Das mop-Regulon aus Acinetobacter calcoaceticus: Domänenstruktur von MopR und Stabilität der mop-mRNA
Gespeichert in:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
1997
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INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
.
I
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.
IV
1.
ZUSAMMENFASSUNG
.
1
2.
EINLEITUNG
.
2
2.1.
DER
GENUS
ACINETOBACTER
.
2
2.2.
MIKROBIELLER
AROMATENABBAU:
REGULATORISCHE
DIVERSITAET
.
3
2.2.1.
ORTHO
UND
ZNETA-SPALTUNG
VON
CATECHOL
UND
PROTOCATECHUAT
.
3
2.2.2.
CATECHOL
SPALTENDE
ENZYME
.
5
2.2.3.
PHENOLHYDROXYLASEN
.
6
54
2.2.4.
O
-ABHAENGIGER
AROMATEN-ABBAU
IN
PSEUDOMONAS
.
7
2.2.5.
PHENOLVERWERTUNG
DURCH
A
CALCOACETICUS
NCIB8250
.
9
54
2.3.
SIGMAFAKTOR
54
(O
)
ABHAENGIGE
TRANSKRIPTION
.
10
2.3.1.
TRANSKRIPTIONSAKTIVATOREN
DER
NTRC-FAMILIE
.
11
2.3.2.
GENREGULATION
DURCH
SENSOR-REGULATOR-PAARE
.
12
2.4.
FRAGESTELLUNG
.
14
3.
MATERIAL
UND
METHODEN
.
15
3.1.
MATERIAL
.
15
3.2.
VERWENDETE
BAKTERIENSTAEMME
UND
PASMIDE
.
18
3.3.
PUFFER
UND
MEDIEN
.
20
3.3.1.
ALLGEMEINE
PUFFER
UND
LOSUNGEN
.
20
3.3.2.
PUFFER
UND
LOESUNGEN
FUER
DIE
GELELEKTROPHORESE
.
20
3.3.3.
GROESSENSTANDARDS
FUER
DIE
GELELEKTROPHORESE
.
20
3.3.4.
BAKTERIENNAEHRMEDIEN
.
21
3.3.5.
ANTIBIOTIKA
UND
ANDERE
ZUSAETZE
.
21
3.4.
METHODEN
.
22
3.4.1.
ALLGEMEINE
METHODEN
.
22
3.4.2.
ANZUCHT
VON
BAKTERIEN
.
22
3.4.3.
PRAEPARATION
VON
CHROMOSOMALER
DNA
AUS
A.
CALCOACETICUS
.
22
3.4
4.
TRANSFORMATION
VON
A.
CALCOACETICUS
.
23
3.4.5.
DNA-AMPLIFIKATION
.
23
3.4.5.1.
POLYMERASE-KETTENREAKTION
(PCR)
.
23
3.4.S.2.
INVERSE
PCR
(IPCR)
.
24
3.4.5.3.
PCR
AN
CDNA
(RT-PCR)
.
24
3.4.6.
NORTHERN
BLOT
.
25
3.4.7.
SOUTHERN
BLOT
.
25
3.4.8.
PRIMER
EXTENSION
.
27
3.4.9.
BESTIMMUNG
DER
SS-GALAKTOSIDASE-AKTIVITAET
.
27
3.4.10.
PROTEINREINIGUNG
.
27
INHALTSVERZEICHNIS
N
3.4.11
PRAEPAXATION
VON
RNA
.
28
4.
ERGEBNISSE
.
29
4.1.
KLONIERUNG,
SEQUENZIERUNG UND CHARAKTERISIERUNG
DES
MAP
OPERONS
AUS
A.
CALCOACETICUS
NCIB8250
.
29
4.1.1.
KOMPLEMENTATION
VON
WH22
1
MIT
PARTIELL
VERDAUTEN
&RU3A-GENBANKFIAGMENTEN
.
29
4.1.2.
KOMPLEMENTATION
VON
WH22
1
MIT
VOLLSTAENDIG
VERDAUTER
CHROMOSOMALER
DNA
.
30
4.1.3.
INVERSE
PCR
ZUR
AMPLIFIKATION
DER
DIVERGENT
ZU
MOPR
GELEGENEN
DNA
.
31
4.1.4.
SEQUENZIERUNG
DES
MOP
OPERONS
.
32
4.1.5.
SEQUENZANALYSE
DES
MOP
OPERONS
.
37
4.1.6.
BESTIMMUNG
DER
TRANSKRIPTIONSSTARTPUNKTE
DES
MOP
OPERONS
.
39
4.1.7.
EXPRESSION
VON
CATA
IN
NCIB8250:
KONSTRUKTION
VON
PWH560
UND
PWH561
.
40
4.1.8.
SS-GALAKTOSRDASEMESSUNGEN
MIT
PWH560
UND
PWH561
IN
A
CALCOACETICUS
NCIB8250.42
4.1.9.
EXPRESSION
VON
CATA
IN
ADP
1
.
43
4.2.
EXPRESSION
UND
EFFEKTORSPEKTRUM
VON
MOPR
.
45
4.2.1.
TRANSKNPTIONSSTART
VON
MOPR
.
45
4.2.2.
KONSTRUKTION
EINER
P
MO/
,:
:ZACZ-TRANSKRIPTIONSFUSION.
47
4.2.3.
EFFEKTORSPEKTRUM
VON
MOPR
.
48
4.2.4.
KONSTRUKTION
EINER
IN
E.
COLI
DURCH
MOPR
REGULIERBAREN
P
M0P
:LACZ-FUSIOA
.
50
4.3.
DOMAENENSTRUKTUR
VON
MOPR
.
51
4.3.1.
KONSTRUKTION
DES
EXPRESSIONSVEKTORS
PWH845
FUER
ACINETOBACTER
.
52
4.3.2.
KONSTRUKTION
VON
PWH846
ZUR
EXPRESSION
DER
MOPR
A-DOMAENE
IN
A.
CALCOACETICUS
NCIB8250
.
54
4.3.3.
FUNKTIONALITAET
VON
PWH846
IN
ACINETOBACTER
.
54
4.3.4.
INHIBITION
DER
PHENOLVERWERTUNG
DURCH
EXPRESSION
DER
MOPR
A-DOMAENE
IN
TRANS
.
56
4.3.5.
REPRESSION
VON
AKTIVIERTEM
MOPR
DURCH
DIE
MOPR
A-DOMAENE
IN
TRANS
.
58
4.3.6.
TRANSDOMINANZMESSUNGEN
MIT
N-TERMINALEN
TRUNKIERUNGEN
DER
MOPR
A-DOMAENE
.
59
4.4.
DIFFERENTIELLE
STABILITAET
DER
MOP
MRNA
NACH
PROZESSIERUNG
.
60
4.4.1.
NORTHERN
BLOT
MIT
MOP
UND
CATA
SPEZIFISCHEN
SONDEN
.
61
4.4
2.
BESTIMMUNG
DER
RNA-STABILITAET
DES
MOP
5
'
-ENDES
.
62
4.4.3.
BESTIMMUNG
DER
RNA-STABILITAET
DES
MOP
3
'
-FRAGMENTES
.
63
4.4.4.
KONSTRUKTION
VON
PWH848
ZUR
TRANSKRIPTION
DES
MOP
OPERONS
IN
E.
COLI
.
64
TS
4.4.5.
STABILITAET
DER
MOP
MRNA
IN
E.
COLI
ME
-STAEMMEN
.
66
4.4.6.
DELETION
DES
P
MCP
PROMOTORS
.
67
4.4.7.
PRIMER
EXTENSION
VON
CATA
.
68
4.4.8.
RT-PCR:
NEGATIVE
EVIDENZ
FUER
EINE
PROZESSIERUNG
DER
MOP
MRNA
.
69
4.5.
EXPRESSION
VERSCHIEDENER
KETTEN
DER
PHENOLHYDROXYLASE
IN
ACINETOBACTER
CALCOACETICUS
.
70
4.5.1.
KONSTRUKTION
VON
PWH375,
PWH376
UND
PWH377
ZUR
UEBEREXPRESSION
EINZELNER
KETTEN
DER
PHENOLHYDROXYLASE
.
70
4.5.2.
EXPRESSION
VON
MOPN
INHIBIERT
DAS
WACHSTUM
VON
NCIB8250
IN
VOLLMEDIUM
.
71
4.6.
VERSUCHE
ZUR
UBEREXPRESSION
VON
MOPR
.
72
4.6.1.
KONSTRUKTION
VON
PWH554
UND
PWH555
ZUR
EXPRESSION
VON
MOPR
IN
COLI
.
73
4.6.2.
KONSTRUKTION
VON
PWH847
ZUR
EXPRESSION
VON
MOPR
IN
E.
COLI
UND
NACHFOLGENDER
AUFREINIGUNG
MITELS
METALHONEN-AFFINITAETSCHROMATOGRAFIE
.
75
4.6.3.
KONSTRUKTION
VONPWH3
80
ZUR
EXPRESSION
VON
MOPR
IN
A.
CALCOACETICUS
NCIB8250.
76
INHALTSVERZEICHNIS
_
HI
4.7.
ANALYSE
DER
STROMABWAERTS
VON
MOPR
GELEGENEN
LESERAHMEN
.
77
4.7.1.
KONSTRUKTION
EINER
PLASMIDSTAENDIGEN
ORF
1:
:LACZ
TRANSKRIPTIONSFIISION
IN
PWH543
.
78
4.7.2.
BESTIMMUNG
DES
TRANSKRIPTIONSSTARTPUNKTES
VON
ORF
1
.
78
4.8.
AUTOREGULATION
VON
RPON
AUS
A.
CALCOACETICUS
ADP1
.
79
4.8.1.
REPRESSION
EINER
CHROMOSOMALEN
RPON.LACZ
TRANSKRIPTIONSFUSION
DURCH
DIE
ANWESENHEIT
RPON
KODIERENDER
PLASMIDE
.
80
5.
DISKUSSION
.
82
5.1.
ORGANISATION
DES
MAP
REGULONS
IN
A.
CALCOACETICUS
NCIB8250
.
82
5.1.1.
ANORDNUNG
DER
PHENOLHYDROXYLASE
GENE
UND
DES
GENS
CATA
.
82
5.2.
EXPRESSION
DER
PHENOLHYDROXYLASE
GENE
.
83
5.2.1.
PROMOTORSTRUKTUR
.
83
5.2.2.
KOEXPRESSION
VON
MOPKLMNOP
MIT
CATA
.
84
5.2.3.
EXPRESSION
VON
CATA
IN
A.
CALCOACETICUS
ADP1
:
SCHLUSSFOLGERUNGEN
.
84
5.2.4.
DIE
INTERGENE
REGION
ZWISCHEN
MOPR
UND
MOPKLMNOP
.
85
53.
TOXIZITAET
DER
PHENOLHYDROXYLASE
GENE
.
88
5.3.1.
NEGATIVE
EVIDENZ:
EINE
KLONIERUNG
VON
PHENOLHYDROXYLASE-GENEN
UND
MOPR
IST
NICHT
MOEGLICH
.
88
5.3.2.
POSITIVE
EVIDENZ:
DIE
UEBEREXPRESSION
VON
MOPN
IST
TOXISCH
.
89
5.4.
CHARAKTERISIERUNG
VON
MOPR
.
90
5.4.1.
PROMOTORSTRUKTUR
.
90
5.4.2.
EFFEKTORPROFIL
UND
SUBSTRATSPEKTRUM
VON
MOPR
.
91
5.4.3.
AKTIVITAET
VON
MOPR
IN
E.
COLI
.
93
5.4.4.
DOMAENENSTRUKTUR
VON
MOPR:
REREPRESSION
DURCH
NEGATIVE
TRANSDOMINANZ
.
93
5.4.5.
SUBDOMAENEN
DER
MOPR
A-DOMAENE
.
95
5.4.6.
DEREPRESSION
DURCH
EFFEKTORBINDUNG:
MODELLE
.
97
5.4.7.
STABILITAET
VON
MOPR
UND
DER
MOPR
A-DOMAENE
.
99
53.
DIFFERENTIELLE
STABILITAET
DER
MAP
MRNA
.100
5.5.1.
ABBAURATEN
VON
5
'
-ENDE
UND
3
'
-SEGMENT
.
100
5.5.2.
PROZESSIERUNG
DURCH
RNASEE
.100
5.6.
AUTOREGULATION
VON
RPON
.
102
5.7.
DIE
REGION
STROMABWAERTS
VON
MOPR
.
103
6.
LITERATURVERZEICHNIS
.
105 |
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