Wechselwirkung des plasmidkodierten Transkriptionsrepressors CopR mit der DNA:
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1998
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INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
VERZEICHNIS DER VERWENDETEN ABKUERZUNGEN
1. EINLEITUNG
1.1. REGULATION DER TRANSKRIPTION BEI PROKARYOTEN DURCH
AKTIVATOR- UND REPRESSORPROTEINE
1.2. REGULATION DER PLASMIDKOPIEZAHL UNTER BETEILIGUNG VON
PLASMIDKODIERTEN PROTEINFAKTOREN
1.3. FUNKTION VON COPR SOWIE DER VERWANDTEN REPRESSOREN COPF UND COPS
1.4. AUFGABENSTELLUNG
1. MATERIAL UND METHODEN
2.1. PRAEPARATION DER MARKIERTEN DOPPELSTRAENGIGEN DNA-FRAGMENTE
2.2. PRAEPARATION DER UNMARKIERTEN DOPPELSTRAENGIGEN DNA-FRAGMENTE
2.3. HERSTELLUNG VON COPR-ROHEXTRAKTEN
2.4. REINIGUNG VON HIS6-COPR
2.5. BESTIMMUNG DER PROTEINKONZENTRATION
2.6. GELRETARDIERUNGSEXPERIMENTE
2.7. HYDROXYLRADIKAL-FOOTPRINTING
2.8. METHYLIERUNGSINTERFERENZ-F OOTPRINTING
2.9. ETHYLIERUNGSINTERFERENZ-F OOTPRINTING
2.10. 'MISSING-BASE'-INTERFERENZ-FOOTPRINTING
2.11. QUANTIFIZIERUNG DER FOOTPRINTING-DATEN
2.12. NATIVE POLYACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE FUER PROTEINE
2.13. GELFILTRATIONCHROMATOGRAPHIE MIT HIS
6-COPR
2.14. ULTRAZENTRIFUGATIONSANALYSE MIT HIS6-COPR
2.14. WESTEMBLOT
2. RESULTATE
3.1. BESTIMMUNG DER VON COPR KONTAKTIERTEN BASEN UND PHOSPHATRESTE
3.2. GELRETARDIERUNGSVERSUCHE MIT MUTIERTEN OPERATORSEQUENZEN
3.3. OLIGOMERISIERUNGSSTATUS VON COPR
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39
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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INHALTSVERZEICHNIS
3.4. STOECHIOMETRIE DES COPR-DNA-KOMPLEXES 40
3.5. BESTIMMUNG DER DISSOZOIATIONSKONSTANTE VON HIS6-COPR-DIMEREN
MITTELS ANALYTISCHER ULTRAZENTRIFUGATION 42
3.6. BESTIMMUNG DER DISSOZIATIONSKONSTANTE DES COPR-DNA-KOMPLEXES
DURCH GELRETARDIERUNGSEXPERIMENTE 43
3.7. COPR-INDUZIERTE KONFORMATIONSAENDERUNG DER DNA 45
3.8. INTRAZELLULAERE KONZENTRATION VON COPR IN
B. SUBTILIS 46
3.9. UNSPEZIFISCHER COPR-BINDUNGSMODUS 47
3.10. SEQUENZHOMOLOGIEVERGLEICHE 49
4. DISKUSSION
4.1. EIGENSCHAFTEN DER COPR-ERKENNUNGSSEQUENZ 53
4.2. PARTIELL ASYMMETRISCHE WECHSELWIRKUNG ZWISCHEN COPR UND
BEIDEN OPERATORHAELFTEN 53
4.3. VERGLEICH ZWISCHEN COPR UND DEN TRANSKRIPTIONSREPRESSOREN
COPF UND COPS DER VERWANDTEN PLASMIDE PAMSS 1 UND PSM 1903 5 54
4.4. VERGLEICH ZWISCHEN COPR UND ANDEREN PLASMIDKODIERTEN
TRANSKRIPTIONSREPRESSOREN 55
4.5. BINDUNG VORGEFORMTER COPR-DIMERE AN DIE DNA
IN VITRO UND IN VIVO 57
4.6. COPR-INDUZIERTE KONFORMATIONSAENDERUNG AN DER DNA 58
4.7. UNSPEZIFISCHER DNA-BINDUNGSMODUS VON COPR 59
4.8. WEITERFTIHRENDE EXPERIMENTE 59
5. ZUSAMMENFASSUNG
61
6. LITERATURVERZEICHNIS
63
ANHANG
PUBLIKATION: PLASMID PIP501 ENCODED TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPR BINDS
ASYMMETRICALLY AT TWO MAJOR GROOVES OF THE DNA AL
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