Entwicklung und Anwendung von Isolierungs- und Quantifizierungsmethoden für epiphytische Mikroorganismen auf Blattoberflächen der Stieleiche (Quercus robur L.):
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Karlsruhe
Forschungszentrum Karlsruhe
2003
|
| Ausgabe: | Als Ms. gedr. |
| Schriftenreihe: | Wissenschaftliche Berichte / Forschungszentrum Karlsruhe Technik und Umwelt
6803 |
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| Beschreibung: | Zugl.: Köln, Univ., Diss., 2003 |
| Beschreibung: | IX, 106 S. Ill., graph. Darst. |
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INHALTSVERZEICHNIS
ABBILDUNGSVERZEICHNIS
VII
TABELLENVERZEICHNIS
VIII
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
IX
1
EINLEITUNG
1
1.1
EPIPHYTISCHE
MIKROORGANISMEN
.
1
1.2
EINFLUSS
VON
UMWELTFAKTOREN
AUF
DAS
SYSTEM
BLATT
-
EPIPHYTISCHE
MIKROORGANISMEN
.
2
1.3
EPIPHYTISCHE
MIKROORGANISMEN
AUF
BLATTOBERFLAECHEN
DER
STIELEICHE
(QUERCUS
ROBUR
L.)
.
5
1.4
ZIELE
DIESER
ARBEIT
.
6
2
MATERIAL
UND
METHODEN
7
2.1
VERWENDETE
CHEMIKALIEN,
LOESUNGEN
UND
MEDIEN
.
7
2.1.1
EINGESETZTE
CHEMIKALIEN
UND
KITS
.
7
2.1.2
VERWENDETE
LOESUNGEN
UND
MEDIEN
.
8
2.2
PFLANZENMATERIAL
UND
BODENSUBSTRAT
.
9
2.2.1
PFLANZENMATERIAL
.
9
2.2.2
BODENSUBSTRAT
UND
DUENGER
.
10
2.3
CHARAKTERISIERUNG
DER
MESSSTANDORTE
.
10
2.3.1
STANDORT
BERG
.
10
2.3.2
STANDORT
TAL
.
12
2.3.3
CHARAKTERISIERUNG
DER
VERWENDETEN
FOLIEN
.
13
2.4
BEPROBUNG
DER
VERSUCHSPFLANZEN
.
14
2.5
VERSUCHSBEGLEITENDE
ERFASSUNG
VON
KLIMADATEN
.
15
2.6
MIKROBIOLOGISCHE
METHODEN
ZUR
UNTERSUCHUNG
EPIPHYTISCHER
MIKRO
.
17
ORGANISMEN
2.6.1
MOST
PROBABLE
NUMBER-TECHNIK
.
17
2.6.1.1
MPN-METHODE
ZUR
BESTIMMUNG
DER
GESAMTZELLZAHL
HETERO
.
18
TROPHER
ORGANISMEN
UND
HETEROTROPHER
NITRIFIZIERER
2.6.1.2 MPN-METHODE
ZUR
BESTIMMUNG
VON
DENITRIFIZIERERN
.
19
2.6.1.3
MPN-METHODE
ZUR
BESTIMMUNG
AUTOTROPHER
AMMONIUMOXIDIERER
.
20
2.6.1.4 MPN-METHODE
ZUR
BESTIMMUNG
AUTOTROPHER
NITRITOXIDIERER
.
20
2.6.1.5
REPRODUZIERBARKEIT
DER
MOST
PROBABLE
NUMBER-METHODIK
.
21
2.6.2
AUSPLATTIEREN
.
22
2.6.2.1
SUCHE
EINES
GEEIGNETEN
FESTMEDIUMS
ZUR
QUANTIFIZIERUNG
EPI
.
22
PHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
2.6.2.2 VERWENDUNG
SELEKTIVER
HEMMSTOFFE
.
25
2.7
MOLEKULARBIOLOGISCHE
METHODEN
ZUR
UNTERSUCHUNG
EPIPHYTISCHER
.
26
MIKROORGANISMEN
2.7.1
VERWENDETER
VEKTOR
UND
EINGESETZTE
BAKTERIENSTAEMME
.
26
2.7.2
SEQUENZVERGLEICHE
UND
SUCHE
IN
DER
DATENBANK
.
27
2.7.3
AMPLIFIZIERUNG
VON
DNA-SEGMENTEN
MITTELS
POLYMERASEKETTENREAKTION
.
27
2.7.3.1
ISOLIERUNG
VON
DNA
ZUM
EINSATZ
ALS
TEMPLATE
IN
POLYMERASE
.
27
KETTENREAKTIONEN
2.7.3.2
OPTIMIERUNG
DER
PCR-BEDINGUNGEN
ZUR
AMPLIFIZIERUNG
VON
.
28
DNA-SEGMENTEN
VERSCHIEDENER
MIKROORGANISMEN
2.7.4
LIGATION
VON
PCR-PRODUKTEN
.
29
2.7.5
HERSTELLUNG
KOMPETENTER
E.
COZITGL-ZELLEN
.
29
2.7.6
TRANSFORMATION
VON
E.
COLI
TG1
UND
SELEKTION
POSITIVER
KLONE
.
30
2.7.7
MINIPRAEPARATION
VON
PLASMID-DNA
NACH
BIMBOIM
&
DOLY
.
30
2.7.8
RESTRIKTION
VON
PLASMID-DNA
.
31
2.7.9
SEQUENZIERUNG
VON
PLASMID-DNA
.
31
2.7.10
ISOLIERUNG
HOCHREINER
PLASMID-DNA
.
33
2.7.11
SPEKTRALPHOTOMETRISCHE
BESTIMMUNG
DER
DNA-MENGE
.
34
2.7.12
BERECHNUNG
DER
KOPIENZAHL
.
34
2.7.13
AGAROSEGELELEKTROPHORESE
ZUR
GROESSENBESTIMMUNG
VON
DNA-SEGMENTEN
.
35
2.7.14
VERWENDUNG
EINES
INTERNEN
STANDARDS
ZUR
BESTIMMUNG
VON
VERLUSTEN
.
36
UND
ZUR
BERECHNUNG
VON
WIEDERFINDUNGSRATEN
WAEHREND
DER
DNA
ISOLATION
VON
EPIPHYTISCHEN
MIKROORGANISMEN
2.7.15
VERGLEICH
UNTERSCHIEDLICHER
METHODEN
DER
DNA-ISOLATION
EPIPHYTISCHER
.
37
MIKROORGANISMEN
2.7.15.1
DNA-ISOLATION
NACH
EINER
VERAENDERTEN
MINIPRAEPARATIONS
.
37
VORSCHRIFT
VON
BIMBOIM
&
DOLY
2.7.15.2
DNA-ISOLATION
NACH
EINER
VERKUERZTEN
MINIPRAEPARATIONS
.
38
VORSCHRIFT
VON
BIMBOIM
&
DOLY
2.7.15.3
DNA-ISOLATION
NACH
EINER
MINIPRAEPARATION
FUER
GESAMT-DNA
.
38
2.7.15.4
BESTIMMUNG
VON
WIEDERFINDUNGSRATEN
ZUM
VERGLEICH
UNTER
.
39
SCHIEDLICHER
METHODEN
ZUR
DNA-ISOLATION
EPIPHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
2.7.16
REAL
TIME
PCR
.
39
2.7.16.1
SYBER
GREEN-METHODE
.
40
2.7.16.2
TAQMAN-METHODE
.
41
2.7.16.3
OPTIMIERUNG
DER
BEDINGUNGEN
FUER
REAL
TIME
PCR-UNTER
.
43
SUCHUNGEN
2.8
FLAECHENBESTIMMUNG
UND
MIKROSKOPISCHE
UNTERSUCHUNG
VON
BLAETTERN
.44
2.8.1
BESTIMMUNG
DER
BLATTFLAECHEN
.44
2.8.2
UNTERSUCHUNGEN
VON
BLATTOBERFLAECHEN
MITTELS
KONFOKALER
.44
LASER
SCANNING
MIKROSKOPIE
2.9
NEUTRALZUCKER-BESTIMMUNG
UND
-REDUZIERUNG
IN
EXTRAKTIONSLOESUNGEN
.
45
2.9.1
SPEKTRALPHOTOMETRISCHE
UNTERSUCHUNGEN
DER
EXTRAKTIONSLOESUNGEN
ZUR
.
45
BESTIMMUNG
DER
NEUTRALZUCKERKONZENTRATION
2.9.2
AUSWAHL
EINER
GEEIGNETEN
METHODE
ZUR
REDUZIERUNG
DES
NEUTRALZUCKER
.
45
GEHALTES
IN
EXTRAKTIONSLOESUNGEN
IV
3
ERGEBNISSE
49
3.1
ENTWICKLUNG
EINER
EXTRAKTIONSMETHODE
ZUR
ABLOESUNG
EPIPHYTISCHER
MIKRO
.
49
ORGANISMEN
VON
BLATTOBERFLAECHEN
3.1.1
AUSWAHL
EINER
GEEIGNETEN
ABLOESEMETHODE
FUER
EPIPHYTISCHE
MIKRO
.
49
ORGANISMEN
ZUR
BESTIMMUNG
DER
LEBENDZELLZAHL
3.1.2
AUSWAHL
EINES
GEEIGNETEN
NAEHRMEDIUMS
ZUR
QUANTIFIZIERUNG
EPI
.
51
PHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
DURCH
AUSPLATTIEREN
3.2
QUANTIFIZIERUNG
EPIPHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
AUF
BLAETTERN
DER
STIELEICHE
.
52
(QUERCUS
ROBUR
L.)
MITTELS
DER
GEWAEHLTEN
EXTRAKTIONSMETHODE
3.2.1
BESTIMMUNG
DER
GESAMTZELLZAHL
HETEROTROPHER
MIKROORGANISMEN
UND
.
53
HETEROTROPHER
NITRIFIZIERER
MITTELS
MPN-TECHNIK
3.2.2
QUANTIFIZIERUNG
VON
DENITRIFIZIERERN
MITTELS
MPN-TECHNIK
.
56
3.2.3
QUANTIFIZIERUNG
AUTOTROPHER
AMMONIAK
UND
NITRITOXIDIERER
MITTELS
.
56
MPN-TECHNIK
3.2.4
BESTIMMUNG
DER
GESAMTZELLZAHL
HETEROTROPHER
MIKROORGANISMEN
UND
.
56
DER
ANTEILE
AN
BAKTERIEN
UND
PILZEN
MITTELS
AUSPLATTIEREN
3.3
ENTWICKLUNG
EINER
ANZUCHTSFREIEN,
MOLEKULARBIOLOGISCHEN
QUANTIFIZIERUNGS
.
59
METHODE
FUER
EPIPHYTISCHE
MIKROORGANISMEN
AUF
BLATTOBERFLAECHEN
DER
STIELEICHE
(QUERCUS
ROBUR
L.)
3.3.1
ENTWICKLUNG
EINER
TECHNIK
ZUR
ABLOESUNG
EPIPHYTISCHER
MIKRO
.
59
ORGANISMEN
VON
BLATTOBERFLAECHEN
DER
STIELEICHE
["ABHEBETECHNIK"]
3.3.2
MIKROSKOPISCHE
UNTERSUCHUNGEN
DER
BLATTOBERSEITE
VON
EICHENBLAETTEM
.
60
(QUERCUS
ROBUR
L.)
ZUM
VERGLEICH
VERSCHIEDENER
ABLOESETECHNIKEN
VON
EPIPHYTISCHEN
MIKROORGANISMEN
3.3.3
DNA-ISOLATION
AUS
EPIPHYTISCHEN
MIKROORGANISMEN
VON
BLATTOBERFLAECHEN
.
61
3.3.4
AUSWAHL
GEEIGNETER
OLIGONUKLEOTIDE
ZUR
AMPLIFIZIERUNG
VON
DNA
.
62
SEGMENTEN
MITTELS
POLYMERASEKETTENREAKTION
[PCR]
3.3.4.1
AUSWAHL
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
ZUR
AMPLIFIZIERUNG
VON
GENOM
.
63
SEGMENTEN
EPIPHYTISCHER
PILZE
3.3.4.2
AUSWAHL
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
ZUR
AMPLIFIZIERUNG
VON
GENOM
.
64
SEGMENTEN
EPIPHYTISCHER
BAKTERIEN
3.3.5
SEQUENZIERUNG
UND
IDENTIFIZIERUNG
VON
PCR-AMPLIFIKATEN
EPIPHYTISCHER
.
66
MIKROORGANISMEN
VON
EICHENBLAETTEM
3.3.6
AUSWAHL
GEEIGNETER
OLIGONUKLEOTIDE
FUER
DIE
QUANTIFIZIERUNG
UNTER
.
69
SCHIEDLICHER
MIKROBIELLER
GATTUNGEN
MITTELS
REAL
TIME
PCR
3.3.7
KALIBRIERUNG
DER
REAL
TIME
PCR-SYSTEME
ZUR
QUANTIFIZIERUNG
EPI
.
72
PHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
3.3.8
VALIDIERUNG
DES
ENTWICKELTEN
REAL
TIME
PCR-SYSTEMS
FUER
ERWINIA
SPEC
.
74
3.4
QUANTIFIZIERUNG
EPIPHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
AUF
BLATTOBERFLAECHEN
DER
.
76
STIELEICHE
MITTELS
REAL
TIME
PCR
3.4.1
EPIPHYTISCHE
PILZE
.
76
3.4.2
EPIPHYTISCHE
BAKTERIEN
.
78
V
4
DISKUSSION
79
4.1
VERGLEICH
DER
UNTERSUCHUNGSSTANDORTE
.
79
4.2
METHODENENTWICKLUNG
.
81
4.2.1
ENTWICKLUNG
EINER
MIKROBIOLOGISCHEN
QUANTIFIZIERUNGSMETHODE
FUER
DIE
.
81
UNTERSUCHUNG
EPIPHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
["EXTRAKTIONSMETHODE"]
4.2.2
ENTWICKLUNG
EINER
ANZUCHTSFREIEN,
MOLEKULARBIOLOGISCHEN
QUANTIFI
.
85
ZIERUNGSMETHODE
FUER
DIE
UNTERSUCHUNG
EPIPHYTISCHER
MIKROORGANISMEN
["ABHEBETECHNIK"]
4.2.2.1
QUANTIFIZIERUNG
PHYTOPATHOGENER
PILZE
.
87
4.2.2.2
QUANTIFIZIERUNG
EPIPHYTISCHER
BAKTERIEN
.
89
4.3
QUANTIFIZIERUNG
VON
EPIPHYTISCHEN
MIKROORGANISMEN
DER
STIELEICHE
IM
.92
JAHRESVERLAUF
4.3.1
ZEITLICHE
ENTWICKLUNG
.
94
4.3.2
UV-B
EINFLUSS
.
95
4.3.3
STANDORT-EINFLUSS
.
96
4.4
AUSBLICK
.
97
5
LITERATURVERZEICHNIS 99
LEBENSLAUF
107
DANKSAGUNG
108
VI |
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