Spektrale Präzisionsdistanzmikroskopie zur Untersuchung der 3D-Topologie ausgewählter DNA-Punktmarker: = Spectral precision distance microscopy for the study of the 3D-topology of selected Point-Like Markers
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
1999
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| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | Heidelberg, Univ., Diss., 1999. - Zsfassung in engl. Sprache |
| Beschreibung: | 161 S. Ill., graph. Darst. : 30 cm |
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1
INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 5
2 GRUNDLAGEN 7
2.1 DREIDIMENSIONALE KONFOKALE FLUORESZENZMIKROSKOPIE 7
2.1.1 PUNKTBILDFUNKTION 8
2.1.2 IN SITU-MESSUNGEN DER PSF
1 18
2.1.3 PHOTONENSTATISTIK 20
2.1.4 AUFLOESUNG UND LOKALISATION 22
2.1.5 RESULTAT 23
2.2 SPEKTRALE PRAEZISIONSDISTANZMIKROSKOPIE (SPDM) 24
2.2.1 PRINZIP DER SPDM 24
2.2.2 CHROMATISCHE ABERRATIONEN 27
2.2.3 AUFLOESUNGSAEQUIVALENT 28
2.3 DIGITALE BILDVERARBEITUNG 29
2.3.1 EINFUEHRUNG 29
2.3.2 MODELLGESTUETZTE SEGMENTIERUNG 29
2.3.3 BEZIEHUNG ZWISCHEN SCHWELLWERT UND VOLUMEN 30
2.3.4 AUFFINDEN LOKALER MAXIMA 31
2.3.5 SPOTWACHSTUM 32
2.3.6 SUBTRAKTION UEBERLAPPENDER INTENSITAETEN BENACHBARTER SPOTS 32
2.3.7 GENAUIGKEIT DES ALGORITHMUS FUER DISTANZMESSUNGEN 34
2.3.7.1 MONOCHROMATISCHE DISTANZMESSUNGEN 34
2.3.7.2 POLYCHROMATISCHE DISTANZMESSUNGEN 35
2.4 DNA UND CHROMATIN ^ 36
2.4.1 STRUKTUR UND AUFBAU DER DNA 37
2.4.2 STRUKTUR VON CHROMATIN UND CHROMOSOMEN 39
2.4.3 DER ZELLZYKLUS 41
2.4.3.1 METAPHASE UND INTERPHASE 41
2.4.3.2 RELEVANZ DES ZELLZYKLUS FUER DISTANZMESSUNGEN IN ZELLKERNEN 42
2.5 CHROMOSOMENORGANISATION IM INTERPHASEZELLKERN 43
2.5.1 HISTORISCHER UEBERBLICK 43
2.5.2 VERGLEICH ZWISCHEN TERRITORIALEN UND NICHT-TERRITORIALEN MODELLEN
46
2.5.3 DAS ERWEITERTE INTER-CHROMOSOM-DOMAENEN (ICD)-MODELL 47
2.5.4 PROBLEMSTELLUNG 49
2.6 FLUORESZENZ IN SITU-HYBRIDISIERUNG (FISH) 49
2.6.1 PRINZIP DER FLUORESZENZ IN SITU-HYBRIDISIERUNG 50
2.6.2 TECHNIKEN DER IN SITU-HYBRIDISIERUNG 51
2.6.3 MOEGLICHKEIT DER ANWENDUNG FUER DISTANZMESSUNGEN 52
2.7 PRADER-WILLI-SYNDROM / ANGELMAN-SYNDROM 53
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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2
INHALTSVERZEICHNIS
3 MATERIAL UND METHODEN
3.1 FLUORESZENZMARKIENING
3.1.1 PRAEPARATION VON ZELLKERNEN
3.1.1.1 FIXIERUNGSMETHODEN
3.1.1.2 PRAEPARATIONS VORSCHRIFTEN
3.1.2 VERWENDETE DNA-SONDEN
3.1.3 MARKIERUNG DER DNA-SONDEN
3.1.4 IN SITU-HYBRIDISIERUNG
3.1.4.1 DENATURIERUNG
3.1.4.2 RENATURIERUNG
3.1.4.3 WASCHEN NACH DER HYBRIDISIERUNG
3.1.5 DETEKTION
3.2 MIKROSKOPIE
3.2.1 DAS KONFOKALE LASER-SCANNING-MIKROSKOP TCS NT DER FIRMA LEICA
3.2.2 PARAMETER BEI DER AUFNAHME
3.3 BILDVERARBEITUNG
3.3.1 UEBERBLICK
3.3.2 KONVERTIERUNG INS ROHDATENFORMAT
3.3.3 MEDIANFILTERUNG UND HINTERGRUNDSUBTRAKTION
3.3.4 FESTLEGUNG EINES SCHWELLWERTES
3.3.5 SUCHE NACH LOKALEN MAXIMA, ITERATIVE SEGMENTIERUNG DER
INDIVIDUELLEN SPOTS
3.3.6 AUSGABE DER DATEN
3.3.7 KORREKTUR DER CHROMATISCHEN VERSCHIEBUNG
3.3.8 BERECHNUNG DER DISTANZEN ZWISCHEN DEN SEGMENTIERTEN SPOTS
55
55
55
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56
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60
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75
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79
79
81
81
83
4 MESSUNGEN UND ERGEBNISSE
4.1 KALIBRIERUNG
4.1.1 MESSUNGEN DER PUNKTBILDFUNKTION (PSF)
4.1.2 BEZIEHUNG ZWISCHEN VOLUMEN UND SCHWELLWERT
4.1.3 MESSUNG DER CHROMATISCHEN VERSCHIEBUNG
4.1.3.1 MESSUNG DES CHROMATISCHEN VERSATZES MIT FLUORESZIERENDEN
PARTIKELN (BEADS)
413 2 MESSUNG DES CHROMATISCHEN VERSATZES IN ZELLKERNEN MITTELS IN
SITU-HYBRIDISIERUNG 83
90
90
92
92
92
94
99
99
101
104
4.1.3.3 ZUSAMMENFASSUNG ZUM CHROMATISCHEN VERSATZ
4.1.4 BESTIMMUNG DES AUFLOESUNGSAEQUIVALENTS
4.2 DISTANZMESSUNGEN IN DER PRADER-WILLI-REGION
4.2.1 EINFUEHRUNG
4.2.2 VERWENDETE DNA-SONDEN
4.2.3 DISTANZMESSUNGEN ZWISCHEN REGION 48 UND 60 (1000 KB GENOMISCHE
DISTANZ)
4.2.4 DISTANZMESSUNGEN INNERHALB DER REGION 48 (19 - 215 KB GENOMISCHE
DISTANZ)
4.2.4.1 MARKIERUNG UND MIKROSKOPIE
4.2.4.2 VERTEILUNG DER GEMESSENEN DISTANZEN
4.2.5 VERGLEICH ZWISCHEN GENOMISCHER UND GEOMETRISCHER DISTANZ
INHALTSVERZEICHNIS
1
4.2.6 VERGLEICH: EIN- UND ZWEIFARBENMESSUNGEN FUER DISTANZEN KLEINER ALS
220 KB 105
4.2.7 UNTERSCHIEDE ZWISCHEN DEN HOMOLOGEN CHROMOSOMEN 15 107
4.2.8 VERGLEICH DER DISTANZEN IN VERSCHIEDENEN ZELLTYPEN 112
4.2.9 EXPERIMENTELLE RANDBEDINGUNGEN: ABHAENGIGKEIT VON DER PSF, ZAHL DER
AUSZUWERTENDEN ZELLKERNE 116
4.2.9.1 ABHAENGIGKEIT VON DER PSF 116
4.2.9.2 EINFLUSS DER ANZAHL DER AUSGEWERTETEN ZELLKERNE PRO EXPERIMENT
117
4.2.10 ZUSAMMENFUEHRUNG DER DISTANZEN ZU EINEM DREIDIMENSIONALEN MODELL
119
5
DISKUSSION UND AUSBLICK '
125
5.1 ZUSAMMENFASSUNG 125
5.2 KALIBRIERUNG 126
5.2.1 PUNKTBILDFUNKTIONEN 126
5.2.2 CHROMATISCHE ABERRATIONEN 127
5.2.3 AUFLOESUNGSAEQUIVALENT 128
5.3 DISTANZMESSUNGEN 129
5.3.1 DISTANZMESSUNGEN ZWISCHEN REGION~48 UND REGION 60 129
5.3.2 BIOPHYSIKALISCHE RANDBEDINGUNGEN FUER DIE MARKIERUNG 130
5.3.3 DISTANZMESSUNGEN INNERHALB DER PRADER-WILLI-REGION 130
5.4 AUSBLICK 132
5.4.1 UNTERSCHEIDUNG ZWISCHEN VAETERLICHEM UND MUETTERLICHEM CHROMOSOM 15
IN
LYMPHOBLASTOIDEN ZELLEN LB 1 132
5.4.2 VERBESSERUNGEN DER SPEKTRALEN PRAEZISIONSDISTANZMIKROSKOPIE 137
6 LITERATUR 139
ANHANG 1^
A. PRADER-WILLI-SYNDROM / ANGELMAN-SYNDROM 149
A.1 EIHFUEHRUNG: IMPRINTING, PRAEGUNG UND AKTIVITAET GEPRAEGTER GENE 149
A.2 DER MECHANISMUS DER PRAEGUNG 150
A.1.1 DNA-METHYLIERUNG 150
A. 1.2 METHYLIERUNGSMUSTER IN DER PRADER-WILLI-REGION 151
A.1.3 ASYNCHRONE DNA REPLIKATION 153
A. 1.4 HOMOLOGE ASSOZIATION WAEHREND DER SPAETEN S-PHASE DES ZELLZYKLUS
155
A.L.5 ZUSAMMENFASSUNG ZUM IMPRINTING 156
A. 3 ZUSAMMENFASSUNG: PRADER-WILLI-SYNDROM (PWS) UND ANGELMAN-SYNDROM
(AS) 156
B. DIE ZELLABHAENGIGE KLONIERUNG
158
DANKSAGUNG 1^1 |
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| spelling | Rauch, Joachim Verfasser aut Spektrale Präzisionsdistanzmikroskopie zur Untersuchung der 3D-Topologie ausgewählter DNA-Punktmarker = Spectral precision distance microscopy for the study of the 3D-topology of selected Point-Like Markers [Joachim Rauch] Spectral precision distance microscopy for the study of the 3D-topology of selected Point-Like Markers 1999 161 S. Ill., graph. Darst. : 30 cm txt rdacontent n rdamedia nc rdacarrier Heidelberg, Univ., Diss., 1999. - Zsfassung in engl. Sprache Heidelberg, Univ., Diss., 1999 Fluoreszenzmikroskopie (DE-588)4290958-2 gnd rswk-swf Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (DE-588)4528641-3 gnd rswk-swf Konfokale Mikroskopie (DE-588)4336446-9 gnd rswk-swf Dimension 3 (DE-588)4321722-9 gnd rswk-swf Strukturaufklärung (DE-588)4183788-5 gnd rswk-swf Chromatin (DE-588)4010152-6 gnd rswk-swf (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content Chromatin (DE-588)4010152-6 s Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (DE-588)4528641-3 s Strukturaufklärung (DE-588)4183788-5 s Dimension 3 (DE-588)4321722-9 s Fluoreszenzmikroskopie (DE-588)4290958-2 s Konfokale Mikroskopie (DE-588)4336446-9 s DE-604 DNB Datenaustausch application/pdf http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=009268382&sequence=000001&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA Inhaltsverzeichnis |
| spellingShingle | Rauch, Joachim Spektrale Präzisionsdistanzmikroskopie zur Untersuchung der 3D-Topologie ausgewählter DNA-Punktmarker = Spectral precision distance microscopy for the study of the 3D-topology of selected Point-Like Markers Fluoreszenzmikroskopie (DE-588)4290958-2 gnd Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (DE-588)4528641-3 gnd Konfokale Mikroskopie (DE-588)4336446-9 gnd Dimension 3 (DE-588)4321722-9 gnd Strukturaufklärung (DE-588)4183788-5 gnd Chromatin (DE-588)4010152-6 gnd |
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