Molekular-Dynamik-Simulationen semiflexibler Makromoleküle bei konstantem Druck und konstanter Temperatur:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Berlin
Logos-Verl.
2000
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| Beschreibung: | Zugl.: Aachen, Techn. Hochsch., Diss., 1999 |
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
UND
MOTIVATION
1
1.1
MOLEKULAR-DYNAMIK-SIMULATIONEN
.
1
1.1.1
MD
VON
GROSSEN,
SEMIFLEXIBLEN
MOLEKUELEN
BEI
KONSTAN
TEM
DRUCK
UND
KONSTANTER
TEMPERATUR
.
8
2
WICHTIGE
BEGRIFFE
15
2.1
BEWEGUNGSGLEICHUNGEN
.
15
2.1.1
GEOMETRISCHE
ZWANGSBEDINGUNGEN
.
15
2.1.2
LAGRANGE'SCHE
MECHANIK
.
17
2.2
NUMERISCHE
INTEGRATION
.
20
2.2.1
INTEGRATION
DER
BEWEGUNGSGLEICHUNGEN
OHNE
ZWANGSBEDINGUNGEN
.
20
2.2.2
SHAKE
UND
RATTLE
.
22
2.3
ZEIT
UND
ENSEMBLEMITTEL
.
28
2.4
VERSCHIEDENE
ENSEMBLES
.
30
2.4.1
MIKROKANONISCHES
ENSEMBLE
.
30
2.4.2
NVT
UND
VPT-ENSEMBLE
.
31
2.5
THEORIE
DER
LINEAREN
ANTWORT
.
35
2.6
MOMENTANWERTE
VON
DRUCK
UND
TEMPERATUR
.
41
2.6.1
BERECHNUNG
VON
V
ATTN
UND
BEI
MD
MIT
PERIODISCHEN
RANDBEDINGUNGEN
.
51
2.7
KONTROLLE
VON
TEMPERATUR
UND
DRUCK
.
53
2.7.1
NOS6-ANDERSEN
DYNAMIK
FLEXIBLER
SYSTEME
.
56
II
INHALTS
VERZEICHNIS
3
APT-DYNAMIK
SEMIFLEXIBLER
MAKROMOLEKUELE
61
3.1
DIE
PROBLEMATIK
.
62
3.2
ZWANGSBEDINGUNGEN
FUER
KOORDINATEN
UND
IMPULSE
.
64
3.2.1
GEOMETRISCHE
ZWANGSBEDINGUNGEN
UND
PROJEKTOREN
IN
MASSENGEWICHTETER
NOTATION
.
69
3.3
DER
PROJEKTOR
ALS
METRISCHE
MATRIX
.
74
3.4
DIE
VIRTUELLE
NOSE-ANDERSEN
HAMILTONFUNKTION
.
77
3.5
TVPT-DYNAMIK
IN
KARTESISCHEN
KOORDINATEN
.
78
3.5.1
BEWEGUNGSGLEICHUNGEN
FUER
DAS
VIRTUELLE
SYSTEM
MIT
ZWANGSBEDINGUNGEN
.
78
3.5.2
BEWEGUNGSGLEICHUNGEN
FUER
DAS
REALE
SYSTEM
.
81
3.6 DER
MOMENTANWERT
DES
DRUCKS
.
83
3.7 NACHWEIS
DES
APT-ENSEMBLES
.
84
3.7.1
IST
EINE
ERHALTUNGSGROESSE
.
84
3.7.2
GLEICHWERTIGKEIT
DES
MIKROKANONISCHEN
ENSEMBLES
DES
VIRTUELLEN
UND
DES
APT-ENSEMBLES
DES
REALEN
SYSTEMS
.
85
3.8
KOMMENTARE
.
90
4
EFFIZIENTE
RELAXATION
SEMIFLEXIBLER
ALKANE
93
4.1
DIE
BEWEGUNGSGLEICHUNGEN
.
95
4.1.1
ATOMARES
SKALIEREN
.
96
4.1.2
MOLEKULARES
SKALIEREN
.
99
4.2
ENERGIEDISSIPATION
.
100
4.3
VERWENDETE
PARAMETER
UND
VERFAHREN
.
108
4.4
ERGEBNISSE
UND
DISKUSSION
.
112
4.5
RESUEMEE
.
126
5
DER
METRISCHE
TENSOR-EFFEKT
129
5.1
DARSTELLUNG
DER
PROBLEMATIK
.
129
5.1.1
DER
EINFLUSS
DER
ZWANGSBEDINGUNGEN
AUF
DIE
MITTELWERTE
131
5.2
KORREKTUR
DES
EINFLUSSES
DER
METRIK
.
140
5.2.1
FREIE
ENERGIE
ALS
POTENTIAL
DER
MITTLEREN
ZWANGSKRAFT
.
.
145
INHALTSVERZEICHNIS
III
6
ZUSAMMENFASSUNG
UND
AUSBLICK
155
A
REDUNDANTE
IMPULSZWAENGE
161
B
VIRTUELLE
GENERALISIERTE
KOORDINATEN
163
C
DIE
LINEARE
ANTWORT
BEI
NFT-DYNAMIK
167
D
NPT
ALGORITHMUS
FUER
ATOMARES
SKALIEREN
173
D.L
LOKALER
FEHLER
.
179
E
VERNACHLAESSIGUNG
DES
PROJEKTORS?
183
E.L
DAS
ZUGEHOERIGE
GLEICHGEWICHTSENSEMBLE
.
188
E.2
DIE
ORTSRAUMVERTEILUNG
.
194
F
PHASENRAUMDICHTE
MIT
ZWANGSBEDINGUNGEN
199
LITERATURVERZEICHNIS
202 |
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