Entwicklung von In situ Nachweisverfahren für die humanpathogenen Lebensmittelkontaminanten Listeria, Salmonella und Campylobacter, sowie phylogenetische Analysen der Gattung Listeria und Feindifferenzierung von L. monocytogenes:
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2000
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | München, Techn. Univ., Diss., 2000 |
| Beschreibung: | VI, 176 S. Ill. graph. Darst. : 21 cm |
Internformat
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|---|---|
| adam_text |
A:
EINLEITUNG
1
B:
MATERIAL
UND
METHODEN
9
B.L:
M
OLEKULARBIOLOGISCHE
M
ETHODEN
9
B.
1.1
LOESUNGEN,
STANDARDPUFFER
UND
LOESUNGSMITTEL
9
B.I.2.:
VERWENDETE
MIKROORGANISMEN
UND
PLASMIDE
11
B.I.3.:
NAEHRMEDIEN,
ANZUCHT,
ISOLIERUNG,
STAMMHALTUNG,
ANTIBIOTIKA
UND
ZELLEMTE
_
13
B.
1.3.1.:
NAEHNNEDIEN
ZUR
ANZUCHT
DER
VERWENDETEN
REFERENZSTAEMME
_
13
B.I.3.2.:
ANZUCHT
DER
ORGANISMEN
18
B.L
.3.3.:
ISOLIERUNG
VON
LISTERIEN
AUS
UMWELTPROBEN
19
B.I.3.4.:
ISOLIERUNG
VON
SALMONELLEN
AUS
UMWELTPROBEN
19
B
.
1.3.5.:
STAMMHALTUNG
UND
ZELLEMTE
20
B.I.3.6.:
ANTIBIOTIKA
_
21
B.L.
3.8.:
BESTIMMUNG
DER
OPTISCHEN
DICHTE
VON
BAKTERIENKULTUREN
_
22
B.L.
4.:
ZELLFIXIERUNGEN
_
22
B.L.4.1.:
ZELLFIXIERUNG
MIT
PARAFORMALDEHYDLOESUNG
_
22
B.L.
4.2.:
ZELLFIXIERUNG
MIT
ETHANOL
22
B.L.
5.:
ISOLIERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
23
B.L.
5.1.:
ISOLIERUNG
VON
CHROMOSOMALER
DNS
AUS
LISTERIA
ZELLEN
23
B.I.5.2.:
ISOLIERUNG
CHROMOSOMALER
DNS
MIT
DEM
QIAGEN
YYDNEASY
TISSUE
KIT
"
_
23
B.L.
5.3.:
ISOLIERUNG
VON
PLASMID
DNS
MIT
DEM
YYQIAPREP
"
PLASMID
ISOLIERUNGS
KIT
24
B.L
.6.:
QUANTITATIVE
UND
QUALITATIVE
UNTERSUCHUNG
DER
NUKLEINSAEURELOESUNGEN
24
B.L.6.1.:
PHOTOMETRISCHE
KONZENTRATIONSBESTIMMUNG
DER
NUKLEINSAEURELOESUNGEN
24
B.L.
6.2.:
QUALITATIVE
ANALYSE
DER
NUKLEINSAEURELOESUNGEN
24
B.
1.7.
T
ISOLIERUNG
UND
REINIGUNG
VON
DNS-FRAGMENTEN
AUS
AGAROSEGELEN
25
B.L.
8.:
ENZYMATISCHE
BEHANDLUNG
VON
DNS-MOLEKUELEN
25
B.L.
8.1.:
HYDROLYSE
VON
DNS
MIT
RESTRIKTIONSENZYMEN
25
B.L.
8.2.:
VERKNUEPFEN
VON
DNS
MOLEKUELEN
MIT
T4-DNS-LIGASE
26
B.I.8.3.:
ENZYMATISCHE
VERLAENGERUNG
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
MIT
TERMINALER
TRANSFERASE
_
26
B.I.9.:
TRANSFORMATION
VON
MIKROORGANISMEN
27
B.L.9.1.:
TRANSFORMATION
VON
ESCHERICHIA
COLI
27
B.L
.9.2.:
TRANSFORMATION
VON
LISTERIA
MONOCYTOGENES
_
27
B.L.
10.:
IN
VITRO
AMPLIFIZIERUNG
VON
DNS
MITTELS
DER
POLYMERASE-KETTENREAKTION
_
28
B.L.
10.1.:
VERWENDETE
PCR
SYSTEME
28
B.L.
10.2.:
VERWENDETE
PRIMER
FUER
DIE
PCR
28
B.L.
10.2.1.:
16S-RDNS
SPEZIFISCHE
PRIMER
29
B.
1.10.2.2.:
23S-RDNS
SPEZIFISCHE
PRIMER
29
B.L.
10.2.3.:
5S-RDNS
SPEZIFISCHE
PRIMER
_
29
B.L.
10.2.4.:
LAP-GEN
SPEZIFISCHE
PRIMER
30
B.L.
10.2.5.:
PLCA-GEA
SPEZIFISCHE
PRIMER
30
B.L.
10.2.6.:
PRIMER
FUER
YYRAPD-PCR
"
31
B.L.
10.3.:
PCR
TECHNIKEN
31
B.
1.10.3.1:
YYHOT
START"-PCR.
31
B.L.
10.3.2.:
,JCOMPETITIVE
"
-PCR
31
B.L.
10.3.3.:
YYNESTED"-PCR
32
B.L.
10.3.4.:
YYMULTIPLEX
"
-PCR
32
B.
1.10.3.5.:
YYRANDOMLY-AMPLIFIED-POLYMORPHIC-DNA
"-PCR
(RAPD-PCR)
32
B.L.
10.4.:
STANDARDANSATZ
UND
REAKTIONSPROGRAMM
FUER
DIE
DURCHFUEHRUNG
DER
PCR
33
B.L.
10.4.1.:
PCR
IN
GLASKAPILLAREN
33
B.L.
10.4.2.:
PCR
IN
REAKTIONSGEFAESSEN
ODER
IN
MIKROTITERPLATTEN
34
B
.
1.10.5.:
VERWENDETE
ADDITIVE
FUER
DIE
PCR
35
B.L.
10.6.:
AUFREINIGUNG
VON
PCR
PRODUKTEN
35
B.L.
11.:
DNS
SEQUENZIERUNG
35
B.
1.11.1.:
VERWENDETE
PRIMER
FUER
DIE
SEQUENZIERUNG
_
36
B.
1.11.2.:
VORBEREITUNG
DES
POLYACRYLAMIDGEL
UND
DER
SEQUENZIEREINHEIT
36
B.L.
11.3.:
SEQUENZIERREAKTION
37
B.L.
11.4.:
AUSWERTUNG
DER
SEQUENZDATEN
39
B.L.
12.:
REKONSTRUKTION
VON
STAMMBAEUMEN
39
B.L.
13.:
OLIGONUKLEOTIDSONDEN
39
B.L
.13.1.:
KONSTRUKTION
VON
RRNS
GERICHTETEN
SONDEN
_
39
B.L
.13.2.:
MARKIERUNG
MIT
FLUORESZENZFARBSTOFFEN
40
B.L.
13.3.:
PHOTOMETRISCHE
VERMESSUNG
DER
MARKIERTEN
OLIGONUKLEOTIDE
40
B.L.
13.4.:
VERWENDETE
RRNS
GERICHTETE
OLIGONUKLEOTIDSONDEN
41
B.L.
14.:
PULSED-FIELD-GEL-ELECTROPHORESE-FRAGMENT-LAENGEN-POLYMORPHISMEN
41
B.
1.14.1.:
PRAEPARATION
VON
LISTERIA
YY
CELL
GELPLUGS
"
FUER
PFGE
42
B.L.
14.2.:
PRAEPARATION
DES
GELS
UND
GELLAUF
42
B.L.
15.:
HERSTELLUNG
UND
MARKIERUNG
VON
POLYRIBONUKLEOTIDSONDEN
DURCH
IN
VITRO
TRANSKRIPTION
43
B.L.
15.1.:
PRINZIP
DER
IN
VITRO
TRANSKRIPTION
43
B.L.
15.2.:
DURCHFUEHRUNG
DER
IN
VITRO
TRANSKRIPTION
44
B.L.
16.:
HYBRIDISIERUNGEN
45
B.
1.16.1
ERMITTLUNG
VON
HYBRIDISIERUNGS
UND
WASCHBEDINGUNGEN
_
45
B.L.16.2.:
HYBRIDISIERUNG
GANZER
ZELLEN
AUF
OBJEKTTRAEGERN
46
B.L.16.3.:
VORBEHANDLUNG
DER
ZELLEN
_
47
B.
1.16.4.:
HYBRIDISIERUNG
MIT
FLUORESZENZFARBSTOFF-MARKIERTEN
OLIGONUKLEOTID-SONDEN
_
47
B.L.16.5.:
HYBRIDISIERUNG
MIT
MEHRFACH
DIG-MARKIERTEN
POLYRIBONUKLEOTIDSONDEN
49
B.1.17.:
MIKROSKOPISCHE
TECHNIKEN
50
B.
1.17.1.:
DETEKTION
FLUORESZENZMARKIERTER
ZELLEN
DURCH
EPIFLUORESZENZMIKROSKOPIE
50
B.
1.17.2.:
KONFOKALE
LASERSCANNING-MIKROSKOPIE
51
B.2.:
Z
ELLBIOLOGISCHE
M
ETHODEN
52
B.2.I.:
VERWENDETE
ZELLLINIEN
52
B.2.2.:
VERWENDETE
LOESUNGEN,
MEDIEN
UND
KULTURGEFAESSE
52
B.2.3.:
HITZEINAKTIVIERUNG
VON
FOETALEM
KAELBERSERUM
(FCS)
53
B.2.4.:
AUFTAUEN
VON
EINGEFRORENEN
ZELLKULTUREN
53
B.2.5.:
TRYPSINISIEREN
UND
PASSAGIEREN
VON
ZELLKULTUREN
(FRESHNEY
ET.
AL.,
1987)54
B.2.6.:
HERSTELLUNG
VON
YYINFEKTIONSALIQUOTS
"
54
B.2.7.:
INFEKTION
VON
ZELLLINIEN
MIT
NATIVEN
L.
MONOCYTOGENES
STAEMMEN
54
B.2.8.:
INFEKTION
VON
ZELLEN
MIT
GFP-MARKIERTEN
L.
MONOCYTOGENES
ZELLEN
55
B.2.9.:
ADHAESIONSTESTS
56
B.2.10.:
INFEKTION
VON
ZELLKULTUREN
MIT
GFP-MARKIERTEN
L.
MONOCYTOGENES
STAEMMEN
UND
MIKROSKOPISCHE
AUSWERTUNG
56
C.:
ERGEBNISSE
59
C.I.:
A
NREICHERUNG
UND
I
SOLIERUNG
VON
L
ISTERIEN
UND
S
ALMONELLEN
AUS
U
MWELTPROBEN
59
C.I.I.:
ISOLIERUNG
VON
LISTERIEN
AUS
UMWELTPROBEN
59
C.I.2.:
ISOLIERUNG
VON
SALMONELLEN
AUS
BIOABFALLVERGAERUNGSANLAGEN
60
C.2.:
I
N
SITU
D
ETEKTION
VON
L
ISTERIEN
,
S
ALMONELLEN
UND
C
AMPYLOBACTER
_
64
C.2.I.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
LISTERIEN
64
C.2.1.1.:
VERWENDETE
SONDEN
UND
DEREN
SPEZIFITAET
ZUR
DETEKTION
VON
LISTERIEN
_
64
C.2.1
.2.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
LISTERIEN
MIT
POLYRIBONUKLEOTIDSONDEN.
_
66
C.2.I.3.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
LISTERIEN
IN
ROHMILCH
NACH
SELEKTIVANREICHERUNG
_
67
C.2.2.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
SALMONELLEN
69
C.2.2.
1.:
VERWENDETE
SONDEN
UND
DEREN
SPEZIFITAET
ZUR
DETEKTION
VON
SALMONELLEN
69
C.2.2.2.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
SALMONELLEN
IN
BIOABFALLVERGAERUNGSANLAGEN
71
C.2.2
.3.:
BESTIMMUNG
DES
DETEKTIONSLIMITS
DES
SALMONELLENNACHWEISES
DURCH
FISH
71
C.2.3.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
CAMPYLOBACTER
74
C.2.3.I.:
VERWENDETE
SONDEN
UND
DEREN
SPEZIFITAET
ZUR
DETEKTION
VON
CAMPYLOBACTER
74
C.2.3.2.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
CAMPYLOBACTER
IN
ROHER
HUEHNERLEBER
76
C.3.:
U
NTERSUCHUNGEN
ZUR
E
VOLUTION
DES
YY
V
IRULENZGENCLVSTERS
"
VON
ALLEN
BEKANNTEN
LISTERIA
ARTEN
DURCH
VERGLEICHENDE
SEQUENZANALYSE
_
78
C.3.I.:
ANORDNUNG
DER
GENE
IM
YY
VIRULENZGENCLUSTER"
79
C.3.2.:
VERWENDETE
DATENSAETZE
80
C.3.3.:
PHYLOGENETISCHE
ANALYSE
DER
SEQUENZDATEN
81
C.3.4.:
YYKOMBINIERTE
"
DATENSAETZE
82
C.3.5.:
YYKONSENSUSBAUM
"
ZUR
EVOLUTION
DES
YY
VIRULENZGENCLUSTERS
"
BEI
LISTERIEN
_
84
C.4.
:
D
IFFERENZIERUNG
VON
L
ISTERIEN
UND
F
EINDIFFERENZIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES
85
C.4.I.:
FEINDIFFERENZIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES
DURCH
VERGLEICHENDE
SEQUENZANALYSE
VON
VIRULENZGENEN
85
C.4.
1.1
SEQUENZANALYSE
DER
IAP-GENE
ALLER
BEKANNTEN
LISTERIA
ARTEN
UND
UNTERSCHIEDLICHER
L.
MONOCYTOGENES
STAEMME
_
86
C.4.I.2.:
FEINDIFFERENZIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES
DURCH
VERGLEICHENDE
SEQUENZANALYSE
DES
P/CA-GENS
90
C.4.2.:
FEINDIFFERENZIERUNG
VON
L
MONOCYTOGENES
DURCH
MOLEKULARBIOLOGISCHE
METHODEN
_
92
C.4.2.1ENTWICKLUNG
EINES
PCR-GESTUETZTEN
VERFAHRENS
ZUR
DETEKTION
DER
EINZELNEN
EVOLUTIONAEREN
LINIEN
VON
L.
MONOCYTOGENES
92
C.4.2.1.
1.:
UEBERPRUEFUNG
DES
ENTWICKELTEN
PCR-SYSTEMS
ANHAND
L.
MONOCYTOGENES
STAEMME
DER
13
BEKANNTEN
SEROVARIANTEN
93
C.4.2.1.
2.:
ANWENDUNG
DES
ENTWICKELTEN
PCR-SYSTEMS
AUFZ.
MONOCYTOGENES-LSOLATE
VERSCHIEDENEN
URSPRUNGS
_
94
C.4.2.1
.3.:
BESTIMMUNG
DES
DETEKTIONSLIMITS
DES
ENTWICKELTEN
PCR-NACHWEISVERFAHRENS
FUER
DIE
ENTWICKLUNGSLINIEN
VON
LISTERIA
MONOCYTOGENES
103
C.4.2.1
.4.:
VERBESSERUNG
DER
DETEKTIONSEFFIZIENZ
DURCH
YYNESTED-PCR
"
105
C.4.2.1.
5.:
KOMPETITIVE
PCR
ZUR
ERHOEHUNG
DER
SPEZIFITAET
106
C.4.2.1
.6.:
PCR
FUER
DIE
EVOLUTIONAEREN
LINIEN
VON
L.
MONOCYTOGENES
AUS
DNS-MISCHUNGEN
VERSCHIEDENER
L.
MONOCYTOGENES-STAENSNETI
107
C.4.2.1.
7.:
DIFFERENZIERUNG
VONZ.
INNOCUA
UNDZ.
MONOCYTOGENES
DURCH
YYMULTIPLEX
"
-PCR
_
108
C.4.2.2.:
SCHNELLTYPISIERUNG
VON
LISTERIEN
DURCH
YYEINSPURSEQUENZIERUNG"
109
C.4.2.2.I.:
SCHNELLTYPISIERUNG
VON
L.
INNOCUAXTNDL.
MONOCYTOGENES
DURCH
EINSPURSEQUENZIERUNG
_
110
C.4.2.2.2.:
SCHNELLTYPISIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES
DURCH
EINSPURSEQUENZIERUNG
_
112
C.4.2.3.:
STAMMDIFFERENZIERUNG
VONZ.
MONOCYTOGENES
DURCH
YYPULSED-FIELD
"-GELELEKTROPHORESE
(PFGE)
113
C.4.2.4.:
DIFFERENZIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES
DURCH
RAPD-PCR
116
C.5.:
I
NFEKTIONSSTUDIEN
MIT
L.
MONOCYTOGENES
_
118
C.5.I.:
INFEKTION
MIT
NATIVEN
L.
MONOCYTOGENES-STEIAM&CI
_
118
C.5.2.:
MARKIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES-STAENSNEA
MIT
DEM
GRUEN-FLUORESZIERENDEN
PROTEIN
119
C.5.3.:
INFEKTION
MIT
GFP-MARKIERTEN
L.
MONOCYTOGENES-ST&AMEN
120
C.5.4.:
ADHAERENZTESTS
MIT
GFP-MARKIERTEN
L.
MONOCYTOGENES
STAEMMEN
121
C.5.5.:
INFEKTION
VON
ZELLLINIEN
MIT
GFP-MARKIERTEN
L.
MONOCYTOGENES
STAEMMEN
UND
ANSCHLIESSENDER
MIKROSKOPISCHER
AUSWERTUNG
122
D:
DISKUSSION
125
D.L.:
D
ETEKTION
VON
S
ALMONELLEN
,
L
ISTERIEN
UND
C
AMPYLOBACTER
MIT
R
RNS
GERICHTETEN
GENSONDEN
125
D.
1.1.:
IN
SITU-DETEKTION
VON
SALMONELLEN
125
D.
1.1.1.:
SPEZIFITAET
DER
SONDE
SAHN-63
125
D.L
.1.2.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
SALMONELLEN
IN
BIOABFALLVERGAERUNGSANLAGEN
126
D.L.
1.3.:
VERGLEICH
DER
FISH-TECHNIK
MIT
ANDEREN
DETEKTIONSVERFAHREN
FUER
SALMONELLEN.
128
D.I.2.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
LISTERIEN
130
D.L.2.1.:
SPEZIFITAET
DER
SONDEN
LIS-1255
UND
LIS-637
130
D.I.2.2.:
DETEKTION
VON
LISTERIEN
IN
SITU
IN
UMWELTPROBEN
131
D.L.
2.2.:
VERGLEICH
DER
FISH-TECHNIK
MIT
ANDEREN
DETEKTIONSVERFAHREN
ZUM
NACHWEIS
FUER
LISTERIEN
133
D.I.3.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
CAMPYLOBACTER
134
D.L.2.1.:
SPEZIFITAET
DER
SONDEN
CAMP-635
UND
CAJECO-1427
134
D.I.2.2.:
IN
SITU
DETEKTION
VON
CAMPYLOBACTER
IN
HUEHNERLEBER
135
D.
1.2.2.:
VERGLEICH
FISH-TECHNIK
MIT
ANDEREN
DETEKTIONSVERFTHREN
ZUM
NACHWEIS
FUER
CAMPYLOBACTER
136
D.2.:
D
IE
E
VOLUTION
DES
YY
V
IRULENZGENCLUSTERS
"
VON
L
ISTERIEN
136
D.3.:
V
ERGLEICHENDE
PHYLOGENETISCHE
A
NALYSEN
VON
S
EQUENZDATEN
DER
G
ENE
PLC
A
UNDIAP
139
D.4.:
S
UBTYPISIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES
DURCH
PFGE-RLFP
-A
NALYSE
_
144
D.5.:
E
NTWICKLUNG
PCR
GESTUETZTER
V
ERFAHREN
ZUR
D
ISKRIMINIERUNG
VON
L.
INNOCVA
UND
JL
MONOCYTOGENES
UND
ZUR
FEINTYPISIERUNG
VON
L.
MONOCYTOGENES
_
146
D.6.:
I
NFEKTIONSSTUDIEN
MIT
L.
MONOCYTOGENES
147
E:
ZUSAMMENFASSUNG
149
F:
LITERATURVERZEICHNIS
151
G:
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
167
G:
ANHANG
169
G.I.:
D
ISTANZMATRIZES
DER
V
ERWENDETEN
G
ENE
AUS
DEM
V
IRULENZGENCLUSTER
WR
L
ISTERIA
A
RTEN
169
G.
1.1.:
AEHNLICHKEITSMATRIX
DER
NUKLEINSAEURESEQUENZDATEN
DES
IDH
GENS
_
169
G.I.2.:
IDENTITAETSMATRIX
DER
AMINOSAEURESEQUENZDATEN
DES
IDH
GENS
169
G.I.3.:
AEHNLICHKEITSMATRIX
DER
NUKLEINSAEURESEQUENZDATEN
DES
PRS
GENS
_
170
G.I.4.:
IDENTITAETSMATRIX
DER
AMINOSAEURESEQUENZDATEN
DES
PRS
GENS
170
G.I.5.:
AEHNLICHKEITSMATRIX
DER
NUKLEINSAEURESEQUENZDATEN
DES
VCLB
GENS
171
G.I.6.:
IDENTITAETSMATRIX
DER
AMINOSAEURESEQUENZDATEN
DES
VCLB
GENS
171
G.I.7.:
AEHNLICHKEITSMATRIX
DER
NUKLEINSAEURESEQUENZDATEN
DES
ORFA
GENS
_
172
G.I.8.:
IDENTITAETSMATRIX
DER
AMINOSAEURESEQUENZDATEN
DES
ORFA
GENS
172
G.2.:
Z
UORDNUNG
DER
Z.
MONOCYTOGENES
S
TAEMME
IN
DIE
E
TWICKLUNGLINIEN
IN
A
BHAEGIGKEIT
DER
VERWENDETEN
B
ERECHNUNGSVERFAHREN
UND
S
EQUENZFILTER
173
E:
DANKSAGUNG
175 |
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