Entwicklung und Anwendung von Methoden zur Charakterisierung von mikrobiellen Gemeinschaften in oxischen und anoxischen Bodenökosystemen anhand von Phospholipid-Profilen:
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2001
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VERZEICHNISSE
I
INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
.
I
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS.
III
1
EINLEITUNG
.
1
1.1.
VORWORT
.
1
1.2.
B
IOMARKER
ZUR
B
ESCHREIBUNG
DER
S
TRUKTUR
UND
F
UNKTION
MIKROBIELLER
G
EMEINSCHAFTEN
IN
B
ODENOEKOSYSTEMEN
.
1
1.3.
POSPHOUPIDFETTSAEUREN
(PLFA)
ALS
BIOMARKER
FUER
MIKROBIELLE
GEMEINSCHAFTEN
IN
B
ODENOEKOSYSTEMEN
.
3
1.4.
P
HOSPHOLIPID
-E
THERLIPDE
(PLEL)
ALS
B
IOMARKER
FUER
A
RCHAEENPOPULATIONEN
.
6
1.5.
S
TRUKTUR
UND
F
UNKTION
MIKROBIELLER
G
EMEINSCHAFTEN
IN
N
IEDERMOOR
OEKOSYSTEMEN
.
12
1.6.
Z
IELSETZUNGEN
.
13
2
MATERIAL
UND
METHODEN
.
15
*
2.1.
A
UFSTELLUNG
DER
VERWENDETEN
M
IKROORGANISMENSTAMME
.
15
2.2.
B
ESCHREIBUNG
DER
UNTERSUCHTEN
B
ODENOEKOSYSTEME
.
16
2.3.
B
ESTIMMUNG
ALLGEMEINER
B
ODENPARAMETER
.
18
2.3.1.
BESTIMMUNG
DES
FRISCHVOLUMENS,
DER
DICHTE
(FELDFEUCHT),
DER
TROCKENRAUMDICHTE
UND
DES
PORENVOLUMENS
.
18
2.3.2.
BESTIMMUNG
DES
GRAVIMETRISCHEN
WASSERGEHALTS,
DES
GEHALTS
AN
TROCKENSUBSTANZ,
BERECHNUNG
DES
WASSERGEFUELLTEN
PORENVOLUMENS
.
19
2.3.3.
BODEN
UND
WASSERCHEMISCHE
PARAMETER
.
20
2.4.
BESTIMMUNG
VON
METHANFLUBRATEN
IN
BODENOEKOSYSTEMEN
.
20
2.5.
C
HARAKTERISIERUNG
DER
P
HOSPHOLIPIDE
IN
MIKROBIELLEN
R
EINKULTUREN
UND
B
ODENOEKOSYSTEMEN
.
21
2.5.1.
AUFLISTUNG
DER
VERWENDETEN CHEMIKALIEN.
.
22
2.5.2.
LIPIDEXTRAKTION
VON
REINKULTUREN
.
22
2.5.3.
LIPIDEXTRAKTION
VON
UMWELTPROBEN.
.
23
2.5.4.
GEWINNUNG
DER
PHOSOPHOLIPIDE
.
24
2.5.5.
BESTIMMUNG
DER
PHOSPHOLIPIDFETTSAEUREN
(PLFA)
.
25
2.5.6.
BESTIMMUNG
VON
PHOSPHOLIPID-ETHERLIPIDEN
(PLEL)
.
27
VERZEICHNISSE
H
2.6.
Q
UANTITATIVE
,
MOLEKULARBIOLOGISCHE
B
ESTIMMUNGSMETHODEN
VON
MIKROBIELLEN
POPULATIONEN
(METHODENVERGLEICH
ZU
PLEL/PLFA)
.
34
2.6.1.
ZELLFIXIERUNG
IN
UMWELTPROBEN
.
34
2.6.2
IN
SIRU-HYBRIDISIERUNG
MIT
FLUORESZENZMARKIERTEN
RRNA-GERICHTETEN
OLIGONUKLEOTID
SONDEN(FISH)
.
35
2.6.3.
GESAMTZELLZAHLBESTIMMUNG NACH DAPI-FAERBUNG
.
36
2.6.4.
BESTIMMUNG
RELATIVER
POPULATIONSANTEILE
NACH
IN
SIRU-HYBRIDISIERUNG
UND
DAPI
FAERBUNG
.
38
2.6.5.
MIKROSKOPISCHE
DETEKTION
FLUORESZENZMARKIERTER
ZELLEN.
.
38
2.7.
STATISTISCHE
AUSWERTUNG
.
39
2.7.1.
MITTELWERTVERGLEICHE
.
39
2.7.2.
HAUPTKOMPONENTENANALYSE
.
40
3
ERGEBNISSE
UND
DISKUSSION
_
41
3.1.
M
ETHODISCHE
A
SPEKTE
.
.
41
3.1.1.
BESTIMMUNG
VON
PHOSPHOLIPID-ETHERLIPIDEN
(PLEL)
.
41
3.1.2.
QUANTITATIVE
BESTIMMUNG
VON
PLEL
UND
PLFA
IN
AUSGEWAEHLTEN
MIKROBIELLEN
REINKULTUREN
.
67
3.1.3.
KONSEQUENZEN
FUER
DIE
UNTERSUCHUNGEN
VON
BODENOEKOSYSTEMEN.
.
80
3.2.
CHARAKTERISIERUNG
VON
MIKROBIELLEN
GEMEINSCHAFTEN
IN
ENTWAESSERTEN
(OXISCHEN)
UND
WIEDERVERNAEHTEN
(ANOXISCHEN)
NIEDERMOOROEKOSYSTEMEN
.
84
3.2.1.
KENNDATEN
DER
BODENOEKOSYSTEME
.
84
3.2.2.
BETRACHTUNG
VON
GESAMTPOPULATIONEN
AUF
DER
BASIS
VON
PHOSPHOLIPID-PROFILEN
.
87
3.2.3.
CHARAKTERISIERUNG
VON
MIKROBIELLEN
POPULATIONEN
MIT
MOLEKULARBIOLOGISCHEN
METHODEN.
95
3.2.4.
VERGLEICH
DER
MIT
FISH/DAPI UND
MIT
PLEL/PLFA
ERMITTELTEN
ZELLZAHLEN
.
100
3.2.5.
CHARAKTERISIERUNG
VON
METHANOGENEN
UND
METHANOTROPHEN
MIKROORGANISMEN
MITTELS
SPEZIFISCHER
PLEL-
UND
PLFA-BIOMATKER.
.
103
4
UEBERGREIFENDE
DISKUSSION.117
4.1.
METHODISCHE
ASPEKTE
ZUR
BESTIMMUNG
VON
PHOSPHOLIPID-ETHERLIPIDEN
(PLEL)
UND
PHOSPHOLIPIDFETTSAEUREN
(PLFA)
.
117
4.2.
M
IKROBIELLE
G
EMEINSCHAFTEN
IN
OXISCHEN
UND
ANOXISCHEN
B
ODENOEKOSYSTEMEN
.
121
5
ZUSAMMENFASSUNG.127
SUMMARY.
.
132
6
LITERATUR
.
136 |
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| title | Entwicklung und Anwendung von Methoden zur Charakterisierung von mikrobiellen Gemeinschaften in oxischen und anoxischen Bodenökosystemen anhand von Phospholipid-Profilen |
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| title_full | Entwicklung und Anwendung von Methoden zur Charakterisierung von mikrobiellen Gemeinschaften in oxischen und anoxischen Bodenökosystemen anhand von Phospholipid-Profilen Andreas Gattinger |
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