Konformative Flexibilität von Liganden im Wirkstoffdesign:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
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2001
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
1
1.1
PROBLEMSTELLUNG
1
1.2
ZIEL
UND
AUFBAU
DER
ARBEIT
7
2
DIE
DREIDIMENSIONALE
WELT
DER
MOLEKUELE
11
2.1
ZUGANG
ZU
DREIDIMENSIONALER
STRUKTURINFORMATION
11
2.2
AUTOMATISCHE
ERZEUGUNG
VON
DREIDIMENSIONALEN
MOLEKUELMODELLEN
12
2.2.1
KLASSIFIZIERUNG
DER
METHODEN
ZUR
3D-STRUKTURERZEUGUNG
12
2.2.2
MANUELLE
METHODEN
13
2.2.3
AUTOMATISCHE
METHODEN
13
2.2.3.1
NUMERISCHE
METHODEN
13
2.2.3.2
REGELBASIERTE
UND
DATENBASIERTE
METHODEN
15
2.2.4
ANFORDERUNGSPROFIL
FUER
3D-STRUKTURGENERATOREN
15
2.3
DER
3D-STRUKTURGENERATOR
CORINA
16
2.3.1
GRUNDPRINZIPIEN
UND
ALGORITHMEN
16
2.3.2
ERFUELLUNG
DES
ANFORDERUNGSPROFILS
AN
3D-STRUKTURGENERATOREN
VON
CORINA
24
2.3.3
KONVERTIERUNG
GROSSER
MOLEKULARER
SYSTEME
26
3
KONFORMATIVE
FLEXIBILITAET
VON
LIGANDEN
UND
BIOLOGISCHE
AKTIVITAET
31
3.1
GRUNDLAGEN
MOLEKULARER
ERKENNUNG
UND
REZEPTOR/LIGAND-WECHSELWIRKUNGEN
32
3.1.1
ENTHALPISCHE
BEITRAEGE
ZUR
LIGAND/REZEPTOR-WECHSELWIRKUNG
34
3.1.2
ENTROPISCHE
BEITRAEGE
ZUR
LIGAND/REZEPTOR-WECHSELWIRKUNG
37
3.2 EIN
MODELL
ZUR
ABSCHAETZUNG
VON
BINDUNGSAFFINITAETEN
VON
REZEPTOR/LLGAND-KOMPLEXEN
38
4
COMPUTERGESTUETZTE
METHODEN
ZUR
BEHANDLUNG
KONFORMATIVER
FLEXIBILITAET
43
4.1
ERZEUGUNG
EINES
SATZES
AN
KONFORMATIONEN
44
4.1.1
SYSTEMATISCHE
METHODEN
45
4.1.1.1
OFFENKETTIGE
SYSTEME
46
4.1.1.2
CYCLISCHE
SYSTEME
48
4.1.2
FRAGMENT
ODER
TEMPLATBASIERTE
METHODEN
(MODELL-BUILDING)
50
4.1.2.1
DAS
PROGRAMM
SCA
51
INHALTSVERZEICHNIS
4.1.2.2
DAS
PROGRAMM
COBRA
52
4.1.2.3
DAS
PROGRAMM
CORINA
55
4.1.3
ZUFALLSBASIERTE
METHODEN
60
4.1.4
GENETISCHE
ALGORITHMEN
62
4.1.5
DISTANZGEOMETRISCHER
ANSATZ
66
4.1.6
SIMULATIONSMETHODEN
70
4.1.6.1
MOLEKUELDYNAMIK-UND
MONTE
CARLO-SIMULATIONEN
70
4.1.6.2
SIMULATED
ANNEALING
72
4.2
ERZEUGUNG
VON
KONFORMATIONEN
DURCH
ANPASSUNG
AN
EINE
ZIELSTRUKTUR
75
4.2.1
MOLEKUEL-DOCKING-VERFAHREN
76
4.2.1.1
DAS
PROGRAMM
DOCK
77
4.2.1.2
DAS
PROGRAMM
FLEXX
78
4.2.1.3
DAS
PROGRAMM
GOLD
81
4.2.1.4
VERGLEICH
DER
PROGRAMME
DOCK,
FLEXX
UND
GOLD
82
4.2.2
DE
NOVO-DESIGN
83
4.2.2.1
DAS
PROGRAMM
GROW
85
4.2.2.2
DAS
PROGRAMM
LUDI
85
4.2.2.3
DAS
PROGRAMM
SPROUT
90
4.2.3
UEBERLAGERUNG
VON
MOLEKUELEN
96
4.2.3.1
DAS
PROGRAMM
SEAL
98
4.2.3.2
DAS
PROGRAMM
GAMMA
101
4.2.3.3
DAS
PROGRAMM
GASP
108
4.2.3.4
DAS
PROGRAMM
FLEXS
109
5
DER
REGEL-UND
DATENBASIERTE
KONFORMATIONSGENERATOR
ROTATE
111
5.1
GRUNDPRINZIPIEN
DES
PROGRAMMSYSTEMS
ROTATE
111
5.2
IDENTIFIZIERUNG
ROTIERBARER
BINDUNGEN
113
5.2.1
ERKENNUNG
VON
EINFACHBINDUNGEN
113
5.2.2
ERKENNUNG
VON
RINGBINDUNGEN
115
5.2.3
ERKENNUNG
ENDSTAENDIGER
GRUPPEN
ODER
ATOMEN
116
5.3
BEWERTUNG
DER
ROTIERBAREN
BINDUNGEN
118
5.4
DIE
TORSIONSWINKELBIBLIOTHEK
120
5.4.1
GRUNDLAGEN
ZUR
VERWENDUNG
DER
TORSIONSWINKELBIBLIOTHEK
121
II
INHALTSVERZEICHNIS
5.4.2
AUFBAU
UND
ERSTELLUNG
DER
TORSIONSWINKELBIBLIOTHEK
125
5.4.2.1
DEFINITION
DER
TORSIONSWINKELFRAGMENTE
125
5.4.2.2
EXTRAKTION
DER
DATEN
130
5.5
ANWENDUNG
DER
TORSIONSWINKELBIBLIOTHEK
132
5.5.1
BESTIMMUNG
PASSENDER
EINTRAEGE
DER
TORSIONSWINKELBIBLIOTHEK
FUER
DIE
ROTIERBAREN
BINDUNGEN
EINER
EINGABESTRUKTUR
132
5.5.2
BERECHNUNG
EINER
SYMBOLISCHEN
POTENTIALENERGIEFUNKTION
133
5.5.3
AUSWAHL
DER
BEVORZUGTEN
TORSIONSWINKELWERTE
135
5.5.4
ERZEUGUNG
DER
KONFORMATIONEN
141
5.5.5
GEOMETRIEOPTIMIERUNG
DER
KONFORMATIONEN
143
5.6
NACHBEHANDLUNG
DER
KONFORMATIONEN
147
5.6.1
UEBERPRUEFUNG
NACH
VAN
DER
WAALS-VERLETZUNGEN
147
5.6.2
ERKENNUNG
IDENTISCHER
KONFORMATIONEN
149
5.7
KLASSIFIZIERUNG
DER
KONFORMATIONEN
152
5.7.1
KLASSIFIZIERUNG
IM
KARTESISCHEN
RAUM
154
5.7.2
KLASSIFIZIERUNG
IM
TORSIONSWINKEL-RAUM
156
5.7.3
VERGLEICH
DER
KLASSIFIZIERUNGSMETHODEN
157
5.8
IMPLEMENTIERUNG
160
6
DER
KONFORMATIONSRAUM
EINER
CHEMISCHEN
STRUKTUR
161
6.1
DEFINITION
DES
KONFORMATIONSRAUMS
161
6.2
METHODEN
ZUR
VISUALISIERUNG
DES
KONFORMATIONSRAUMS
165
6.2.1
2D-,
KONTOUR
UND
3D-FLAECHEN-DIAGRAMME
165
6.2.2
RAMACHANDRAN-DIAGRAMME
169
6.2.3
MATHEMATISCH-STATISTISCHE
ANSAETZE
171
6.3
DARSTELLUNG
DES
KONFORMATIONSRAUMS
MIT
KOHONEN
NEURONALEN
NETZEN
177
6.3.1
KUENSTLICHE
NEURONALE
NETZE
177
6.3.2
KOHONEN
NEURONALE
NETZE
179
6.3.2.1
AUFBAU
UND
STRUKTUR
EINES
KOHONEN
NEURONALEN
NETZWERKES
179
6.3.2.2
TRAINING
UND
LERNVERFAHREN
VON
KOHONEN
NEURONALEN
NETZEN
183
6.3.3
MOLEKUEL
UND
KONFORMATIONSDESKRIPTOREN
186
6.3.4
VISUALISIERUNG
DES
KONFORMATIONSRAUMS
MIT
DER
TEMPLAT-NETZWERK-METHODE
190
III
INHALTSVERZEICHNIS
7
ANWENDUNGSBEISPIELE
199
7.1
N-DECAN
199
7.1.1
EINFUEHRUNG
199
7.1.2
ERZEUGUNG
UND
ANALYSE
DER
KONFORMATIONEN
200
7.1.3
DARSTELLUNG
DER
KONFORMATIONSRAEUME
203
7.1.4
AUSWAHL
EINES
REPRAESENTATIVEN
KONFORMATIONSDATENSATZES
FUER
N-DECAN
219
7.2
HIV-1
PROTEASE-INHIBITOR
VX-478
220
7.2.1
EINFUEHRUNG
220
7.2.2
ERZEUGUNG
UND
ANALYSE
DER
KONFORMATIONEN
223
7.2.3
DARSTELLUNG
DER
KONFORMATIONSRAEUME
228
7.3
HIV-1
PROTEASE-INHIBITOR
DMP
450
233
7.3.1
EINFUEHRUNG
233
7.3.2
ERZEUGUNG
UND
ANALYSE
DER
KONFORMATIONEN
236
7.4
ZUSAMMENFASSUNG
DER
ANWENDUNGSBEISPIELE
245
8
ZUSAMMENFASSUNG
UND
AUSBLICK
249
9
LITERATURVERZEICHNIS
253
ANHANG
A
AUFBAU
UND
STRUKTUREN
DER
C
60
-FULLEREN-DENDRIMERE
A-2
B
PROGRAMMBESCHREIBUNG
DES
COMPUTERPROGRAMMS
AUTOMATISCHER
KONFORMATIONSGENERATOR
ROTATE,
VERSION
1.0
(IN
ENGLISCHER
SPRACHE)
A-7
C
PUBLIKATIONSLISTE
A-45
D
LEBENSLAUF
A-47 |
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