Einführung in Perl für Bioinformatik:
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Buch |
| Sprache: | German English |
| Veröffentlicht: |
Beijing [u.a.]
O'Reilly
2002
|
| Ausgabe: | Dt. Ausg., 1. Aufl. |
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | XVIII, 418 S. Ill. |
| ISBN: | 3897212935 |
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INHALT
VORWORT
VON
JAMES
TISDALL
ZUR
DEUTSCHEN
AUSGABE
.
IX
VORWORT
.
XI
1
BIOLOGIE
UND
INFORMATIK
.
1
AUFBAU
DER
DNA
.
2
AUFBAU
VON
PROTEINEN
.4
IN
SILICO
.
5
DIE
GRENZEN
DES
COMPUTERS
.
6
2
ERSTE
SCHRITTE
MIT
PERL
.
7
EINE
NIEDRIGE
UND
LANGE
LEMKURVE
.
8
VORTEILE
VON
PERL
.
9
PERL
AUF
IHREM
COMPUTER
INSTALLIEREN
.
12
WIE
MAN
PERL-PROGRAMME
AUSFUEHRT
.
16
TEXTEDITOREN
.
18
HILFE
FINDEN
.
19
3
DIE
KUNST
DES
PROGRAMMIERENS
.
21
INDIVIDUELLE
PROGRAMMIERANSAETZE
.
21
EDITIEREN
-
AUSFUEHREN
-
UEBERARBEITEN
(UND
SICHERN)
.
22
EINE
UMGEBUNG
AUS
PROGRAMMEN
.
24
PROGRAMMIERSTRATEGIEN
.
25
DER
PROZESS
DES
PROGRAMMIERENS
.
28
4
SEQUENZEN
UND
STRINGS
.
35
DIE
DARSTELLUNG
VON
SEQUENZDATEN
.
35
EIN
PROGRAMM
ZUR
SPEICHERUNG
EINER
DNA-SEQUENZ
.39
VERKETTUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
.
44
TRANSKRIPTION:
DNA
NACH
RNA
.
48
DIE
PERL-DOKUMENTATION
NUTZEN
.50
BERECHNUNG
DES
ENTGEGENGESETZTEN
KOMPLEMENTS
MIT
PERL
.
51
PROTEINE,
DATEIEN
UND
ARRAYS
.
55
PROTEINE
IN
DATEIEN
LESEN
.56
ARRAYS
.
60
SKALARER
KONTEXT
UND
LISTENKONTEXT
.
63
UEBUNGEN
.
65
5
MOTIVE
UND
SCHLEIFEN
.
67
FLUSSKONTROLLE
.67
CODE-LAYOUT
.74
MOTIVE
FINDEN
.
76
NUKLEOTIDE
ZAEHLEN
.
84
ZERLEGUNG
VON
STRINGS
IN
ARRAYS
.
85
ARBEITEN
MIT
STRINGS
.
92
IN
DATEIEN
SCHREIBEN
.
96
UEBUNGEN
.
100
6
SUBROUTINEN
UND
BUGS
.
103
SUBROUTINEN
.
103
GELTUNGSBEREICHE
UND
SUBROUTINEN
.
107
KOMMANDOZEILENARGUMENTE
UND
ARRAYS
.
113
DATEN
AN
SUBROUTINEN
UEBERGEBEN
.
116
MODULE
UND
BIBLIOTHEKEN
VON
SUBROUTINEN
.
121
FEHLER
IN
IHREM
CODE
BEHEBEN
.
122
UEBUNGEN
.
136
7
MUTATIONEN
UND
ZUFALL
.
139
ZUFALLSZAHLENGENERATOREN
.
140
EIN
MIT
ZUFALLSZAHLEN
ARBEITENDES
PROGRAMM
.
141
EIN
PROGRAMM
ZUR
SIMULATION
VON
DNA-MUTATION
.
148
ZUFALLS-DNA
GENERIEREN
.
159
DNA
ANALYSIEREN
.
165
UEBUNGEN
.
171
VI
|
INHALT
8
DER
GENETISCHE
CODE
.
173
HASHES
.
173
DATENSTRUKTUREN
UND
ALGORITHMEN
FUER
DIE
BIOLOGIE
.
175
DER
GENETISCHE
CODE
.
181
DNA
IN
PROTEINE
UEBERSETZEN
.
190
DNA
AUS
DATEIEN
IM
FASTA-FORMAT
EINLESEN
.
193
LESERASTER
.
203
UEBUNGEN
.
208
9
RESTRIKTIONSKARTEN
UND
REGULAERE
AUSDRUECKE
.
211
REGULAERE
AUSDRUECKE
.
211
RESTRIKTIONSKARTEN
UND
RESTRIKTIONSENZYME
.
214
PERL-OPERATIONEN
.
228
UEBUNGEN
.
229
10
GENBANK
.
231
GENBANK-DATEIEN
.
233
GENBANK-BIBLIOTHEKEN
.
236
SEQUENZ
UND
ANNOTATION
TRENNEN
.
237
PARSEN
VON
ANNOTATIONEN
.
246
GENBANK
MIT
DBM
INDEXIEREN
.
267
UEBUNGEN
.
272
11
PROTEIN
DATA
BANK
.
275
DATEIEN
UND
ORDNER
.
T17
PDB-DATEIEN
.
287
PARSEN
VON
PDB-DATEIEN
.
296
STEUERUNG
ANDERER
PROGRAMME
.
307
UEBUNGEN
.
312
12
BLAST
.
315
BLAST
BESCHAFFEN
.
316
STRING-MATCHING
UND
HOMOLOGIE
.
317
BLAST-AUSGABEDATEIEN
.
318
PARSEN
VON
BLAST-AUSGABEN
.
322
AUSGABE
VON
DATEN
.
332
BIOPERL
.
337
UEBUNGEN
.
344
INHALT
|
VII
13
WEITERFUEHRENDE
THEMEN
.
347
DIE
KUNST
DES
PROGRAMMDESIGNS
.
347
WEB-PROGRAMMIERUNG
.
348
ALGORITHMEN
UND
SEQUENZ-ALIGNMENT
.
348
OBJEKTORIENTIERTE
PROGRAMMIERUNG
.
348
PERL-MODULE
.
349
KOMPLEXE
DATENSTRUKTUREN
.
349
RELATIONALE
DATENBANKEN
.
350
MIKROARRAYS
UND
XML
.
350
GRAFIKPROGRAMMIERUNG
.
351
MODELLIERUNG
VON
NETZWERKEN
.
351
DNA-COMPUTER
.
351
A
RESSOURCEN
.
353
B
PERL-ZUSAMMENFASSUNG
.
361
INDEX
.
397
VIII
|
INHALT |
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