Holdings: Der Translationsfaktor SelB

Der Translationsfaktor SelB: Mechanismus der UGA-Dekodierung und Funktion in der Regulation der Genexpression

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Bibliographic Details
Main Author:	Thanbichler, Martin Rudolf 1973- (Author)
Format:	Book
Language:	German
Published:	2002
Subjects:	Hochschulschrift
Online Access:	Inhaltsverzeichnis
Item Description:	München, Univ., Fak. für Biologie, Diss., 2002
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adam_text	INHALTSVERZEICHNIS EINLEITUNG . 1 1. SELENMETABOLISMUS IN ESCHERICHIA COLI . 2 2. DIE GTPASE-SUPERFAMILIE . 6 3. GTPASEN DES BAKTERIELLEN TRANSLATIONSAPPARATS . 8 INITIATIONSFAKTOR 2 . 9 ELONGATIONSFAKTOR TU . 10 ELONGATIONSFAKTOR G . 12 TERMINATIONSFAKTOR 3 . 13 ELONGATIONSFAKTOR SELB . 14 4. ZIELE DIESER ARBEIT . 17 MATERIAL UND METHODEN . 18 1. STAEMME UND PLASMIDE . 18 2. MEDIEN UND SUPPLEMENTE . 21 3. OLIGONUKLEOTIDE . 22 4. CHEMIKALIEN, BIOLOGISCHES MATERIAL UND ENZYME . 24 S. MIKROBIOLOGISCHE METHODEN . 24 ANZUCHT VON BAKTERIEN . 24 TEST AUF GASPRODUKTION . 25 6. GENETISCHE METHODEN . 25 TRANSFORMATION . 25 HOMOLOGE REKOMBINATION . 26 GENETISCHE MANIPULATION UND LYSOGENE INTEGRATION VON X-PHAGEN . 26 7. MOLEKULARGENETISCHE METHODEN . 27 ISOLIERUNG VON PLASMID-DNA . 27 ISOLIERUNG VON CHROMOSOMALER DNA . 27 STANDARDMETHODEN . 27 ASSEMBLIERUNG VON OLIGONUKLEOTIDEN . 27 POLYMERASE-KETTENREAKTION . 28 SEQUENZIERUNG VON DNA . 28 8. METHODEN ZUR ANALYSE VON RNA . 28 ISOLIERUNG VON GESAMT-RNA . 28 IN VZZRA-TRANSKRIPTION VON RNA . 28 REINIGUNG VON TRNA SEC . 29 5'-MARKIERUNG VON RNA . 29 INHALTSVERZEICHNIS FALTUNG VON SECIS-ELEMENTEN . 30 BESTIMMUNG DER KONZENTRATION VON RNA-OLIGONUKLEOTIDEN . 30 9. REINIGUNG UND QUANTIFIZIERUNG VON PROTEINEN . 31 REINIGUNG DER SERYL-TRNA SYNTHETASE . 31 REINIGUNG DER SELENOPHOSPHAT SYNTHETASE . 32 REINIGUNG DES ELONGATIONSFAKTORS SELB . 33 REINIGUNG VON SELB HLS . 34 REINIGUNG VON SEI B H IS - VARIANTEN . 34 REINIGUNG VON SELB 4 72.6I4 . 34 REINIGUNG VON SELB 37 9.6I4 . 35 BESTIMMUNG DER KONZENTRATION VON PROTEINEN . 35 10. ELEKTROPHORETISCHE METHODEN . 36 ELEKTROPHORESE VON DNA . 36 ELEKTROPHORESE VON RNA . 36 ELEKTROPHORESE VON PROTEINEN . 36 11. WESTERN BLOT . 37 12. SPEKTROSKOPISCHE METHODEN . 37 CD-SPEKTROSKOPIE . 37 FLUORESZENZ-SPEKTROSKOPIE . 38 STOPPED-FLOW ANALYSEN . 38 13. BIOCHEMISCHE METHODEN . 39 LIMITIERTE PROTEOLYSE . 39 BESTIMMUNG VON SS-GALACTOSIDASE-AKTIVITAETEN . 39 AMINOACYLIERUNG VON TRNA SEC . 39 KONVERSION VON SERYL-TRNA SCC ZU SELENOCYSTYL-TRNA 8 " . 40 HYDROLYSESCHUTZ-EXPERIMENTE . 40 QUANTIFIZIERUNG VON RADIOAKTIV MARKIERTER AMINOACYL-TRNA . 40 ANALYSE VON SELB-LIGANDEN INTERAKTIONEN IM GELRETARDATIONS-ASSAY . 41 S 1 -NUKLEASESCHUTZ-EXPERIMENTE . 41 14. BIOINFORMATISCHE METHODEN . 42 AUSWERTUNG VON CD-SPEKTREN . 42 BILDVERARBEITUNG . 42 DARSTELLUNG VON 3D-STRUKTUREN . 43 SEQUENZANALYSEN . 43 ANALYSE VON AUTORADIOGRAMMEN . 43 ANALYSE MATHEMATISCHER DATEN . 43 ERGEBNISSE . 44 1. SYSTEM ZUR EFFIZIENTEN CHARAKTERISIERUNG VON MUTIERTEN SELB-PROTEINEN . 44 VORBEREITENDE KLONIERUNGEN . 44 KONSTRUKTION VON PT7SELBH6 . 45 KONSTRUKTION VON PMT7 UNDPMB . 46 REINIGUNG DES SELB H I S -FUSIONSPROTEINS . 48 INHALTSVERZEICHNIS CHARAKTERISIERUNG DES SELB H I S -FUSIONSPROTEINS . 49 BIOLOGISCHE AKTIVITAET . 49 ANALYSE DER SEKUNDAER UND TERTIAERSTRUKTUR . 50 LIMITIERTE PROTEOLYSE . 50 CD-SPEKTROSKOPIE . 51 ANALYSE DER BIOCHEMISCHEN EIGENSCHAFTEN . 51 BINDUNG VON GUANOSIN-NUKLEOTIDEN . 52 INTERAKTION MIT SECIS-ELEMENTEN . 52 INTERAKTION MIT SELENOCYSTEYL-TRNA S " . 53 2. DETERMINANTEN DER AMINOSAEURESPEZIFITAET VON SELB . 54 GERICHTETE MUTAGENESE DER AMINOACYL-BINDETASCHE VON SELB . 54 EINFUHREN DER MUTATIONEN . 56 AKTIVITAET DER MUTIERTEN SELB-PROTEINE IN VIVO . 57 ISOLIERUNG UND CHARAKTERISIERUNG VON SELB-VARIANTEN MIT VERAENDERTER AMINOSAEURESPEZIFITAET 60 SELEKTION . 60 AKTIVITAET DER SELEKTIERTEN SELB VARIANTEN . 61 REINIGUNG DER SELB-VARIANTEN . 63 BIOCHEMISCHE CHARAKTERISIERUNG DER SELB-VARIANTEN . 64 ANALYSE DER TERTIAERSTRUKTUR . 64 INTERAKTION MIT SECIS-ELEMENTEN . 65 INTERAKTION MIT SERYL UND SELENOCYSTEYL-TRNA SEC . 66 3. QUANTITATIVE ANALYSE DER INTERAKTION VON SELB MIT SEINEN LIGANDEN . 68 PRAEPARATION VON ENZYMEN UND RNA-SUBSTRATEN . 69 REINIGUNG VON PROTEINEN . 70 OPTIMIERUNG DER REINIGUNG VON SELB . 70 REINIGUNG VON SELBAVS-EU . 71 REINIGUNG WEITERER ENZYME . 73 PRAEPARATION VON SELENOCYSTEYL-TRNA SEC . 74 PRAEPARATION UND FALTUNG VON SECIS-ELEMENTEN . 74 EINFLUSS DER LIGANDENBINDUNG AUF DIE SEKUNDAERSTRUKTUR VON SELB . 76 PRINZIP DER STOPPED-FLOW-METHODE . 77 ANALYSE DER INTERAKTION VON SELB MIT GUANOSIN-NUKLEOTIDEN . 78 INTERAKTION MIT MANTDGTP UND GTP . 78 INTERAKTION MIT MANTGDP UND GDP . 82 ANALYSE DER INTERAKTION VON SELB MIT SECIS-ELEMENTEN . 84 KINETISCHE CHARAKTERISIERUNG DER INTERAKTION MIT DER FDHF -MINIHELIX . 84 EINFLUSS DER STRUKTUR DES SECIS-ELEMENTS AUF DIE AFFINITAET FUER SELB . 88 KOORPERATIVITAET DER LIGANDEN-BINDUNG DURCH SELB . 89 INTERAKTION ZWISCHEN DER NUKLEOTID UND DER SECIS-BINDETASCHE . 89 INTERAKTION ZWISCHEN DER SECIS UND DER TRNA SEC -BINDETASCHE . 90 INTERAKTION ZWISCHEN DER NUKLEOTID UND DER TRNA SEC -BINDETASCHE . 92 4. REGULATION DER SELENOCYSTEIN-BIOSYNTHESE . 94 ORGANISATION DES RE/AB-TRANSKRIPTS . 94 INTERAKTION VON SELB MIT DEM SECIS-AEHNLICHEN ELEMENT . 95 REGULATION DER EXPRESSION VON SEL-GENEN . 99 KONSTRUKTION VON STAEMMEN MIT DELETIONEN IN SEL-GENEN . 99 REGULATION DER EXPRESSION VON SELA, SELB UND SELD . 100 INHALTSVERZEICHNIS REGULATORISCHE FUNKTION DES SECIS-AEHNLICHEN ELEMENTS . 101 KONSTRUKTION VON REPORTERGEN-FUSIONEN . 101 EINFLUSS DES SECIS-AEHNLICHEN ELEMENTS AUF DIE EXPRESSION VON SEID UND SELB . 103 EFFEKT DES SECIS-AEHNLICHEN ELEMENTS AUF DIE SYNTHESE UND STABILITAET DER SE/ASS-MRNA . 105 FUNKTIONALITAET DES SECIS-AEHNLICHEN ELEMENTS . 107 DISKUSSION . 109 1. BIOCHEMIE DER LIGANDENBINDUNG DURCH SELB . 109 MECHANISMUS DER SELENOCYSTEIN-SPEZIFITAET . 109 ROLLE DER AMINOACYL-BINDETASCHE . 110 SELEKTION VON SELENOCYSTEYL-TRNA SEC : EIN KOMPLEX REGULIERTER PROZESS .HO KINETIK DER INTERAKTION MIT GUANOSIN-NUKLEOTIDEN . 113 INTERAKTION MIT DEM SECIS-ELEMENT . 115 KOOPERATIVITAET DER LIGANDENBINDUNG . 115 2. REGULATION DER SELENOCYSTEIN-BIOSYNTHESE DURCH SELB: EIN NEUARTIGER MECHANISMUS TRANSLATIONELLER KONTROLLE . 118 EIGENSCHAFTEN DES SECIS-AEHNLICHEN ELEMENTS . 118 MECHANISMUS DER REGULATION . 120 MODELL DES REGULATORISCHEN NETZWERKS . 121 ZUSAMMENFASSUNG . 125 LITERATURVERZEICHNIS . 127
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