Genotypische Speziesdifferenzierung und molekulare Charakterisierung von Resistenzgenen bei Mykobakterien:
Gespeichert in:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
1997
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
.
1
1.1
UEBERBLICK
.
1
1.2
DIAGNOSTIK
.
4
1.3
ARTENDIFFERENZIERUNG
.
6
1.4
RESISTENZ
.
8
2
PROBLEMSTELLUNG
UND
ZIELSETZUNG
.
11
2.1
ARTENDIFFERENZIERUNG
.
11
2.2
RESISTENZEN
.
12
3
MATERIAL
UND
METHODEN
.
14
3.1
MATERIAL
.
14
3.1.1
GERAETE
.
14
3.1.2
CHEMIKALIEN
.
15
3.1.3
GELMATERIAL
.
15
3.1.4
ENZYME
.
16
3.1.5
NUKLOETIDE
.
16
3.1.6
KITS
.
17
3.1.7
FILME
.
17
3.1.8
SONSTIGES
.
17
3.2
METHODEN
.
18
3.2.1
DNA-ISOLIERUNG
VON
MYKOBAKTERIEN
.
18
3.2.2
DNA-AMPLIFIZIERUNG
DURCH
POLYMERASEKETTENREAKTION
(PCR)
.
18
3.2.3
LIGATION
.
21
3.2.4
ELEKTROPORATION
UND
SELEKTION
REKOMBINANTER
KLONE
.
21
3.2.5
REINIGUNG
VON
DNA
.
24
3.2.5.1
KOCHPRAEPARATION
.
24
3.2.5
2
LONENAUSTAUSCHCHROMATOGRAPHIE
.
24
3.2
5.3
SILIKAGELADSORPTION
VON
DNA
.
25
3.2.6
RESTRIKTIONSVERDAUE
.
26
3.2.6.1
VERDAU
VON
DNA-FRAGMENTEN
ZUR
KLONIERUNG
.
26
3.2.6
2
VERDAU
ZUR
KLONIERUNGSUEBERPRUEFUNG
.
27
3.2.6.3
VEKTORVERDAU
.
27
3.2.6.4
VERDAU
AMPLIFIZIERTER
16S
RDNA
.
28
3.2.6.5
VERDAU
DER
PCR-PRODUKTE
DES
KATG
GENS
.
28
3.2.7
ELEKTROPHORESE
.
29
3.2.7.1
AGAROSEGELELEKTROPHORESE
.
29
3.2.7.2
ACRYLAMIDGELELEKTROPHORESE
.
29
3.2.8
DNA-SEQUENZIERUNG
.
30
3.2.8.1
SEQUENZIERUNG
DER
KLONIERTEN
REKOMBINANTEN
PLASMIDE
.
30
3.2.8
2
DIREKTE
SEQUENZIERUNG
DER
GEREINIGTEN
PCR-PRODUKTE
.
31
3.2.8.3
SEQUENZGEL
.
31
4
ERGEBNISSE
.
34
4.1
METHODENVERGLEICH
ZUR
DNA-ISOLIERUNG
AUS
MYKOBAKTERIEN
.
34
4.2
PCR-OPTIMIERUNG
.
35
4.2.1
16S
RRNA
PROMOTER-REGION
.
35
4.2.1.1
ANNEALINGTEMPERATUR
.
35
4.2.1.2
MAGNESIUNCHLORIDKONZENTRATION
UND
ZYKLENZAHL
.
36
4.2.2
DIE
GENE
INHA,
KATG,
RRS
,
RPSL,
23S
UND
GYRA
.
36
4.2.2.1
MAGNESIUMIONENKONZENTRATION
.
36
4.2.2.2
DIMETHYLSULFOXID
(DMSO)
.
37
4.2.2.3
ANNEALINGTEMPERATUR
.
40
4.2.3
RPOB-GEN
.
42
4.3
ARTENDIFFERENZIERUNG
DURCH
RESTRIKTIONSVERDAU
DER
AMPLIFIZIERTEN
16S
RRNA
PROMOTER-REGION
.
45
4.4
ISONIAZIDRESISTENZGENE
.
46
4.4.1
KATG
.
46
4.4.2
INHA
.
49
4.5
STREPTOMYCINRESISTENZGENE
.
49
4.5.1
RPSL
.
50
4.5.2
RRS
.
50
4.6
RIFAMPICINRESISTENZGEN
RPOB
.
51
5
DISKUSSION
.
55
5.1
METHODISCHE
ASPEKTE
.
55
5.1.1
PCR
.
55
5.1.2
PRIMERKONSTRUKTION
.
56
5.1.3
SEQUENZIERUNG
.
63
5.2
ARTENDIFFERENZIERUNG
.
64
5.3
RESISTENZMUTATIONEN
.
69
5.3.1
ISONIAZID-RESISTENZ
.
70
5.3.2
RIFAMPICIN-RESISTENZ
.
74
5.3.3
STREPTOMYCIN-RESISTENZ
.
77
5.3.4
23S
UND
GYRA-GEN
.
79
6
ZUSAMMENFASSUNG
.
80
7
LITERATURVERZEICHNIS
.
82
8
ANHANG:
LISTE
DER
VERWENDETEN
ISOLATE
.
92 |
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