Entwicklung und Anwendung von Isolierungs- und Quantifizierungsmethoden für epiphytische Mikroorganismen auf Blattoberflächen der Stieleiche (Quercus robur L.):
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| Format: | Buch |
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2002
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| Beschreibung: | Köln, Univ., Diss., 2002 (Nicht für den Austauch) |
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INHALTSVERZEICHNIS
ABBILDUNGSVERZEICHNIS V
TABELLENVERZEICHNIS VI
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS ' VII
1 EINLEITUNG 1
1.1 EPIPHYTISCHE MIKROORGANISMEN .1
1.2 EINFLUSS VON UMWELTFAKTOREN AUF DAS SYSTEM BLATT - EPIPHYTISCHE
MIKROORGANISMEN.2
1.3 EPIPHYTISCHE MIKROORGANISMEN AUF BLATTOBERFLAECHEN DER STIELEICHE
(QUERCUS ROBUR L.).5
1.4 ZIELE DIESER ARBEIT.6
2 MATERIAL UND METHODEN 7
2.1 VERWENDETE CHEMIKALIEN, LOESUNGEN UND MEDIEN .7
2.1.1 EINGESETZTE CHEMIKALIEN UND KITS.7
2.1.2 VERWENDETE LOESUNGEN UND MEDIEN.8
2.2 PFLANZENMATERIAL UND BODENSUBSTRAT.9
2.2.1 PFLANZENMATERIAL.9
2.2.2 BODENSUBSTRAT UND DUENGER.10
2.3 CHARAKTERISIERUNG DER MESSSTANDORTE .10
2.3.1 STANDORT BERG.10
2.3.2 STANDORT TAL.'.12
2.3.3 CHARAKTERISIERUNG DER VERWENDETEN FOLIEN.13
2.4 BEPROBUNG DER VERSUCHSPFLANZEN .14
2.5 VERSUCHSBEGLEITENDE ERFASSUNG VON KLIMADATEN.15
2.6 MIKROBIOLOGISCHE METHODEN ZUR UNTERSUCHUNG EPIPHYTISCHER MIKRO-.17
ORGANISMEN
2.6.1 MOST PROBABLE NUMBER-TECHNIK.17
2.6.1.1 MPN-METHODE ZUR BESTIMMUNG DER GESAMTZELLZAHL HETERO-.18
TROPHER ORGANISMEN UND HETEROTROPHER NITRIFIZIERER
2.6.1.2 MPN-METHODE ZUR BESTIMMUNG VON DENITRIFIZIERERN .19
2.6.1.3 MPN-METHODE ZUR BESTIMMUNG AUTOTROPHER AMMONIUMOXIDIERER.20
2.6.1.4 MPN-METHODE ZUR BESTIMMUNG AUTOTROPHER NITRITOXIDIERER .20
2.6.1.5 REPRODUZIERBARKEIT DER MOST PROBABLE NUMBER-METHODIK .21
2.6.2 AUSPLATTIEREN .22
2.6.2.1 SUCHE EINES GEEIGNETEN FESTMEDIUMS ZUR QUANTIFIZIERUNG EPI- .22
PHYTISCHER MIKROORGANISMEN
2.6.2.2 VERWENDUNG SELEKTIVER HEMMSTOFFE .25
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
HTTP://D-NB.INFO/967091667
2.7 MOLEKULARBIOLOGISCHE METHODEN ZUR UNTERSUCHUNG EPIPHYTISCHER.26
MIKROORGANISMEN
2.7.1 VERWENDETER VEKTOR UND EINGESETZTE BAKTERIENSTAEMME.26
2.7.2 SEQUENZVERGLEICHE UND SUCHE IN DER DATENBANK.27
2.7.3 AMPLIFIZIERUNG VON DNA-SEGMENTEN MITTELS POLYMERASEKETTENREAKTION
.27
2.7.3.1 ISOLIERUNG VON DNA ZUM EINSATZ ALS TEMPLATE IN POLYMERASE-.27
KETTENREAKTIONEN
2.13.2
OPTIMIERUNG DER PCR-BEDINGUNGEN ZUR AMPLIFIZIETUNG VON .28
DNA-SEGMENTEN VERSCHIEDENER MIKROORGANISMEN
2.7.4 LIGATION VON PCR-PRODUKTEN .29
2.7.5 HERSTELLUNG KOMPETENTER E. COLI TGL-ZELLEN .29
2.7.6 TRANSFORMATION VON E. COLI TG1 UND SELEKTION POSITIVER KLONE.30
2.7.7 MINIPRAEPARATION VON PLASMID-DNA NACH BIMBOIM & DOLY .30
2.7.8 RESTRIKTION VON PLASMID-DNA.31
2.7.9 SEQUENZIERUNG VON PLASMID-DNA.31
2.7.10 ISOLIERUNG HOCHREINER PLASMID-DNA.33
2.7.11 SPEKTRALPHOTOMETRISCHE BESTIMMUNG DER DNA-MENGE.34
2.7.12 BERECHNUNG DER KOPIENZAHL .34
2.7.13 AGAROSEGELELEKTROPHORESE ZUR GROESSENBESTIMMUNG VON
DNA-SEGMENTEN.35
2.7.14 VERWENDUNG EINES INTERNEN STANDARDS ZUR BESTIMMUNG VON VERLUSTEN
.36
UND ZUR BERECHNUNG VON WIEDERFINDUNGSRATEN WAEHREND DER DNA-
ISOLATION VON EPIPHYTISCHEN MIKROORGANISMEN
2.7.15 VERGLEICH UNTERSCHIEDLICHER METHODEN DER DNA-ISOLATION
EPIPHYTISCHER.37
MIKROORGANISMEN
2.7.15.1 DNA-ISOLATION NACH EINER VERAENDERTEN MINIPRAEPARATIONS- .37
VORSCHRIFT VON BIMBOIM & DOLY
2.7.15.2 DNA-ISOLATION NACH EINER VERKUERZTEN MINIPRAEPARATIONS- .38
VORSCHRIFT VON BIMBOIM & DOLY
2.7.15.3 DNA-ISOLATION NACH EINER MINIPRAEPARATION FUER GESAMT-DNA .38
2.7.15.4 BESTIMMUNG VON WIEDERFINDUNGSRATEN ZUM VERGLEICH UNTER- .39
SCHIEDLICHER METHODEN ZUR DNA-ISOLATION EPIPHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
2.7.16 REAL TIME PCR.39
2.7.16.1 SYBER GREEN-METHODE.40
2.7.16.2 TAQMAN-METHODE . 41
2.7.16.3 OPTIMIERUNG DER BEDINGUNGEN FUER REAL TIME PCR-UNTER-.43
SUCHUNGEN
2.8 FLAECHENBESTIMMUNG UND MIKROSKOPISCHE UNTERSUCHUNG VON BLAETTERN .44
2.8.1 BESTIMMUNG DER BLATTFLAECHEN.44
2.8.2 UNTERSUCHUNGEN VON BLATTOBERFLAECHEN MITTELS KONFOKALER.44
LASER SCANNING MIKROSKOPIE
2.9 NEUTRALZUCKER-BESTIMMUNG UND -REDUZIERUNG IN EXTRAKTIONSLOESUNGEN.45
2.9.1 SPEKTRALPHOTOMETRISCHE UNTERSUCHUNGEN DER EXTRAKTIONSLOESUNGEN
ZUR.45
BESTIMMUNG DER NEUTRALZUCKERKONZENTRATION
2.9.2 AUSWAHL EINER GEEIGNETEN METHODE ZUR REDUZIERUNG DES
NEUTRALZUCKER-.45
GEHALTES IN EXTRAKTIONSLOESUNGEN
II
3 ERGEBNISSE
49
3.1 ENTWICKLUNG EINER EXTRAKTIONSMETHODE ZUR ABLOESUNG EPIPHYTISCHER
MIKRO-.49
ORGANISMEN VON BLATTOBERFLAECHEN
3.1.1 AUSWAHL EINER GEEIGNETEN ABLOESEMETHODE FUER EPIPHYTISCHE MIKRO-.49
ORGANISMEN ZUR BESTIMMUNG DER LEBENDZELLZAHL
3.1.2 AUSWAHL EINES GEEIGNETEN NAEHRMEDIUMS ZUR QUANTIFIZIERUNG EPI- .51
PHYTISCHER MIKROORGANISMEN DURCH AUSPLATTIEREN
3.2 QUANTIFIZIERUNG EPIPHYTISCHER MIKROORGANISMEN AUF BLAETTERN DER
STIELEICHE.52
(QUERCUS ROBUR L.) MITTELS DER GEWAEHLTEN EXTRAKTIONSMETHODE
3.2.1 BESTIMMUNG DER GESAMTZELLZAHL HETEROTROPHER MIKROORGANISMEN UND.53
HETEROTROPHER NITRIFIZIERER MITTELS MPN-TECHNIK
3.2.2 QUANTIFIZIERUNG VON DENITRIFIZIERERN MITTELS MPN-TECHNIK.56
3.2.3 QUANTIFIZIERUNG AUTOTROPHER AMMONIAK- UND NITRITOXIDIERER MITTELS
.56
MPN-TECHNIK
3.2.4 BESTIMMUNG DER GESAMTZELLZAHL HETEROTROPHER MIKROORGANISMEN UND.56
DER ANTEILE AN BAKTERIEN UND PILZEN MITTELS AUSPLATTIEREN
3.3 ENTWICKLUNG EINER ANZUCHTSFREIEN, MOLEKULARBIOLOGISCHEN
QUANTIFIZIERUNGS-.59
METHODE FUER EPIPHYTISCHE MIKROORGANISMEN AUF BLATTOBERFLAECHEN DER
STIELEICHE
(QUERCUS ROBUR L.)
3.3.1 ENTWICKLUNG EINER TECHNIK ZUR ABLOESUNG EPIPHYTISCHER MIKRO- .59
ORGANISMEN VON BLATTOBERFLAECHEN DER STIELEICHE ["ABHEBETECHNIK"]
3.3.2 MIKROSKOPISCHE UNTERSUCHUNGEN DER BLATTOBERSEITE VON
EICHENBLAETTEM.60
(QUERCUS ROBUR L.) ZUM VERGLEICH VERSCHIEDENER ABLOESETECHNIKEN VON
EPIPHYTISCHEN MIKROORGANISMEN
3.3.3 DNA-ISOLATION AUS EPIPHYTISCHEN MIKROORGANISMEN VON
BLATTOBERFLAECHEN .61
3.3.4 AUSWAHL GEEIGNETER OLIGONUKLEOTIDE ZUR AMPLIFIZIERUNG VON DNA-.62
SEGMENTEN MITTELS POLYMERASEKETTENREAKTION [PCR]
3.3.4.1 AUSWAHL VON OLIGONUKLEOTIDEN ZUR AMPLIFIZIERUNG VON GENOM-.63
SEGMENTEN EPIPHYTISCHER
PILZE
3.3.4.2 AUSWAHL VON OLIGONUKLEOTIDEN ZUR AMPLIFIZIERUNG VON GENOM-.64
SEGMENTEN EPIPHYTISCHER BAKTERIEN
3.3.5 SEQUENZIERUNG UND IDENTIFIZIERUNG VON PCR-AMPLIFIKATEN
EPIPHYTISCHER.66
MIKROORGANISMEN VON EICHENBLAETTEM
3.3.6 AUSWAHL GEEIGNETER OLIGONUKLEOTIDE FUER DIE QUANTIFIZIERUNG
UNTER-.69
SCHIEDLICHER MIKROBIELLER GATTUNGEN MITTELS REAL TIME PCR
3.3.7 KALIBRIERUNG DER REAL TIME PCR-SYSTEME ZUR QUANTIFIZIERUNG EPI-.72
PHYTISCHER MIKROORGANISMEN
3.3.8 VALIDIERUNG DES ENTWICKELTEN REAL TIME PCR-SYSTEMS FUER ERWINIA
SPEC.74
3.4 QUANTIFIZIERUNG EPIPHYTISCHER MIKROORGANISMEN AUF BLATT OBERFLAECHEN
DER.76
STIELEICHE MITTELS REAL TIME PCR
3.4.1 EPIPHYTISCHE PILZE.76
3.4.2 EPIPHYTISCHE BAKTERIEN.78
4
DISKUSSION
79
4.1 VERGLEICH DER UNTERSUCHUNGSSTANDORTE .79
4.2 METHODENENTWICKLUNG.81
4.2.1 ENTWICKLUNG EINER MIKROBIOLOGISCHEN QUANTIFIZIERUNGSMETHODE FUER
DIE.81
UNTERSUCHUNG EPIPHYTISCHER MIKROORGANISMEN ["EXTRAKTIONSMETHODE"]
4.2.2 ENTWICKLUNG EINER ANZUCHTSFFEIEN, MOLEKULARBIOLOGISCHEN
QUANTIFI-.85
ZIERUNGSMETHODE FUER DIE UNTERSUCHUNG EPIPHYTISCHER MIKROORGANISMEN
["ABHEBETECHNIK"]
4.2.2.1 QUANTIFIZIERUNG PHYTOPATHOGENER PILZE .87
4.2.2.2 QUANTIFIZIERUNG EPIPHYTISCHER BAKTERIEN.89
4.3 QUANTIFIZIERUNG VON EPIPHYTISCHEN MIKROORGANISMEN DER STIELEICHE
IM.92
JAHRESVERLAUF
4.3.1 ZEITLICHE ENTWICKLUNG .94
4.3.2 UV-B EINFLUSS .95
4.3.3 STANDORT-EINFLUSS.,.'.7.96
4.4 AUSBLICK .97
5 ZUSAMMENFASSUNG 99
6 LITERATURVERZEICHNIS 100
ABSTRACT 108
LEBENSLAUF 109
DANKSAGUNG 110
IV |
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