Präparation bakterieller DNS aus verschiedenen Körperflüssigkeiten:
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| Veröffentlicht: |
2004
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Inhaltsverzeichnis
Seite
1. Einleitung
I. I. Sepsis und ihre klinische Relevanz 5
1.2. Fazit 7
1.3. Fragestellung 8
2. Material und Methoden 9
2.1. Probengewinnung 9
2.2. Bakterieller Standard 9
2.2.1. Polymerase-Kettenreaktion für das PCR-Produkt 10
2.2.2. Einfügen des Produktes in den Plasmidvektor 11
2.2.3. Transformieren des pCR*4-TOPO* in TOP10E. coli Zellen 12
2.2.4. Auswahl und Analyse der Kolonien 12
2.2.5. Isolieren der Plasmid-DNS 13
2.3. Herstellung einer Plasmid-Verdünnungsreihe 14
2.4. Quantifizierung der DNS mittels Realtime-PCR 16
2.5. Diagnostische Ansätze neben klassisch-mikrobiologischen Nachweismethoden 18
2.6. Beschreibung verschiedener Präparationssysteme 22
2.7. Präparationsabläufe der Kits 26
2.8. Statistische Methoden und Studiendesign 33
2.9. Materialien 33
2.9.1. Kleingeräte und Materialien 33
2.9.2. Technische Geräte 34
2.9.3. Chemikalien 34
3. Ergebnisse 35
3.1. Ergebnisse zur Methodenetablierung 35
3.2. Ergebnisse der einzelnen Kits 38
4
3.2.1. High Pure Viral Nucleic Acid Kit 38
3.2.2. MagNA Pure LC DNA Isolation Kit 39
3.2.3. Phenol-Chloroform 41
3.2.4. Puregene DNA Isolation Kit 42
3.2.5. First DNA Kit 43
3.2.6. QIAamp UltraSens Virus Kit 44
3.2.7. AquaPure Genomic DNA Isolation Kit 46
3.3. Vergleich der Präparationskits 47
3.3.1. Kitvergleich Plasma 47
3.3.2. Kitvergleich BAL 51
3.3.3. Kitvergleich Erythrozytenkonzentrate 54
3.3.4. Kitvergleich Wasser 56
4. Diskussion 60
4.1. Die Rolle der Präparation für die PCR 60
4.2. Bewertung 61
4.3. Diskussion der Ergebnisse 62
4.4. Auffälligkeiten während der Präparation 64
4.5. Kritische Betrachtung der Methode 66
4.6. Kosten und Zeitaufwand 67
4.7. Empfehlung 68
5. Zusammenfassung 70
6. Literaturverzeichnis 71
7. Danksagung 77
8. Lebenslauf 78
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