Holdings: Strukturell und funktionell relevante Proteindynamik

Strukturell und funktionell relevante Proteindynamik: Computersimulationen am Modellsystem Insulin

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Main Author:	Krüger, Peter (Author)
Format:	Book
Language:	German
Published:	1997
Subjects:	Insulin Molekulardynamik Hochschulschrift
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adam_text	INHALTSVERZEICHNIS 1 EINLEITUNG 8 1.1 MOEGLICHKEITEN UND ZIELE VON SINRALATIONSRECHNUNGEN. 8 1.2 PROTEINE UND DYNAMIK. 9 1.3 INSULIN ALS EXEMPLARISCHER FALL. 10 2 METHODEN 12 2.1 MOLEKUELDYNAMIK-SIMULATION ALS METHODE. 12 2.1.1 ENERGIEPOTENTIAL. 13 2.1.2 INTEGRATION DER BEWEGUNGSGLEICHUNG. 14 2.1.3 METHODE DER ZWANGSKRAEFTE SHAKE. 15 2.1.4 BERECHNUNG DER NICHTBINDENDEN WECHSELWIRKUNGEN.15 2.1.5 TEMPERATURBAD. 16 2.1.6 ENERGIEMINIMIERUNG . 17 2.2 BERECHNUNG VON KONFORMATIONSUEBERGAENGEN. 19 2.2.1 ZIELSETZUNG. 19 2.2.2 STAND DER FORSCHUNG. 19 2.2.3 TARGETED ENERGY MINIMIZATION (TEM).22 2.2.4 TARGETED MOLECULAR DYNAMICS (TMD).24 2.2.5 'LEAP-FROG'-ALGORITHMUS MIT ZWANGSKRAEFTEN.26 2.2.6 THERMODYNAMISCHE INTEGRATION UND TMD.27 2.2.7 BERECHNUNG DER FREIEN ENERGIE MITTELS DER ZWANGSKRAEFTE . 29 2.3 DAS PROGRAMMPAKET SIMLYS.31 2.3.1 ZIEL DER PROGRAMMENTWICKLUNG. 31 4 BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN HTTP://D-NB.INFO/950186449 INHALTSVERZEICHNIS 5 2.3.2 GRUNDLEGENDER PROGRAMMAUFBAU.32 2.3.3 SEQUENTIELLE 'KEY'-FILES.35 2.3.4 GRUPPEN-'KEY'-FILES.35 2.3.5 FUNKTIONEN DES PROGRAMMS SIMLYS.38 2.4 ALLGEMEINE ABKUERZUNGEN.38 3 DYNAMIK DES INSULINMOLEKUELS IN LOESUNG 39 3.1 PROBLEMSTELLUNG.39 3.2 BESCHREIBUNG DER INSULINSTRUKTUR.41 3.2.1 DAS WILDTYP-INSULIN. 41 3.2.2 DES[(B26-30)-PENTAPEPTID]INSULIN (DPI) .45 3.3 DURCHFUEHRUNG DER BERECHNUNGEN.48 3.4 ERGEBNISSE UND DISKUSSION.49 3.4.1 POTENTIELLE ENERGIE.49 3.4.2 RMS-POSITIONSDIFFERENZEN IM ZEITVERLAUF.49 3.4.3 RMS-POSITIONSDIFFERENZEN DER GEMITTELTEN STRUKTUREN.52 3.4.4 PROTONEN-ABSTANDSVERLETZUNGEN.53 3.4.5 VERGLEICH DER SIMULATIONEN MIT DEM EXPERIMENT.54 3.4.6 AMID-H/D-AUSTAUSCHEXPERIMENTE.54 3.4.7 WASSERSTOFFBRUECKEN MIT DEM LOESUNGSMITTEL.57 3.4.8 VERGLEICH MIT NOE-PROTONENABSTAENDEN.58 3.4.9 POSITIONSDIFFERENZEN IN DEN SEKUNDAERSTRUKTUR-ELEMENTEN . 60 3.4.10 POSITIONSDIFFERENZEN DER TRANSIENTEN STRUKTUREN .62 3.5 SCHLUSSFOLGERUNGEN.65 4 DYNAMIK DES AL-B29-VERBRUECKTEN INSULINS 67 4.1 PROBLEMSTELLUNG.67 4.1.1 STRUKTURELLE VORAUSSETZUNGEN DER REZEPTORBINDUNG.67 4.1.2 FLEXIBILITAET DER C-TERMINALEN B-KETTE . .69 4.2 DURCHFUEHRUNG DER BERECHNUNGEN.72 4.3 ERGEBNISSE UND DISKUSSION.75 INHALTSVERZEICHNIS 6 4.3.1 POTENTIELLE ENERGIE.75 4.3.2 RMS-POSITIONSDIFFERENZEN.75 4.3.3 ABSTAND A1-B30.79 4.3.4 WASSERSTOFFBRUECKEN.80 V 4.3.5 POSITIONSDIFFERENZEN NACH W EGNAHME DER BRUECKE.80 4.3.6 RMS-FLUKTUATIONEN.81 4.3.7 ERREICHBARE OBERFLAECHE.82 4.4 SCHLUSSFOLGERUNGEN.84 5 SIMULATION EINES KONFORMATIONSUEBERGANGES _ 85 5.1 PROBLEMSTELLUNG.85 5.1.1 KONFORMATIONSUEBERGAENGE IN PROTEINEN.85 5.1.2 MOEGLICHKEITEN DER BERECHNUNG.86 5.2 DAS GEGENWAERTIGE MODELL DES T-R-UBERGANGES.87 5.2.1 SITUATION IM KRISTALL.87 5.2.2 SITUATION IN LOESUNG.90 5.2.3 PHENOLISCHE UND ANIONISCHE LIGANDEN .93 5.2.4 KOOPERATIVST . 94 5.3 SIMULATIONSRECHNUNGEN ZUR ANALYSE DES KONFORMATIONSUEBERGANGES . . 94 5.3.1 SIMULATION DES MONOMEREN UND HEXAMEREN.95 5.3.2 ZIEL DER ANALYSE.95 5.4 DURCHFUEHRUNG DER BERECHNUNGEN.95 5.5 ERGEBNISSE UND DISKUSSION.98 5.5.1 POTENTIELLE ENERGIEN TEM.98 5.5.2 POTENTIELLE ENERGIEN TMD. 100 5.5.3 KONFORMATIONSRAUM TEM.102 5.5.4 KONFORMATIONSRAUM TMD.103 5.5.5 HAUPTKETTENDIEDERWINKEL TEM .103 5.5.6 HAUPTKETTENDIEDERWINKEL TMD.106 5.5.7 GRAPHISCHE DARSTELLUNG DER TRANSFORMATION TEM.106 INHALTSVERZEICHNIS 7 5.5.8 GRAPHISCHE DARSTELLUNG DER TRANSFORMATION TMD.110 5.6 SCHLUSSFOLGERUNGEN.113 6 BERECHNUNG DER FREIEN ENERGIE 115 6.1 ZIELSETZUNG .\.115 6.2 DURCHFUEHRUNG DER BERECHNUNGEN. 116 6.3 ERGEBNISSE UND DISKUSSION.117 6.4 SCHLUSSFOLGERUNGEN.121 7 SCHLUSSBETRACHTUNG 123
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