Erfassung und Komplementierung von Sub- und Gesamtproteomen aus Mikroorganismen durch biologische Massenspektrometrie:
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German English |
| Veröffentlicht: |
2005
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | Beitr. teilw. dt., teilw. engl. - Enth. außerdem 6 Sonderabdr. aus verschiedenen Zeitschr. |
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INHALTSVERZEICHNIS
PUBLIKATIONSUEBERSICHT
DISSERTATION
.
3
ABSTRAKT
.
4
1
EINLEITUNG
.
5
2
ZIELSTELLUNG
.
5
3
METHODEN
.
6
3.1
PROTEINAUFARBEITUNG
.
6
3.1.1
PRAEPARATION
ZELLULAERER
PROTEINE
AUS
H
PYLORI
(PUBLIKATIONEN
I,
II)
.
6
3.1.2
PRAEPARATION
VON
PROTEINEN
AUS
M.
TUB.
(PUBLIKATIONEN
III,
IV,
V)
.
6
3.2
SEPARATION
UND
IDENTIFIZIERUNG
VON
PROTEINEN
DURCH
2-DE-MALDI-MS
.
6
3.2.1
SEPARATION
VON
PROTEINEN
DURCH
2-DE
(PUBLIKATIONEN
I-V)
.
6
3.2.2
ENZYMATISCHE
SPALTUNG
VON
PROTEINEN
IN
2-DE
SPOTS
(PUBLIKATIONEN
I-V)
.
6
3.2.3
GENERIERUNG
VON
MALDI-TOF
MASSENSPEKTREN
.
7
3.2.3.1
MALDI-MS
(PUBLIKATIONEN
I-V)
.
7
3.2.3.2
HOCHDURCHSATZMESSUNGEN
MITTELS
VOLLAUTOMATISIERTER
MALDI-MS
(PUBLIKATION
II)
.
7
3.2.4
STANDARDIDENTIFIZIERUNG
VON
PROTEINEN
(PUBLIKATIONEN
I-V)
.
7
3.2.5
ERWEITERTE
ANALYSE
VON
MASSENSPEKTREN
UND
VERBESSERTE
IDENTIFIZIERUNG
VON
PROTEINEN
AUS
2-DE
SPOTS
(PUBLIKATIONEN
I,
II,
III)
.
8
3.2.5.1
ENTWICKLUNG
DES
PROGRAMMS
MS-SCREENER
(PUBLIKATIONEN
I,
II,
III)
.
8
3.2.5.2
CLUSTERANALYSE
VON
MASSENSPEKTREN:
IDENTIFIZIERUNG
VON
PROTEINEN
DURCH
AEHNLICHKEITSMERKMALE
(PUBLIKATIONEN
I,
II)
.
8
3.2.5.3
IDENTIFIZIERUNG
VON
PROTEINEN
DURCH
ITERATIVE
DATENBANKSUCHE
(PUBLIKATIONEN
I,
II)
.
8
3.2.5.4
IDENTIFIZIERUNG
VON
PROTEINEN
DURCH
MINIMAL
PROTEIN
IDENTIFIER
(MPI)
(PUBLIKATION
III).
9
3.3
SEPARATION,
IDENTIFIZIERUNG
UND
QUANTIFIZIERUNG
VON
PROTEINEN
DURCH
ICAT-LC/MS/MS
(PUBLIKATION
V)
.
9
3.3.1
MARKIERUNG
VON
PROTEINEN
MIT
ICAT
UND
ANSCHLIESSENDE
SEPARATION
DURCH
FLUESSIGKEITSCHROMATOGRAPHIE
(PUBLIKATION
V)
.
9
3.3.2
ESI-MS/MS
MASSENSPEKTROMETRIE
(PUBLIKATION
V)
.
9
3.3.3
IDENTIFIZIERUNG
UND
QUANTIFIZIERUNG
ICAT
MARKIERTER
PEPTIDE
(PUBLIKATION
V)
.
10
3.4
CHARAKTERISIERUNG
VON
PROTEINEN/PEPTIDEN
DURCH
KOMPLEXE
DATENBANKANFRAGEN
MITTELS
MYSQL
(PUBLIKATIONEN
III,
V,
VI)
.
10
4
ERGEBNISSE
.
10
4.1
VERVOLLSTAENDIGUNG
DER
M.
TUB.
UND
H.
PYLORI
PROTEOME
DURCH
VERBESSERTE
IDENTIFIZIERUNG
VON
2
DE
SPOTS
(PUBLIKATIONEN
I-IV)
.
10
4.1.1
DETAILLIERTE
ANALYSE
VON
MASSENSPEKTREN
MITTELS
MS-SCREENER
UND
VERBESSERTE
IDENTIFIZIERUNG
VON
H.
PYLORI
PROTEINEN
DURCH
ITERATIVE
DATENBANKSUCHE
(PUBLIKATION
I)
.
10
4.1.1.1
MS-SCREENER:
DETEKTION
SYSTEMATISCHER
KONTAMINANTEN
IN
PMF
'
S
.
10
4.1.1.2
DETEKTION
VON
NACHBARSPOTKONTAMINANTEN
DURCH
GEL-SCREENING
.
11
4.1.1.3
IDENTIFIKATION
VON
H.
PYLORI
PROTEINEN
DURCH
CLUSTERANALYSE
.
11
4.1.1.4
ERHOEHUNG
DER
IDENTIFIKATIONSRATE
DURCH
KOMBINATION
VON
MS-SCREENER
UND
CLUSTERANALYSE
DURCH
ITERATIVE
DATENBANKSUCHE
.
12
4.1.2
ERWEITERTE
ANALYSE
VOLLAUTOMATISCH
GENERIERTER
PMF
'
S
(PUBLIKATION
II)
.
12
4.1.2.1
EVALUIERUNG
VON
H.
PYLORI
ANTIGENSPOTS
DURCH
ITERATIVE
DATENANALYSE
.
12
4.1.3
ERWEITERTE
IDENTIFIKATION
VON
M.
TUB.
KUTURUEBERSTANDSPROTEINEN
AUS
2-DE
(PUBLIKATIONEN
III,
IV)
.
13
4.1.3.1
IDENTIFIZIERUNG
VON
HSPX
UND
EF-TU
SPEZIFISCHEN
PEPTIDMASSEN
DURCH
MS-SCREENER
UND
MINIMAL
PROTEIN
IDENTIFIER
(MPI)
.
13
4.1.3.2
VERLAESSLICHKEIT
DER
MPI:
KALKULATIONEN
IN
MYSQL
DATENBANK
.
13
4.2
KOMPLEMENTAERE
PROTEOMANALYSE
UND
RELATIVE
QUANTIFIZIERUNG
VON
M.
TUB.
H37RV
UND
M.
BOVIS
BCG
DURCH
ICAT-LC/MS/MS
(PUBLIKATION
V)
.
14
4.2.1
IDENTIFIZIERUNG
ZELLULAERER
PROTEINE
VON
M.
TUB.
H37RV
UND
M.
BOVIS
BCG
DURCH
ICAT
LC/MS/MS
.
14
4.2.2
CHARAKTERISIERUNG
ZELLULAERER
PROTEINE
AUS
2-DE-MS
UND
ICAT-LC/MS/MS
ANALYSEN
DURCH
MYSQL-DATENBANKANFRAGEN
.
14
4.2.3
VERGLEICH
DER
QUANTIFIZIERUNGSWERTE
AUS
ICAT-LC/MS
UND
2-DE/MS
.
14
4.3
DATENMANAGEMENT,
ANALYSE
UND
PRAESENTATION
(PUBLIKATION
VI)
.
15
5
DISKUSSION
.
15
6
REFERENZEN
.
18
7
ANHANG
PUBLIKATION
1
.
23
ANHANG
PUBLIKATION
II
.
38
ANHANG
PUBLIKATION
III
.
52
ANHANG
PUBLIKATION
IV
.
68
ANHANG
PUBLIKATION
V
.
85
ANHANG
PUBLIKATION
VI
.
105
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