ||
| 015 | |a 05,H08,1300 |2 dnb | ||
| 016 | 7 | |a 975416375 |2 DE-101 | |
| 035 | |a (OCoLC)255501548 | ||
| 035 | |a (DE-599)BVBBV021514622 | ||
| 040 | |a DE-604 |b ger |e rakddb | ||
| 041 | 0 | |a ger | |
| 044 | |a gw |c XA-DE | ||
| 049 | |a DE-19 |a DE-355 | ||
| 084 | |a 610 |2 sdnb | ||
| 100 | 1 | |a Brant, Ommo Krischan |d 1976- |e Verfasser |0 (DE-588)130104639 |4 aut | |
| 245 | 1 | 0 | |a Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |c vorgelegt von Ommo Krischan Brant |
| 264 | 1 | |c 2005 | |
| 300 | |a VI, 60 Bl. |b Ill., graph. Darst. | ||
| 336 | |b txt |2 rdacontent | ||
| 337 | |b h |2 rdamedia | ||
| 338 | |b he |2 rdacarrier | ||
| 500 | |a Kiel, Univ., Diss., 2005 | ||
| 533 | |a Mikroform-Ausgabe |d 2005 |e 1 Mikrofiche : 24x |n Mikrofiche-Ausg.: |n [Mikrofiche-Ausg.] |n Signatur des reproduzierten Kulturobjekts: DBL_x001C_2005 MF 693 |7 s2005 | ||
| 655 | 7 | |0 (DE-588)4113937-9 |a Hochschulschrift |2 gnd-content | |
| 776 | 0 | 8 | |i Reproduktion von |a Brant, Ommo Krischan, 1976- |t Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |d 2005 |
| 856 | 4 | 2 | |m HBZ Datenaustausch |q application/pdf |u http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=014731197&sequence=000002&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA |3 Inhaltsverzeichnis |
| 999 | |a oai:aleph.bib-bvb.de:BVB01-014731197 | ||
Datensatz im Suchindex
| _version_ | 1804135252721926144 |
|---|---|
| adam_text | Inhaltsverzeichnis
1 Einleitung 1
1.1 Chronisch-entzündliche Darmcrkrankimgen 1
1.2 Kulturunabhängige, molekulare Analyse mikrobieller Diversität 3
1.3 Intestinale Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen ... 4
1.4 Ziel der Arbeit 7
2 Methoden 8
2.1 Patienten 8
2.2 Entnahme der Gewebeproben am Patienten 10
2.3 DNA Extraktion 10
2.4 Quantitative Messung bakterieller DNA und Plasmid-D.N A 11
2.4.1 Photometrische Messung 11
2.4.2 Floureszenzmessung 11
2.5 Aufreinigung von DNA für die in-vitro Amplifikation 12
2.6 Anlage der 16S rDNA-Genbibliotheken 12
2.7 In-vitro Amplifikation von DNA mittels Polymorase-Kettcnreaktion (PCR) 1.3
2.7.1 Pool-PCR von 16S rDNA 14
2.7.2 PCR klonierter DNA 15
2.7.3 Initiale PCR für die SSCP-Analyse 15
2.8 Gelektrophorese von DNA-Fragmenten 16
2.9 Präparation und Aufreinigung der PCR-Produkte 16
2.10 Klonierung PCR-amplifizierter DNA 17
2.10.1 TA-Ligation 17
ü
2.10.2 Transformation 18
2.11 Präparation von Plasmid-DNA 18
2.12 Sequenzierung von DNA 19
2.12.1 Sequenzierreaktion 19
2.12.1.1 Sequenzierung von Plasmid-DNA 19
2.12.1.2 Sequenzierung von PCR-Produkt 19
2.12.2 Aufreinigung I9
2.12.3 Analyse der Sequenzierungsprodukte 20
2.13 Alignment der Partialsequenzen 20
2.14 Vergleichende 16S rDNA-Sequenzanalyse 20
2.15 SSCP-Analyse 20
2.16 Gel Analyse 21
2.17 Klusteranalyse mittels Unweighted Pair Group Method with Arithmetic
Mean (UPGMA) 22
2.18 CARD15/NOD2 Genotypisierung 23
2.19 Statistische Methoden 24
2.19.1 Test auf Normalverteilung 24
2.19.2 Normal verteilte Werte 24
2.19.3 Nicht normalverteilte Werte 24
3 Ergebnisse 25
3.1 Untersuchung der bakteriellen Diversität der intestinalen Mikroflora an¬
hand von 16S rDNA Klon-Bibliotheken 25
3.2 Untersuchung der bakteriellen Diversität mit Hilfe der SSCP-Analyse ... 27
3.3 Die bakterielle Diversität und Zusammensetzung der intestinalen Mikroflora 29
3.4 Die intraindividuelle Variabilität der intestinalen Mikroflora bei aktivem
Morbus Crohn 33
3.5 Die bakterielle Diversität und der CARD15/
NOD2 Status bei Patienten mit Morbus Crohn 34
4 Diskussion 35
iii
5 Zusammenfassung 41
A Abbildungen 55
B Abkürzungen 57
Danksagung 58
Curriculum vitae ^9
iv
Abbildungsverzeichnis
1.1 Aufbau der 16S rDNA 4
2.1 Plasmid pCR2.1® 17
3.1 Dendrogramm und normalisierte SSCP-Profile 28
3.2 Vergleich der Biodiversität erhalten aus SSCP-Profilen 29
3.3 Vergleich der bakteriellen Diversität mit der Medikation bei CED 30
3.4 Phylogenetischer Baum der taxonomischen Einheiten aus SSCP-Profilen . . 32
3.5 Vergleich der bakteriellen Profile bei Morbus Crohn vor und nach einem
sechswöchigen Zeitraum 33
3.6 Vergleich der bakteriellen Diversität mit dem CARD15/NOD2-Status von
Morbus Crohn-Patienten 34
A.l SSCP-Gele von Patienten mit CED und Koutrollpatienten 55
A.2 Klusteranalyse von CED und Kontrollen 56
v
Tabellenverzeichnis
2.1 Charakteristika der Patienten in der Studie 9
2.2 Liste der verwendeten Oligonukleotide 13
2.3 Schema zur UV-Bestrahlung von Reagenzien 14
2.4 ReaktionsprofU Pool-PCR 14
2.5 PCR klonierter DNA 15
2.6 Reaktionsprofil SSCP-PCR 16
3.1 Bakterienspezies aus den Klonbibliotheken 26
vi
|
| adam_txt |
Inhaltsverzeichnis
1 Einleitung 1
1.1 Chronisch-entzündliche Darmcrkrankimgen 1
1.2 Kulturunabhängige, molekulare Analyse mikrobieller Diversität 3
1.3 Intestinale Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen . 4
1.4 Ziel der Arbeit 7
2 Methoden 8
2.1 Patienten 8
2.2 Entnahme der Gewebeproben am Patienten 10
2.3 DNA Extraktion 10
2.4 Quantitative Messung bakterieller DNA und Plasmid-D.N'A 11
2.4.1 Photometrische Messung 11
2.4.2 Floureszenzmessung 11
2.5 Aufreinigung von DNA für die in-vitro Amplifikation 12
2.6 Anlage der 16S rDNA-Genbibliotheken 12
2.7 In-vitro Amplifikation von DNA mittels Polymorase-Kettcnreaktion (PCR) 1.3
2.7.1 Pool-PCR von 16S rDNA 14
2.7.2 PCR klonierter DNA 15
2.7.3 Initiale PCR für die SSCP-Analyse 15
2.8 Gelektrophorese von DNA-Fragmenten 16
2.9 Präparation und Aufreinigung der PCR-Produkte 16
2.10 Klonierung PCR-amplifizierter DNA 17
2.10.1 TA-Ligation 17
ü
2.10.2 Transformation 18
2.11 Präparation von Plasmid-DNA 18
2.12 Sequenzierung von DNA 19
2.12.1 Sequenzierreaktion 19
2.12.1.1 Sequenzierung von Plasmid-DNA 19
2.12.1.2 Sequenzierung von PCR-Produkt 19
2.12.2 Aufreinigung I9
2.12.3 Analyse der Sequenzierungsprodukte 20
2.13 Alignment der Partialsequenzen 20
2.14 Vergleichende 16S rDNA-Sequenzanalyse 20
2.15 SSCP-Analyse 20
2.16 Gel Analyse 21
2.17 Klusteranalyse mittels Unweighted Pair Group Method with Arithmetic
Mean (UPGMA) 22
2.18 CARD15/NOD2 Genotypisierung 23
2.19 Statistische Methoden 24
2.19.1 Test auf Normalverteilung 24
2.19.2 Normal verteilte Werte 24
2.19.3 Nicht normalverteilte Werte 24
3 Ergebnisse 25
3.1 Untersuchung der bakteriellen Diversität der intestinalen Mikroflora an¬
hand von 16S rDNA Klon-Bibliotheken 25
3.2 Untersuchung der bakteriellen Diversität mit Hilfe der SSCP-Analyse . 27
3.3 Die bakterielle Diversität und Zusammensetzung der intestinalen Mikroflora 29
3.4 Die intraindividuelle Variabilität der intestinalen Mikroflora bei aktivem
Morbus Crohn 33
3.5 Die bakterielle Diversität und der CARD15/
NOD2 Status bei Patienten mit Morbus Crohn 34
4 Diskussion 35
iii
5 Zusammenfassung 41
A Abbildungen 55
B Abkürzungen 57
Danksagung 58
Curriculum vitae ^9
iv
Abbildungsverzeichnis
1.1 Aufbau der 16S rDNA 4
2.1 Plasmid pCR2.1® 17
3.1 Dendrogramm und normalisierte SSCP-Profile 28
3.2 Vergleich der Biodiversität erhalten aus SSCP-Profilen 29
3.3 Vergleich der bakteriellen Diversität mit der Medikation bei CED 30
3.4 Phylogenetischer Baum der taxonomischen Einheiten aus SSCP-Profilen . . 32
3.5 Vergleich der bakteriellen Profile bei Morbus Crohn vor und nach einem
sechswöchigen Zeitraum 33
3.6 Vergleich der bakteriellen Diversität mit dem CARD15/NOD2-Status von
Morbus Crohn-Patienten 34
A.l SSCP-Gele von Patienten mit CED und Koutrollpatienten 55
A.2 Klusteranalyse von CED und Kontrollen 56
v
Tabellenverzeichnis
2.1 Charakteristika der Patienten in der Studie 9
2.2 Liste der verwendeten Oligonukleotide 13
2.3 Schema zur UV-Bestrahlung von Reagenzien 14
2.4 ReaktionsprofU Pool-PCR 14
2.5 PCR klonierter DNA 15
2.6 Reaktionsprofil SSCP-PCR 16
3.1 Bakterienspezies aus den Klonbibliotheken 26
vi |
| any_adam_object | 1 |
| any_adam_object_boolean | 1 |
| author | Brant, Ommo Krischan 1976- |
| author_GND | (DE-588)130104639 |
| author_facet | Brant, Ommo Krischan 1976- |
| author_role | aut |
| author_sort | Brant, Ommo Krischan 1976- |
| author_variant | o k b ok okb |
| building | Verbundindex |
| bvnumber | BV021514622 |
| ctrlnum | (OCoLC)255501548 (DE-599)BVBBV021514622 |
| discipline | Medizin |
| discipline_str_mv | Medizin |
| format | Microfilm Book |
| fullrecord | <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><collection xmlns="http://www.loc.gov/MARC21/slim"><record><leader>01637nam a2200349 c 4500</leader><controlfield tag="001">BV021514622</controlfield><controlfield tag="003">DE-604</controlfield><controlfield tag="005">00000000000000.0</controlfield><controlfield tag="007">he|bmb024bbcu</controlfield><controlfield tag="008">060316s2005 gw ad|| bm||| 00||| ger d</controlfield><datafield tag="015" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">05,H08,1300</subfield><subfield code="2">dnb</subfield></datafield><datafield tag="016" ind1="7" ind2=" "><subfield code="a">975416375</subfield><subfield code="2">DE-101</subfield></datafield><datafield tag="035" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">(OCoLC)255501548</subfield></datafield><datafield tag="035" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">(DE-599)BVBBV021514622</subfield></datafield><datafield tag="040" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">DE-604</subfield><subfield code="b">ger</subfield><subfield code="e">rakddb</subfield></datafield><datafield tag="041" ind1="0" ind2=" "><subfield code="a">ger</subfield></datafield><datafield tag="044" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">gw</subfield><subfield code="c">XA-DE</subfield></datafield><datafield tag="049" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">DE-19</subfield><subfield code="a">DE-355</subfield></datafield><datafield tag="084" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">610</subfield><subfield code="2">sdnb</subfield></datafield><datafield tag="100" ind1="1" ind2=" "><subfield code="a">Brant, Ommo Krischan</subfield><subfield code="d">1976-</subfield><subfield code="e">Verfasser</subfield><subfield code="0">(DE-588)130104639</subfield><subfield code="4">aut</subfield></datafield><datafield tag="245" ind1="1" ind2="0"><subfield code="a">Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen</subfield><subfield code="c">vorgelegt von Ommo Krischan Brant</subfield></datafield><datafield tag="264" ind1=" " ind2="1"><subfield code="c">2005</subfield></datafield><datafield tag="300" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">VI, 60 Bl.</subfield><subfield code="b">Ill., graph. Darst.</subfield></datafield><datafield tag="336" ind1=" " ind2=" "><subfield code="b">txt</subfield><subfield code="2">rdacontent</subfield></datafield><datafield tag="337" ind1=" " ind2=" "><subfield code="b">h</subfield><subfield code="2">rdamedia</subfield></datafield><datafield tag="338" ind1=" " ind2=" "><subfield code="b">he</subfield><subfield code="2">rdacarrier</subfield></datafield><datafield tag="500" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">Kiel, Univ., Diss., 2005</subfield></datafield><datafield tag="533" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">Mikroform-Ausgabe</subfield><subfield code="d">2005</subfield><subfield code="e">1 Mikrofiche : 24x</subfield><subfield code="n">Mikrofiche-Ausg.:</subfield><subfield code="n">[Mikrofiche-Ausg.]</subfield><subfield code="n">Signatur des reproduzierten Kulturobjekts: DBL_x001C_2005 MF 693</subfield><subfield code="7">s2005</subfield></datafield><datafield tag="655" ind1=" " ind2="7"><subfield code="0">(DE-588)4113937-9</subfield><subfield code="a">Hochschulschrift</subfield><subfield code="2">gnd-content</subfield></datafield><datafield tag="776" ind1="0" ind2="8"><subfield code="i">Reproduktion von</subfield><subfield code="a">Brant, Ommo Krischan, 1976-</subfield><subfield code="t">Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen</subfield><subfield code="d">2005</subfield></datafield><datafield tag="856" ind1="4" ind2="2"><subfield code="m">HBZ Datenaustausch</subfield><subfield code="q">application/pdf</subfield><subfield code="u">http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=014731197&sequence=000002&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA</subfield><subfield code="3">Inhaltsverzeichnis</subfield></datafield><datafield tag="999" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">oai:aleph.bib-bvb.de:BVB01-014731197</subfield></datafield></record></collection> |
| genre | (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content |
| genre_facet | Hochschulschrift |
| id | DE-604.BV021514622 |
| illustrated | Illustrated |
| index_date | 2024-07-02T14:20:05Z |
| indexdate | 2024-07-09T20:37:33Z |
| institution | BVB |
| language | German |
| oai_aleph_id | oai:aleph.bib-bvb.de:BVB01-014731197 |
| oclc_num | 255501548 |
| open_access_boolean | |
| owner | DE-19 DE-BY-UBM DE-355 DE-BY-UBR |
| owner_facet | DE-19 DE-BY-UBM DE-355 DE-BY-UBR |
| physical | VI, 60 Bl. Ill., graph. Darst. |
| publishDate | 2005 |
| publishDateSearch | 2005 |
| publishDateSort | 2005 |
| record_format | marc |
| spelling | Brant, Ommo Krischan 1976- Verfasser (DE-588)130104639 aut Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen vorgelegt von Ommo Krischan Brant 2005 VI, 60 Bl. Ill., graph. Darst. txt rdacontent h rdamedia he rdacarrier Kiel, Univ., Diss., 2005 Mikroform-Ausgabe 2005 1 Mikrofiche : 24x Mikrofiche-Ausg.: [Mikrofiche-Ausg.] Signatur des reproduzierten Kulturobjekts: DBL_x001C_2005 MF 693 s2005 (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content Reproduktion von Brant, Ommo Krischan, 1976- Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen 2005 HBZ Datenaustausch application/pdf http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=014731197&sequence=000002&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA Inhaltsverzeichnis |
| spellingShingle | Brant, Ommo Krischan 1976- Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |
| subject_GND | (DE-588)4113937-9 |
| title | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |
| title_auth | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |
| title_exact_search | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |
| title_exact_search_txtP | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |
| title_full | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen vorgelegt von Ommo Krischan Brant |
| title_fullStr | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen vorgelegt von Ommo Krischan Brant |
| title_full_unstemmed | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen vorgelegt von Ommo Krischan Brant |
| title_short | Untersuchungen zur Diversität der bakteriellen mukosaassoziierten Mikroflora bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen |
| title_sort | untersuchungen zur diversitat der bakteriellen mukosaassoziierten mikroflora bei chronisch entzundlichen darmerkrankungen |
| topic_facet | Hochschulschrift |
| url | http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=014731197&sequence=000002&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA |
| work_keys_str_mv | AT brantommokrischan untersuchungenzurdiversitatderbakteriellenmukosaassoziiertenmikroflorabeichronischentzundlichendarmerkrankungen |