Sequenzierung und Charakterisierung des Plasmids QpRS von Coxiella burnetii:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
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1999
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
.
1
2
LITERATURUEBERSICHT
.
2
2.1
COXIELLA
(C.)
BUMETW-TAXONOMIE
.
2
2.2
DAS
GENOM
VON
C.
BURNETII
.
3
2.2.1
DIFFERENZIERUNG
VON
C.
BURNET/7-LSOLATEN
.
3
2.2.2
DAS
CHROMOSOM
VON
C.
BURNETII
.
5
2.2.2.1
IN
VITRO
EXPRESSION
CHROMOSOMAL
KODIERTER
GENE
.
7
2.2.3
C.
BURNEFW-PLASMIDE
.
16
2.2.3.1
IN
VITRO
EXPRESSION
PLASMID-KODIERTER
GENE
.
19
3
METHODEN
.
23
3.1
PRAEPARATION
VON
C.
BURNETII-ANTIGEN
.
23
3.1.1
REINIGUNG
UND
INAKTIVIERUNG
VON
C.
BURNETII
.
23
3.1.2
BESTIMMUNG
DER
PARTIKELZAHL
.
23
'3.2
DNA-ANALYSEN
.
23
3.2.1
SPALTUNG
VON
DNA
MIT
RESTRIKTIONS-ENDONUKLEASEN
.
23
3.2.2
PULSFELD-GEL-ELEKTROPHORESE
(PFGE)
.
24
3.2.2.1
HERSTELLUNG
DER
AGAROSEBLOECKCHEN
UND
VORBEREITUNG
DER
PROBEN
FUER
DIE
PFGE
.
24
3.2.2.2
"
CONTOUR-CLAMPED
HOMOGENOUS
ELECTRIC
FIELD
"
(CHEF)-PFGE
.
24
3.2.3
DNA-DNA-HYBRIDISIERUNG
.
25
3.2.3.1
HERSTELLUNG
BIOTIN-MARKIERTER
DNA-SONDEN
.
25
3.2.3.2
DOWNWARD-BLOT
.
25
3.2.3.3
HYBRIDISIERUNG
UND
NACHWEIS
.
25
3.3
PCR
.
26
3.3.1
PRAEPARATION
VON
BAKTERIELLER
GESAMT-DNA
FUER
DIE
PCR
.
26
3.3.2
PRIMER-SYNTHESE
.
26
3.3.3
DURCHFUEHRUNG
DER PCR-REAKTION
.
27
3.3.4
XL-PCR
.
27
3.5
ISOLIERUNG,
REINIGUNG
UND
QUANTIFIZIERUNG
VON
DNA
.
28
3.5.1
PRAEZIPITATION
.
28
3.5.2
ANALYTISCHE
AGAROSE-GEL-ELEKTROPHORESE
.
29
3.5.3
PRAEPARATIVE
AGAROSE-GEL-ELEKTROPHORESE
.
29
3.5.4
REINIGUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
.
30
3.5.4.1
DNA-ISOLIERUNG
UND
REINIGUNG
MIT
SILICAMATRIX
.
30
3.5.4.2
DNA-ISOLIERUNG
AUS
PRAEPARATIVEN
AGAROSEGELEN
MIT
GELASE
.
30
3.5.5
QUANTIFIZIERUNG
VON
DNA
IM
SPEKTRALPHOTOMETER
.
30
3.6
SEQUENZIERUNG
VON
DNA
.
31
3.6.1
SEQUENZIERUNGSREAKTION
UND
REINIGUNG
DES
REAKTIONSPRODUKTES
.
31
3.6.2
VORBEREITUNG
DER
PROBEN,
GEL-ELEKTROPHORESE
UND
EINLESEN
DER
BASENFOLGE
.
31
3.7
BEARBEITUNG
UND
AUSWERTUNG
DER
SEQUENZDATEN
.
32
3.8
CODON
USAGE
.
32
INHALTSVERZEICHNIS
4
ERGEBNISSE
.
34
4.1
HYBRIDISIERUNG
MIT
EINER
QPH
1
-PLASMID-SONDE
.
34
4.2
AMPLIFIKATION
DES
QPRS-PLASMIDS
MIT
DER
XL-PCR
.
35
4.3
SEQUENZ
DES
QPRS-PLASMIDS
.
36
4.4
ANALYSE
DER
SEQUENZDATEN
.
36
4.4.1
BASENZUSAMMENSETZUNG
UND
RESTRIKTIONSFRAGMENTE
DES
QPRS-PLASMIDS
.
36
4.4.2
SEQUENZVERGLEICH
MIT
BEREITS
VEROEFFENTLICHTEN
C.
BURNETII
PLASMID-SEQUENZEN
.
37
4.4.3
PROTEIN-KODIERENDE
REGIONEN
.
38
4.4.4
SEQUENZMOTIVE
.
45
4.4.5
ANALYSE
DES
ECORI-FRAGMENTES
E
VON
QPRS
.
47
4.5
CODON
USAGE
.
48
5
DISKUSSION
.
52
5.1
XL-PCR
.
52
5.2
QPRS-PLASMID
.
52
5.2.1
KARTIERUNG
DES
QPRS-PLASMIDS
.
52
5.2.2
ANALYSE
DES
ECORI-FRAGMENTES
E
.
53
5.2.3
OFFENE
LESERAHMEN
(ORFS)
.
53
5.3
REKOMBINATION
.
54
5.4
AMINOSAEURE-SEQUENZVERGLEICHE
MIT
ANDEREN
BAKTERIENSPEZIES
.
55
5.5
REPLIKON
DES
QPRS-PLASMIDS
.
57
5.6
CODON
USAGE
.
60
5.7
C.
BURNETII-PLASMIDE
.
61
6
ZUSAMMENFASSUNG
.
63
7
SUMMARY
.
65
8
LITERATURVERZEICHNIS
.
67
9
ANHANG
.
88
9.1
REAGENZIEN
.
88
9.2
DNA-LAENGENSTANDARDS
.
89
9.3
LOESUNGEN
UND
PUFFER
.
89
9.4
KOMMERZIELLE
SYSTEME
.
91
9.5
ENZYME
UND
PUFFER
.
91
9.6
ZELLKULTURMEDIEN
.
92
9.7
VERWENDETE
C.
BUMEW-LSOLATE
.
92
9.8
PRIMER
.
92
9.9
GERAETE
.
96
9.10
RECHNER-PROGRAMME
.
97 |
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