Die Struktur der E-Domäne der 5S ribosomalen RNA aus Escherichia coli in Lösung: kernresonanzspektroskopische Untersuchungen der RNA in freier Form und gebunden an das ribosomale Protein L25
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| Format: | Buch |
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2001
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| Beschreibung: | Jena, Univ., Diss., 2001 |
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INHALTSVERZEICHNIS
IV
INHALTSVERZEICHNIS
ZUSAMMENFASSUNG II
INHALTSVERZEICHNIS IV
ABBILDUNGSVERZEICHNIS ' VI
DANKSAGUNGEN IX
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS X
VEROEFFENTLICHUNGEN XIII
UTERATURVERZEICHNIS I
ANHANG A. 1
KAPITEL 1
EINLEITUNG
.
1
1.1 RNA-PROTEIN-WECHSELWIRKUNGEN UND IHRE STRUKTURELLEN GRUNDLAGEN.1
1.2 DER 5S RRNA-PROTEIN-KOMPLEX.4
1.3 NMR-SPEKTROSKOPIE VON RNA UND RNA-PROTEIN-KOMPLEXEN.7
1.4 ZIEL DER ARBEIT. 10
KAPITEL 2
MATERIAL UND METHODEN.12
2.1 SYNTHESE UND AUFREINIGUNG VON RNA.12
2.1.1 RNASE-FREIES ARBEITEN. 13
2.1.2 DNA-TEMPLATE. 13
2.1.3 ISOTOPENMARKIERTE NUKLEOTIDTRIPHOSPHATC.16
2.1.4 RNA SYNTHESE DURCH IN ^-TRANSKRIPTION.20
2.1.5 RNA-AUFREINIGUNG UEBER CHROMATOGRAPHISCHE VERFAHREN.22
2.1.6 RNA-FALTUNG.23
2.1.7 KLONIERUNG DES RIBOSOMALEN PROTEINS L25 AUS E. COLI.24
2.2 KERNRESONANZSPEKTROSKOPISCHE UNTERSUCHUNGEN. 25
2.2.1 PROBENVORBEREITUNG.25
2.2.2 NMR-EXPERIMENTE FUER 5SDE UND 5SE IN FREIER FORM.26
2.2.3 NMR-EXPERIMENTE FUER 5SE GEBUNDEN AN DAS RIBOSOMALE PROTEIN L25 33
2.3 NMR-EXPERIMENTE AN HPGA. 35
2.4 EINSCHRAENKUNGEN FUER DIE STRUKTURBERECHNUNG.36
2.5 STRUKTURBERECHNUNG.37
KAPITEL 3
ERGEBNISSE 38
3.1 SYNTHESE UND AUFFEINIGUNG DER RNA-PROBEN. 38
3.2 5SE-RNA ALS MINIMALMODELL-RNA FUER DIE YYE-LOOP"-STRUKTUR.42
3.3 DIE STRUKTUR DER 5SE-RNA FREI IN LOESUNG.46
3.3.1 RESONANZZUORDNUNGEN FUER DIE FREIE 5SE-RNA.47
3.3.2 ABSTANDSEINSCHRAENKUNGEN FUER DIE STRUKTURBERECHNUNG DER FREIEN 5SE-
RNA
55
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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INHALTSVERZEICHNIS
V
3.3.3 TORSIONSWINKELEINSCHRAENKUNGEN ZUR STRUKTURBERECHNUNG DER FREIEN
SSE-RNA.58
3.3.4 DIE NMR-STRUKTUR DER 5SE-RNA.62
3.3.5 VERGLEICH DER NMR-STRUKTUR VON 5SE MIT DER KRISTALLSTRUKTUR DES
YYE~
LOOP"-FRAGMENTES.66
3.4 DIE STRUKTUR VON 5SE-RNA GEBUNDEN AN
RL.25.69
3.4.1 RESONANZZUORDNUNGEN FUER DIE PROTEINGEBUNDENE 5SE-RNA.70
3.4.2 ABSTANDSEINSCHRAENKUNGEN UND TORSIONSWINKELEINSCHRAENKUNGEN ZUR
STRUKTURBERECHNUNG DER 5SE-RNA GEBUNDEN AN RL25.'.75
3.4.3 DIE STRUKTUR VON SSE-RNA GEBUNDEN AN RL25.79
3.4.4 VERGLEICH DER STRUKTUR DER 5SE-RNA FREI UND IM KOMPLEX MIT RL25.81
3.4.5 DIE STRUKTUR DES 5SE-RNA/RL25- KOMPLEXES - INTERMOLEKULARE
WECHSELWIRKUNGEN.83
3.4.6 VERGLEICH DER NMR-STRUKTUR DES RL25-5SE-KOMPLEXES MIT EINER
ROENTGENSTRUKTUR. 89
3.5 DAS HNN-COSY-EXPERIMENT ALS METHODE ZUR CHARAKTERISIERUNG
UNGEWOEHNLICHER BASENPAARE MIT NH--N-WASSERSTOFFB RUECKEN_*.93
KAPITEL 4
DISKUSSION. 96
4.1 DIE 5SE-RNA ALS LIGAND DES RIBOSOMALEN PROTEINS L25.96
4.2 DIE STRUKTUR DER 5SE-RNA FREI INLOESUNG. 98
4.3 DIE STRUKTUR DER 5SE-RNA GEBUNDEN AN RL25. 101
4.4 DIE STRUKTUR DES 5SE-RNA/RL25-KOMPLEXES. .104
4.5 DIE ANALYSE NICHTKANONISCHER BASENPAARE DURCH DAS HNN-COSY-
EXPERIMENT
109 |
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