Ein Beitrag zur Feinkartierung von QTL-Regionen für Eutergesundheit beim Rind:
Gespeichert in:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Kiel
Inst. für Tierzucht und Tierhaltung .
2004
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| Schriftenreihe: | Schriftenreihe des Instituts für Tierzucht und Tierhaltung der Christian-Albrechts-Universität Kiel
142 |
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| adam_text | Titel: Ein Beitrag zur Feinkartierung von QTL-Regionen für Eutergesundheit beim Rind
Autor: Brink, Maren
Jahr: 2004
Inhaltsverzeichnis
Inhaltsverzeichnis
Verzeichnis der Tabellen
Verzeichnis der Abbildungen
Verzeichnis der Abkürzungen
Einleitung
2 Literatur 3
2.1 Eutergesundheit 3
2.1.1 Eutergesundheits-QTL auf BTA18 und BTA27 4
2.2 Funktionale Merkmale 6
2.3 DNA-Marker 7
2.3.1 Markerklassen-Einteilung 7
2.4 Kartierung von Markern 8
2.4.1 Genetische Kartierung 9
2.4.2 Physikalische Kartierung 10
2.4.3 Vergleichende Kartierung mittels komparativer Karten 11
2.5 QTL-Analyse 13
2.5.1 Verfahren zur QTL-Kartierung 13
2.5.2 Selektive Genotypisierung 16
2.6 Methoden zur Feinkartierung 17
2.7 Kausale Mutation 18
2.8 Markergestüzte Selektion 19
2.9 Überblick der Vorgehensweise zur Identifizierung von Genen 24
3 Material und Methoden 26
3.1 Materialien 26
3.1.1 Chemikalien 26
3.1.2 Nährmedien, Puffer und Lösungen 27
3.1.3 Geräte 30
3.2 Methoden 31
3.2.1 Polymerase- Kettenreaktion 31
3.2.2 ElektroDhoretische Auftrennune der DNA 31
Inhaltsverzeichnis
3.3 BAC-Klon-Isolierung 34
3.3.1 Screening-Primersuche mittels komparativer Karten 34
3.3.2 Screening der BAC-Klone 37
3.3.3 BAC-Präparation 39
3.4 Enzymatischer Verdau und Adapterligation 40
3.4.1 Adapterligations- Kontrolle 43
3.4.2 Kontroll-Sequenzierung zur Überprüfung des BAC-Inserts 44
3.5 Mikrosatelliten-Primer-PCR 46
3.5.1 Mikrosatelliten-Primer-PCR erste Sequenzierrunde 46
3.5.2 MikrosateUiten-Primer-PCR zweite Sequenzierrunde 48
3.5.3 Mikrosatelliten-Primer-PCR dritte Sequenzierrunde 51
3.5.4 Optimierung der Typisierungs-PCRs 53
3.6 Markerentwicklung am FBN Dummerstorf 53
3.7 Tiermaterial 54
3.7.1 TvpisierungsplanFeinkartierungZellzahl-QTL-BTA18 54
3.7.2 Isolierung der genomischen DNA aus Sperma 55
3.8 Statistische Methoden 56
3.8.1 Markerkarte 56
3.8.2 QTL-Berechnung 57
4 Ergebnisse 59
4-1 Identifizierung und Charakterisierung BTA18-spezifischer
Mikrosatelüten 59
4.1.1 Isolierung BTA18-spezifischer BAC-Klone 59
4.1.2 Identifizierung BTA18-spezifischer Mikrosatelliten 62
4-2 Identifizierung und Charakterisierung BTA27-spezifischer
Mikrosatelliten 69
4.3 FeinkartierungdesBTA18-Zellzahl-QTL 72
4.3.1 Ergebnisse der Kopplungsanalyse 72
4.3.2 QTL-Analyse 77
Inhaltsverzeichnis
79
79
81
82
86
87
89
91
92
94
96
8 Literaturverzeichnis 97
9 Anhang 113
A KIEL-BTA18-Marker-Sequenzen 113
B Weitere Mikrosatelliten-Sequenzen 119
C FBN-BTA18-Marker-Sequenzen 120
D BTA27-Markersequenzen 128
5 Diskussion
5.1 Eutergesundheit
5.2 Isolierung von BAC-Klonen
5.3 Markerentwicklung
5.4 Mikrosatelliten-Marker
5.5 Genetische Kartierung der Marker
5.6 QTL-Analyse
5.7 Kandidatengene
5.8 Ausblick
6 Zusammenfassung
7 Summary
Verzeichnis der Tabellen
Verzeichnis der Tabellen
Tabelle 1: Beurteilung zytobakterieHer Befunde im Rahmen der 4
Mastitiskategorisierung
Tabelle 2: Auflistung der humanen Gene samt ihrer Position sowie die 35
entsrechenden bovinen Accession-Nummern, aus deren
Sequenzen die Screening-Primer abgeleitet wurden
Tabelle 3: BTA18-BAC-Klone, die in die Markerentwicklung 38
eingegangen sind
Tabelle 4: BTA27-BAC-Klone, die in die Markerentwicklung 38
eingegangen sind
Tabelle 5: Eingesetzte Restriktionsenzyme mit entsprechendem NEB-Puffer 41
Tabelle 6: Reaktionsansatz zur Adapter-Herstellung 42
Tabelle 7: Ligase-Reaktions-Mix für einen Ansatz 42
Tabelle 8: Restriktionsverdau vor Adapterligation 42
Tabelle 9: Auflistung aller auf den adapterligierten BACs eingesetzten 44
nicht Insertsequenz-spezifischen Primer
Tabelle 10: Eingesetzte Restriktionsenzyme vor der Adapterligation pro BAC 46
(BTA18)
Tabellell: Mflcrosatellitenmotiv-Primer 46
Tabelle 12: Erste Sequenz-spezifische Primer nach der Adapterligation (BTA18) 49
Tabelle 13: Erste Sequenz-spezifische Primer nach der Adapteriigatjon (BTA27) 50
Verzeichnis der Tabellen
Tabelle 14: Aufstellung der in die Feinkartierungsstudie eingehenden Familien, 55
Anzahl bereits in vorherigen Studien typisierter Marker und die
jeweilige Familiengröße des Versuchsplans
Tabelle 15: Identifizierte BTA18-Klone 60
Tabelle 16: BTA18-Klone mit Angabe ihrer physikalischen Lokalisation 61
Tabelle 17: Typisierungstest-Ergebnisse der KIEL-BTA18-Marker 64
Tabelle 18: FBN-Mikrosatelliten-Marker 65
Tabelle 19: Mikrosatelliten-Motive und Primersequenzen der homozygoten Marker 65
Tabelle 20: Polymorphe BTA18-Marker mit ihren Primersequenzen und Motiven 67
Tabelle 21: Bekannte Motivvariationen der FBN-Mikrosatelliten-Marker 68
Tabelle 22: BTA18-Typisierungs-PCR-Ansätze und Programme (10 ul) 68
Tabelle 23: Informative Marker pro Familie 69
Tabelle 24: Typisierungstest-Ergebnisse auf BTA27 70
Tabelle 25: Mikrosatellitenmotive und Primersequenzen der BTA27-Marker 70
Tabelle 26: PCR-AnsätzefürBTA27-Marker(10ul) 71
Tabelle 27: Rekombinationsraten zwischen jeweils zwei Markern und Lod-Scores 73
Tabelle 28: Rekombinationsraten und Abstände in cM zwischen den berechneten 75
Markern der BTA18-Karte
Tabelle 29: Coinformative Metosen zwischen allen Markerpaaren 77
Verzeichnis der Abbildungen
Verzeichnis der Abbildungen
Abbildung 1:
Abbildung 2:
Abbildung 3:
Abbildung 4:
Abbildung 5:
Abbildung 6:
Abbildung 7:
Abbildung 8:
Abbildung 9:
Selektive Genotypisierung
Sequenz des BAC-Walker-Adapters
17
40
BAC-Walker-Adapter mit dem Gen A2-Block im lower Strang 41
Ablauf der Mikrosatelliten-Primer-Bindung 48
Sequenzbereiche, in denen neue insertspezifische Primer 50
ausgewählt wurden
PCR mit dem ersten BTA spezifischen Primer gegen den B WP1 51
Amplifikatkm mit Mikrosatellitenmotivprimern und BWP1
62
Neuberechnete genetische Markerkarte des BTA18 in cM 76
Verlauf der Teststatistik
Abbildung AI: Verdeutlichung der Mikrosektion - Rehybridisierung der
BTA18q22.2-2.6 Genbank auf Metaphasenchromosomen
durch HSH
78
127
Abbildung A2: Alignment von fünf BTA27-BAC-Sequenzen
131
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