Thermodynamische Vorhersage konservierter Strukturelemente in einzelsträngiger RNA:
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
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1997
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INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
_
VIII
1
.1
F
UNKTION
UND
K
OMPLEXITAET
VON
RNA
.
I
1.2
STRUKTUR
VORHERSAGEMETHODEN
FUER
RNA
.
2
1.2.
/
KOMBINATORISCHE
STRUKTURVORHERSAGCMELHODEN
.
3
1.2.2
THERMODYNAMISCHE
STRUKTURVORHERSAGE
.
.
4
1.2.3
PHYLOGENETISCHE
STRUKTURVORHERSAGE
.
6
1.3
K
OMBINIERTE
THERMODYNAMISCH
-
PHYLOGENETISCHE
S
TRUKTURVORHERSAGE
.
6
1.4
A
UFGABENSTELLUNG
.
8
2
SYSTEME
UND
METHODEN
-------------
.
_
.
_
_
_
.
_
.
9
2.1
P
ROGRAMMIERSPRACHEN
UND
C
OMPUTERSYSTEME
.
9
2.2
V
ERWENDETE
P
ROGRAMME
.
10
2.3
S
EQUENZEN
.
11
2.4
D
ATENFORMATE
.
1
1
2.4.1
ALLGEMEINE
DATENFORMATE
.
.
11
2.4.2
CONSTRUCT-SPEZIFISCHE
DATENFORMATE
.
12
3
ALGORITHMUS
15
3.1
V
ORBETRACHTUNGEN
.
15
3.1.1
RANDBEDINGUNGEN
.
15
3.1.2
STRUKTURVERGLEICH
UEBER
ANALYSE
VON
BASENPAARUNGSMOEGLICHKEITEN
.
16
3.1.3
STRUKTURVERGLEICH
UEBER
ANALYSE
THERMODYNAMISCHER
BASENPAAR
WAHRSCHEINLICHKEITEN
.
18
3.1.4
STRUKTURKONSERVIERUNG
UND
SEQUENZKONSERVIERUNG
.
18
3.2
G
RUNDSCHEMA
DES
A
LGORITHMUS
.
20
3.3
I
MPLEMENTIERUNG
DES
A
LGORITHMUS
.
23
3.3.1
WAHL
DES
ENERGIEMINIMIERUNGSPROGRAMMS
.
23
3.3.2
WAHL
DES
ALIGNMENT-PROGRAMTNS
.
.
23
3.3.3
WAHL
DER
SUMMATIONSFUNKTION
.
24
3.3.4
EXTRAKTION
DER
OPTIMALEN
KONSENSUS-SEKUNDAERSTRUKTUR
.
.
.
26
3.3.5
MODULARER
AUFBAU
DER
PROGRAMMUMGEBUNG
.
29
VI
INHALTSVERZEICHNIS
4
GRAPHISCHE
OBERFLAECHE
_
33
4.
1
ARGUMENTE
FUER
OIE
ENTWICKLUNG
EINER
GRAPHISCHEN
OBERFLAECHE
.
33
4.2
E
NTSCHEIDUNG
FUER
T
CL
/T
K
ALS
P
ROGRAMMIERUMGEBUNG
.
36
4.3
A
UFBAU
UND
F
UNKTION
.
38
4.4
E
DITIEREN
DES
A
LIGNMENTS
UND
DER
K
ONSENSUS
-M
ATRIX
.
44
4.5
D
IE
P
ROGRAMMSTRUKTUR
VON
C
ON
S
TRU
CTT
K
.
46
4.5.
/
INITIALISIERUNG
.
46
4.5.2
AKTIONEN
DES
BENUTZERS
UND
DER
EVENT-BINDING-MECHANISMUS
.
47
4.5.3
DIE
VERWENDUNG
DES
TAGGING-MECHANISMUS.
.
47
4.5.4
DER
CONSTKUCLTK-INTERPRETER
CS_WISH
.
49
5
ANWENDUNGSBEISPIELE
.
51
5.
1
T
EST
DES
A
LGORITHMUS
MIT
DEM
YYR
EV
-
RESPONSIVE
E
LEMENT
"
AUS
HIV
1
.
51
5.1.1
DAS
YYREV-RESPONSIVE
ELEMENT
"
AUS
HIV-I
.
51
5.1.2
VORHERSAGE
DER
KONSENSUS-STRUKTUR
.
52
5.2
B
ESTAETIGUNG
EINER
ZU
ERWARTENDEN
KONSERVIERTEN
S
TRUKTUR
IN
CMV
.
55
5.2.1
DAS
TRNA-AEHNLICHE
ELEMENT
IN
GENOMISCHEN
CMV-RNAS
.
55
5.2.2
VORHERSAGE
DER
KONSENSUS-STRUKTUR
.
57
5.3
V
ORHERSAGE
KONSERVIERTER
S
TRUKTURELEMENTE
IN
DER
M
RNA
DES
P
RION
-P
ROTEINS
.
61
5.3.
1
DIE
MRNA
DES
PRION-PROTEINS
.61
5.3.2
VORHERSAGE
DER
KONSENSUS-STRUKTUR
.
62
5.4
K
ONSENSUS
-S
TRUKTUR
DES
YY
POSTTRANSKRIPTIONAL
-
REGULATORISCHEN
E
LEMENTS
"
AUS
H
EPATITIS
B
.
66
5.4.
1
DAS
YYPOSTTRANSKRIPTIONAL-REGULALORISCHE
ELEMENT"
AUS
HEPATITIS
B
.
66
5.4.2
VORHERSAGE
DER
KONSENSUS-STRUKTUR
.
69
5.5
W
AHL
DER
V
ORHERSAGE
-P
ARAMETER
.
72
6
DISKUSSION
_
75
6.1
A
LGORITHMUS
.
75
6.1.1
C
ON
STRUCT
BENOETIGT
FUER
DIE
STRUKTURVORHERSAGE
NUR
WENIGE
SEQUENZEN
.
76
6.1.2
C
ON
STKVCT
ERMOEGLICHT
DIE
STRUKTURVORHERSAGE
MIT
SEQUENZEN
GROSSER
LAENGE
.
77
6.1.3
CONSNTUCT
ERLAUBT
DIE
QUANTITATIVE
BEWERTUNG
KONSERVIERTER
STRUKTURELEMENTE
.
79
6.2
A
NWENDUNGSBEISPIELE
FUER
DEN
C
ON
S
TRUCT
-A
LGORITHMUS
.
79
6.2.
1
DAS
YYREV-RESPONSIVE
ELEMENT"
AUS
HIV.
79
6.2.2
VERGLEICH
DER
TRNA-AEHNLICHEN
ELEMENTE
VON
CMV
UND
BMV
.
81
6.2.3
DIE
MRNA
DES
PRION-PROTEINS
.
82
6.2.4
DAS
YYPOSLTRAIISKRIPTIOMD-REGULATORISCHE
ELEMENT"
AUS
HEPATITIS
B
.
86
6.3
A
USBLICK
.
:
.
89
7
ZUSAMMENFASSUNG
_
91
8
LITERATURVERZEICHNIS
93
INHALTSVERZEICHNIS
VII
9
ANHANG
_
105
9.1
S
EQUENZ
-
ALIGNMENT
DER
RRE-SEQUENZEN
.
105
9.2
S
EQUENZ
-
ALIGNMENT
DER
PR
P
M
RNA
SEQUENZEN
.
106
9.3
S
EQUENZ
-
ALIGNMENT
DER
PRE-S
EQUENZEN
.
109 |
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