Entwicklung von rangbasierten Kriterien und Methoden zur Optimierung der Normalisierung von Genexpressionsexperimenten am Beispiel membranbasierter cDNA-Arrays:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2004
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| Beschreibung: | VIII, 88, XIII S. graph. Darst. 29 cm |
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|---|---|
| adam_text | Inhaltsverzeichnis
1 Einleitung 1
1.1 Biologische Grundlagen 2
1.2 Grundlagen der Arraytechnologie 5
1.3 Auswertung von Arrayexperimenten 7
1.4 Konkrete biologische Fragestellungen 8
2 Systemanalyse 11
2.1 Arraydesign 12
2.2 Probennahme und Aufreinigung 13
2.3 Markierung 13
2.4 Hybridisierung 14
2.5 Fluoreszenzmessung 15
2.6 Bildquantifizierung 16
2.7 Normalisierung 17
2.7.1 Grundannahmen 17
2.7.2 Referenzmethoden 17
2.7.3 Lineare Globalisierungsmethoden 17
2.7.4 Nichtlineare Globalisierungsmethoden 18
2.7.5 Externe Referenzen und Spiking 19
2.8 Meßfehler 19
2.8.1 Statistische Fehler 19
2.8.2 Andere Fehlereinflüsse 20
3 Material und Methoden 21
3.1 Materialien 21
3.1.1 Verwendete Geräte 21
3.1.2 Software 21
3.1.3 Genexpressionsarrays 21
3.1.4 Verwendete Daten 22
3.2 Hybridisierungsmodelle 22
3.2.1 Berechnung der Bindungskonstanten 22
3.3 Normalisierung und Fehlerbehandlung 23
3.3.1 Generierung der Testdaten 23
3.3.2 Bestimmung des Sondensignals 24
3.3.3 Hintergrundbestimmung 25
3.3.4 Rangbestimmung 27
3.3.5 Normalisierungsfunktionen 28
3.4 Visualisierungen 29
in
iv INHALTSVERZEICHNIS
3.4.1 Scatterplot Diagramme (SP) 29
3.4.2 Rang Intensitäts Diagramm 29
4 Ergebnisse 31
4.1 Hybridisierungsmodell 31
4.1.1 Motivation 31
4.1.2 Das Bindungsmodell 31
4.1.3 Einfache Hybridisierung 32
4.1.4 Grenzen des Modells (kinetische Ãœberlegungen) 40
4.1.5 Kompetetive Hybridisierung 41
4.1.6 Kreuzhybridisierungen an alternativen Sonden 43
4.1.7 Waschprozesse 45
4.1.8 Doppelsträngige Sonden 47
4.1.9 Doppelsträngige Proben 48
4.1.10 Schlußfolgerungen und Fehlerabschätzung 49
4.2 Visualisierung 50
4.2.1 Motivation 50
4.2.2 Scatterplot Diagramme 50
4.2.3 Verteilungsdiagramme 51
4.3 Abschätzung des additiven Rauschens des Detektionssystems 53
4.3.1 Motivation 53
4.3.2 Testdaten 53
4.4 Vergleich 56
4.4.1 Motivation 56
4.4.2 Pehlerkriterium 56
4.4.3 Verteilungskriterium 57
4.4.4 Testdaten 57
4.4.5 lineare Referenzmethoden 57
4.4.6 lineare Globalisierungsmethoden 59
4.4.7 nichtlineare Methoden 65
4.4.8 Fazit 68
5 Diskussion 71
6 Zusammenfassung 79
7 Literaturverzeichnis 81
Anhang A I
8.1 Beispielsequenzen für die Hybridisierungsmodelle I
8.1.1 BMP2 Sequenz [GB:NM001200] I
8.1.2 BMP2 Sonden unterschiedlicher Länge I
8.1.3 willkürliche Sonden mit unterschiedlichem GC Gehalt II
8.2 Ableitung des 1.Modells III
8.3 Ableitung des 2.Modells Kompetetive Hybridisierung IV
8.4 Ableitung des 3.Modelk Hybridisierung an zwei Sonden V
8.5 AGM Funktion VII
1
INHALTSVERZEICHNIS v
Anhang B IX
8.6 Ehrenwörtliche Erklärung XI
8.7 Lebenslauf XII
8.8 Veröffentlichungen XII
|
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Inhaltsverzeichnis
1 Einleitung 1
1.1 Biologische Grundlagen 2
1.2 Grundlagen der Arraytechnologie 5
1.3 Auswertung von Arrayexperimenten 7
1.4 Konkrete biologische Fragestellungen 8
2 Systemanalyse 11
2.1 Arraydesign 12
2.2 Probennahme und Aufreinigung 13
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3.2 Hybridisierungsmodelle 22
3.2.1 Berechnung der Bindungskonstanten 22
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3.4 Visualisierungen 29
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iv INHALTSVERZEICHNIS
3.4.1 Scatterplot Diagramme (SP) 29
3.4.2 Rang Intensitäts Diagramm 29
4 Ergebnisse 31
4.1 Hybridisierungsmodell 31
4.1.1 Motivation 31
4.1.2 Das Bindungsmodell 31
4.1.3 Einfache Hybridisierung 32
4.1.4 Grenzen des Modells (kinetische Ãœberlegungen) 40
4.1.5 Kompetetive Hybridisierung 41
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4.1.10 Schlußfolgerungen und Fehlerabschätzung 49
4.2 Visualisierung 50
4.2.1 Motivation 50
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4.3 Abschätzung des additiven Rauschens des Detektionssystems 53
4.3.1 Motivation 53
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4.4.1 Motivation 56
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4.4.5 lineare Referenzmethoden 57
4.4.6 lineare Globalisierungsmethoden 59
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4.4.8 Fazit 68
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6 Zusammenfassung 79
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Anhang A I
8.1 Beispielsequenzen für die Hybridisierungsmodelle I
8.1.1 BMP2 Sequenz [GB:NM001200] I
8.1.2 BMP2 Sonden unterschiedlicher Länge I
8.1.3 willkürliche Sonden mit unterschiedlichem GC Gehalt II
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