Molekularbiologische Charakterisierung von zwei Shigatoxin-kodierenden Bakteriophagen enterohämorrhagischer Escherichia-coli-Stämme:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
2000
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INHALTSVERZEICHNIS
VERZEICHNIS
DER
ABKUERZUNGEN
1.
EINLEITUNG
.
1
2.
SCHRIFTTUM
2.1
SHIGATOXIN-BILDENDE
UND
ENTEROHAEMORRHAGISCHE
ESCHERICHIA
COLI
.
2
2.2
DURCH
STEC
AUSGELOESTE
ERKRANKUNGEN
.
2
2.2.1
KRANKHEITSBILDER
.
2
2.2.2
STEC-SEROVAREN
.
3
2.2.3
VORKOMMEN
DER
STEC
.
4
2.3
EINTEILUNG
DER
SHIGATOXINE
.
5
2.4
GENETIK
.
8
2.4.1
REGULATION
DER
STAR-BILDUNG
.
9
2.4.2
DIE
ROLLE
DES
EISENS
IN
DER
STX
BILDUNG
.
9
2.4.3
TRNS
.
11
2.5
DER
BAKTERIOPHAGE
X
.
11
2.5.1
KLASSIFIKATION
UND
EVOLUTION
.
11
2.5.2
PHAGEN-REKOMBINATION
.
13
2.5.3
PHAGENSTRUKTUR
.
14
2.5.4
REGULATION
DER
GENEXPRESSION
.
15
2.5.5
LYSOGENE
KONVERSION
.
16
2.5.6
PHAGENINDUKTION
.
16
2.5.7
STX-KODIERENDE
PHAGEN
.
17
2.5.8
DIE
ENTSTEHUNG
DER
STX-KODIERENDEN
PHAGEN
.
18
2.5.9
DIE
ROLLE
VON
HELFER-PHAGEN
.
19
2.5.10
MEDIZINISCHE-BEDEUTUNG
VON
PHAGEN
.
19
2.6
DIE
PHAGEN
ALS
TRAEGER
VON
VIRULENZ-ASSOZIIERTEN
FAKTOREN
.
20
EIGENE
UNTERSUCHUNGEN
3.
MATERIAL
3.1
ANTIBIOTIKA
.
23
3.2
BAKTERIEN
UND
ANZUCHTMEDIEN
.
24
3.3
CHEMIKALIEN
UND
DIFFERENTIALNAEHRBODEN.
26
3.4
DNS
GROESSENSTANDARD.
27
3.5
GERAETE
.
27
3.6
KITS
.
28
3.7
PRIMER
.
29
3.8
PUFFER
UND
LOESUNGEN.
31
3.8.1
HYBRIDISIERUNG
PUFFER
.
31
3.8.2
POLYMERASE-KETTENREAKTION
(PCR)
.
32
3.8.3
LOESUNGEN
FUER
DIE
PULSFELDGELELEKTROPHORESE
.
33
3.8.4
STOP-MIX
.
35
3.8.5
25XTBE
.
35
3.8.6
10XTBE
(SEQUENZIERUNG)
.
35
3.9
RESTRIKTIONS
UND
KINASE-ENZYME
.
35
3.10
SOFTWARE
PROGRAMME.
36
4.
METHODEN
4.1
KULTIVIERUNG
UND
BIOCHEMISCHE
UNTERSUCHUNG.
37
4.2
BESTIMMUNG
DER
ANTIBIOTISCHEN
EMPFINDLICHKEIT.
37
4.2.1
AGARDIFFUSIONSTEST
.
37
4.2.2
BOUILLON-VERDUENNUNGSMETHODE
.
38
4.3
POLYMERASE-KETTENREAKTION
(PCR)
.
38
4.3.1
HERSTELLUNG
DER
TEMPLATE
DNS
.
38
4.3.2
TFL-PCR
.
38
4.3.3
XL
-PCR
.
40
4.3.4
NESTEDXL-PCR
.
42
4.4
AGAROSEGELELEKTROPHORESE
.
44
4.5
PRAEPARATION
AMPLIFIZIERTER
DNS
.
43
4.5.1
ETHANOL-FAELLUNG
.
43
4.5.2
ISOPROPANOL
FAELLUNG
.
43
4.5.3
QIA
QUICK
PCR
PURIFICATION
KIT
.
44
4.5.4
PRAEPARATION
VON
DNS
AUS
AGAROSEGELEN
.
44
4.6
RESTRIKTIONSANALYSE
VON
DNS
.
44
4.7
DNS-SEQUENZIERUNG
.
44
4.7.1
SEQUENZIERUNGSREAKTION
.
45
4.7.2
ACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE
.
45
4.8
PULSFELDGELELEKTROPHORESE
(PFGE)
.
46
4.8.1
HERSTELLUNG
DER
AGAROSEBLOECKCHEN
UND
VORBEREITUNG
DER
PROBEN
.
46
4.8.2
DIE
ELEKTROPHORESE
.
48
4.9.
DNS-DNS-HYBRIDISIERUNG
.
49
4.9.1
DOT
BLOT
.
49
4.9.2
HYBRIDISIERUNG
UND
ENTWICKLUNG
.
49
4.10
KLONIERUNG
.
50
4.10.1
GEWINNUNG
UND
VORBEREITUNG
VON
VEKTOR-DNS
FUER
DIE
KLONIERUNG
.
50
4.10.2
PRAEPARATION
DES
INSERT-DNS
FUER
DIE
KLONIERUNG
.
50
4.10.3
HERSTELLUNG
KOMPETENTER
ZELLEN
FUER
DIE
KLONIERUNG
.
50
4.10.4
LIGATION
.
51
4.10.5
TRANSFORMATION
.
51
4.10.6
SELEKTION
REKOMBINANTER
BAKTERIENKLONE
.
51
4.11
NACHWEIS
DER
SHIGATOXINWIRKUNG
AUF
VEROZELLEN
.
52
4.11.1
GEWINNUNG
DES SHIGATOXINS
.
52
4.11.2
ZELLKULTURTEST
.
52
5.
ERGEBNISSE
5.1
ISOLIERUNG
VON
AEGYPTISCHEN
ESCHERICHIA
COLI
ISOLATEN
.
54
5.2
PULSFELD-GELELEKTROPHORESE
MIT
DEN
STAEMMEN
NIL
653
UND
EDL933.
54
5.3
DNS-DNS-HYBRIDISIERUNG
MIT
EINER
STX2
SPEZIFISCHEN
SONDE
.
55
5.4
NACHWEIS
VON
PHAGEN-DNS
IN
STEC-ISOLATEN
DURCH
PCR
.
55
5.5
CHARAKTERISIERUNG
VON
PROPHAGEN
DURCH
SYSTEMATISCHE
PCR-ANALYSE.
56
5.6
RESTRIKTIONSANALYSE
DER
PCR-AMPLIFIKATE
FUER
DEN
REFERENZSTAMM
EDL933
59
5.7
NESTED-PCR
ZUR
CHARAKTERISIERUNG
AUSGEWAEHLTER
PCR-AMPLIFIKATE
.
60
5.8
BESTIMMUNG
DER
DNS-SEQUENZEN
.
61
5.8.1
KLONIERUNG
VON
AUSGEWAEHLTEN
PCR-AMPLIFIKATEN
.
61
5.8.2
DIREKTE
SEQUENZIERUNG
VON
PCR-AMPLIFIKATEN
.
61
5.9
INTERPRETATION
DER
DNS-SEQUENZEN
UND
VERGLEICH
MIT
DATENBANKEINTRAEGEN
63
5
9.1
DIE
DNS-SEQUENZEN
DER
SECHS
PROPHAGEN
.
63
5.9.2
ANALYSE
DER
BRUTTO-NUKLEOTIDZUSAMMENSETZUNG
.
67
5.9.3
VERGLEICH
DER
TOXIN-KODIERENDEN
REGIONEN
.
67
5.9.4
VERGLEICH
DER
TRNS-DETERMINIERENDEN
DNS-SEQUENZEN
.
68
6.
DISKUSSION
.
78
7.
ZUSAMMENFASSUNG
.
89
8.
SUMMARY
.
91
9.
LITERATURVERZEICHNIS
.
92 |
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