Beiträge zur phylogenetischen Analyse molekularer Daten:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
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1999
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
1
2
DER
PARSIMONY-ALGORITHMUS
3
2.1
PHYLOGENIEN
UND
BAEUME
.
3
2.1.1
EINIGE
ZAHLEN
FUER
BAEUME
.
4
2.1.2
ZUSAMMENHAENGE
MIT
DEM
STEINER
TREE
PROBLEM
.
5
2.1.3
GRUNDLAGEN
DES
PARSIMONY-VERFAHRENS
.
6
2.2
PRAKTISCHE
DURCHFUEHRUNG
DES
VERFAHRENS
.
10
2.2.1
VOLLSTAENDIGE
SUCHE,
BRANCH
&
BOUND
.
10
2.2.2
HEURISTIKEN
.
12
2.2.3
STARTHEURISTIKEN
.
12
2.2.4
HEURISTIKEN
ZUM
VERBESSERN
EINES
BAUMS
.
12
3
KERNIGHAN-LIN-HEURISTIKEN
UND
BAEUME
17
3.1
DER
ANSATZ
VON
KERNIGHAN
UND
LIN
.
17
3.1.1
DAS
PROBLEM
DER
GRAPHENPARTITION
.
17
3.1.2
DAS
PROBLEM
DES
HANDLUNGSREISENDEN
.
18
3.2
VERALLGEMEINERUNG
DER
KERNIGHAN-LIN-HEURISTIK
.
18
3.3
ANWENDUNG
DES
ANSATZES
AUF
BAEUME
.
19
3.3.1
KERNIGHAN-LIN-ANSATZ
MIT
NEAREST
NEIGHBOR
INTERCHANGE
.
19
3.3.2
KERNIGHAN-LIN-ANSATZ
MIT
SUBTREE
PRUNING
AND
REGRAFTING
.
20
3.4
DIE
KOMPLEXITAET
DER
HEURISTIKEN
.
20
3.4.1
DIE
KOMPLEXITAET
ALLER
AUSTAUSCHVERSUCHE
DER
HEURISTIK
AUF
DER
GRUNDLAGE
DES
NEAREST
NEIGHBOR
INTERCHANGE
.
21
3.4.2
DIE
KOMPLEXITAET
ALLER
AUSTAUSCHVERSUCHE
DER
HEURISTIK
AUF
DER
GRUNDLAGE
DES
NEAREST
NEIGHBOR
INTERCHANGE
UND
DES
KERNIGHAN-LIN-ALGORITHMUS
.
21
3.4.3
DIE
KOMPLEXITAET
ALLER
AUSTAUSCHVERSUCHE
DER
HEURISTIK
AUF
DER
GRUNDLAGE
DES
SUBTREE
PRUNING
AND
REGRAFTING
.
22
3.4.4
DIE
KOMPLEXITAET
ALLER
AUSTAUSCHVERSUCHE
DER
HEURISTIK
AUF
DER
GRUNDLAGE
DES
SUBTREE
PRUNING
AND
REGRAFTING
UND
DES
KERNIGHAN-LIN-ALGORITHMUS
23
3.5
LEISTUNGSFAEHIGKEIT
DER
HEURISTIKEN
IM
VERGLEICH
.
24
3.5.1
SIMULIERTE
DATEN
.
24
3.6
FAZIT
.
30
3.7
AUSBLICK
.
31
4
GENETISCHE
ALGORITHMEN
UND
BAEUME
33
4.1
GRUNDLAGEN
.
33
4.2
LEISTUNGSFAEHIGKEIT
DES
GENETISCHEN
ALGORITHMUS
.
33
4.3
FAZIT
.
36
IV
INHALTSVERZEICHNIS
5
DER
PARSIMONY-BIAS
37
5.1
BAUMTOPOLOGIEN
.
37
5.2
DAS
AUFTRETEN
EINES
BIAS
BEI
DER
REKONSTRUKTION
VON
PHYLOGENIEN
.
38
5.3
EXPERIMENTELLE
BEFUNDE
FUER
DAS
BIAS
BEIM
PARSIMONY-VERFAHREN
.
39
5.3.1
EXPERIMENTE
MIT
REIN
ZUFAELLIGEN
DATEN
.
39
5.3.2
EXPERIMENTE
MIT
EINER
MISCHUNG
AUS
ZUFAELLIGEN
UND
STRUKTURIERTEN
DATEN
.
41
5.4
INTERPRETATION
DER
RESULTATE
.
43
5.4.1
DER
ERWARTUNGSWERT
FUER
DIE
DURCHSCHNITTLICHE
ANZAHL
VON
SCHRITTEN
AUF
EI
NEM
BAUM
.
43
5.4.2
DER
ERWARTUNGSWERT
FUER
DEN
GEWINNANTEIL
EINES
BAUMS
.
53
5.5
DER
ZUSAMMENHANG
ZWISCHEN
DER
SIMULATION
UND
DEN
ERWARTUNGSWERTEN
.
58
5.6
FAZIT
.
60
6
DER
TWO-TREE-AIGORITHMUS
63
6.1
EINLEITUNG
.
63
6.2
DAS
MODELL
MIT
MEHREREN
BAEUMEN
.
63
6.3
DIE
TWO-TREE-METHODE
2NJ
.
64
6.4
DER
FALL
FUER
VIER
POPULATIONEN
.
65
6.5
EINIGE
KONSTRUIERTE
BEISPIELE
.
67
6.6
RFLPS
IN
ACHT
POPULATIONEN
.
68
6.7
FAZIT
.
69
7
PHYLOGENETISCHE
UNTERSUCHUNG
DER
RANUNCULACEEN
73
7.1
DIE
FAMILIE
DER
RANUNCULACEEN
.
73
7.2
SYSTEMATIK
DER
RANUNCULACEEN
.
73
7.3
SEROLOGISCHE
UNTERSUCHUNGEN
.
75
7.4
DER
OUCHTERLONY-TEST
.
75
7.5
AUSWERTUNG
DER
DATEN
.
76
7.6
FAZIT
.
85
8
ZUSAMMENFASSUNG
87
A
IMPLEMENTATION
DES
PARSIMONY-ALGORITHMUS
89 |
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